BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-102G12
Chromosome19 (Build37)
Map Location 40,301,135 - 40,435,121
singlet/doubletdoublet
Overlap genePdlim1, LOC435599, Sorbs1, A930028N01Rik
Upstream geneCyp2c29, Cyp2c38, Cyp2c39, C730004C24Rik, 9030012A22Rik, Cyp2c40, LOC100043108, LOC100042523, Cyp2c37, Cyp2c54, Cyp2c50, Cyp2c70, LOC545289, LOC676923
Downstream geneAldh18a1, LOC100043135, 4930521E07Rik, EG667723, Entpd1, EG667720, EG668310, EG668311, Ccnj, LOC664819, E030044B06Rik, E130314M14Rik, Zfp518, Blnk, LOC100043155, Dntt, Tmem10, Tll2, Tm9sf3, Pik3ap1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-102G12.bB6Ng01-102G12.g
ACCDH911309DH911310
length1,007190
definitionDH911309|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102G12, 5' end.DH911310|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102G12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,301,135 - 40,302,150)(40,434,932 - 40,435,121)
sequence
gaattcataaggacaacctgctctgatgaaattttctggggtttatcccc
aacactgttcaaccaagccttgtacgtgcacctggctgcactgagcacta
cactacgcagacaaacttttcccataatccctccaacggccgtgtcacag
tgtggttcccccgtgggttgcatatagagatcatagagactagcaacctg
cccaaggactcatggctcaaggtggacgctggatgccagtgttcccaccc
acagacttttcttagaacgacgggcatctgccaatcacattggccctttc
ttaaccctggctagtgacccgggcattgacctatcattgacctcagggaa
aacaggcttctggactctctcaaagggaatgtttttagtcaaataataaa
cccaggttacacaagaaggtacagccgggtaaccaggtaaatcacggtca
atcaaacataagtatagtatgatactatatactatatactatatactata
tactatatactatatactatatactatatactatatactatatactacat
actacatactacatactacatactacatactacatactatatactatata
ctatatataggtatgtaggtatataggtgtgtaggtatataatataaata
ctatagtagcggtgagctcccaggaagaagggaaatggctcacctaacag
gggaactctgcatttagacttgaccccttccttcctctctgcttcctgga
agtatgcatgatgaccaaggctccagctaacaggagaaccgtgaccatgg
aagctatgggttttgggttactggggtagaagataaaaggaggtcttgat
actgtatgggttcacagctccatgatcatgtccttatctgtgagtctaat
gggttttctggcacagtctgtgtcgactttgggcttagacaggctgacat
tgtccaccttaactgagttcccatcttgcataagtaagtcactacactgt
catgtgt
ctgaagagggatgcatatgtttaagcatcagtcttggtaagctatgtctt
gaaaagaagatttggaccaagctaggaaacatttcatggaagtgctagat
gggaatttgacctgatacggagaacagatattcctgtgtactggagataa
tctattttggggggctggtagtgtgtgtggaggtgggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_40301135_40302150
seq2: B6Ng01-102G12.b_48_1054

seq1  GAATTCATAAGGACAACCTGCTCTGATGAAATTTTCTGGGGTTTATCCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAAGGACAACCTGCTCTGATGAAATTTTCTGGGGTTTATCCCC  50

seq1  AACACTGTTCAACCAAGCCTTGTACGTGCACCTGGCTGCACTGAGCACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGTTCAACCAAGCCTTGTACGTGCACCTGGCTGCACTGAGCACTA  100

seq1  CACTACGCAGACAAACTTTTCCCATAATCCCTCCAACGGCCGTGTCACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACGCAGACAAACTTTTCCCATAATCCCTCCAACGGCCGTGTCACAG  150

seq1  TGTGGTTCCCCCGTGGGTTGCATATAGAGATCATAGAGACTAGCAACCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTCCCCCGTGGGTTGCATATAGAGATCATAGAGACTAGCAACCTG  200

seq1  CCCAAGGACTCATGGCTCAAGGTGGACGCTGGATGCCAGTGTTCCCACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGACTCATGGCTCAAGGTGGACGCTGGATGCCAGTGTTCCCACCC  250

seq1  ACAGACTTTTCTTAGAACGACGGGCATCTGCCAATCACATTGGCCCTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTTTTCTTAGAACGACGGGCATCTGCCAATCACATTGGCCCTTTC  300

seq1  TTAACCCTGGCTAGTGACCCGGGCATTGACCTATCATTGACCTCAGGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCCTGGCTAGTGACCCGGGCATTGACCTATCATTGACCTCAGGGAA  350

seq1  AACAGGCTTCTGGACTCTCTCAAAGGGAATGTTTTTAGTCAAATAATAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGCTTCTGGACTCTCTCAAAGGGAATGTTTTTAGTCAAATAATAAA  400

seq1  CCCAGGTTACACAAGAAGGTACAGCCGGGTAACCAGGTAAATCACGGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGTTACACAAGAAGGTACAGCCGGGTAACCAGGTAAATCACGGTCA  450

seq1  ATCAAACATAAGTATAGTATGATACTATATACTATATACTATATACTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACATAAGTATAGTATGATACTATATACTATATACTATATACTATA  500

seq1  TACTATATACTATATACTATATACTATATACTATATACTATATACTACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATATACTATATACTATATACTATATACTATATACTATATACTACAT  550

seq1  ACTACATACTACATACTACATACTACATACTACATACTATATACTATATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACATACTACATACTACATACTACATACTACATACTATATACTATATA  600

seq1  CTATATATAGGTATGTAGGTATATAGGTGTGTAGGTATATAATATAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATATAGGTATGTAGGTATATAGGTGTGTAGGTATATAATATAAATA  650

seq1  CTATAGTAGCGGTGAGCTCCCAGGAAGAAGGGAAATGGCTCACCTAACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGTAGCGGTGAGCTCCCAGGAAGAAGGGAAATGGCTCACCTAACAG  700

seq1  GGGAACTCTGCATTTAGACTTGACCCCTTCCTTCCTCTCTGCTTCCTGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACTCTGCATTTAGACTTGACCCCTTCCTTCCTCTCTGCTTCCTGGA  750

seq1  AGTATGCATGATGACCAGGGCTCCAGCTAACAGGAGAACCGTGACCATGG  800
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGCATGATGACCAAGGCTCCAGCTAACAGGAGAACCGTGACCATGG  800

seq1  AAGCTATGGG-TTTGGGTTACTGGGGTAGAAGATAAAAGGAGGTCTTGAT  849
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTATGGGTTTTGGGTTACTGGGGTAGAAGATAAAAGGAGGTCTTGAT  850

seq1  ACTGTATGGGTTCACAGCCCCATGATCATGTCCTTATCTGTGAGTTCTAA  899
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACTGTATGGGTTCACAGCTCCATGATCATGTCCTTATCTGTGAG-TCTAA  899

seq1  TGGGTTTTCTGGCACAGTCTGTGTCGGACTTTGGGCTTAGACAGGCTGAC  949
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTTCTGGCACAGTCTGTGTC-GACTTTGGGCTTAGACAGGCTGAC  948

seq1  ATTGTCCACCTTAACTGAAGTTTCCCATCCTTGCATAAGGTAAAGTCACC  999
      ||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||   |||||| |
seq2  ATTGTCCACCTTAACTGA--GTTCCCAT-CTTGCATAAG--TAAGTCA-C  992

seq1  TACACCTTGTCATGTGT  1016
      |||||  ||||||||||
seq2  TACAC--TGTCATGTGT  1007

seq1: chr19_40434932_40435121
seq2: B6Ng01-102G12.g_73_262 (reverse)

seq1  CCCCCCACCTCCACACACACTACCAGCCCCCCAAAATAGATTATCTCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCACCTCCACACACACTACCAGCCCCCCAAAATAGATTATCTCCAG  50

seq1  TACACAGGAATATCTGTTCTCCGTATCAGGTCAAATTCCCATCTAGCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGGAATATCTGTTCTCCGTATCAGGTCAAATTCCCATCTAGCACT  100

seq1  TCCATGAAATGTTTCCTAGCTTGGTCCAAATCTTCTTTTCAAGACATAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGAAATGTTTCCTAGCTTGGTCCAAATCTTCTTTTCAAGACATAGC  150

seq1  TTACCAAGACTGATGCTTAAACATATGCATCCCTCTTCAG  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAAGACTGATGCTTAAACATATGCATCCCTCTTCAG  190