BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085F07
Chromosome19 (Build37)
Map Location 42,235,999 - 42,388,509
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042633, Zfyve27, Sfrp5, 4933417O08Rik, Crtac1
Upstream geneTll2, Tm9sf3, Pik3ap1, LOC100043167, EG627352, Lcor, AI606181, Slit1, Arhgap19, Frat1, Frat2, Rrp12, LOC100042609, Pgam1, Exosc1, Zdhhc16, Mms19l, Ubtd1, Ankrd2, 0610010D20Rik, 4933411K16Rik, BC023055, Pi4k2a, Avpi1, Marveld1, EG628994
Downstream geneD19Ertd386e, Loxl4, 4833409A17Rik, Hps1, LOC545291, EG627624
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085F07.bB6Ng01-085F07.g
ACCDH899034DH899035
length1,149515
definitionDH899034|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085F07, 5' end.DH899035|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085F07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,387,338 - 42,388,509)(42,235,999 - 42,236,513)
sequence
gaattctgcaggaaacaaatgtagagagggaggccctgttaacaccttac
ccgttgccccttctccatctacctcatctctttacctcatgcattttcca
gcatcttagatcaactcctttataatatcttggatgctcttggcagccta
tggaccttggtgtccacgaaaaccgtgttttctacaagattctcacagga
gagtgtcacagggctgtacccctttgatgaggaacagtaggatgtggggc
aggaactgtaaacattttccaactgtttcaaagtaaaattgaaaagttga
aaagtaaaatctcaagggccttctcaccaccctaccccatcccctgcatt
ttgcagtgcagaggaatgatacccggaggacaccttcccaagttcctgaa
gccagagagaggcaatggccctgtacaaaacccagatgcccttcctagga
acctggatcccagtctgctgcttcatgcctgggtcaacaacccatagctg
gagcagttgagtgcatgctccacccatagcctctcccttccctctccatc
ccatccctgagagccaggaggtggaccccttgtaccagaatcatacttga
gaccactgtcaaagcatcggggctcagaggtctagagatgtggggactga
gaatagccaagggttccccataggaattgggtccaatgaacaaacaggaa
agcctgataggtggccagaggaagtggggaccaaagggggtcactacccc
cctggagctcccagcctctcagacagacttgtcagagtggacacatgtcc
ttgggaaggatggggagagagataaacattcaaagcccaacagcataaca
aaggggcctttgaagcttgaagtgctgggcaaaataaagtgatattattc
actcagcagtggtaaatagtcccagctaatgactgtgtggcacctgacat
tttccaaggtaccttccaaattcatcccacttatatttatgacacccctg
ggatgagctattatataccagtttacttcatagatgagaaaaacagaagc
ctagaaagtagtgaatgtccaaggtccacagctcaccctgatgaggtgac
ccgagtctttcacagcaagccacagctcagctgggagccggtgtcctga
gaattcactctgtagaccaagctggcctcaagctcagaggcactcatctg
cctaggtgtcacccctcccattattcctgagtgctgggattaaaatgcat
tattaccatgcttgactagttccccacctccccatgttttcaaacagggt
ttgtgtagccttggccattctggaactcattttgtagaccaggctggcct
tgaactcacagagatctgtgtgcctctgcctcccaagtgctgggattaaa
ggcatgtgtgaccattgcttggctgctagtttggtttttaaaaaagacgt
ttattttggggttcagtggataaaaggactacttgctcttgcattagtac
acggttccattcctagtgcccacatggtagctcacaaccatctgcaactc
tagttccagggcaactaatacacctggtatagatatagatatagatatag
atatagatatagatatagatatagatatagatatagatatagatatagat
atagatatagatata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_42387338_42388509
seq2: B6Ng01-085F07.b_48_1196 (reverse)

seq1  TCAGAGACACACGGCTCCCCAGCTGAGCCTGCTGGGCTGTGCTGGTGAAA  50
      |||| ||||| ||||| |||||||||| |||   |||| |||| ||||||
seq2  TCAG-GACAC-CGGCT-CCCAGCTGAG-CTG--TGGCT-TGCT-GTGAAA  42

seq1  GGACTCGGGGTCACCTCATCCAGGGTTGAGCTGTGTGACCTTGGACATAT  100
       ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| |
seq2  -GACTC-GGGTCACCTCAT-CAGGG-TGAGCTGTG-GACCTTGGACAT-T  86

seq1  CACTTAACCTTTCTAGGCTTCTG-TTTTCTCATCTATGAAGTAAACTGGT  149
      ||||    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACT---ACTTTCTAGGCTTCTGTTTTTCTCATCTATGAAGTAAACTGGT  133

seq1  AATAATAATAGCTCCTTCCCAGGGGTGTCATAAATATTAAGTGGGATGAA  199
      |   ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  A--TATAATAGCT-CATCCCAGGGGTGTCATAAATA-TAAGTGGGATGAA  179

seq1  TTTTGGAAGGTACCTTGGAAAATGTCAGGTGCCACACAGTCATTAGCTGG  249
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTGGAAGGTACCTTGGAAAATGTCAGGTGCCACACAGTCATTAGCTGG  228

seq1  GACTATTTACCACCTGCTGAGTGAATAATATCACTTTATTTTTGCCCAGC  299
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GACTATTTACCA-CTGCTGAGTGAATAATATCACTTTA-TTTTGCCCAGC  276

seq1  ACTTCAAGCTTCAAAGGCCCCTTTGTTATGCTGTTGGGCTTTGAATGTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAAGCTTCAAAGGCCCCTTTGTTATGCTGTTGGGCTTTGAATGTTT  326

seq1  ATCTCTCTCCCCATCCTTCCCAAGGACATGTGTCCACTCTGACAAGTCTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCTCCCCATCCTTCCCAAGGACATGTGTCCACTCTGACAAGTCTG  376

seq1  TCTGAGAGGCTGGGAGCTCCAGGGGGGTAGTGACCCCCTTTGGTCCCCAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGAGGCTGGGAGCTCCAGGGGGGTAGTGACCCCCTTTGGTCCCCAC  426

seq1  TTCCTCTGGCCACCTATCAGGCTTTCCTGTTTGTTCATTGGACCCAATTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTGGCCACCTATCAGGCTTTCCTGTTTGTTCATTGGACCCAATTC  476

seq1  CTATGGGGAACCCTTGGCTATTCTCAGTCCCCACATCTCTAGACCTCTGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGGGAACCCTTGGCTATTCTCAGTCCCCACATCTCTAGACCTCTGA  526

seq1  GCCCCGATGCTTTGACAGTGGTCTCAAGTATGATTCTGGTACAAGGGGTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCGATGCTTTGACAGTGGTCTCAAGTATGATTCTGGTACAAGGGGTC  576

seq1  CACCTCCTGGCTCTCAGGGATGGGATGGAGAGGGAAGGGAGAGGCTATGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCTGGCTCTCAGGGATGGGATGGAGAGGGAAGGGAGAGGCTATGG  626

seq1  GTGGAGCATGCACTCAACTGCTCCAGCTATGGGTTGTTGACCCAGGCATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGCATGCACTCAACTGCTCCAGCTATGGGTTGTTGACCCAGGCATG  676

seq1  AAGCAGCAGACTGGGATCCAGGTTCCTAGGAAGGGCATCTGGGTTTTGTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGCAGACTGGGATCCAGGTTCCTAGGAAGGGCATCTGGGTTTTGTA  726

seq1  CAGGGCCATTGCCTCTCTCTGGCTTCAGGAACTTGGGAAGGTGTCCTCCG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCCATTGCCTCTCTCTGGCTTCAGGAACTTGGGAAGGTGTCCTCCG  776

seq1  GGTATCATTCCTCTGCACTGCAAAATGCAGGGGATGGGGTAGGGTGGTGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCATTCCTCTGCACTGCAAAATGCAGGGGATGGGGTAGGGTGGTGA  826

seq1  GAAGGCCCTTGAGATTTTACTTTTCAACTTTTCAATTTTACTTTGAAACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCCCTTGAGATTTTACTTTTCAACTTTTCAATTTTACTTTGAAACA  876

seq1  GTTGGAAAATGTTTACAGTTCCTGCCCCACATCCTACTGTTCCTCATCAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAAAATGTTTACAGTTCCTGCCCCACATCCTACTGTTCCTCATCAA  926

seq1  AGGGGTACAGCCCTGTGACACTCTCCTGTGAGAATCTTGTAGAAAACACG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTACAGCCCTGTGACACTCTCCTGTGAGAATCTTGTAGAAAACACG  976

seq1  GTTTTCGTGGACACCAAGGTCCATAGGCTGCCAAGAGCATCCAAGATATT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCGTGGACACCAAGGTCCATAGGCTGCCAAGAGCATCCAAGATATT  1026

seq1  ATAAAGGAGTTGATCTAAGATGCTGGAAAATGCATGAGGTAAAGAGATGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGGAGTTGATCTAAGATGCTGGAAAATGCATGAGGTAAAGAGATGA  1076

seq1  GGTAGATGGAGAAGGGGCAACGGGTAAGGTGTTAACAGGGCCTCCCTCTC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGATGGAGAAGGGGCAACGGGTAAGGTGTTAACAGGGCCTCCCTCTC  1126

seq1  TACATTTGTTTCCTGCAGAATTC  1172
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTGTTTCCTGCAGAATTC  1149

seq1: chr19_42235999_42236513
seq2: B6Ng01-085F07.g_67_581

seq1  GAATTCACTCTGTAGACCAAGCTGGCCTCAAGCTCAGAGGCACTCATCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTAGACCAAGCTGGCCTCAAGCTCAGAGGCACTCATCTG  50

seq1  CCTAGGTGTCACCCCTCCCATTATTCCTGAGTGCTGGGATTAAAATGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGTGTCACCCCTCCCATTATTCCTGAGTGCTGGGATTAAAATGCAT  100

seq1  TATTACCATGCTTGACTAGTTCCCCACCTCCCCATGTTTTCAAACAGGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACCATGCTTGACTAGTTCCCCACCTCCCCATGTTTTCAAACAGGGT  150

seq1  TTGTGTAGCCTTGGCCATTCTGGAACTCATTTTGTAGACCAGGCTGGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAGCCTTGGCCATTCTGGAACTCATTTTGTAGACCAGGCTGGCCT  200

seq1  TGAACTCACAGAGATCTGTGTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCACAGAGATCTGTGTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAA  250

seq1  GGCATGTGTGACCATTGCTTGGCTGCTAGTTTGGTTTTTAAAAAAGACGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTGTGACCATTGCTTGGCTGCTAGTTTGGTTTTTAAAAAAGACGT  300

seq1  TTATTTTGGGGTTCAGTGGATAAAAGGACTACTTGCTCTTGCATTAGTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTGGGGTTCAGTGGATAAAAGGACTACTTGCTCTTGCATTAGTAC  350

seq1  ACGGTTCCATTCCTAGTGCCCACATGGTAGCTCACAACCATCTGCAACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTTCCATTCCTAGTGCCCACATGGTAGCTCACAACCATCTGCAACTC  400

seq1  TAGTTCCAGGGCAACTAATACACCTGGTATAGATATAGATATAGATATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCCAGGGCAACTAATACACCTGGTATAGATATAGATATAGATATAG  450

seq1  ATATAGATATAGATATAGATATAGATATAGATATAGATATAGATATAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGATATAGATATAGATATAGATATAGATATAGATATAGATATAGAT  500

seq1  ATAGATATAGATATA  515
      |||||||||||||||
seq2  ATAGATATAGATATA  515