BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-089H03
Chromosome19 (Build37)
Map Location 48,420,694 - 48,557,440
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSorcs3
Upstream geneSh3pxd2a, Obfc1, Slk, Col17a1, 6330577E15Rik, D19Ertd652e, LOC677174, Gsto1, Gsto2, BC063749, Gm969, LOC670576
Downstream geneLOC100042896
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-089H03.bB6Ng01-089H03.g
ACCDH902020DH902021
length1,1011,098
definitionDH902020|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089H03, 5' end.DH902021|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089H03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,420,694 - 48,421,801)(48,556,331 - 48,557,440)
sequence
gaattccagtccatgtcaggctctgacacagccatcagggatgagaccag
gctcccccacaccccctgagcagtctcctactttcctctagggaatgatt
gttcacatctcaaagacctggggtccttagagttcatctgggagattcca
ggcagtgactctcaaggggggccgggggttgcttttgtcccttaagggtg
tttggcaaagtctttgcattttcagttgctgtggaggctgttcctgccat
ctgatgagggtggagtctgacaggacagccacccagagcagaaggctgcc
tgctcccagatgtcaatagtggcaacgttgagaaattgctccagagatag
acaatggcagggtctcttagatagaaccaaggccctgtaaactggaacac
tcaagacaggggttttgtgacaaaatcttttctggattttgttgaaggag
atatacctacagggtgtatcctctatgccactgtaataaatcctggactc
tctttcaagttcagaggcagaatggtttccaggttcctaccacatggcag
ggatgccaggccccttccttgtaacatctatgaccagggatggagggggg
ctcacctcgtgcttgtgtttcctcctcaggaccaatcagtgcagcactgc
tccaagagaagccttctttcccagcacacatattgagctctgactatttc
tttgatcttgtcccaagcttcttttctttggcttggactaacaaggcttg
gcccgctcatttgggagctgatgttgactatgttgaaaaaataaaatgtg
ctttctgttgagtgaaggcctctttctgggatgcagattcctgggtctct
atgatgtatccgtgtcagaaagctgagtgatgcatgttagtcattagaac
tcacccttgcagcatcccctgctttcttccacttcagggggaccctgggg
tctgtcaagttctctaggtcagtgacaggctgcctctggggcgtcgttct
cactgagatgctgatgataaatgagtgaatctgatgagcatgtataccct
gctcctcctgagagcatggctggtcagtgtgcatgtgttgagctgcattt
a
gaattcctgtaaactgaccaactgggattcttgttcaagtggggctcttg
agaacatgctcaaggtcaaggctttattaaaatacacctcaaaggatctg
cacacaaatggatgaagagaggatatttcccaagcatcactctattatta
acatgagacatttaacacagattattttatacttgcttttgaaccttaaa
ttttattatcacaacaacctagtgctatattattttccagacagtgactt
ttcccatcctatctacaacaaacatcttgtaggagctaaatcctcaaggc
tccctgcatgcctgatgtcacaacaaactcccttccagaatccaaatagc
ccccatcaaaggcagcatgctcagtgccatgcacggtctctttttctgca
cgctgcaaagagatgcacactgactttgctcttctccagagctgtctgct
gagaggagggacttcccagcaaaggatgctctctacagctcagctttctg
caggcctctggcagtttctgctcattcgagttgacagaagcaagtacaac
tcattgaaggttcgtcaaggagccagcaagcatgtagaatcaaagctacc
cttgactctgtcctttccagcatagctatagcatatcgccttgaccacag
tgttctgtaggcccacttggcctggggagagtgcagatggcagagaggac
ttggcctcattgccaggacagctgtgcctgcagaacttgctctgacaaga
aagcaagccatcctgtgttttggggctctgacatctgccagtgggagcag
tagcgttactttggaagaaacagtctcatctcaccacactgaagtcagac
cctcaaactaaactcctgcttcataaaaacgaagttccaatcactgaaac
catgacatgacacatacatggaatgttggtctctccctggtactgtgcca
gtatgcggaagagtagctaactggaaggtgccttgtgagttgtacatagc
attatggctttgcttctgtgctagttcagatgaatacagcttatttatac
tttggttgtatgtagtttattaacatttctcccatatgtttgatgttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_48420694_48421801
seq2: B6Ng01-089H03.b_49_1149

seq1  GAATTCCAGTCCATGTCAGGCTCTGACACAGCCATCAGGGATGAGACCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTCCATGTCAGGCTCTGACACAGCCATCAGGGATGAGACCAG  50

seq1  GCTCCCCCACACCCCCTGAGCAGTCTCCTACTTTCCTCTAGGGAATGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCCCACACCCCCTGAGCAGTCTCCTACTTTCCTCTAGGGAATGATT  100

seq1  GTTCACATCTCAAAGACCTGGGGTCCTTAGAGTTCATCTGGGAGATTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACATCTCAAAGACCTGGGGTCCTTAGAGTTCATCTGGGAGATTCCA  150

seq1  GGCAGTGACTCTCAAGGGGGGCCGGGGGTTGCTTTTGTCCCTTAAGGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTGACTCTCAAGGGGGGCCGGGGGTTGCTTTTGTCCCTTAAGGGTG  200

seq1  TTTGGCAAAGTCTTTGCATTTTCAGTTGCTGTGGAGGCTGTTCCTGCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCAAAGTCTTTGCATTTTCAGTTGCTGTGGAGGCTGTTCCTGCCAT  250

seq1  CTGATGAGGGTGGAGTCTGACAGGACAGCCACCCAGAGCAGAAGGCTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGAGGGTGGAGTCTGACAGGACAGCCACCCAGAGCAGAAGGCTGCC  300

seq1  TGCTCCCAGATGTCAATAGTGGCAACGTTGAGAAATTGCTCCAGAGATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCCAGATGTCAATAGTGGCAACGTTGAGAAATTGCTCCAGAGATAG  350

seq1  ACAATGGCAGGGTCTCTTAGATAGAACCAAGGCCCTGTAAACTGGAACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGGCAGGGTCTCTTAGATAGAACCAAGGCCCTGTAAACTGGAACAC  400

seq1  TCAAGACAGGGGTTTTGTGACAAAATCTTTTCTGGATTTTGTTGAAGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGACAGGGGTTTTGTGACAAAATCTTTTCTGGATTTTGTTGAAGGAG  450

seq1  ATATACCTACAGGGTGTATCCTCTATGCCACTGTAATAAATCCTGGACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACCTACAGGGTGTATCCTCTATGCCACTGTAATAAATCCTGGACTC  500

seq1  TCTTTCAAGTTCAGAGGCAGAATGGTTTCCAGGTTCCTACCACATGGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAAGTTCAGAGGCAGAATGGTTTCCAGGTTCCTACCACATGGCAG  550

seq1  GGATGCCAGGCCCCTTCCTTGTAACATCTATGACCAGGGATGGAGGGGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCCAGGCCCCTTCCTTGTAACATCTATGACCAGGGATGGAGGGGGG  600

seq1  CTCACCTCGTGCTTGTGTTTCCTCCTCAGGACCAATCAGTGCAGCACTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCTCGTGCTTGTGTTTCCTCCTCAGGACCAATCAGTGCAGCACTGC  650

seq1  TCCAAGAGAAGCCTTCTTTCCCAGCACACATATTGAGCTCTGACTATTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGAGAAGCCTTCTTTCCCAGCACACATATTGAGCTCTGACTATTTC  700

seq1  TTTGATCTTGTCCCAAGCTTCTTTTCTTTGGCTTGGACTAACAAGGCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATCTTGTCCCAAGCTTCTTTTCTTTGGCTTGGACTAACAAGGCTTG  750

seq1  G-CCGCTCATTTTGGAGCTGATGTTGACTATGTTGAAAAAATAAAATGTG  799
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGCTCATTTGGGAGCTGATGTTGACTATGTTGAAAAAATAAAATGTG  800

seq1  CTTTCTGTTGAGTGAAGGCCTCTTTCTGGGATGCAGATTCCTGGGTCTCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGTTGAGTGAAGGCCTCTTTCTGGGATGCAGATTCCTGGGTCTCT  850

seq1  ATGATGTATCCGTGTCAGAAAGCTGAGTGATGCATGTTAGTCATTAGAAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTATCCGTGTCAGAAAGCTGAGTGATGCATGTTAGTCATTAGAAC  900

seq1  TCACCCTTGCAGCATCCCCTGC-TTCCTCCACTTCAGGGGGACCCTGGGG  948
      |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCTTGCAGCATCCCCTGCTTTCTTCCACTTCAGGGGGACCCTGGGG  950

seq1  TCTGTCAAGTTCTCTAGGTCAGTGACCAGGGCTGCCTCTGGGGCCGTCGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||
seq2  TCTGTCAAGTTCTCTAGGTCAGTGAC--AGGCTGCCTCTGGGG-CGTCGT  997

seq1  TCTCACTGAGATGCTGATGATAAAATGAAGTGAATTCTGATAGAGCATGT  1048
      ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||
seq2  TCTCACTGAGATGCTGATGAT-AAATG-AGTGAA-TCTGAT-GAGCATGT  1043

seq1  ATACACTGCTCCTCCTGAGAGCATGGCTGTGCAGTGTGCAGTGTG-TGAG  1097
      |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| ||||
seq2  ATACCCTGCTCCTCCTGAGAGCATGGCTGGTCAGTGTGCA-TGTGTTGAG  1092

seq1  CTTGGCATTTA  1108
      ||  |||||||
seq2  CT--GCATTTA  1101

seq1: chr19_48556331_48557440
seq2: B6Ng01-089H03.g_68_1165 (reverse)

seq1  AAACATACAAAACATATGGGAGAAAATGGTGATACACTACATACACACCA  50
      ||||||   ||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||| ||||
seq2  AAACAT--CAAACATATGGGAG-AAATGTTAATAAACTACATACA-ACCA  46

seq1  AAGTATTAAAATACAGCTGTACTCATCTGAACTTAGGCACAGAAGCCAAA  100
      ||||||  ||||| ||||||| |||||||||||   ||||||||| ||||
seq2  AAGTAT--AAATA-AGCTGTATTCATCTGAACT--AGCACAGAAG-CAAA  90

seq1  GCCATATGCCTATGTACAACTCACAAGGCACCTTCCAGGTTAGCTACTCA  150
      ||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| 
seq2  GCCATAATGCTATGTACAACTCACAAGGCACCTTCCA-GTTAGCTACTCT  139

seq1  TCACGCATACTGGCACAGTACCAGGGAGAGACCAACATTCCATGTATGTG  200
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TC-CGCATACTGGCACAGTACCAGGGAGAGACCAACATTCCATGTATGTG  188

seq1  TCATTGTCATGGTTTCAGTGATTGGAACTTCGTTTTTATGAAGCAGGAGT  250
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCA-TGTCATGGTTTCAGTGATTGGAACTTCGTTTTTATGAAGCAGGAGT  237

seq1  TTAGTTTGAGGGTCTGACTTCAGTGTGGTGAGATGAGACTGTTTCTTCC-  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTAGTTTGAGGGTCTGACTTCAGTGTGGTGAGATGAGACTGTTTCTTCCA  287

seq1  AAGTAACGCTACTGCTCCCACTGGCAGATGTCAGAGCCCCAAAACACAGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAACGCTACTGCTCCCACTGGCAGATGTCAGAGCCCCAAAACACAGG  337

seq1  ATGGCTTGCTTTCTTGTCAGAGCAAGTTCTGCAGGCACAGCTGTCCTGGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTGCTTTCTTGTCAGAGCAAGTTCTGCAGGCACAGCTGTCCTGGC  387

seq1  AATGAGGCCAAGTCCTCTCTGCCATCTGCACTCTCCCCAGGCCAAGTGGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGCCAAGTCCTCTCTGCCATCTGCACTCTCCCCAGGCCAAGTGGG  437

seq1  CCTACAGAACACTGTGGTCAAGGCGATATGCTATAGCTATGCTGGAAAGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAGAACACTGTGGTCAAGGCGATATGCTATAGCTATGCTGGAAAGG  487

seq1  ACAGAGTCAAGGGTAGCTTTGATTCTACATGCTTGCTGGCTCCTTGACGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTCAAGGGTAGCTTTGATTCTACATGCTTGCTGGCTCCTTGACGA  537

seq1  ACCTTCAATGAGTTGTACTTGCTTCTGTCAACTCGAATGAGCAGAAACTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCAATGAGTTGTACTTGCTTCTGTCAACTCGAATGAGCAGAAACTG  587

seq1  CCAGAGGCCTGCAGAAAGCTGAGCTGTAGAGAGCATCCTTTGCTGGGAAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGCCTGCAGAAAGCTGAGCTGTAGAGAGCATCCTTTGCTGGGAAG  637

seq1  TCCCTCCTCTCAGCAGACAGCTCTGGAGAAGAGCAAAGTCAGTGTGCATC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCTCTCAGCAGACAGCTCTGGAGAAGAGCAAAGTCAGTGTGCATC  687

seq1  TCTTTGCAGCGTGCAGAAAAAGAGACCGTGCATGGCACTGAGCATGCTGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGCAGCGTGCAGAAAAAGAGACCGTGCATGGCACTGAGCATGCTGC  737

seq1  CTTTGATGGGGGCTATTTGGATTCTGGAAGGGAGTTTGTTGTGACATCAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATGGGGGCTATTTGGATTCTGGAAGGGAGTTTGTTGTGACATCAG  787

seq1  GCATGCAGGGAGCCTTGAGGATTTAGCTCCTACAAGATGTTTGTTGTAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCAGGGAGCCTTGAGGATTTAGCTCCTACAAGATGTTTGTTGTAGA  837

seq1  TAGGATGGGAAAAGTCACTGTCTGGAAAATAATATAGCACTAGGTTGTTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATGGGAAAAGTCACTGTCTGGAAAATAATATAGCACTAGGTTGTTG  887

seq1  TGATAATAAAATTTAAGGTTCAAAAGCAAGTATAAAATAATCTGTGTTAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATAAAATTTAAGGTTCAAAAGCAAGTATAAAATAATCTGTGTTAA  937

seq1  ATGTCTCATGTTAATAATAGAGTGATGCTTGGGAAATATCCTCTCTTCAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCATGTTAATAATAGAGTGATGCTTGGGAAATATCCTCTCTTCAT  987

seq1  CCATTTGTGTGCAGATCCTTTGAGGTGTATTTTAATAAAGCCTTGACCTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGTGTGCAGATCCTTTGAGGTGTATTTTAATAAAGCCTTGACCTT  1037

seq1  GAGCATGTTCTCAAGAGCCCCACTTGAACAAGAATCCCAGTTGGTCAGTT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATGTTCTCAAGAGCCCCACTTGAACAAGAATCCCAGTTGGTCAGTT  1087

seq1  TACAGGAATTC  1110
      |||||||||||
seq2  TACAGGAATTC  1098