BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-096B17
Chromosome19 (Build37)
Map Location 55,349,660 - 55,494,898
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAcsl5, Zdhhc6, Vti1a
Upstream geneLOC100043004, Gpam, Tectb, Gucy2g
Downstream geneLOC100043479, Tcf7l2, Ppnr, LOC100043484, Habp2, Nrap, Casp7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-096B17.bB6Ng01-096B17.g
ACCDH906860DH906861
length1,1271,105
definitionDH906860|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096B17, 5' end.DH906861|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096B17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,349,660 - 55,350,795)(55,493,793 - 55,494,898)
sequence
gaattccatgcaggtaacaaaaagcaaatcaaacattcaagccttccctt
ctctgggacttcagagagtagatggctaaaaccgaatttcctttgtggtt
tcctgtctttagaagggctattaagcacctagactatgctgtttttcaac
tacaaccaaggcattctgcatgttacatgtggctgagaagacattttatt
cgggatcttttgaaatatttaaattagaattcaagtggtaaggttaatat
gacatgcatgcagccttgtgaaccggcttggctactaccatagaagaaag
tgacagtgctgatgctatctgcggttgaatatatcagccagtccttttga
ctcccagactcatctgggaatactggttaaaatgtgtagtctctgattca
acttctttttccccattgaatcagaattccagaaaacgagacctaatgat
tcttacgattcttaggacaagttcaaaggaggggttctgggggttctgca
tgcccttcaaactgcttggctctgggtgtccacctggtcacggcgttgtt
tgcacccgcactcatggaaggtagccaagtcttagaacccaagcaaggcc
agttgagtaagttaaacaaggtaggaggtagcaagcaaaagcagatagag
cgtggagtttaatgagatctgagctgtcgccctttgggctaattatctga
cttgctccttggctagagtcctctgctggcaattttattaattaggaagt
aatgagaaggtgtgagagtctcctccacatccgtggactccccctcttat
taggcgagcttcaagttggcccagtccagtcctccatagtccttagtcca
atggggatgacaacagtggggaagagcaggtttgtgccagttggggcgcg
tgcattcaatcaaaggtagctgttattagtgactaattgcagacaaggat
ctctctggagggtcccgaggctcagtggctgtggtcaatgggcagatcac
cacttgtcatactccagggattatttggtctgaggtttacttctgatctt
tcctggagttgttcagcagcaggacagtggtggagttccctagcagtctc
ctttagcacgttcttactcccctgata
gaattccctatgaacctgcagagattggttggaatgaatggggtacatgc
aagaaaagcagctcaacactcaagcatggagtttcccatcctctgaaggg
cccaggcagcatctgcacgatggagaccattcctccccaaatccaagggt
aacagaaggcatttatctatttctccattcctttttatttctgagacagc
tcaagttgtctaaaactcgagatcattgtgtgctgagtgacaggcagcag
gtgtgcatgtcacgtgtgctctccagctcatttccaagtgatagaaatcc
atctcaaattagggaaagaaaaagatacagagggtagaggaaatatagat
tcctggagtaaagatctctggttgatattatgtagtatgagtgatccatt
gggctaaatggccttttaacaagtagatttttagatgtatctcatctaac
atccaattttatttttgagctttgatagaaaatatggagaatcttccaag
aaaaccggaaaaagccacatggacagcagagtgagacatacactctgcat
ttcttggctttatgtttgccctctactagctgcacccaagttaagaattc
tagcagatctgtaagtctcctttccttgggggtggggagttcaggatgca
agtctttactccacatgcaaatgtcattgttctctgatgtctaataatga
agctagtcagaggccactgttttggtattttcccagttaacttacactgt
agtacatccagaatcctgcagggtcactgggtgtagggaactgaccacga
aagcagaggaaggcaaggagcctactgtgtgtcacagggaaactgcatgg
catggcatgactcgcttgctctggaggcaatgagctttgtgctgagcgtg
gcttccaatcatagctttttggctagcgggactgtataaaacaccagtcc
ttatgctttgggctaagggcatgctcctcagcccagaacattcccaccgc
gcacttcaaccactgttgttgactgcactttcgtccctggatgaaccaaa
gcatgacctgtgtgaaagcactctcactggtctcatgtcattgtgaaatg
gaatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_55349660_55350795
seq2: B6Ng01-096B17.b_42_1168

seq1  GAATTCCATGCAGGTAACAAAAAGCAAATCAAACATTCAAGCCTTCCCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGCAGGTAACAAAAAGCAAATCAAACATTCAAGCCTTCCCTT  50

seq1  CTCTGGGACTTCAGAGAGTAGATGGCTAAAACCGAATTTCCTTTGTGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGACTTCAGAGAGTAGATGGCTAAAACCGAATTTCCTTTGTGGTT  100

seq1  TCCTGTCTTTAGAAGGGCTATTAAGCACCTAGACTATGCTGTTTTTCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCTTTAGAAGGGCTATTAAGCACCTAGACTATGCTGTTTTTCAAC  150

seq1  TACAACCAAGGCATTCTGCATGTTACATGTGGCTGAGAAGACATTTTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACCAAGGCATTCTGCATGTTACATGTGGCTGAGAAGACATTTTATT  200

seq1  CGGGATCTTTTGAAATATTTAAATTAGAATTCAAGTGGTAAGGTTAATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGATCTTTTGAAATATTTAAATTAGAATTCAAGTGGTAAGGTTAATAT  250

seq1  GACATGCATGCAGCCTTGTGAACCGGCTTGGCTACTACCATAGAAGAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGCATGCAGCCTTGTGAACCGGCTTGGCTACTACCATAGAAGAAAG  300

seq1  TGACAGTGCTGATGCTATCTGCGGTTGAATATATCAGCCAGTCCTTTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGTGCTGATGCTATCTGCGGTTGAATATATCAGCCAGTCCTTTTGA  350

seq1  CTCCCAGACTCATCTGGGAATACTGGTTAAAATGTGTAGTCTCTGATTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGACTCATCTGGGAATACTGGTTAAAATGTGTAGTCTCTGATTCA  400

seq1  ACTTCTTTTTCCCCATTGAATCAGAATTCCAGAAAACGAGACCTAATGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTTTTTCCCCATTGAATCAGAATTCCAGAAAACGAGACCTAATGAT  450

seq1  TCTTACGATTCTTAGGACAAGTTCAAAGGAGGGGTTCTGGGGGTTCTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACGATTCTTAGGACAAGTTCAAAGGAGGGGTTCTGGGGGTTCTGCA  500

seq1  TGCCCTTCAAACTGCTTGGCTCTGGGTGTCCACCTGGTCACGGCGTTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTCAAACTGCTTGGCTCTGGGTGTCCACCTGGTCACGGCGTTGTT  550

seq1  TGCACCCGCACTCATGGAAGGTAGCCAAGTCTTAGAACCCAAGCAAGGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCCGCACTCATGGAAGGTAGCCAAGTCTTAGAACCCAAGCAAGGCC  600

seq1  AGTTGAGTAAGTTAAACAAGGTAGGAGGTAGCAAGCAAAAGCAGATAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAGTAAGTTAAACAAGGTAGGAGGTAGCAAGCAAAAGCAGATAGAG  650

seq1  CGTGGAGTTTAATGAGATCTGAGCTGTCGCCCTTTGGGCTAATTATCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGAGTTTAATGAGATCTGAGCTGTCGCCCTTTGGGCTAATTATCTGA  700

seq1  CTTGCTCCTTGGCTAGAGTCCTCTGCTGGCAATTTTATTAATTAGGAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTCCTTGGCTAGAGTCCTCTGCTGGCAATTTTATTAATTAGGAAGT  750

seq1  AATGAGAAGGTGTGAGAGTCTCCTCCACATCCGTGGACTCCCCCTCTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAAGGTGTGAGAGTCTCCTCCACATCCGTGGACTCCCCCTCTTAT  800

seq1  TAGGCGAGCTTCAAGTTGGCCCAGTCCAGTCCTCCATAGTCCTTAGTCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCGAGCTTCAAGTTGGCCCAGTCCAGTCCTCCATAGTCCTTAGTCCA  850

seq1  ATGGGGATGACAACAGTGGGGAAGAGCAGGTTTGTGCCAGTTGGGGCGCG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGATGACAACAGTGGGGAAGAGCAGGTTTGTGCCAGTTGGGGCGCG  900

seq1  TGCATTCAATCAAAGGTAGCTGTTATTAGTGACTAATTGCAGGACAAAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
seq2  TGCATTCAATCAAAGGTAGCTGTTATTAGTGACTAATTGCA-GAC-AAGG  948

seq1  ATCTCTCTGGAGGGTCCCCGAGGCTCAGTGGCTGTGGTCAATGGGCAGAT  1000
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCTGGAGGGT-CCCGAGGCTCAGTGGCTGTGGTCAATGGGCAGAT  997

seq1  CACCACTTGTCATACTCCAGGGAATATTTGGTCTGAGGTTTTACTTCTGG  1050
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |
seq2  CACCACTTGTCATACTCCAGGGATTATTTGGTCTGAGG-TTTACTTCT-G  1045

seq1  ATCTTTCCTGGAGTTGTTTCAGCAGCAAGACAGTGGTGGAGTTCCCTTAG  1100
      |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||   
seq2  ATCTTTCCTGGAGTTG-TTCAGCAGCAGGACAGTGGTGGAGTTCCCT--A  1092

seq1  GCAGTCTCC-TTAGCCAACGTTCTTATCTCCCTGATA  1136
      ||||||||| |||||  |||||||||   ||||||||
seq2  GCAGTCTCCTTTAGC--ACGTTCTTACTCCCCTGATA  1127

seq1: chr19_55493793_55494898
seq2: B6Ng01-096B17.g_68_1172 (reverse)

seq1  CATTCCATTTCACCATGACATGAGACCAGTGAG-GTGCTTTCCACACCAG  49
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||  |
seq2  CATTCCATTTCACAATGACATGAGACCAGTGAGAGTGCTTT-CACACAGG  49

seq1  TCATGCTTCTGGTTCATCCAGGGACG-GAGTGCAGTC-ACACCAGTGG-T  96
      |||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| ||| |||||| |
seq2  TCATGCTT-TGGTTCATCCAGGGACGAAAGTGCAGTCAACAACAGTGGTT  98

seq1  GGAGTGCGCGGTGGGAATGGTCCTGGGCCTGAGGGAGCATGCCCTTAGCC  146
      | |||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  GAAGTGCGCGGTGGGAAT-GTTCTGGG-CTGA-GGAGCATGCCCTTAGCC  145

seq1  CAAAGCATAAGGACTGGTGTTTTATACAGTCCCGCTAGCCAAAAAGCTAT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCATAAGGACTGGTGTTTTATACAGTCCCGCTAGCCAAAAAGCTAT  195

seq1  GATTGGAAGCCACGCTCAGCACAAAGCTCATTGCCTCCAGAGCAAGCGAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGAAGCCACGCTCAGCACAAAGCTCATTGCCTCCAGAGCAAGCGAG  245

seq1  TCATGCCATGCCATGCAGTTTTCCCTGTGACACACAGTAGGCTCCTTGCC  296
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCCATGCCATGCAG-TTTCCCTGTGACACACAGTAGGCTCCTTGCC  294

seq1  TTCCTCTGCTTTCGTGGTCAGTTCCCTACACCCAGTGACCCTGCAGGATT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTGCTTTCGTGGTCAGTTCCCTACACCCAGTGACCCTGCAGGATT  344

seq1  CTGGATGTACTACAGTGTAAGTTAACTGGGAAAATACC-AAACAGTGGCC  395
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTGGATGTACTACAGTGTAAGTTAACTGGGAAAATACCAAAACAGTGGCC  394

seq1  TCTGACTAGCTTCATTATTAGACATCAGAGAACAATGACATTTGCATGTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTAGCTTCATTATTAGACATCAGAGAACAATGACATTTGCATGTG  444

seq1  GAGTAAAGACTTGCATCCTGAACTCCCCACCCCCAAGGAAAGGAGACTTA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAAGACTTGCATCCTGAACTCCCCACCCCCAAGGAAAGGAGACTTA  494

seq1  CAGATCTGCTAGAATTCTTAACTTGGGTGCAGCTAGTAGAGGGCAAACAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTGCTAGAATTCTTAACTTGGGTGCAGCTAGTAGAGGGCAAACAT  544

seq1  AAAGCCAAGAAATGCAGAGTGTATGTCTCACTCTGCTGTCCATGTGGCTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCAAGAAATGCAGAGTGTATGTCTCACTCTGCTGTCCATGTGGCTT  594

seq1  TTTCCGGTTTTCTTGGAAGATTCTCCATATTTTCTATCAAAGCTCAAAAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCGGTTTTCTTGGAAGATTCTCCATATTTTCTATCAAAGCTCAAAAA  644

seq1  TAAAATTGGATGTTAGATGAGATACATCTAAAAATCTACTTGTTAAAAGG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTGGATGTTAGATGAGATACATCTAAAAATCTACTTGTTAAAAGG  694

seq1  CCATTTAGCCCAATGGATCACTCATACTACATAATATCAACCAGAGATCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTAGCCCAATGGATCACTCATACTACATAATATCAACCAGAGATCT  744

seq1  TTACTCCAGGAATCTATATTTCCTCTACCCTCTGTATCTTTTTCTTTCCC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCCAGGAATCTATATTTCCTCTACCCTCTGTATCTTTTTCTTTCCC  794

seq1  TAATTTGAGATGGATTTCTATCACTTGGAAATGAGCTGGAGAGCACACGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGAGATGGATTTCTATCACTTGGAAATGAGCTGGAGAGCACACGT  844

seq1  GACATGCACACCTGCTGCCTGTCACTCAGCACACAATGATCTCGAGTTTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGCACACCTGCTGCCTGTCACTCAGCACACAATGATCTCGAGTTTT  894

seq1  AGACAACTTGAGCTGTCTCAGAAATAAAAAGGAATGGAGAAATAGATAAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAACTTGAGCTGTCTCAGAAATAAAAAGGAATGGAGAAATAGATAAA  944

seq1  TGCCTTCTGTTACCCTTGGATTTGGGGAGGAATGGTCTCCATCGTGCAGA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTCTGTTACCCTTGGATTTGGGGAGGAATGGTCTCCATCGTGCAGA  994

seq1  TGCTGCCTGGGCCCTTCAGAGGATGGGAAACTCCATGCTTGAGTGTTGAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCCTGGGCCCTTCAGAGGATGGGAAACTCCATGCTTGAGTGTTGAG  1044

seq1  CTGCTTTTCTTGCATGTACCCCATTCATTCCAACCAATCTCTGCAGGTTC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTTCTTGCATGTACCCCATTCATTCCAACCAATCTCTGCAGGTTC  1094

seq1  ATAGGGAATTC  1106
      |||||||||||
seq2  ATAGGGAATTC  1105