BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-082K21
Chromosome19 (Build37)
Map Location 56,391,951 - 56,538,751
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHabp2, Nrap, Casp7, 9930023K05Rik
Upstream geneVti1a, LOC100043479, Tcf7l2, Ppnr, LOC100043484
Downstream geneDclre1a, Nhlrc2, Adrb1, EG629643, A630007B06Rik, 1700010L13Rik, Tdrd1, Vwa2, Afap1l2, Ablim1, EG668259, AI450540, Trub1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-082K21.bB6Ng01-082K21.g
ACCDH897164DH897165
length1,0971,142
definitionDH897164|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082K21, 5' end.DH897165|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082K21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,391,951 - 56,393,055)(56,537,593 - 56,538,751)
sequence
gaattctccctcaggttgaaaagggaaagaatggagcaaatgatttgccc
aattgtgatcagaacgactttgaaaacgcacatgcgtggagtgagaagga
tgcaggaaagttgtcactgtgttggaagataggacgtttctccccgtgct
ctataaaaacacccttttccctgaactgagagtcggtggcttcttactaa
tggtgagttccagtagggtgagtatcattccagttgtcatggcagtgacc
gttttctatcccacaggggaagggtcccgccagctcctggatgctaaagt
caagctaatcgctaaccctttgtgcaactcccgacaactctatgaccaca
ccatcgatgacagtatgatttgtgcggggaaccttcagaagcccggatca
gacacctgccaggtcagaaactccacatggtacttggaggtagaggctca
ctgaagatccagctgagcggagaggcttaatgatagctctgggatgggaa
ccggggtcatcaggccacctgcctcagcattaagacacaggtgggctaca
tcaagatgggtcagcgtaataactgtgatcacatgtggctgcacagcctt
gtttaactctcccagtgtcctatgatgtcactgtcatgccttacaagggc
ttgtagacattatcaatgtcaatagcaacagagcactaagtgacagacag
gactgagatcagatcaacccagatgtgtgcaacaccagagcctttgctac
tctgctccactctaataacagcaaaccctcagctgctaaggtctgtggag
attcaaatgtgctcccggagacggaggaagtggtgattccatcaactgta
gactaaagggatctcgggtccctatcccaaatccaagcccatacccattt
aactcaggctcggggcacatagctgcattgttcctggactcccaggatca
gctctggctaggctttctgctcgtcttacacactacccagctgtccctga
agatcagcgtagccacattctgatcttgtacatgatagagcctccctaca
aacagaacccgacgataaccaggcagctccagctcttgatttgttcc
gaattctgtgaagggaagtcaggttcttatgcttggacagcaaatgcttt
actgagtctttcactaatgtgtttacctgtgcctggtgtgaacactcccc
tgctgacctgtgcctggtgtgaacactcccctgctgacctgtgcctggta
tgaatgctcccctcctgacctgtgcctgatgtgagcactcccctgttgac
ctgtgcctggtgtgaacactcctctgctagcctgtgcctggtgtgactgc
tcccttcctgacttgtgcctggtgtgaacactcccctgctgatctgtgcc
gggtttgattgctcccctcctgacctgtgcctgatgtgagcactcccctg
ctgacctgtgcctggtgtgaacattcctctgctagcctgtgcctggtgtg
actgctcccttcctgacttgtccctggtgtgaacactcccctgctgacca
gtgccaggtgtgattgctcccctcctgacctgtgcctggtgggaacacgc
ccctgctgtcctgtgcctggtgtgaacactcctctcctagcctgtgcctg
gtgtgactgctcccctcctgacctgtgcctgatgtgagcactcccctgct
gacctgtgccaggtttgattgctctcctcctgacctgtgcctggtgtgag
cactcccctgctgacctgtgccaggtttgactgctcccttcctgacctgt
gcctggtgtgagcactcccctgctgacctgtgccaggtttgattgctccc
ctcctgacctgtgcctggtgtgcacactcccctgctgaccagtgccaggt
ttgattgctcccctcctgacctgtgcctggtgtgaacactcccctgctga
cctgtgcctggtgtgagcactcccctgctgacctgtgcctttagttagca
tcagcccattcattcctctccttgctggcttgtgagaaccatgccagagc
tatttgatgactcccgtgagttttcttggactctttcaatgtgagagtgc
cattgcctgagagtataggagggtgcttttcagcatccccttttgtctgg
tctgccatgtgagaactggcatccagtatacagcatttatgccaccatgt
atgggtcagaacccaactatgactgttctttgtttaaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_56391951_56393055
seq2: B6Ng01-082K21.b_49_1145

seq1  GAATTCTCCCTCAGGTTGAAAAGGGAAAGAATGGAGCAAATGATTTGCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCTCAGGTTGAAAAGGGAAAGAATGGAGCAAATGATTTGCCC  50

seq1  AATTGTGATCAGAACGACTTTGAAAACGCACATGCGTGGAGTGAGAAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTGATCAGAACGACTTTGAAAACGCACATGCGTGGAGTGAGAAGGA  100

seq1  TGCAGGAAAGTTGTCACTGTGTTGGAAGATAGGACGTTTCTCCCCGTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGAAAGTTGTCACTGTGTTGGAAGATAGGACGTTTCTCCCCGTGCT  150

seq1  CTATAAAAACACCCTTTTCCCTGAACTGAGAGTCGGTGGCTTCTTACTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAAAACACCCTTTTCCCTGAACTGAGAGTCGGTGGCTTCTTACTAA  200

seq1  TGGTGAGTTCCAGTAGGGTGAGTATCATTCCAGTTGTCATGGCAGTGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAGTTCCAGTAGGGTGAGTATCATTCCAGTTGTCATGGCAGTGACC  250

seq1  GTTTTCTATCCCACAGGGGAAGGGTCCCGCCAGCTCCTGGATGCTAAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTATCCCACAGGGGAAGGGTCCCGCCAGCTCCTGGATGCTAAAGT  300

seq1  CAAGCTAATCGCTAACCCTTTGTGCAACTCCCGACAACTCTATGACCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTAATCGCTAACCCTTTGTGCAACTCCCGACAACTCTATGACCACA  350

seq1  CCATCGATGACAGTATGATTTGTGCGGGGAACCTTCAGAAGCCCGGATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCGATGACAGTATGATTTGTGCGGGGAACCTTCAGAAGCCCGGATCA  400

seq1  GACACCTGCCAGGTCAGAAACTCCACATGGTACTTGGAGGTAGAGGCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCTGCCAGGTCAGAAACTCCACATGGTACTTGGAGGTAGAGGCTCA  450

seq1  CTGAAGATCCAGCTGAGCGGAGAGGCTTAATGATAGCTCTGGGATGGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGATCCAGCTGAGCGGAGAGGCTTAATGATAGCTCTGGGATGGGAA  500

seq1  CCGGGGTCATCAGGCCACCTGCCTCAGCATTAAGACACAGGTGGGCTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGGGTCATCAGGCCACCTGCCTCAGCATTAAGACACAGGTGGGCTACA  550

seq1  TCAAGATGGGTCAGCGTAATAACTGTGATCACATGTGGCTGCACAGCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATGGGTCAGCGTAATAACTGTGATCACATGTGGCTGCACAGCCTT  600

seq1  GTTTAACTCTCCCAGTGTCCTATGATGTCACTGTCATGCCTTACAAGGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAACTCTCCCAGTGTCCTATGATGTCACTGTCATGCCTTACAAGGGC  650

seq1  TTGTAGACATTATCAATGTCAATAGCAACAGAGCACTAAGTGACAGACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGACATTATCAATGTCAATAGCAACAGAGCACTAAGTGACAGACAG  700

seq1  GACTGAGATCAGATCAACCCAGATGTGTGCAACACCAGAGCCTTTGCTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGATCAGATCAACCCAGATGTGTGCAACACCAGAGCCTTTGCTAC  750

seq1  TCTGCTCCACTCTAATAACAGCAAACCCTCAGCTGCTAAGGTCTGTGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCCACTCTAATAACAGCAAACCCTCAGCTGCTAAGGTCTGTGGAG  800

seq1  ATTCAAATGTGCTCCCGGAGACGGAGGAAGTGGTGATTCCATCAACTGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAATGTGCTCCCGGAGACGGAGGAAGTGGTGATTCCATCAACTGTA  850

seq1  GACTAAGGGGATCTCGGGTCCCTATCCCAAATCCAAGCCCATACCCATTT  900
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAAAGGGATCTCGGGTCCCTATCCCAAATCCAAGCCCATACCCATTT  900

seq1  AACTCAGGGCTCGGGGCACATAGGCTGCATTGTTCCTGGACTCCCAGGAT  950
      |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCA-GGCTCGGGGCACATA-GCTGCATTGTTCCTGGACTCCCAGGAT  948

seq1  CAGCTCTGGCTAGGCTTTCTGCTCGTCCTTACACACTACCCAGCTGTCCC  1000
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTGGCTAGGCTTTCTGCTCGT-CTTACACACTACCCAGCTGTCCC  997

seq1  TGAAGATCCAGCGTAGCCACATTCTGATCTTGTACCATGATAGAGCCTCC  1050
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGAAGAT-CAGCGTAGCCACATTCTGATCTTGTA-CATGATAGAGCCTCC  1045

seq1  CTACAAACAG-ACCCGACGATAACCAGCCAGCTCACAGCCTCTTTGGGTT  1099
      |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||||  | ||
seq2  CTACAAACAGAACCCGACGATAACCAGGCAGCTC-CAG-CTCTT--GATT  1091

seq1  TGTTCC  1105
      ||||||
seq2  TGTTCC  1097

seq1: chr19_56537593_56538751
seq2: B6Ng01-082K21.g_68_1209 (reverse)

seq1  TTTTTTTTAACAAAGAACAGTCTTATGTGGGTTCTCTGCACCATTACATG  50
      ||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||    |||  ||||||
seq2  TTTTTTTAAACAAAGAACAGTCATAGTTGGGTTCT---GACCCATACATG  47

seq1  CTGGGCTAAATGCTGTATACATGGATGCCCAAGTCTCACATGTGCAGAGA  100
       |||  |||||||||||||| |||||| |||  ||||||||| ||  |||
seq2  GTGGCATAAATGCTGTATAC-TGGATG-CCAGTTCTCACATG-GC--AGA  92

seq1  CCAGACAAAAGGGGATGCTGAAAAGCACCCCTTCCTAATTACTTCTCTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||| |||| ||
seq2  CCAGACAAAAGGGGATGCTGAAAAGCACCC--TCCTA--TAC-TCTC-AG  136

seq1  GCAATGGCACTCTCACATTGAAAAGAAGTCCAGGAAAACTCACGGGAGTC  200
      |||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||
seq2  GCAATGGCACTCTCACATTGAAA--GAGTCCAAGAAAACTCACGGGAGTC  184

seq1  ATCAAATAGCTCTGGCATGGTTCTCACAAGCCAGCCAAGGAGAGGAATGA  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATCAAATAGCTCTGGCATGGTTCTCACAAGCCAG-CAAGGAGAGGAATGA  233

seq1  ATGGGCTGATGCTAACTAAAGGCACAGGTCAGCAGGGGAGTGCTCACACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCTGATGCTAACTAAAGGCACAGGTCAGCAGGGGAGTGCTCACACC  283

seq1  AGGCACAGGTCAGCAGGGGAGTGTTCACACCAGGCACAGGTCAGGAGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACAGGTCAGCAGGGGAGTGTTCACACCAGGCACAGGTCAGGAGGGG  333

seq1  AGCAATCAAACCTGGCACTGGTCAGCAGGGGAGTGTGCACACCAGGCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATCAAACCTGGCACTGGTCAGCAGGGGAGTGTGCACACCAGGCACA  383

seq1  GGTCAGGAGGGGAGCAATCAAACCTGGCACAGGTCAGCAGGGGAGTGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGGAGGGGAGCAATCAAACCTGGCACAGGTCAGCAGGGGAGTGCTC  433

seq1  ACACCAGGCACAGGTCAGGAAGGGAGCAGTCAAACCTGGCACAGGTCAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGGCACAGGTCAGGAAGGGAGCAGTCAAACCTGGCACAGGTCAGC  483

seq1  AGGGGAGTGCTCACACCAGGCACAGGTCAGGAGGAGAGCAATCAAACCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAGTGCTCACACCAGGCACAGGTCAGGAGGAGAGCAATCAAACCTG  533

seq1  GCACAGGTCAGCAGGGGAGTGCTCACATCAGGCACAGGTCAGGAGGGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGTCAGCAGGGGAGTGCTCACATCAGGCACAGGTCAGGAGGGGAG  583

seq1  CAGTCACACCAGGCACAGGCTAGGAGAGGAGTGTTCACACCAGGCACAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCACACCAGGCACAGGCTAGGAGAGGAGTGTTCACACCAGGCACAGG  633

seq1  ACAGCAGGGGCGTGTTCCCACCAGGCACAGGTCAGGAGGGGAGCAATCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGGGGCGTGTTCCCACCAGGCACAGGTCAGGAGGGGAGCAATCAC  683

seq1  ACCTGGCACTGGTCAGCAGGGGAGTGTTCACACCAGGGACAAGTCAGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGCACTGGTCAGCAGGGGAGTGTTCACACCAGGGACAAGTCAGGAA  733

seq1  GGGAGCAGTCACACCAGGCACAGGCTAGCAGAGGAATGTTCACACCAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCAGTCACACCAGGCACAGGCTAGCAGAGGAATGTTCACACCAGGC  783

seq1  ACAGGTCAGCAGGGGAGTGCTCACATCAGGCACAGGTCAGGAGGGGAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTCAGCAGGGGAGTGCTCACATCAGGCACAGGTCAGGAGGGGAGCA  833

seq1  ATCAAACCCGGCACAGATCAGCAGGGGAGTGTTCACACCAGGCACAAGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACCCGGCACAGATCAGCAGGGGAGTGTTCACACCAGGCACAAGTC  883

seq1  AGGAAGGGAGCAGTCACACCAGGCACAGGCTAGCAGAGGAGTGTTCACAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGGAGCAGTCACACCAGGCACAGGCTAGCAGAGGAGTGTTCACAC  933

seq1  CAGGCACAGGTCAACAGGGGAGTGCTCACATCAGGCACAGGTCAGGAGGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCACAGGTCAACAGGGGAGTGCTCACATCAGGCACAGGTCAGGAGGG  983

seq1  GAGCATTCATACCAGGCACAGGTCAGCAGGGGAGTGTTCACACCAGGCAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATTCATACCAGGCACAGGTCAGCAGGGGAGTGTTCACACCAGGCAC  1033

seq1  AGGTCAGCAGGGGAGTGTTCACACCAGGCACAGGTAAACACATTAGTGAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAGCAGGGGAGTGTTCACACCAGGCACAGGTAAACACATTAGTGAA  1083

seq1  AGACTCAGTAAAGCATTTGCTGTCCAAGCATAAGAACCTGACTTCCCTTC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAGTAAAGCATTTGCTGTCCAAGCATAAGAACCTGACTTCCCTTC  1133

seq1  ACAGAATTC  1159
      |||||||||
seq2  ACAGAATTC  1142