BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080E14
Chromosome19 (Build37)
Map Location 59,586,257 - 59,733,470
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700011F14Rik, Pnlip, Pnliprp1, Pnliprp2, 1700019N19Rik, Hspa12a, 6430537H07Rik, 4930506M07Rik, LOC668626, Vax1, LOC668627, Kcnk18, Slc18a2, Pdzd8, LOC100034727, LOC100043073, Emx2os, Emx2
Downstream geneRab11fip2, LOC100043087, LOC100043091, LOC100043093, D19Ertd737e, 4933412A08Rik, Prlhr, 2700078E11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080E14.bB6Ng01-080E14.g
ACCDH895466DH895467
length1,169940
definitionDH895466|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080E14, 5' end.DH895467|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080E14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,732,301 - 59,733,470)(59,586,257 - 59,587,191)
sequence
gaattcataactgtcacttgagggactataggaaatctcaatgaaacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacacttaactgctcata
aggaaagcctcttctatgtcagttcataaaggtatacacacaaagatgcc
aggatcaaagtcagtgatcagtagtttccaaagggatgtgctataattaa
tagcatggtctgggaacagctcagatggtaaaacatttgctcaaacctgc
agagtccatgtaaaaacgccaggcatagtagtgtgtatttgttatcttgg
tattaagaaggcacagacaggaagagctttggagatccctggctagtcag
cctagaccaacttgcaatctccagaccagtgagagactatctcacacaga
aaggtagatagcacctgagaaagagcacacaagagtggtctttggtcttc
acatgtatactacacacagagagacctgtacatacctacatgtgcacgca
tgcacacacacacacatcatccatacacacacacacacacacacacaccc
atgcacacacccatgcacacacctgcacatacacgcctgcacacacccct
acacacacacacacatccctacatacacactcacacagacctgcacacaa
acacaaagtcttgacaatactatctgacttacagtctgatttgtggtcgc
aattgtcctgatggggttatttttatggctacagacacctgaggtactta
aagatggttgctggtcctccgctgtagttccgctgagggctgcccccagg
gaactacagcatctgaaccacagtcctttgttccttcttgaacagcacac
accactactactcttggcttctaacatttctaacagcacacactactatc
tactctgggcttctaacatttatctgtcttagtgggtttgggagtgggat
caaaccctcaagaatgagagtcaggcgaccatcaggacacaaccagtcca
agtcaccttgggtcctcaagacctaagttctcttgagattagacattgag
ataactggtcaattgccagggcattaaacccttctggatgttccacctgt
tgcaagtccccttcacgttgattagagtgacctttgtcccgacaacctca
acacaaccctgcaccctaa
gaattctcctgggacatttaaatgagaaagaacagtggtctgcaagtatg
ttctgggacaggatgggatggagtgctcaggaatgcttagcattgattaa
aggctgctggcaggctctctggactgtgaacgtcacagaacacagaacct
ggtgccatctctatgtgagccttctctttacctctcttacctggggcccc
ttggaacttctaaccatcctccccagtactcccctgagtgggattaacca
gatttcaggtggagtcttagaggatagggagggctcagaaacctagtaag
catcctaactgaaaatccttagcaaggaggagtgcagccctcaacactgt
gtcatatgacaaaggattaagttgtctccctgtagacaactttctaggac
atggagtgtatgcattcaaactccaactttttgattttaaagatttcttt
aattttatttttaagtgatgtataggagtgtgcatttgtgtgttggtgtg
tgcatttgattacggggccctcaaaggcaaaaaaagagagtaataaataa
tccagactggattacatgtggctgtgagctgtgtgaagtgagtttttggg
gatcttaaattgggtcctctgtaagggcagcaagagatactcctcacaga
gccatctctccagtcactaagcttcaattcttttttttttttttaattta
aaaaaattttttattttattttttattagatgttttgtttatttacattt
caaatgtttatcccctttcctggtctcccctccgtaaaccccctatcccc
tttcttacttccctcttctcaccaacccatccactccagctttcctgtcc
ctggcattcccctaaacaggggcattagaaccttcacaggaccaaggtaa
gcctcatttcttaaatatatattttagtagactgtttaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_59732301_59733470
seq2: B6Ng01-080E14.b_49_1217 (reverse)

seq1  TTAGGGTGCAGGG-TGTGTTGATGTTGTCTGGGACAAAGATCACTCTAAT  49
      ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  TTAGGGTGCAGGGTTGTGTTGAGGTTGTC-GGGACAAAGGTCACTCTAAT  49

seq1  CAAC-TGAAGGGGGACTGGCAACAAGTGTGGACATTCAGAA-GGTGTTAT  97
      |||| |||| ||||||| |||||| ||| | |||| ||||| ||| | ||
seq2  CAACGTGAA-GGGGACTTGCAACAGGTG-GAACATCCAGAAGGGTTTAAT  97

seq1  GCCCTTGGGCATTTGACCAGTTTATCTCAATGTCTAATCTC-AGAG-ACT  145
      |||||  |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||
seq2  GCCCT--GGCAATTGACCAG-TTATCTCAATGTCTAATCTCAAGAGAACT  144

seq1  TAGGTCTTGAGGACCCAAGGTGACTTGGACTGGTTGTGTCCCTGATTGGT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  TAGGTCTTGAGGACCCAAGGTGACTTGGACTGGTTGTGT-CCTGA-TGGT  192

seq1  CGCCTGGACTCTCATTCTTGAGGGTTTGATCCCACTCCCAAACCCACTAA  245
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCT-GACTCTCATTCTTGAGGGTTTGATCCCACTCCCAAACCCACTAA  241

seq1  GACAGATAAATGTTAGAAG-CCAGAGTAGATAGTAGTGTGTGCTGTTAGA  294
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATAAATGTTAGAAGCCCAGAGTAGATAGTAGTGTGTGCTGTTAGA  291

seq1  AATGTTAGAAGCC-AGAGTAGTAGTGGTGTGTGCTGTTCAAGAAGGAAC-  342
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AATGTTAGAAGCCAAGAGTAGTAGTGGTGTGTGCTGTTCAAGAAGGAACA  341

seq1  AAGGACTGTGGTTCAGATGCTGTAGTTCCCTGGGGGCAGCCCTCAGCGGA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACTGTGGTTCAGATGCTGTAGTTCCCTGGGGGCAGCCCTCAGCGGA  391

seq1  ACTACAGCGGAGGACCAGCAACCATCTTTAAGTACCTCAGGTGTCTGTAG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAGCGGAGGACCAGCAACCATCTTTAAGTACCTCAGGTGTCTGTAG  441

seq1  CCATAAAAATAACCCCATCAGGACAATTGCGACCACAAATCAGACTGTAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAAAAATAACCCCATCAGGACAATTGCGACCACAAATCAGACTGTAA  491

seq1  GTCAGATAGTATTGTCAAGACTTTGTGTTTGTGTGCAGGTCTGTGTGAGT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGATAGTATTGTCAAGACTTTGTGTTTGTGTGCAGGTCTGTGTGAGT  541

seq1  GTGTATGTAGGGATGTGTGTGTGTGTGTAGGGGTGTGTGCAGGCGTGTAT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGTAGGGATGTGTGTGTGTGTGTAGGGGTGTGTGCAGGCGTGTAT  591

seq1  GTGCAGGTGTGTGCATGGGTGTGTGCATGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGGTGTGTGCATGGGTGTGTGCATGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  641

seq1  GTGTATGGATGATGTGTGTGTGTGTGCATGCGTGCACATGTAGGTATGTA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGGATGATGTGTGTGTGTGTGCATGCGTGCACATGTAGGTATGTA  691

seq1  CAGGTCTCTCTGTGTGTAGTATACATGTGAAGACCAAAGACCACTCTTGT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCTCTCTGTGTGTAGTATACATGTGAAGACCAAAGACCACTCTTGT  741

seq1  GTGCTCTTTCTCAGGTGCTATCTACCTTTCTGTGTGAGATAGTCTCTCAC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCTTTCTCAGGTGCTATCTACCTTTCTGTGTGAGATAGTCTCTCAC  791

seq1  TGGTCTGGAGATTGCAAGTTGGTCTAGGCTGACTAGCCAGGGATCTCCAA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTGGAGATTGCAAGTTGGTCTAGGCTGACTAGCCAGGGATCTCCAA  841

seq1  AGCTCTTCCTGTCTGTGCCTTCTTAATACCAAGATAACAAATACACACTA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTCCTGTCTGTGCCTTCTTAATACCAAGATAACAAATACACACTA  891

seq1  CTATGCCTGGCGTTTTTACATGGACTCTGCAGGTTTGAGCAAATGTTTTA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCCTGGCGTTTTTACATGGACTCTGCAGGTTTGAGCAAATGTTTTA  941

seq1  CCATCTGAGCTGTTCCCAGACCATGCTATTAATTATAGCACATCCCTTTG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGAGCTGTTCCCAGACCATGCTATTAATTATAGCACATCCCTTTG  991

seq1  GAAACTACTGATCACTGACTTTGATCCTGGCATCTTTGTGTGTATACCTT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTACTGATCACTGACTTTGATCCTGGCATCTTTGTGTGTATACCTT  1041

seq1  TATGAACTGACATAGAAGAGGCTTTCCTTATGAGCAGTTAAGTGTGTGTG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACTGACATAGAAGAGGCTTTCCTTATGAGCAGTTAAGTGTGTGTG  1091

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTCATTGAGATTTCCTA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTCATTGAGATTTCCTA  1141

seq1  TAGTCCCTCAAGTGACAGTTATGAATTC  1170
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCCTCAAGTGACAGTTATGAATTC  1169

seq1: chr19_59586257_59587191
seq2: B6Ng01-080E14.g_69_1008

seq1  GAATTCTCCTGGGACATTTAAATGAGAAAGAACAGTGGTCTGCAAGTATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTGGGACATTTAAATGAGAAAGAACAGTGGTCTGCAAGTATG  50

seq1  TTCTGGGACAGGATGGGATGGAGTGCTCAGGAATGCTTAGCATTGATTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGACAGGATGGGATGGAGTGCTCAGGAATGCTTAGCATTGATTAA  100

seq1  AGGCTGCTGGCAGGCTCTCTGGACTGTGAACGTCACAGAACACAGAACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGCTGGCAGGCTCTCTGGACTGTGAACGTCACAGAACACAGAACCT  150

seq1  GGTGCCATCTCTATGTGAGCCTTCTCTTTACCTCTCTTACCTGGGGCCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCATCTCTATGTGAGCCTTCTCTTTACCTCTCTTACCTGGGGCCCC  200

seq1  TTGGAACTTCTAACCATCCTCCCCAGTACTCCCCTGAGTGGGATTAACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAACTTCTAACCATCCTCCCCAGTACTCCCCTGAGTGGGATTAACCA  250

seq1  GATTTCAGGTGGAGTCTTAGAGGATAGGGAGGGCTCAGAAACCTAGTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCAGGTGGAGTCTTAGAGGATAGGGAGGGCTCAGAAACCTAGTAAG  300

seq1  CATCCTAACTGAAAATCCTTAGCAAGGAGGAGTGCAGCCCTCAACACTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTAACTGAAAATCCTTAGCAAGGAGGAGTGCAGCCCTCAACACTGT  350

seq1  GTCATATGACAAAGGATTAAGTTGTCTCCCTGTAGACAACTTTCTAGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATATGACAAAGGATTAAGTTGTCTCCCTGTAGACAACTTTCTAGGAC  400

seq1  ATGGAGTGTATGCATTCAAACTCCAACTTTTTGATTTTAAAGATTTCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGTGTATGCATTCAAACTCCAACTTTTTGATTTTAAAGATTTCTTT  450

seq1  AATTTTATTTTTAAGTGATGTATAGGAGTGTGCATTTGTGTGTTGGTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTATTTTTAAGTGATGTATAGGAGTGTGCATTTGTGTGTTGGTGTG  500

seq1  TGCATTTGATTACGGGGCCCTCAAAGGCAAAAAAAGAGAGTAATAAATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTGATTACGGGGCCCTCAAAGGCAAAAAAAGAGAGTAATAAATAA  550

seq1  TCCAGACTGGATTACATGTGGCTGTGAGCTGTGTGAAGTGAG-TTTTGGG  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCCAGACTGGATTACATGTGGCTGTGAGCTGTGTGAAGTGAGTTTTTGGG  600

seq1  GATCTTAAATTGGGTCCTCTGTAAGGGCAGCAAGAGATACTCCTCACAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTAAATTGGGTCCTCTGTAAGGGCAGCAAGAGATACTCCTCACAGA  650

seq1  GCCATCTCTCCAGACACTAAGCTTCAATTC--TTTTTTTTTTTTAATTTA  697
      ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| 
seq2  GCCATCTCTCCAGTCACTAAGCTTCAATTCTTTTTTTTTTTTTTAATTT-  699

seq1  AAAAAAATTTTTTATTTTATTTTTTATTAGATGTTTTGTTTATTTACATT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATTTTTTATTTTATTTTTTATTAGATGTTTTGTTTATTTACATT  749

seq1  TCAAATG-TTATCCCCTTTCCTGGTCTCCCCTCCGTAAACCCCCTATCCC  796
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGTTTATCCCCTTTCCTGGTCTCCCCTCCGTAAACCCCCTATCCC  799

seq1  C-TTCTCAC-TCCCTCTTCTCACCAACCCATCCACTCCAGC-TTCCTGTC  843
      | |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTTTCTTACTTCCCTCTTCTCACCAACCCATCCACTCCAGCTTTCCTGTC  849

seq1  CCTGGCATTCCCCTATACAGGGGCA-TAGAACCTTCACAGGACCAAGGTA  892
      ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCATTCCCCTAAACAGGGGCATTAGAACCTTCACAGGACCAAGGTA  899

seq1  AGCTTCAATTCTTAAAATATATATTTTAGTAGAACTGTTTAAA  935
      ||| ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGCCTCATTTCTT-AAATATATATTTTAGTAG-ACTGTTTAAA  940