BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-100L06
Chromosome19 (Build37)
Map Location 37,652,761 - 37,798,724
singlet/doubletdoublet
Overlap geneExoc6, Cyp26c1, Cyp26a1, LOC668248
Upstream geneHectd2, LOC668215, Ppp1r3c, Tnks2, Fgfbp3, Btaf1, Cpeb3, March5, LOC668230, Ide, LOC100043010, Kif11, EG667490, LOC631069, Hhex
Downstream geneLOC668251, LOC209281, Fer1l3, Cep55, Gpr120, Rbp4, Pde6c, 5730455O13Rik, Lgi1, Tmem20, LOC100042483, Plce1, EG667587
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-100L06.bB6Ng01-100L06.g
ACCDH910125DH910126
length8301,026
definitionDH910125|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100L06, 5' end.DH910126|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100L06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,652,761 - 37,653,590)(37,797,700 - 37,798,724)
sequence
gaattccagttcagccaggctgggtagccagagtctatcagatacgtaag
ttaggtgggtggatggatggatgctagatagtaaatgttggatcagggtt
gactagtaccagttttggaatgatatgaatcttattctcccaaaaatagg
cacaacagcagaagagcttcagtgttgctctgcagaagcaaaataatatg
aggtttgggaaaaacatgcatgtaaataatgacaggattctagaagagaa
gagtgatgttataccgaagcatgcacttgaagaggaggcggagaacgacg
aggaggtaccgggtttctttctgcctttagtattgaatgctttcttgtcc
cttaaagtgctgtatcttctatgtgcagattgatttatgctcatcagtcc
acagtgcacattgagtgacctgaaatattaggctatataataatagacaa
acaggatatactgcagactatgtgtttataggtagtagagcgtagctgtc
tggcataattagtagtaaaactaaatctaatctctctctccttgttagta
atggtatgtgaactagctgaggcaaatttttatttcataatttttttgac
tctgttatttggtctgacttatcatatcatatcattatcatatatgtatg
tagcgttgtttgtttaatgtgcacgtggatatacggggacatacggatat
gaatgcatgtttgttcatgtagaggccagaggtgaatatcagtgtgttcc
taattattctctgtctttaatattttttttaatttaaatttagtgcatgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtgtg
gaattcaccaggatacaatggtggcacctgtgaggggtcaccagggactt
gggagagagagagagagagagagagagagagagaaggtggctactgctca
tagatttcttcttgggtggaaggaatctaggaactgaagaggggtggcgg
ttccctattcctaacatcgcaggaagggggggatccaggcagaacccaga
agattcctaggtttgaagaaacaaagctaaggaccagaaagaccaagaca
gtagaggtctacagtaatagccacaggaatacaaggactatctcacacaa
aataagaggtagttcagaatgcctgacaaccagtcaaaaatgagcagaga
tgtaaagaatatctaaaatatgttccaaagtggcaaaatcaggcagcagt
gactgatacataccacaccacctatgggaggaagcagtgacacataccac
accacctatggaaggaagtttgccctcagacactgctcttgaccgttgtc
agctctccagactcacattcacaccccaacttttcatattttagttttgt
gatacgaggtttccctgtgtagctctggacatcctggaactcattctata
gaccaggctggccttccacctacctctgcctccaccatgcagcttatatt
aatagaagtaggaagagtgtttgacgaaactcaacctttatgttttgatt
tttaaaatagtacttcagacattgagctccatagagacagcactggggca
agcgtaagcaggacgggcactgggcagctctgtgccctcgtggtggaaaa
tcaactaaacatggggcaaggagatcctaagaagctgagaggcaaagtgg
tcttcatatgcatttcttttgtgcaaacctgctgggaggagcacaagaag
aagcacccggatgcttctgtcacttcttagagcttcttccagagtgctca
gagaggtgagagaccattgtctgctaagaaaggggaaatgttgagatatt
gcaaaggctgacaagtctcctatgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_37652761_37653590
seq2: B6Ng01-100L06.b_49_878

seq1  GAATTCCAGTTCAGCCAGGCTGGGTAGCCAGAGTCTATCAGATACGTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTTCAGCCAGGCTGGGTAGCCAGAGTCTATCAGATACGTAAG  50

seq1  TTAGGTGGGTGGATGGATGGATGCTAGATAGTAAATGTTGGATCAGGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTGGGTGGATGGATGGATGCTAGATAGTAAATGTTGGATCAGGGTT  100

seq1  GACTAGTACCAGTTTTGGAATGATATGAATCTTATTCTCCCAAAAATAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGTACCAGTTTTGGAATGATATGAATCTTATTCTCCCAAAAATAGG  150

seq1  CACAACAGCAGAAGAGCTTCAGTGTTGCTCTGCAGAAGCAAAATAATATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACAGCAGAAGAGCTTCAGTGTTGCTCTGCAGAAGCAAAATAATATG  200

seq1  AGGTTTGGGAAAAACATGCATGTAAATAATGACAGGATTCTAGAAGAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTGGGAAAAACATGCATGTAAATAATGACAGGATTCTAGAAGAGAA  250

seq1  GAGTGATGTTATACCGAAGCATGCACTTGAAGAGGAGGCGGAGAACGACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGATGTTATACCGAAGCATGCACTTGAAGAGGAGGCGGAGAACGACG  300

seq1  AGGAGGTACCGGGTTTCTTTCTGCCTTTAGTATTGAATGCTTTCTTGTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTACCGGGTTTCTTTCTGCCTTTAGTATTGAATGCTTTCTTGTCC  350

seq1  CTTAAAGTGCTGTATCTTCTATGTGCAGATTGATTTATGCTCATCAGTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAGTGCTGTATCTTCTATGTGCAGATTGATTTATGCTCATCAGTCC  400

seq1  ACAGTGCACATTGAGTGACCTGAAATATTAGGCTATATAATAATAGACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCACATTGAGTGACCTGAAATATTAGGCTATATAATAATAGACAA  450

seq1  ACAGGATATACTGCAGACTATGTGTTTATAGGTAGTAGAGCGTAGCTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATATACTGCAGACTATGTGTTTATAGGTAGTAGAGCGTAGCTGTC  500

seq1  TGGCATAATTAGTAGTAAAACTAAATCTAATCTCTCTCTCCTTGTTAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATAATTAGTAGTAAAACTAAATCTAATCTCTCTCTCCTTGTTAGTA  550

seq1  ATGGTATGTGAACTAGCTGAGGCAAATTTTTATTTCATAATTTTTTTGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTATGTGAACTAGCTGAGGCAAATTTTTATTTCATAATTTTTTTGAC  600

seq1  TCTGTTATTTGGTCTGACTTATCATATCATATCATTATCATATATGTATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTATTTGGTCTGACTTATCATATCATATCATTATCATATATGTATG  650

seq1  TAGCGTTGTTTGTTTAATGTGCACGTGGATATACGGGGACATACGGATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCGTTGTTTGTTTAATGTGCACGTGGATATACGGGGACATACGGATAT  700

seq1  GAATGCATGTTTGTTCATGTAGAGGCCAGAGGTGAATATCAGGTGTGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GAATGCATGTTTGTTCATGTAGAGGCCAGAGGTGAATATCA-GTGTGTTC  749

seq1  CTAATTATTCTCTGTC-TTAATA-TTTTTTTAATTTAAATTTAGTGCATG  798
      |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTATTCTCTGTCTTTAATATTTTTTTTAATTTAAATTTAGTGCATG  799

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  830
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT-TGTGTG  830

seq1: chr19_37797700_37798724
seq2: B6Ng01-100L06.g_69_1094 (reverse)

seq1  TTCATAAGGAGACTTGTCAGCCTTTGCCATATCTTCACATTTCCCCTTTT  50
      ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| 
seq2  TTCAT-AGGAGACTTGTCAGCCTTTGCAATATCTCAACATTTCCCCTTT-  48

seq1  CTTTAGCAGAC-ATGGTCTCTCACCTCTCTGAGCACTTCTTGGAG-AGCT  98
        ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||
seq2  -CTTAGCAGACAATGGTCTCTCACCTCTCTGAGCAC-TCTGGAAGAAGCT  96

seq1  CTGAGAAGTTGACAGAAGCATCCGGGTGCTTCTTCTTGTGCTCCTCCCAG  148
      || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAAG-TGACAGAAGCATCCGGGTGCTTCTTCTTGTGCTCCTCCCAG  145

seq1  CAGGTTTGCACAAA--GAATGCATATGAAGA-CACTTTGCCTCTCAGCTT  195
      ||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTTGCACAAAAGAAATGCATATGAAGACCACTTTGCCTCTCAGCTT  195

seq1  CTTAGGATCTCCTTTGCCCATGTTTAGTTGATTTTCCACCACGA-GGCAC  244
      ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTTAGGATCTCCTTGCCCCATGTTTAGTTGATTTTCCACCACGAGGGCAC  245

seq1  AGAGCTGCCCAGTGCCCGTCCTGCTTACGCTTGCCCCAGTGCTGTCTCTA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGCCCAGTGCCCGTCCTGCTTACGCTTGCCCCAGTGCTGTCTCTA  295

seq1  TGGAGCTCAATGTCTGAAGTACTATTTTAAAAATCAAAACATAAAGGTTG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCTCAATGTCTGAAGTACTATTTTAAAAATCAAAACATAAAGGTTG  345

seq1  AGTTTCGTCAAACACTCTTCCTACTTCTATTAATATAAGCTGCATGGTGG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCGTCAAACACTCTTCCTACTTCTATTAATATAAGCTGCATGGTGG  395

seq1  AGGCAGAGGTAGGTGGAAGGCCAGCCTGGTCTATAGAATGAGTTCCAGGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAGGTAGGTGGAAGGCCAGCCTGGTCTATAGAATGAGTTCCAGGA  445

seq1  TGTCCAGAGCTACACAGGGAAACCTCGTATCACAAAACTAAAATATGAAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAGAGCTACACAGGGAAACCTCGTATCACAAAACTAAAATATGAAA  495

seq1  AGTTGGGGTGTGAATGTGAGTCTGGAGAGCTGACAACGGTCAAGAGCAGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGGGTGTGAATGTGAGTCTGGAGAGCTGACAACGGTCAAGAGCAGT  545

seq1  GTCTGAGGGCAAACTTCCTTCCATAGGTGGTGTGGTATGTGTCACTGCTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGGGCAAACTTCCTTCCATAGGTGGTGTGGTATGTGTCACTGCTT  595

seq1  CCTCCCATAGGTGGTGTGGTATGTATCAGTCACTGCTGCCTGATTTTGCC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCATAGGTGGTGTGGTATGTATCAGTCACTGCTGCCTGATTTTGCC  645

seq1  ACTTTGGAACATATTTTAGATATTCTTTACATCTCTGCTCATTTTTGACT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGGAACATATTTTAGATATTCTTTACATCTCTGCTCATTTTTGACT  695

seq1  GGTTGTCAGGCATTCTGAACTACCTCTTATTTTGTGTGAGATAGTCCTTG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTCAGGCATTCTGAACTACCTCTTATTTTGTGTGAGATAGTCCTTG  745

seq1  TATTCCTGTGGCTATTACTGTAGACCTCTACTGTCTTGGTCTTTCTGGTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTGTGGCTATTACTGTAGACCTCTACTGTCTTGGTCTTTCTGGTC  795

seq1  CTTAGCTTTGTTTCTTCAAACCTAGGAATCTTCTGGGTTCTGCCTGGATC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCTTTGTTTCTTCAAACCTAGGAATCTTCTGGGTTCTGCCTGGATC  845

seq1  CCCCCCTTCCTGCGATGTTAGGAATAGGGAACCGCCACCCCTCTTCAGTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCTTCCTGCGATGTTAGGAATAGGGAACCGCCACCCCTCTTCAGTT  895

seq1  CCTAGATTCCTTCCACCCAAGAAGAAATCTATGAGCAGTAGCCACCTTCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGATTCCTTCCACCCAAGAAGAAATCTATGAGCAGTAGCCACCTTCT  945

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCAAGTCCCTGGTGACCCCTC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCAAGTCCCTGGTGACCCCTC  995

seq1  ACAGGTGCCACCATTGTATCCTGGTGAATTC  1025
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTGCCACCATTGTATCCTGGTGAATTC  1026