BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-107F14
Chromosome19 (Build37)
Map Location 23,365,827 - 23,537,554
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMamdc2
Upstream geneTrpm3, EG433230, Klf9, Smc5
Downstream gene1700028P14Rik, LOC670565, LOC226030, EG625193, Ptar1, Apba1, Gm967, 1700021P04Rik, Tjp2, Fxn, LOC667743, Pip5k1b, LOC100042457
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-107F14.bB6Ng01-107F14.g
ACCDH914839DH914840
length1,2081,128
definitionDH914839|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-107F14, 5' end.DH914840|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-107F14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,536,318 - 23,537,554)(23,365,827 - 23,366,993)
sequence
gaattctactactacttaattgtgttgatggtgaaaagatgaagctgtgt
gttcttgtcttagttacttttctgttgccgtggagagacactgtgactaa
ggcaacttaaaaaagaatgcatttaattgggggatttcttacaatttcag
aggactccatgatatttaaggtggggatcatggcagacagcagacaggca
tggaacagtggctgagagcttatatctattatacaagcttgaatgatgtt
ggctttctgaaacctcaaagcccacccccagagacacacctcctccaaca
aggctgtacctcccaatctttcccaaatagttccaccatatagaagccat
gggatacatttttgttcaaacaaccacaattcttcaatcaaatcaacaga
attataaaatacttggttccatgctaggaattctgatctggtaaggacaa
tcatttttttcaaatcatttttatgtactatttatttatttattattttg
cagtgacaagactcaaaatgcagagcctttaaagtgctaggcaagcaatc
tgccactgaactatacctccaaccacaacccttgtattaaaaaataggaa
acctcccagatggttccagagtacagtaataaatacaaagtagtaagtta
ttgactttgaacactgaggtatcctacaattctggaagttaagtttcctc
caactggtgaccttgggtacttgggaaatctggaagaaccagcatcattc
agcattgataacctggtattgggccctttacattgaaagacttggtatta
gtaataatactaagtcccagctgctcagtggtgttgtgggagcaacacac
acacacacacacacacacacacacacaccacaaccaccaccatcaacatc
accaacatttttccactttttccttgatcccagcggtagcatataacctt
agctcccagggcttaagaggcccctcaagaacagaagtgtcatgaagcag
ctcatgaagcaggacaacagccatgctgcacctcccacagtgtgaaactt
gaagtgccaccagtggtgatctgcgagggaaaagaactatctacctgtcc
cttctacctctgtcacagttgcattaaccaagctaaagctgctgcaagat
cgcatctatgactttcagggagagattagtcagcttctaatgtccctttc
tctcaacc
gaattctaggatagagccagaaaggatatttgctggaaattcagccatgt
ggcagaatgtaggttaaaataaataggttatcttaagttatgtttctagt
cagagaagagcctagctatatggccaaggtatttgtaaaaatattttgag
tctgagtcttatttctgggagcatcaggctgggaagaagtactgtgtcct
aacttcaacaatctcctcctctttttacttcgtatatgacctttcataac
ttaataattcctaaaattcatagccccaacactattctagctttcccctc
ctggctactctgcccttcatgattttctttcttcaaaattcatctcatac
ttagtccttatcctcacccaccctatctttttaatattaatctaatactt
aattcctaactatacccaccttactctttcatagtcaatttaatattttt
tttacccactgtatttcccctctcatgcataattttattaactgaaatat
gggtatactccatattaattatggttttttactaacagtttttaaagact
aaagggccacggttattttaaacttgttaaccgaaaaatatgtattttat
tatttttaatcatttatctctgtgtgggtatgcacatgtgagtgcaggtg
ctggcagaagctagagatattgaatcctcttggagatgagattacacagt
agtgataggatatcagacagtagtgatctgtctgatatgtctgccaagaa
gctaactcaggtcctctggaagagcagtaagtctcttaactactgagcca
tcttttcatccctcagagccaccattagttgtagagactaataattgcat
agtggaaataccaagcacctgtgcttgctctctcaattaaaatcctactt
ggaatatatacacttataccaggcacttgacaccgagtgtaaggattatt
tttgactacatagatgaatctcagatattgagagagcataaatatgctca
agtacaacagctgaaggaattaggagtatgttagaattgaagaaatcgca
agagaacccgagaatcccactgcaatctagaatgtaaggctaagctgatg
gaaatctagcatagatggatggggagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_23536318_23537554
seq2: B6Ng01-107F14.b_44_1251 (reverse)

seq1  GGTTGAGGAGAAAGGCTGAGCAATTAGAAAAGCTGGACTAATCTCTCCCC  50
      |||||| ||||||||    |  |||||  ||||| ||||||||||| |||
seq2  GGTTGA-GAGAAAGG----GACATTAG--AAGCT-GACTAATCTCT-CCC  41

seq1  TGAAAGTTCCATAGAATGCTGATCTTGCAGCAGCTCTATGCCTTGGTGTT  100
      |||||||  ||||| |||| ||||||||||||||| ||   ||||  |||
seq2  TGAAAGT--CATAG-ATGC-GATCTTGCAGCAGCTTTA--GCTTG--GTT  83

seq1  AATGCCAACTGTGACAGAGGTAAGAAGAGACACAGGTAGATAGTGTCCTC  150
      |||| |||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||  || || 
seq2  AATG-CAACTGTGACAGAGGT-AGAAGGG--ACAGGTAGATA--GTTCTT  127

seq1  TTCCCTCGCAGATCACCACCCTGTTGGCACTTCAAGTTTCACACTGTGGG  200
      ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCGCAGATCACCA--CTGGTGGCACTTCAAGTTTCACACTGTGGG  175

seq1  AAGGTGCAGCATGGCTGTTGTCCTGCCTTCATGAGCTGCTTCATGAACAC  250
       |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  -AGGTGCAGCATGGCTGTTGTCCTG-CTTCATGAGCTGCTTCATG-ACAC  222

seq1  TTCTGTTCTTGAGTGGCCTCTTAAGCCCTGGGAGCTAAGGTTATATGCTA  300
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTCTTGAGGGGCCTCTTAAGCCCTGGGAGCTAAGGTTATATGCTA  272

seq1  CCGCTTGGGATCAAGGAAAAAGTGGAAAAATGTTGGTGATGTTGATGGTG  350
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGC-TGGGATCAAGGAAAAAGTGGAAAAATGTTGGTGATGTTGATGGTG  321

seq1  GTGGTTGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGCTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGCTCCC  371

seq1  ACAACACCACTGAGCAGCTGGGACTTAGTATTATTACTAATACCAAGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACACCACTGAGCAGCTGGGACTTAGTATTATTACTAATACCAAGTCT  421

seq1  TTCAATGTAAAGGGCCCAATACCAGGTTATCAATGCTGAATGATGCTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGTAAAGGGCCCAATACCAGGTTATCAATGCTGAATGATGCTGGT  471

seq1  TCTTCCAGATTTCCCAAGTACCCAAGGTCACCAGTTGGAGGAAACTTAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAGATTTCCCAAGTACCCAAGGTCACCAGTTGGAGGAAACTTAAC  521

seq1  TTCCAGAATTGTAGGATACCTCAGTGTTCAAAGTCAATAACTTACTACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAATTGTAGGATACCTCAGTGTTCAAAGTCAATAACTTACTACTT  571

seq1  TGTATTTATTACTGTACTCTGGAACCATCTGGGAGGTTTCCTATTTTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTATTACTGTACTCTGGAACCATCTGGGAGGTTTCCTATTTTTTA  621

seq1  ATACAAGGGTTGTGGTTGGAGGTATAGTTCAGTGGCAGATTGCTTGCCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAGGGTTGTGGTTGGAGGTATAGTTCAGTGGCAGATTGCTTGCCTA  671

seq1  GCACTTTAAAGGCTCTGCATTTTGAGTCTTGTCACTGCAAAATAATAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTTAAAGGCTCTGCATTTTGAGTCTTGTCACTGCAAAATAATAAAT  721

seq1  AAATAAATAGTACATAAAAATGATTTGAAAAAAATGATTGTCCTTACCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATAGTACATAAAAATGATTTGAAAAAAATGATTGTCCTTACCAG  771

seq1  ATCAGAATTCCTAGCATGGAACCAAGTATTTTATAATTCTGTTGATTTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAATTCCTAGCATGGAACCAAGTATTTTATAATTCTGTTGATTTGA  821

seq1  TTGAAGAATTGTGGTTGTTTGAACAAAAATGTATCCCATGGCTTCTATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGAATTGTGGTTGTTTGAACAAAAATGTATCCCATGGCTTCTATAT  871

seq1  GGTGGAACTATTTGGGAAAGATTGGGAGGTACAGCCTTGTTGGAGGAGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAACTATTTGGGAAAGATTGGGAGGTACAGCCTTGTTGGAGGAGGT  921

seq1  GTGTCTCTGGGGGTGGGCTTTGAGGTTTCAGAAAGCCAACATCATTCAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTCTGGGGGTGGGCTTTGAGGTTTCAGAAAGCCAACATCATTCAAG  971

seq1  CTTGTATAATAGATATAAGCTCTCAGCCACTGTTCCATGCCTGTCTGCTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATAATAGATATAAGCTCTCAGCCACTGTTCCATGCCTGTCTGCTG  1021

seq1  TCTGCCATGATCCCCACCTTAAATATCATGGAGTCCTCTGAAATTGTAAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCATGATCCCCACCTTAAATATCATGGAGTCCTCTGAAATTGTAAG  1071

seq1  AAATCCCCCAATTAAATGCATTCTTTTTTAAGTTGCCTTAGTCACAGTGT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCCCAATTAAATGCATTCTTTTTTAAGTTGCCTTAGTCACAGTGT  1121

seq1  CTCTCCACGGCAACAGAAAAGTAACTAAGACAAGAACACACAGCTTCATC  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCACGGCAACAGAAAAGTAACTAAGACAAGAACACACAGCTTCATC  1171

seq1  TTTTCACCATCAACACAATTAAGTAGTAGTAGAATTC  1237
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCACCATCAACACAATTAAGTAGTAGTAGAATTC  1208

seq1: chr19_23365827_23366993
seq2: B6Ng01-107F14.g_68_1195

seq1  GAATTCTAGGATAGAGCCAGAAAGGATATTTGCTGGAAATTCAGCCATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGATAGAGCCAGAAAGGATATTTGCTGGAAATTCAGCCATGT  50

seq1  GGCAGAATGTAGGTTAAAATAAATAGGTTATCTTAAGTTATGTTTCTAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAATGTAGGTTAAAATAAATAGGTTATCTTAAGTTATGTTTCTAGT  100

seq1  CAGAGAAGAGCCTAGCTATATGGCCAAGGTATTTGTAAAAATATTTTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAGAGCCTAGCTATATGGCCAAGGTATTTGTAAAAATATTTTGAG  150

seq1  TCTGAGTCTTATTTCTGGGAGCATCAGGCTGGGAAGAAGTACTGTGTCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTCTTATTTCTGGGAGCATCAGGCTGGGAAGAAGTACTGTGTCCT  200

seq1  AACTTCAACAATCTCCTCCTCTTTTTACTTCGTATATGACCTTTCATAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCAACAATCTCCTCCTCTTTTTACTTCGTATATGACCTTTCATAAC  250

seq1  TTAATAATTCCTAAAATTCATAGCCCCAACACTATTCTAGCTTTCCCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAATTCCTAAAATTCATAGCCCCAACACTATTCTAGCTTTCCCCTC  300

seq1  CTGGCTACTCTGCCCTTCATGATTTTCTTTCTTCAAAATTCATCTCATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTACTCTGCCCTTCATGATTTTCTTTCTTCAAAATTCATCTCATAC  350

seq1  TTAGTCCTTATCCTCACCCACCCTATCTTTTTAATATTAATCTAATACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCCTTATCCTCACCCACCCTATCTTTTTAATATTAATCTAATACTT  400

seq1  AATTCCTAACTATACCCACCTTACTCTTTCATAGTCAATTTAATATTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTAACTATACCCACCTTACTCTTTCATAGTCAATTTAATATTTTT  450

seq1  TTTACCCACTGTATTTCCCCTCTCATGCATAATTTTATTAACTGAAATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCCACTGTATTTCCCCTCTCATGCATAATTTTATTAACTGAAATAT  500

seq1  GGGTATACTCCATATTAATTATGGTTTTTTACTAACAGTTTTTAAAGACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATACTCCATATTAATTATGGTTTTTTACTAACAGTTTTTAAAGACT  550

seq1  AAAGGGCCACGGTTATTTTAAACTTGTTAACCGAAAAATATGTATTTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGCCACGGTTATTTTAAACTTGTTAACCGAAAAATATGTATTTTAT  600

seq1  TATTTTTAATCATTTATCTCTGTGTGGGTATGCACATGTGAGTGCAGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTAATCATTTATCTCTGTGTGGGTATGCACATGTGAGTGCAGGTG  650

seq1  CTGGCAGAAGCTAGAGATATTGAATCCTCTTGGAGATGAGATTACACAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAGAAGCTAGAGATATTGAATCCTCTTGGAGATGAGATTACACAGT  700

seq1  AGTGATAGGATATCAGACAGTAGTGATCTGTCTGATATGTCTGCCAAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATAGGATATCAGACAGTAGTGATCTGTCTGATATGTCTGCCAAGAA  750

seq1  GCTAACTCAGGTCCTCTGGAAGAGCAGTAAGTCTCTTAACTACTGAGCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACTCAGGTCCTCTGGAAGAGCAGTAAGTCTCTTAACTACTGAGCCA  800

seq1  TCTTTTCATCCCTCAGAGCCACCATTAGTTGTAGAGACTAATAATTGCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCATCCCTCAGAGCCACCATTAGTTGTAGAGACTAATAATTGCAT  850

seq1  AGTGGAAATACCAAGCACCTGTGCTTGCTCTCTCAATTAAAATCCTACTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAAATACCAAGCACCTGTGCTTGCTCTCTCAATTAAAATCCTACTT  900

seq1  GGAATAATATAACACTTATACCAGGCACTTGAACACCGAGTGTAAGGGAT  950
      ||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  GGAAT-ATAT-ACACTTATACCAGGCACTTG-ACACCGAGTGTAA-GGAT  946

seq1  TATTTTTTGAACTACATAGATGAAATCTCAGATAATTGAGAAGAGCATAA  1000
      |||||||   |||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||
seq2  TATTTTT--GACTACATAGATG-AATCTCAGAT-ATTGAG-AGAGCATAA  991

seq1  ATATGCTCAAAGTTACAAACAGCTGAAGGAAATAAGGGAAGTAATGTAAG  1050
      ||||||||||   ||| |||||||||||||| ||   | ||| |||| ||
seq2  ATATGCTCAA--GTAC-AACAGCTGAAGGAATTA---GGAGT-ATGTTAG  1034

seq1  ATATGAAAGAAAAATTCAGCAAAGAGAAACACCGAAGAAACCCCAACTGC  1100
      | ||  ||||||   || || ||||||   |||  |||| |||  |||||
seq2  A-ATTGAAGAAA---TC-GC-AAGAGA---ACCCGAGAATCCC--ACTGC  1073

seq1  AGATGCTAGAAATGTAAAGGCTAAAAGCCTGATGGGAAAATCTAAGCAAT  1150
      | || |||| ||||| ||||||||    |||||||  |||||| ||| ||
seq2  A-AT-CTAG-AATGT-AAGGCTAA---GCTGATGG--AAATCT-AGC-AT  1112

seq1  AGAATGGATGGGGAGAG  1167
      || ||||||||||||||
seq2  AG-ATGGATGGGGAGAG  1128