BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079A09
Chromosome19 (Build37)
Map Location 6,336,053 - 6,526,816
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMen1, Map4k2, Sf1, Pygm, Rasgrp2, Nrxn2
Upstream geneCatsper1, Cst6, Banf1, 2010003J03Rik, Sart1, Tsga10ip, EG622178, Drap1, AI837181, LOC383425, Fosl1, Ccdc85b, Fibp, Ctsw, Efemp2, Mus81, Cfl1, B930037P14Rik, 1700020D05Rik, Ovol1, Gm962, Rnaseh2c, Htatip, Rela, Sipa1, Pcnxl3, Map3k11, Kcnk7, Ehbp1l1, Mtvr2, Sssca1, Ltbp3, Scyl1, 2310043N10Rik, 1200004M23Rik, Slc25a45, Tigd3, Dpf2, Cdc42ep2, Pola2, Slc22a20, Capn1, EG666300, Syvn1, Mrpl49, Fau, Znhit2, Tm7sf2, 1110014N23Rik, LOC100039773, Zfpl1, Cdca5, Gm550, Naaladl1, Sac3d1, Snx15, Arl2, EG433216, Batf2, LOC622554, Gpha2, Ppp2r5b, 1810013C15Rik, Ehd1, Cdc42bpg
Downstream geneSlc22a12, LOC629372, Rps6ka4, Ccdc88, Prdx5, 0610038D11Rik, Esrra, 1700019N12Rik, Kcnk4, Gpr137, Bad, Plcb3, Ppp1r14b, Fkbp2, Vegfb, Dnajc4, Nudt22, Trpt1, BC032204, Stip1, D930010J01Rik, Flrt1, Otub1, Cox8a, Nat11, Rcor2, Mark2, AI846148, EG665419, 2700081O15Rik, Rtn3, LOC100039547
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079A09.bB6Ng01-079A09.g
ACCDH894561DH894562
length1,0291,141
definitionDH894561|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079A09, 5' end.DH894562|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079A09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,336,053 - 6,337,083)(6,525,670 - 6,526,816)
sequence
gaattctgaagaggggaatgtcagaatgacagggctgagactggaacctg
gtcatttggtgccagcttttactccccagtctttcaacagtcccagccct
gccattgaatagccagagggatctggcagcccaacatatggggaaagaag
gtggtagcagactggggaggtaggacaaatgggtgggtacatttgagaca
attaagattatacctttgaaaatattttgaaaggaagcacgggcttgact
aaggacaaagtgcttcagctctccgtgcaatgtactgagcaagcatctga
ggcctcttgtgagctttgaggaaaaaagtgcagagataaatcagaacatg
aagaagggaggggtgggggttcgtggggtcatgggcttgctctccttgac
acagtctgatagctgtacaatagacactgggttaagtcattatgttaaca
gaagtacttggtgtagaaaagggaggggcagtttctggctgggtggacct
gagatccagaagggttctggggttgggttattgggagggagctgctgcga
gcataaaagggtgaacatagtggatagggtgtgtgatgcctggatacagg
cttgagaggtgctagagggggcatggctcccttcttccaggacagagctc
tcatgactgccctttaccacaggcaccaaactggacagctcgggcgtggc
cttttgcagtggtaggggcctgccaggctctgggtctcagagatgtccat
ctggccctgtctgaagatcatgctttgggtggtgtttgggcccaacgggg
agcagacagctgagtgacgtggcacggcaaaggcaacgaggaccgcagag
gccagacagtcatgccggtgtggctgagcgggtattgtatcttccctcca
ttgtgcccttttccttctgtgagtctaagtgacctgagggattctgctcc
caggtcaggctcccctaccatggtccttctgtgtttatgtaccaatgtcg
ggggtccgaggcaggtagtgaatttattt
gaattccattccaccagccgttcccagacggctcttcatctcaactcttc
cctgtctagggtgtgcacacaaagcaagctgggccctttcaaccttcaag
gaaccttgatcagaaacatatccacgaagctctgtgcagtggttcatacc
tgtccaatccattcctcaggaggctgaggcaggggcatcaccatgaattc
atgagtttgacgtcagcttgggctacagtgtctgaccctgtctaaaacaa
aaagtctacctatgaaccctaacttctatccagtcagaacatgtctaccc
catagcagagtctgaaactgagtttctgggtgacccaagcaagctaagcc
tcctgatggcatagagcccgtgcaccagtgccgagggccctacccaagct
gggagggtaagaacgttagcatttcagtggattagggggaaaggcagctc
ttatacctgaaaacagccctgtaggtcatgacttaccaagccacatgcct
acagtattgataagaacagcccaactcgggcccaggatgcactgctaagc
aaacagaaccctggctagattccatccctactcacctgttggagcagaga
agtatgccactgtgggctgtagcctgaaggatgtatccctccgcacctgt
aacaccagcttggcaagggcggaggcgagagtggttgcatggtcagagac
agtgagctactcaataggagggacgtgcgcacatgtgtacgagcaggcac
actcagatgcagaccccctaggaaagtttgtgtttctatatccgtgagca
taaattcctaagcacagcggccttcatggatctgagatgcctgtgtgtat
gtcagtgagtgtgaacagatgtgtccatgtgaatgtgtctctcacacctg
ctgcccatgaatctgaggcatgtactacaaaggacatgctgtgtggatgt
gtccttcagatatgcaagtaaaaataccctggctctgagctagccatata
tatatttggttttcgagacagggtttccctgtttagccctggctgttctt
gactctcactttgtagaacagctgacctcaactcagaatccgcctgcctc
tgcctctcagggctgggattaaaggtggcgcccccccacca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_6336053_6337083
seq2: B6Ng01-079A09.b_31_1059

seq1  GAATTCTGAAGAGGGGAATGTCAGAATGACAGGGCTGAGACTGGAACCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAAGAGGGGAATGTCAGAATGACAGGGCTGAGACTGGAACCTG  50

seq1  GTCATTTGGTGCCAGCTTTTACTCCCCAGTCTTTCAACAGTCCCAGCCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTGGTGCCAGCTTTTACTCCCCAGTCTTTCAACAGTCCCAGCCCT  100

seq1  GCCATTGAATAGCCAGAGGGATCTGGCAGCCCAACATATGGGGAAAGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTGAATAGCCAGAGGGATCTGGCAGCCCAACATATGGGGAAAGAAG  150

seq1  GTGGTAGCAGACTGGGGAGGTAGGACAAATGGGTGGGTACATTTGAGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAGCAGACTGGGGAGGTAGGACAAATGGGTGGGTACATTTGAGACA  200

seq1  ATTAAGATTATACCTTTGAAAATATTTTGAAAGGAAGCACGGGCTTGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGATTATACCTTTGAAAATATTTTGAAAGGAAGCACGGGCTTGACT  250

seq1  AAGGACAAAGTGCTTCAGCTCTCCGTGCAATGTACTGAGCAAGCATCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACAAAGTGCTTCAGCTCTCCGTGCAATGTACTGAGCAAGCATCTGA  300

seq1  GGCCTCTTGTGAGCTTTGAGGAAAAAAGTGCAGAGATAAATCAGAACATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTTGTGAGCTTTGAGGAAAAAAGTGCAGAGATAAATCAGAACATG  350

seq1  AAGAAGGGAGGGGTGGGGGTTCGTGGGGTCATGGGCTTGCTCTCCTTGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGGAGGGGTGGGGGTTCGTGGGGTCATGGGCTTGCTCTCCTTGAC  400

seq1  ACAGTCTGATAGCTGTACAATAGACACTGGGTTAAGTCATTATGTTAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTGATAGCTGTACAATAGACACTGGGTTAAGTCATTATGTTAACA  450

seq1  GAAGTACTTGGTGTAGAAAAGGGAGGGGCAGTTTCTGGCTGGGTGGACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTACTTGGTGTAGAAAAGGGAGGGGCAGTTTCTGGCTGGGTGGACCT  500

seq1  GAGATCCAGAAGGGTTCTGGGGTTGGGTTATTGGGAGGGAGCTGCTGCGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCCAGAAGGGTTCTGGGGTTGGGTTATTGGGAGGGAGCTGCTGCGA  550

seq1  GCATAAAAGGGTGAACATAGTGGATAGGGTGTGTGATGCCTGGATACAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAAAGGGTGAACATAGTGGATAGGGTGTGTGATGCCTGGATACAGG  600

seq1  CTTGAGAGGTGCTAGAGGGGGCATGGCTCCCTTCTTCCAGGACAGAGCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGAGGTGCTAGAGGGGGCATGGCTCCCTTCTTCCAGGACAGAGCTC  650

seq1  TCATGACTGCCCTTTACCACAGGCACCAAACTGGACAGCTCGGGCGTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGACTGCCCTTTACCACAGGCACCAAACTGGACAGCTCGGGCGTGGC  700

seq1  C-TTTGCAGTGGTAGGGGCCTGCCAGGCTCTGGGTCTCAGAGATGTCCAT  749
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGCAGTGGTAGGGGCCTGCCAGGCTCTGGGTCTCAGAGATGTCCAT  750

seq1  CTGGCCCTGTCTGAAGATCATGC-TTGGGTGGTGTTTGGGCCCAACGGGG  798
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCCTGTCTGAAGATCATGCTTTGGGTGGTGTTTGGGCCCAACGGGG  800

seq1  AGCAGACAGCTGAGGTGACGTGGCACGGCAAAGGCAACGAGGACCGCAGA  848
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGACAGCTGA-GTGACGTGGCACGGCAAAGGCAACGAGGACCGCAGA  849

seq1  GGCCAGACAGTCAATGCCGGTGTGGCTGAGCGGGTATTGTATCTTCCCTC  898
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGACAGTC-ATGCCGGTGTGGCTGAGCGGGTATTGTATCTTCCCTC  898

seq1  CATTGTGCCCTTTTCCTTCTGTGAGTCTAAGTGACCTGAGGGATTCTGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGCCCTTTTCCTTCTGTGAGTCTAAGTGACCTGAGGGATTCTGCT  948

seq1  CCCCAGGCCAGGCTCCCCTACCACTGTCCCTCTGTGTTTATGTACCAA-G  997
       |||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| |
seq2  -CCCAGGTCAGGCTCCCCTACCATGGTCCTTCTGTGTTTATGTACCAATG  997

seq1  GCGGGGGGCGGAGGCAGGGCAGGTGAATTGATTT  1031
       |||||| | ||||||||    ||||||| ||||
seq2  TCGGGGGTCCGAGGCAGG--TAGTGAATTTATTT  1029

seq1: chr19_6525670_6526816
seq2: B6Ng01-079A09.g_70_1210 (reverse)

seq1  TGGTGGTGGCGC-ACACCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGG  49
      |||||| || ||  |||||||||||||||| | || ||||||||||||||
seq2  TGGTGGGGGGGCGCCACCTTTAATCCCAGC-CCTGAGAGGCAGAGGCAGG  49

seq1  CGGATTTCTGAGTTTGAGGTCAGCCTGGTCTACAAAGTGAG-TTCCAGGA  98
      |||| ||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||  || || |
seq2  CGGA-TTCTGAG-TTGAGGTCAG-CTGTTCTACAAAGTGAGAGTCAAGAA  96

seq1  CAGCCAGGGCTACACAGGGAAACCCTGTCTCGAAAAACCAAATATATATA  148
      |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGGGCTAAACAGGGAAACCCTGTCTCG-AAAACCAAATATATATA  145

seq1  TGGCTTAAGCTCAGAGCCAGGGTATTTTTACTTGCATATTCTGAAGGACA  198
      |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGGCT--AGCTCAGAGCCAGGGTATTTTTACTTGCATA-TCTGAAGGACA  192

seq1  CATCCACACAGCATGTCCTTTGTAGTACATGCCTCAGATTCATGGGCAGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCACACAGCATGTCCTTTGTAGTACATGCCTCAGATTCATGGGCAGC  242

seq1  AGGTGTGAGAGACACATTCACATGGACACATCTGTTCACACTCACTGACA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTGAGAGACACATTCACATGGACACATCTGTTCACACTCACTGACA  292

seq1  TACACACAGGCATCTCAGATCCATGAAGGCCGCTGTGCTTAGGAATTTAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACAGGCATCTCAGATCCATGAAGGCCGCTGTGCTTAGGAATTTAT  342

seq1  GCTCACGGATATAGAAACACAAACTTTCCTAGGGGGTCTGCATCTGAGTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACGGATATAGAAACACAAACTTTCCTAGGGGGTCTGCATCTGAGTG  392

seq1  TGCCTGCTCGTACACATGTGCGCACGTCCCTCCTATTGAGTAGCTCACTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCTCGTACACATGTGCGCACGTCCCTCCTATTGAGTAGCTCACTG  442

seq1  TCTCTGACCATGCAACCACTCTCGCCTCCGCCCTTGCCAAGCTGGTGTTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGACCATGCAACCACTCTCGCCTCCGCCCTTGCCAAGCTGGTGTTA  492

seq1  CAGGTGCGGAGGGATACATCCTTCAGGCTACAGCCCACAGTGGCATACTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGCGGAGGGATACATCCTTCAGGCTACAGCCCACAGTGGCATACTT  542

seq1  CTCTGCTCCAACAGGTGAGTAGGGATGGAATCTAGCCAGGGTTCTGTTTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTCCAACAGGTGAGTAGGGATGGAATCTAGCCAGGGTTCTGTTTG  592

seq1  CTTAGCAGTGCATCCTGGGCCCGAGTTGGGCTGTTCTTATCAATACTGTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCAGTGCATCCTGGGCCCGAGTTGGGCTGTTCTTATCAATACTGTA  642

seq1  GGCATGTGGCTTGGTAAGTCATGACCTACAGGGCTGTTTTCAGGTATAAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTGGCTTGGTAAGTCATGACCTACAGGGCTGTTTTCAGGTATAAG  692

seq1  AGCTGCCTTTCCCCCTAATCCACTGAAATGCTAACGTTCTTACCCTCCCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCCTTTCCCCCTAATCCACTGAAATGCTAACGTTCTTACCCTCCCA  742

seq1  GCTTGGGTAGGGCCCTCGGCACTGGTGCACGGGCTCTATGCCATCAGGAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGGTAGGGCCCTCGGCACTGGTGCACGGGCTCTATGCCATCAGGAG  792

seq1  GCTTAGCTTGCTTGGGTCACCCAGAAACTCAGTTTCAGACTCTGCTATGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGCTTGCTTGGGTCACCCAGAAACTCAGTTTCAGACTCTGCTATGG  842

seq1  GGTAGACATGTTCTGACTGGATAGAAGTTAGGGTTCATAGGTAGACTTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGACATGTTCTGACTGGATAGAAGTTAGGGTTCATAGGTAGACTTTT  892

seq1  TGTTTTAGACAGGGTCAGACACTGTAGCCCAAGCTGACGTCAAACTCATG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTAGACAGGGTCAGACACTGTAGCCCAAGCTGACGTCAAACTCATG  942

seq1  AATTCATGGTGATGCCCCTGCCTCAGCCTCCTGAGGAATGGATTGGACAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATGGTGATGCCCCTGCCTCAGCCTCCTGAGGAATGGATTGGACAG  992

seq1  GTATGAACCACTGCACAGAGCTTCGTGGATATGTTTCTGATCAAGGTTCC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAACCACTGCACAGAGCTTCGTGGATATGTTTCTGATCAAGGTTCC  1042

seq1  TTGAAGGTTGAAAGGGCCCAGCTTGCTTTGTGTGCACACCCTAGACAGGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGGTTGAAAGGGCCCAGCTTGCTTTGTGTGCACACCCTAGACAGGG  1092

seq1  AAGAGTTGAGATGAAGAGCCGTCTGGGAACGGCTGGTGGAATGGAATTC  1147
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTGAGATGAAGAGCCGTCTGGGAACGGCTGGTGGAATGGAATTC  1141