BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-092F17
Chromosome19 (Build37)
Map Location 50,101,102 - 50,248,222
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG433251, Sorcs1
Upstream geneLOC629448, Siah1-ps1
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-092F17.bB6Ng01-092F17.g
ACCDH904140DH904141
length1,1541,160
definitionDH904140|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092F17, 5' end.DH904141|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092F17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,101,102 - 50,102,279)(50,247,048 - 50,248,222)
sequence
gaattcctttgtcacttttcagaagtgatccttggaggatgcagactggg
aaacaatactttcattgataagaaatgaagattgccctctcgtctttatg
atgaaaatttatgagacgcagcaagaagaaaaagcaagtcagtgtattac
agtgagagcatgtgaggacataacagaaaagtttcgtttttcatgaaaag
tttggtttcgggttacagtgagtgaaagttctttctgttcctgtactcag
ctgtcaagtcaggtcacaatgtctttgcttatttaaataagctgccatgt
attaattacctggtttagacaaatgagtaccatgtaaaataatctgttag
taaaatagcttctatcaggtctgacttcgtcaattttctacttctgcata
agaaagttatcacagtacattaatttcctcagtcggtagatatcacacag
ccagatgggacttatcttggcattttgcttttggtgtcatgatgctagaa
tctccaagtcctataggctatgttctcatctcagtgtaggacagagggaa
ggatcaaatttcaagctcaactaggtatttggaatattcactctagctgt
atgaatgaggaagatcttagagctgactgttagagggcagtcctcaaata
ttattgaccatatagatcccgaaagcttccaacatttctttaaattcctc
ataaagcttcctgctgtctaattggctaaaaggaaaaatacttgatattc
aaatataaactaaacatggaagtaatgtttctcatgccataataacttca
gttcatcacagccctacccattctctaggtgaaaagatggtgggatgcac
tatgtccacagcaagcagaaatccttcaagcagcctaactttgttttaaa
gtttgctatgaccacctgttacaatgacattcttatgttctgcttctgaa
gtctgtctatttttctgccaaattcccatgttggaaacctctacctctga
tttataaaaaccttatcttaacacatccaatgctgacttctgaagcccgc
ctttaggaagcagccttattatgaacaaaggctcgctttataattgctgt
ttaataatggccaaatgactgagttaaggcttcttcttgggcttggataa
gaat
gaattcttcccagtgagaagcacttgacccccttatcaggatgccaccat
caggttaatcaagtgccctctatctatctgggagagctccaccagccttg
ctttcagtcttccagagagtgtgagaaggctctcttgttctccgtggcct
cctcaagaagatcacaccctgctatcccaagactagtagctcaagtctgg
tccaagttctgttctcttggccctgcatcccttgcttcttgatgagtcct
caggggtgacaggcatgaatatgccatgtgtgaagaccaccatgctctaa
ggaggtttcactgccttgttggagaaagagggggcttatacttgtagtct
ttcaaactccttaaatggaattatgaaaagagcataccaattagttatgc
aaagctaaatgctctgtcctgaaattatgtatacaaataacattatacat
actgagtaggtcatatttaggaagatatatacatatacatgtatatacat
gacgatgaaaaaagagcataacagattaaaagagagggttggaagaagga
acaggaaagatgaaatattataattatattataatatcaaacaaaaataa
aaaagtacaagtgttactactttggaccaagacagacttgtcattgataa
atttgccaaaatatttgctatttgggaatttcaaaaagtgcgtggaaaag
caccacacatctgtgctatgaccacagcacctgaacatgagggtctcaca
gaactatatatgtttccataaatttctgaggatctgtgctgggaacccgt
tagctctatgagggatttatccctgtcttctgtagctgcactgaaccctg
gctgagctaggatacttcagataatcaattttcaatccacactgagtagc
cctaagagagaacttacaaacccttgaactcttcagttggaaaggacacc
tggcactccttcttccaagtcattttcttaaataagtacagaggcttctg
cttaccaagtagaaaatcatagttatattcccatggggccaaaggattaa
ggctacatgttgggttctcaccatgatggttacattccaggaaatatttc
aacatctggactattttatacaatattttggggaaaatacctccatgaca
gataaatgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_50101102_50102279
seq2: B6Ng01-092F17.b_44_1197

seq1  GAATTCCTTTGTCACTTTTCAGAAGTGATCCTTGGAGGATGCAGACTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTGTCACTTTTCAGAAGTGATCCTTGGAGGATGCAGACTGGG  50

seq1  AAACAATACTTTCATTGATAAGAAATGAAGATTGCCCTCTCGTCTTTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATACTTTCATTGATAAGAAATGAAGATTGCCCTCTCGTCTTTATG  100

seq1  ATGAAAATTTATGAGACGCAGCAAGAAGAAAAAGCAAGTCAGTGTATTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAATTTATGAGACGCAGCAAGAAGAAAAAGCAAGTCAGTGTATTAC  150

seq1  AGTGAGAGCATGTGAGGACATAACAGAAAAGTTTCGTTTTTCATGAAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAGCATGTGAGGACATAACAGAAAAGTTTCGTTTTTCATGAAAAG  200

seq1  TTTGGTTTCGGGTTACAGTGAGTGAAAGTTCTTTCTGTTCCTGTACTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTTCGGGTTACAGTGAGTGAAAGTTCTTTCTGTTCCTGTACTCAG  250

seq1  CTGTCAAGTCAGGTCACAATGTCTTTGCTTATTTAAATAAGCTGCCATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAAGTCAGGTCACAATGTCTTTGCTTATTTAAATAAGCTGCCATGT  300

seq1  ATTAATTACCTGGTTTAGACAAATGAGTACCATGTAAAATAATCTGTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTACCTGGTTTAGACAAATGAGTACCATGTAAAATAATCTGTTAG  350

seq1  TAAAATAGCTTCTATCAGGTCTGACTTCGTCAATTTTCTACTTCTGCATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAGCTTCTATCAGGTCTGACTTCGTCAATTTTCTACTTCTGCATA  400

seq1  AGAAAGTTATCACAGTACATTAATTTCCTCAGTCGGTAGATATCACACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTTATCACAGTACATTAATTTCCTCAGTCGGTAGATATCACACAG  450

seq1  CCAGATGGGACTTATCTTGGCATTTTGCTTTTGGTGTCATGATGCTAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGGGACTTATCTTGGCATTTTGCTTTTGGTGTCATGATGCTAGAA  500

seq1  TCTCCAAGTCCTATAGGCTATGTTCTCATCTCAGTGTAGGACAGAGGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAAGTCCTATAGGCTATGTTCTCATCTCAGTGTAGGACAGAGGGAA  550

seq1  GGATCAAATTTCAAGCTCAACTAGGTATTTGGAATATTCACTCTAGCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAAATTTCAAGCTCAACTAGGTATTTGGAATATTCACTCTAGCTGT  600

seq1  ATGAATGAGGAAGATCTTAGAGCTGACTGTTAGAGGGCAGTCCTCAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGAGGAAGATCTTAGAGCTGACTGTTAGAGGGCAGTCCTCAAATA  650

seq1  TTATTGACCATATAGATCCCGAAAGCTTCCAACATTTCTTTAAATTCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGACCATATAGATCCCGAAAGCTTCCAACATTTCTTTAAATTCCTC  700

seq1  ATAAAGCTTCCTGCTGTCTAATTGGCTAAAAGGAAAAATACTTGATATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCTTCCTGCTGTCTAATTGGCTAAAAGGAAAAATACTTGATATTC  750

seq1  AAATATAAACTAAACATGGAAGTAATGTTTCTCATGCCATAATAACTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAAACTAAACATGGAAGTAATGTTTCTCATGCCATAATAACTTCA  800

seq1  GTTCATCACAGCCCTACCCATTCTCTAGGTGAAAAGATGGTGGGATGCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATCACAGCCCTACCCATTCTCTAGGTGAAAAGATGGTGGGATGCAC  850

seq1  TATGTCCACAGCAAGCAGAAATCCTTCAAGCAAGCCTAACTTTGTTTTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
seq2  TATGTCCACAGCAAGCAGAAATCCTTCAAGC-AGCCTAACTTTGTTTT-A  898

seq1  AAGTTTGCTATGACCACCTGTTACAATGACATTCTTATGTTCTGCTTCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTGCTATGACCACCTGTTACAATGACATTCTTATGTTCTGCTTCTG  948

seq1  AAGTCCTGTCTATTTTTCTGCCAAATCCCCATGTTGGAAACCCTCTACCT  1000
      |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGT-CTGTCTATTTTTCTGCCAAATTCCCATGTTGGAAA-CCTCTACCT  996

seq1  CTGATTTATAAAAACCTTATCTTAACCACATCCAATGCTGACCTCTTGAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||
seq2  CTGATTTATAAAAACCTTATCTTAA-CACATCCAATGCTGACTTC-TGAA  1044

seq1  GCCCGCCTTAAGAAAGGCAGCCTTTATTCATGAACAAAAGGCTCGCTTTA  1100
      ||||||||| || || |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  GCCCGCCTTTAGGAA-GCAGCC-TTATT-ATGAAC-AAAGGCTCGCTTTA  1090

seq1  ATTAATTGCTTGTTTTAATTAATTTGGCCAAAATGACTTGAGTTAGAGGC  1150
        ||||||||   |||||| |   ||||| ||||||| ||||||| ||||
seq2  --TAATTGCT--GTTTAATAA---TGGCC-AAATGAC-TGAGTTA-AGGC  1130

seq1  TTTCTTCTTGTGGCTATGGATTAAGAAT  1178
       ||||||||| |||| |||| |||||||
seq2  -TTCTTCTTG-GGCT-TGGA-TAAGAAT  1154

seq1: chr19_50247048_50248222
seq2: B6Ng01-092F17.g_69_1228 (reverse)

seq1  GACATTTTTATTCTTGTCATGTGAGTGTATTTTCCCCCAAATAATTGTAT  50
      ||||||| |     ||||||| ||| ||||||||||| |||| |||||||
seq2  GACATTTAT----CTGTCATG-GAG-GTATTTTCCCCAAAAT-ATTGTAT  43

seq1  TAAAAATAGTCTAGATGTTGAATATA-TTCCTGGAATGGTAACCATCACT  99
        ||||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||||||| |
seq2  --AAAATAGTCCAGATGTTGAA-ATATTTCCTGGAAT-GTAACCATCA-T  88

seq1  GTTGAGAACCAAACATTGTTAGCCTTTAATCTTTTGGGCCCATGGGATTA  149
      | |||||||| |||||   ||||| |||||| ||||| ||||||||| ||
seq2  GGTGAGAACCCAACAT--GTAGCC-TTAATCCTTTGGCCCCATGGGAATA  135

seq1  TAACTATGATTTTCTACTGTGTAAGCAG-AGCCTCTGTACTTATTTAAGA  198
      ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAACTATGATTTTCTACTTGGTAAGCAGAAGCCTCTGTACTTATTTAAGA  185

seq1  AAATGACTTGGGAGAAGGAGTGCCAGGTGTCCTTTCCAACCTGAAGGGTT  248
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  AAATGACTTGGAAGAAGGAGTGCCAGGTGTCCTTTCCAA-CTGAAGAGTT  234

seq1  CAAGGGTTTGTAAGTTCTCTCTTAGGGCTACTCAGTGTGGATTTGAAAAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAAGGGTTTGTAAGTTCTCTCTTAGGGCTACTCAGTGTGGA-TTGAAAAT  283

seq1  TGATTATCTGAAGTATCCTAGCTCAGCCAGGGTTCAGTGCAGCTACAGAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATCTGAAGTATCCTAGCTCAGCCAGGGTTCAGTGCAGCTACAGAA  333

seq1  GACAGGGATAAATCCCTCATAGAGCTAACGGGTTCCCAGCACAGATCCTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGATAAATCCCTCATAGAGCTAACGGGTTCCCAGCACAGATCCTC  383

seq1  AGAAATTTATGGAAACATATATAGTTCTGTGAGACCCTCATGTTCAGGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTTATGGAAACATATATAGTTCTGTGAGACCCTCATGTTCAGGTG  433

seq1  CTGTGGTCATAGCACAGATGTGTGGTGCTTTTCCACGCACTTTTTGAAAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTCATAGCACAGATGTGTGGTGCTTTTCCACGCACTTTTTGAAAT  483

seq1  TCCCAAATAGCAAATATTTTGGCAAATTTATCAATGACAAGTCTGTCTTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAATAGCAAATATTTTGGCAAATTTATCAATGACAAGTCTGTCTTG  533

seq1  GTCCAAAGTAGTAACACTTGTACTTTTTTATTTTTGTTTGATATTATAAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAAGTAGTAACACTTGTACTTTTTTATTTTTGTTTGATATTATAAT  583

seq1  ATAATTATAATATTTCATCTTTCCTGTTCCTTCTTCCAACCCTCTCTTTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTATAATATTTCATCTTTCCTGTTCCTTCTTCCAACCCTCTCTTTT  633

seq1  AATCTGTTATGCTCTTTTTTCATCGTCATGTATATACATGTATATGTATA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGTTATGCTCTTTTTTCATCGTCATGTATATACATGTATATGTATA  683

seq1  TATCTTCCTAAATATGACCTACTCAGTATGTATAATGTTATTTGTATACA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTCCTAAATATGACCTACTCAGTATGTATAATGTTATTTGTATACA  733

seq1  TAATTTCAGGACAGAGCATTTAGCTTTGCATAACTAATTGGTATGCTCTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTCAGGACAGAGCATTTAGCTTTGCATAACTAATTGGTATGCTCTT  783

seq1  TTCATAATTCCATTTAAGGAGTTTGAAAGACTACAAGTATAAGCCCCCTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAATTCCATTTAAGGAGTTTGAAAGACTACAAGTATAAGCCCCCTC  833

seq1  TTTCTCCAACAAGGCAGTGAAACCTCCTTAGAGCATGGTGGTCTTCACAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCAACAAGGCAGTGAAACCTCCTTAGAGCATGGTGGTCTTCACAC  883

seq1  ATGGCATATTCATGCCTGTCACCCCTGAGGACTCATCAAGAAGCAAGGGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCATATTCATGCCTGTCACCCCTGAGGACTCATCAAGAAGCAAGGGA  933

seq1  TGCAGGGCCAAGAGAACAGAACTTGGACCAGACTTGAGCTACTAGTCTTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGCCAAGAGAACAGAACTTGGACCAGACTTGAGCTACTAGTCTTG  983

seq1  GGATAGCAGGGTGTGATCTTCTTGAGGAGGCCACGGAGAACAAGAGAGCC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGCAGGGTGTGATCTTCTTGAGGAGGCCACGGAGAACAAGAGAGCC  1033

seq1  TTCTCACACTCTCTGGAAGACTGAAAGCAAGGCTGGTGGAGCTCTCCCAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCACACTCTCTGGAAGACTGAAAGCAAGGCTGGTGGAGCTCTCCCAG  1083

seq1  ATAGATAGAGGGCACTTGATTAACCTGATGGTGGCATCCTGATAAGGGGG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGAGGGCACTTGATTAACCTGATGGTGGCATCCTGATAAGGGGG  1133

seq1  TCAAGTGCTTCTCACTGGGAAGAATTC  1175
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTGCTTCTCACTGGGAAGAATTC  1160