BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-070P13
Chromosome19 (Build37)9 (Build37)
Map Location 46,474,830 - 46,475,83489,298,071 - 89,298,897
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneSufu
Upstream geneBtrc, EG627889, Poll, 5330431N19Rik, Fbxw4, Fgf8, Npm3, Mgea5, E330018D03Rik, Kcnip2, 9130011E15Rik, EG627939, 4930505N22Rik, Hps6, Ldb1, Pprc1, Nolc1, Elovl3, Pitx3, Gbf1, LOC668094, Nfkb2, Psd, Fbxl15, Cuedc2, 2310034G01Rik, Tmem180, Actr1a
Downstream geneTrim8, Arl3, Sfxn2, D19Wsu162e, Cyp17a1, EG629359, 2010012O05Rik, As3mt, Cnnm2, Nt5c2, Ina, Pcgf6, LOC100042842, Taf5, Usmg5, Pdcd11, 2810048G17Rik, EG546729, EG240669, EG629389, Neurl, EG329070, Sh3pxd2a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-070P13.bB6Ng01-070P13.g
ACCDH888806DH888807
length1,005907
definitionDH888806|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-070P13, 5' end.DH888807|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-070P13, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,474,830 - 46,475,834)(89,298,071 - 89,298,897)
sequence
gaattcaatcttcaactacttctctgctggatttatggggaaatttaatg
tgatccttaggagcctcaaatcgtgagatgtcccagctcttcctttgagc
ccagtgcctcccggcttactctttagaatgtaggtgctcatggggctcag
cctggctctcgctgcagtgctctgtgcagagttgattgagccaatgtttg
gccttcgtcacttgcagcgactaagttttgatctgtggcgtataggccac
gatctgtgcagactggcagctttatgtatatccagacgaaacaatgatag
aaggcacagtacagttttttagaaactagctgtctaagagtcaggtgcag
agtggaacctgaactttcaggaatgatatccactgggcatgctctggaca
gtcattcaacaggagctactgattgactgatgtcccttaccttgaagcct
ggcatgttgacatagagagattcactccatttggagtcagaacttgaaac
aggcaaaagcaaaacgggcaaccaccacgtctgttttctttctaaaagag
gccctgcctgttggagggaagagaagggagcatcttgcacacgtggagcc
agccacacagcctcggctgcttttcccttggctcatctctacagagacct
tttgtgcctccctttaggtatctcactctagcttcccctagcacggggct
ctcgggcttgtagaacagagcctcttagttgctttttcctggtttccagg
cttatgttgacaccttgtgttttgtcttttgcaggttgggtggtccggac
cccttggactatgttagcatgtacaggaacatggggagtccttctgccaa
catccctgagcactggcactacatcagctttggcctgagtgatctctatg
gtgacaacagagtccatgagtgagtgtctgccatctgcctttccttaacc
ctaagcctatttctgaagttgtattgagtgtgtgtgatgatgtagtttct
gtggg
gaattccccatgtagctaaggttacctttgaactttttgggtttggtgtt
gttgttgttgttgatttgttttggtggttttttgttttttgtttattgga
caccgggcactgaacatggagatagggtagtaatacctctcttccagttc
ccttctactgctggctctagcctactgcctctttttagggttggcctctg
ttattttggggactgaacaaagttgaagctgtagtctcagttgagaggcc
tagagatttgaaaatgtttggagcagatggatcacattagattggcccat
tttccttttctggacttcatcttactgtcctggtctcacttaagaaaata
aaattgagtgtgaatgtctgtgaataagaggatactaaagcatggcaaaa
tctaataggtttgattatcatttgtagcttagtcagcttctgacctctga
atcttttcaccacttgagatagtgaagatcttatatgctgatattggtaa
aatggtgaattcaatattccataatggttttttgtatgtattagatgctt
ctggcaattgaagtgtatgaacatctcacatgggtggaggtttcaaatgc
actatgaaatacatgggattataaaggaaaccaagagatagttattaaat
acatgcactctctaagtagcaagatatagggggtcagttctcaaaacaca
tacatttcaaaaccatatgtggtataaacaatatattgaaatacacacaa
aactgcaacgtggtgtgaaaataagcaaatttttactagtcaaagcgata
ggtaattctactatcctgtggtttcttggtattaacaaaacctaagtttc
tgctggacgtaagggaataaagtgtgctttttatctacttaatagataga
ttactga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_46474830_46475834
seq2: B6Ng01-070P13.b_42_1046

seq1  GAATTCAATCTTCAACTACTTCTCTGCTGGATTTATGGGGAAATTTAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCTTCAACTACTTCTCTGCTGGATTTATGGGGAAATTTAATG  50

seq1  TGATCCTTAGGAGCCTCAAATCGTGAGATGTCCCAGCTCTTCCTTTGAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCTTAGGAGCCTCAAATCGTGAGATGTCCCAGCTCTTCCTTTGAGC  100

seq1  CCAGTGCCTCCCGGCTTACTCTTTAGAATGTAGGTGCTCATGGGGCTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGCCTCCCGGCTTACTCTTTAGAATGTAGGTGCTCATGGGGCTCAG  150

seq1  CCTGGCTCTCGCTGCAGTGCTCTGTGCAGAGTTGATTGAGCCAATGTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTCTCGCTGCAGTGCTCTGTGCAGAGTTGATTGAGCCAATGTTTG  200

seq1  GCCTTCGTCACTTGCAGCGACTAAGTTTTGATCTGTGGCGTATAGGCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCGTCACTTGCAGCGACTAAGTTTTGATCTGTGGCGTATAGGCCAC  250

seq1  GATCTGTGCAGACTGGCAGCTTTATGTATATCCAGACGAAACAATGATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGTGCAGACTGGCAGCTTTATGTATATCCAGACGAAACAATGATAG  300

seq1  AAGGCACAGTACAGTTTTTTAGAAACTAGCTGTCTAAGAGTCAGGTGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCACAGTACAGTTTTTTAGAAACTAGCTGTCTAAGAGTCAGGTGCAG  350

seq1  AGTGGAACCTGAACTTTCAGGAATGATATCCACTGGGCATGCTCTGGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAACCTGAACTTTCAGGAATGATATCCACTGGGCATGCTCTGGACA  400

seq1  GTCATTCAACAGGAGCTACTGATTGACTGATGTCCCTTACCTTGAAGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTCAACAGGAGCTACTGATTGACTGATGTCCCTTACCTTGAAGCCT  450

seq1  GGCATGTTGACATAGAGAGATTCACTCCATTTGGAGTCAGAACTTGAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTTGACATAGAGAGATTCACTCCATTTGGAGTCAGAACTTGAAAC  500

seq1  AGGCAAAAGCAAAACGGGCAACCACCACGTCTGTTTTCTTTCTAAAAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAAAGCAAAACGGGCAACCACCACGTCTGTTTTCTTTCTAAAAGAG  550

seq1  GCCCTGCCTGTTGGAGGGAAGAGAAGGGAGCATCTTGCACACGTGGAGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCCTGTTGGAGGGAAGAGAAGGGAGCATCTTGCACACGTGGAGCC  600

seq1  AGCCACACAGCCTCGGCTGCTTTTCCCTTGGCTCATCTCTACAGAGACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACACAGCCTCGGCTGCTTTTCCCTTGGCTCATCTCTACAGAGACCT  650

seq1  TTTGTGCCTCCCTTTAGGTATCTCACTCTAGCTTCCCCTAGCACGGGGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGCCTCCCTTTAGGTATCTCACTCTAGCTTCCCCTAGCACGGGGCT  700

seq1  CTCGGGCTTGTAGAACAGAGCCTCTTAGTTGCTTTTTCCTGGTTTCCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGCTTGTAGAACAGAGCCTCTTAGTTGCTTTTTCCTGGTTTCCAGG  750

seq1  CTTATGTTGACACCTTGTGTTTTGTCTTTTGCAGGTTGGGTGGTCCGGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGTTGACACCTTGTGTTTTGTCTTTTGCAGGTTGGGTGGTCCGGAC  800

seq1  CCCTTGGACTATGTTAGCATGTACAGGAACATGGGGAGTCCTTCTGCCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGGACTATGTTAGCATGTACAGGAACATGGGGAGTCCTTCTGCCAA  850

seq1  CATCCCTGAGCACTGGCACTACATCAGCTTTGGCCTGAGTGATCTCTATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCTGAGCACTGGCACTACATCAGCTTTGGCCTGAGTGATCTCTATG  900

seq1  GTGACAACAGAGTCCATGAGTGAGTGTCTGCCATCTGCCTTTCCTTAACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAACAGAGTCCATGAGTGAGTGTCTGCCATCTGCCTTTCCTTAACC  950

seq1  CTAAGCCTATTTCTGAAGTTGTATTGAGTGTGTGTGATGATGTTGGTTCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
seq2  CTAAGCCTATTTCTGAAGTTGTATTGAGTGTGTGTGATGATGTAGTTTCT  1000

seq1  GTGGG  1005
      |||||
seq2  GTGGG  1005

seq1: chr9_89298071_89298897
seq2: B6Ng01-070P13.g_159_974

seq1  TTTATTGGACACCGGGCACTGAACATGGAGATAGGGTAGTAATACCTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGGACACCGGGCACTGAACATGGAGATAGGGTAGTAATACCTCTC  50

seq1  TTCCAGTTCCCTTCTACTGCTGGCTCTAGCCTACTGCCTCTTTTTAGGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTTCCCTTCTACTGCTGGCTCTAGCCTACTGCCTCTTTTTAGGGT  100

seq1  TGGCCTCTGTTATTTTGGGGACTGAACAAAGTTGAAGCTGTAGTCTCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTCTGTTATTTTGGGGACTGAACAAAGTTGAAGCTGTAGTCTCAGT  150

seq1  TGAGAGGCCTAGAGATTTGAAAATGTTTGGAGCAGATGGATCACATTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGCCTAGAGATTTGAAAATGTTTGGAGCAGATGGATCACATTAGA  200

seq1  TTGGCCCATTTTCCTTTTCTGGACTTCATCTTACTGTCCTGGTCTCACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCCATTTTCCTTTTCTGGACTTCATCTTACTGTCCTGGTCTCACTT  250

seq1  AAGAAAATAAAATTGAGTGTGAATGTCTGTGAATAAGAGGATACTAAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATAAAATTGAGTGTGAATGTCTGTGAATAAGAGGATACTAAAGC  300

seq1  ATGGCAAAATCTAATAGGTTTGATTATCATTTGTAGCTTAGTCAGCTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAAAATCTAATAGGTTTGATTATCATTTGTAGCTTAGTCAGCTTCT  350

seq1  GACCTCTGAATCTTTTCACCACTTGAGATAGTGAAGATCTTAGATGCTGA  400
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GACCTCTGAATCTTTTCACCACTTGAGATAGTGAAGATCTTATATGCTGA  400

seq1  TATTGGTAAAATGGTGAATTCAATATTCCATAATGGTTTTTTGTATGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGTAAAATGGTGAATTCAATATTCCATAATGGTTTTTTGTATGTAT  450

seq1  TAGATGCTTCTGGCAGTTGAAGTTTATGAACATCTCACATGGGTGGAGGT  500
      ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGCTTCTGGCAATTGAAGTGTATGAACATCTCACATGGGTGGAGGT  500

seq1  TTCAAATGCACTATGAAATACATGGGATTATAAAGGAAACCAAGAGATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATGCACTATGAAATACATGGGATTATAAAGGAAACCAAGAGATAG  550

seq1  TTATTAAATACATGCACTCTCTAAGTAGCAAGATATAGGGGGTCAGTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAAATACATGCACTCTCTAAGTAGCAAGATATAGGGGGTCAGTTCT  600

seq1  CATAAACACATACATTTCAAAACCATATGTGGTATAAACAATATATTGAA  650
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-AAACACATACATTTCAAAACCATATGTGGTATAAACAATATATTGAA  649

seq1  ATACACACAAAACTGCAACGTGGTGTGAAAATAAGCATAATTTTTACTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATACACACAAAACTGCAACGTGGTGTGAAAATAAGCA-AATTTTTACTAG  698

seq1  TCAAAGCGATAGGTAATTCTACTAATCCTGTGGTTTCTTGGTAATTTAAC  750
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||
seq2  TCAAAGCGATAGGTAATTCTACT-ATCCTGTGGTTTCTTGGTA--TTAAC  745

seq1  AAAAACCTAAGTTTCTGCTGGACGTTAATGGAAATAAAAATGTAGCTTTT  800
       ||||||||||||||||||||||| ||| ||||   ||| ||| ||||||
seq2  -AAAACCTAAGTTTCTGCTGGACG-TAAGGGAA--TAAAGTGT-GCTTTT  790

seq1  TAGCCTACTTAATAGATAGATTACTGA  827
      ||  |||||||||||||||||||||||
seq2  TA-TCTACTTAATAGATAGATTACTGA  816