BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071G15
Chromosome19 (Build37)
Map Location 6,526,811 - 6,687,531
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrxn2, Slc22a12, LOC629372
Upstream geneOvol1, Gm962, Rnaseh2c, Htatip, Rela, Sipa1, Pcnxl3, Map3k11, Kcnk7, Ehbp1l1, Mtvr2, Sssca1, Ltbp3, Scyl1, 2310043N10Rik, 1200004M23Rik, Slc25a45, Tigd3, Dpf2, Cdc42ep2, Pola2, Slc22a20, Capn1, EG666300, Syvn1, Mrpl49, Fau, Znhit2, Tm7sf2, 1110014N23Rik, LOC100039773, Zfpl1, Cdca5, Gm550, Naaladl1, Sac3d1, Snx15, Arl2, EG433216, Batf2, LOC622554, Gpha2, Ppp2r5b, 1810013C15Rik, Ehd1, Cdc42bpg, Men1, Map4k2, Sf1, Pygm, Rasgrp2
Downstream geneRps6ka4, Ccdc88, Prdx5, 0610038D11Rik, Esrra, 1700019N12Rik, Kcnk4, Gpr137, Bad, Plcb3, Ppp1r14b, Fkbp2, Vegfb, Dnajc4, Nudt22, Trpt1, BC032204, Stip1, D930010J01Rik, Flrt1, Otub1, Cox8a, Nat11, Rcor2, Mark2, AI846148, EG665419, 2700081O15Rik, Rtn3, LOC100039547, 5730596K20Rik, Hrasls3, Lgals12, Hrasls5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071G15.bB6Ng01-071G15.g
ACCDH889121DH889122
length1,1141,104
definitionDH889121|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071G15, 5' end.DH889122|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071G15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,686,575 - 6,687,531)(6,526,811 - 6,527,923)
sequence
gaattctcacctacaccatgtctgcctgcatgccgccatgcttcctgcca
tgacggtaacagactaaacctctgaactgttaagttagccccaattataa
gagtatctgtggtcatggtgtctcttcacagcaatagaaaccctaactaa
gacagcttttatgtcttaggctggccttgaactcatgatcctattgcctc
ggtcacccaagagtttgtattacagggtatgctgccatgcccagcccttt
tctattaagtcccccaaaatctagtcaggggttgtattagaagggattat
ctattcctaacacccctacacacactcacacaccacacatatacaccagg
ggacacacacacccacatccacaccaacatacatacaccaccacacacac
accacacatataaaccaggggacacaccccccacacccacatacatacac
caccacacacacaccacacacacacacacacacaccacacacacacacac
accacacatatacaccaggggacacacacacaccacatataccaccaaac
acactccaaaaccacacctttgggtgccatcatcagattaggttatatcc
tctcttcaactgccaactcctttccttacccactttcttttgcaacgctg
gggatagtgcccagagcctctcatacgctaggcaagcacttcaccactga
gctacaccccggacttcattctctggggaatgactcttactctgtagcca
gggctagcctccaattgaccttcctccttgtcaccgtggcctgctaataa
cccttcatgttaaatctcctctttgaggacttacacaattactgtatcca
tgggaccatggcaggttcagactgggatccccacagcctgactgtagggt
tccaggcagctgatggctgctggaccattagctgagaccttttgacaggc
ccgcccccacccgctttcctctcaccagtgtcagtggtaactgcacccac
ccgcagtgctagcttgcttccagctctgtgggttgctcctcatcctcact
tgaagtcacagtgtctgtgtgtggtctgttccagcatgtttctagctcct
ttaaggtgctctat
gaattctctagcgagtggacccaatgtatattgaagtgttctatttcctt
aggattggaagagcagagggtgagtgggctcttgctctgaaaagcatgca
cctgtaatttgcaactactgcagttgccagatgtgagagagaagggctga
aggctgcctgggttcctggtcagtctgatggcttcaggggccacagtctc
ccatttgtctcccagtgatgcagagctgatcacaggtcccccaacatcat
gagtccttgagtgtccctcctactcaaaagcctagtgggagagccagcag
tgggaccatcctagcctgaagcctctgagcagcctcccttgctcaggcct
tgctgactgcctcccagtagagttttctagacccttcctgggccagtgtc
ccagggaagctcatacattgatgactccagtgccccacagtccaggtcag
ggtcgttcaggtcatgtgagattctccgcggtctatcactttgggagagg
tttatgtgtggttatctggcacacagagggagtagtatcagagaaagatg
ctgctatgcaaaaagcacattggtggaatcatgggagatatggccaccga
ccatagatagacacaaactgggagagccttccaggggatgaggactgaag
ggatctggctgagatctgaaaagggagccagggcaggctgtgatggtgat
ctacaacaccggtgtgtcccaaggactagtgcgaatggtgggagctgcag
ggtggggcaggatctgtgtggtccagacctgagtccaccatctgccctca
cccagctggaggcaacaggctggtgaagagccaagatctgtgccctggtc
attctgatgagctgtactaacgacactgtgccatgtccctagtgatggcc
agctggttggagatcataagtcaggtattgaccctggagttcctgagggc
actggtagctcagcctaagatgcaaaaggggcaggcttttagagggtaga
agcaagacctgagacatgaggaaagactgtgaggcatagctcctcttcag
tgcctgttgcccagaggtgggtcagggtgtgtaaactcaagcctgtaagg
tgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_6686575_6687531
seq2: B6Ng01-071G15.b_44_1157 (reverse)

seq1  ATAGAGCACACTTAAAGGAGCCTAG-AACATGGCTGGGACCCGACTTCCA  49
      ||||||||| |||||||||| |||| ||||| ||| ||| | |||   ||
seq2  ATAGAGCAC-CTTAAAGGAG-CTAGAAACAT-GCT-GGAACAGAC-CACA  45

seq1  CACAGACACTGTGACTTCAAGTGAGGATGAAGGAGCAAACCCACAGAGCT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  CACAGACACTGTGACTTCAAGTGAGGATG-AGGAGC-AACCCACAGAGCT  93

seq1  GGAAGCAAGCTAGGCACTGCGGGTGGGTGGCAGTTACCACTGACACCTGG  149
      |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  GGAAGCAAGCTA-GCACTGCGGGTGGGT-GCAGTTACCACTGACA-CTGG  140

seq1  TGGAGAGGAAAGCGGGTGGGGGCGGGGCCTGTCAAAAGGTCTCAGCCTAA  199
      | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
seq2  T-GAGAGGAAAGCGGGTGGGGGC-GGGCCTGTCAAAAGGTCTCAG-CTAA  187

seq1  TGGTCCAGCAGCCATCAGCTGCCTGGAACCCTACAGTCAGGCTGTGGGGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCAGCAGCCATCAGCTGCCTGGAACCCTACAGTCAGGCTGTGGGGA  237

seq1  TCCCAGTCTGAACCTGCCATGGTCCCATGGATACAGTAATTGTGTAAGTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTCTGAACCTGCCATGGTCCCATGGATACAGTAATTGTGTAAGTC  287

seq1  CTCAAAGAGGAGATTTAACATGAAGGGTTATTAGCAGGCCACGGTGACAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGAGGAGATTTAACATGAAGGGTTATTAGCAGGCCACGGTGACAA  337

seq1  GGAGGAAGGTCAATTGGAGGCTAGCCCTGGCTACAGAGTAAGAGTCATTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAAGGTCAATTGGAGGCTAGCCCTGGCTACAGAGTAAGAGTCATTC  387

seq1  CCCAGAGAATGAAGTCCGGGGTGTAGCTCAGTGGTGAAGTGCTTGCCTAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGAATGAAGTCCGGGGTGTAGCTCAGTGGTGAAGTGCTTGCCTAG  437

seq1  CGTATGAGAGGCTCTGGGCACTATCCCCAGCGTTGCAAAAGAAAGTGGGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATGAGAGGCTCTGGGCACTATCCCCAGCGTTGCAAAAGAAAGTGGGT  487

seq1  AAGGAAAGGAGTTGGCAGTTGAAGAGAGGATATAACCTAATCTGATGATG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAGGAGTTGGCAGTTGAAGAGAGGATATAACCTAATCTGATGATG  537

seq1  GCACCCAAAGGTGTGGTTTTGGAGTGTGTTTGGTGGTATATGTGGT----  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
seq2  GCACCCAAAGGTGTGGTTTTGGAGTGTGTTTGGTGGTATATGTGGTGTGT  587

seq1  --------------------------------------------------  595
                                                        
seq2  GTGTGTCCCCTGGTGTATATGTGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGGTGTGTGT  637

seq1  --------------------------------------------------  595
                                                        
seq2  GTGTGTGTGTGTGGTGTGTGTGTGGTGGTGTATGTATGTGGGTGTGGGGG  687

seq1  --------------------------------------------------  595
                                                        
seq2  GTGTGTCCCCTGGTTTATATGTGTGGTGTGTGTGTGGTGGTGTATGTATG  737

seq1  ---------------GTGTGTGTGTCCCCTGGTGTATATGTGTGGTGTGT  630
                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGTGGATGTGGGTGTGTGTGTCCCCTGGTGTATATGTGTGGTGTGT  787

seq1  GAGTGTGTGTAGGGGTGTTAGGAATAGATAATCCCTTCTAATACAACCCC  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTGTGTAGGGGTGTTAGGAATAGATAATCCCTTCTAATACAACCCC  837

seq1  TGACTAGATTTTGGGGGACTTAATAGAAAAGGGCTGGGCATGGCAGCATA  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAGATTTTGGGGGACTTAATAGAAAAGGGCTGGGCATGGCAGCATA  887

seq1  CCCTGTAATACAAACTCTTGGGTGACCGAGGCAATAGGATCATGAGTTCA  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTAATACAAACTCTTGGGTGACCGAGGCAATAGGATCATGAGTTCA  937

seq1  AGGCCAGCCTAAGACATAAAAGCTGTCTTAGTTAGGGTTTCTATTGCTGT  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGCCTAAGACATAAAAGCTGTCTTAGTTAGGGTTTCTATTGCTGT  987

seq1  GAAGAGACACCATGACCACAGATACTCTTATAATTGGGGCTAACTTAACA  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGACACCATGACCACAGATACTCTTATAATTGGGGCTAACTTAACA  1037

seq1  GTTCAGAGGTTTAGTCTGTTACCGTCATGGCAGGAAGCATGGCGGCATGC  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGAGGTTTAGTCTGTTACCGTCATGGCAGGAAGCATGGCGGCATGC  1087

seq1  AGGCAGACATGGTGTAGGTGAGAATTC  957
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGACATGGTGTAGGTGAGAATTC  1114

seq1: chr19_6526811_6527923
seq2: B6Ng01-071G15.g_66_1169

seq1  GAATTCTCTAGCGAGTGGACCCAATGTATATTGAAGTGTTCTATTTCCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAGCGAGTGGACCCAATGTATATTGAAGTGTTCTATTTCCTT  50

seq1  AGGATTGGAAGAGCAGAGGGTGAGTGGGCTCTTGCTCTGAAAAGCATGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTGGAAGAGCAGAGGGTGAGTGGGCTCTTGCTCTGAAAAGCATGCA  100

seq1  CCTGTAATTTGCAACTACTGCAGTTGCCAGATGTGAGAGAGAAGGGCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAATTTGCAACTACTGCAGTTGCCAGATGTGAGAGAGAAGGGCTGA  150

seq1  AGGCTGCCTGGGTTCCTGGTCAGTCTGATGGCTTCAGGGGCCACAGTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGCCTGGGTTCCTGGTCAGTCTGATGGCTTCAGGGGCCACAGTCTC  200

seq1  CCATTTGTCTCCCAGTGATGCAGAGCTGATCACAGGTCCCCCAACATCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGTCTCCCAGTGATGCAGAGCTGATCACAGGTCCCCCAACATCAT  250

seq1  GAGTCCTTGAGTGTCCCTCCTACTCAAAAGCCTAGTGGGAGAGCCAGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCTTGAGTGTCCCTCCTACTCAAAAGCCTAGTGGGAGAGCCAGCAG  300

seq1  TGGGACCATCCTAGCCTGAAGCCTCTGAGCAGCCTCCCTTGCTCAGGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACCATCCTAGCCTGAAGCCTCTGAGCAGCCTCCCTTGCTCAGGCCT  350

seq1  TGCTGACTGCCTCCCAGTAGAGTTTTCTAGACCCTTCCTGGGCCAGTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGACTGCCTCCCAGTAGAGTTTTCTAGACCCTTCCTGGGCCAGTGTC  400

seq1  CCAGGGAAGCTCATACATTGATGACTCCAGTGCCCCACAGTCCAGGTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGAAGCTCATACATTGATGACTCCAGTGCCCCACAGTCCAGGTCAG  450

seq1  GGTCGTTCAGGTCATGTGAGATTCTCCGCGGTCTATCACTTTGGGAGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCGTTCAGGTCATGTGAGATTCTCCGCGGTCTATCACTTTGGGAGAGG  500

seq1  TTTATGTGTGGTTATCTGGCACACAGAGGGAGTAGTATCAGAGAAAGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTGTGGTTATCTGGCACACAGAGGGAGTAGTATCAGAGAAAGATG  550

seq1  CTGCTATGCAAAAAGCACATTGGTGGAATCATGGGAGATATGGCCACCGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTATGCAAAAAGCACATTGGTGGAATCATGGGAGATATGGCCACCGA  600

seq1  CCATAGATAGACACAAACTGGGAGAGCCTTCCAGGGGATGAGGACTGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGATAGACACAAACTGGGAGAGCCTTCCAGGGGATGAGGACTGAAG  650

seq1  GGATCTGGCTGAGATCTGAAAAGGGAGCCAGGGCAGGCTGTGATGGTGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTGGCTGAGATCTGAAAAGGGAGCCAGGGCAGGCTGTGATGGTGAT  700

seq1  CTACAACACCGGTGTGTCCCAAGGACTAGTGCGAATGGTGGGAGCTGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAACACCGGTGTGTCCCAAGGACTAGTGCGAATGGTGGGAGCTGCAG  750

seq1  GGTGGGGCAGGATCTGTGTGGTCCAGACCTGAGTCCACCATCTGCCCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGGCAGGATCTGTGTGGTCCAGACCTGAGTCCACCATCTGCCCTCA  800

seq1  CCCAGCTGGAGGCAACAGGCTGGTGAAGAGCCAAGATCTGTGCCCTGGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTGGAGGCAACAGGCTGGTGAAGAGCCAAGATCTGTGCCCTGGTC  850

seq1  ATTCTGATGAGCTGTACTAACGACACTGTGCCATGTCCCTAGTGATGGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGATGAGCTGTACTAACGACACTGTGCCATGTCCCTAGTGATGGCC  900

seq1  AGCTGGTTGGAGATCATAAGTCAGGTTATTGACCCTGGAGTTCCTGAGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGTTGGAGATCATAAGTCAGG-TATTGACCCTGGAGTTCCTGAGGG  949

seq1  CACTGGTAGCTCAGCCTAAGATGCAAAAGGTGGCAGGGCTTTTAGAGGGT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
seq2  CACTGGTAGCTCAGCCTAAGATGCAAAAGG-GGCA-GGCTTTTAGAGGGT  997

seq1  AGAAGGCAGACCTGAGGACATGGAGGAAAAGACTGTGAGGCATAGCT-CT  1049
      |||||  |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  AGAAGCAAGACCTGA-GACAT-GAGG-AAAGACTGTGAGGCATAGCTCCT  1044

seq1  CTTCAGTGCCTGTTGCCCAAGAAGGTGGGGCAAGGGTGTGTAAACTC-AG  1098
      |||||||||||||||||||   ||||||| | ||||||||||||||| ||
seq2  CTTCAGTGCCTGTTGCCCA--GAGGTGGGTC-AGGGTGTGTAAACTCAAG  1091

seq1  CCTGTAAAAGGTGCT  1113
      |||||  ||||||||
seq2  CCTGT--AAGGTGCT  1104