BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-111A22
Chromosome19 (Build37)
Map Location 10,045,408 - 10,201,549
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFth1, Best1, Rab3il1, Fads3, Fads2
Upstream geneEef1g, Ahnak, Scgb1a1, Asrgl1, EG621699, LOC100040104, LOC623810, Pcna-ps2, LOC100040130, LOC100040137, LOC100040143, LOC100040152, Stxbp3b, LOC623688, LOC100040178, LOC100040192, 6720475J19Rik, LOC100040203, Incenp, LOC100040215
Downstream geneLOC100040227, Fads1, Fen1, 1810006K21Rik, Gm98, Dagla, Syt7, Gm705, 4930579J09Rik, 0610038F07Rik, 5730453I16Rik, 2810441K11Rik, Tmem138, Cybasc3, Dak, Ddb1, Vwce, Pga5, 2210404E10Rik, Vps37c, Cd5, Cd6, Slc15a3, Tmem132a, Tmem109, Prpf19, Zp1, Gpr44, Ccdc86, Ms4a10, E530011F12Rik, 5033428B15Rik, AW112010, Ms4a8a, Gm336, LOC624395
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-111A22.bB6Ng01-111A22.g
ACCDH917505DH917506
length9711,071
definitionDH917505|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111A22, 5' end.DH917506|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111A22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,045,408 - 10,046,373)(10,200,453 - 10,201,549)
sequence
gaattccatgattttttaaaaagggatgggaatgttcagaggtggttaga
atatcattcattcctctaaagctagagagataggtaaggaaagaacatga
aagatgtcctaaaatgcatcttgggtttgactcaggacaacaagactccg
atcctaagttacaagcttcagacaagagatgggggtggagagaaggttgg
gattgggttcagggccctgcctggaaactggtagtgatggacttcataac
agatcaccctaaactctcctaccgttgtacttctctttcagaaatgccag
ctgcttccagatgtttgtacaggaatgaaagaccatgagctcctcagaga
gaccttatagctgcctaatcttgtactgttcttctgtgactgacaagaga
cctcccagtcgagactgcagagtgccctggagggctgaagaaccagtctt
ggtccctaatggtagtgcaccccttaggtctcctcaggcttgctcaggaa
tgtcaccagaacagcaagctatctcgggctacctggtcactgattaatcc
tgccaactacagactaagctcagtggataactcaaaaccaagtttcttgt
ctgagccttgccatgagactcttttgtagtggcaaagacaaaactgagcc
agcaagacagctcagtaagtaaaggaatccagcatcaagccagactgcct
gagttcaatttccccaagacccacattgtagaaggagagaaccaaaactt
tacaagatgtcctccacacatgatgtcatggcatgtatgcacccaaacgc
acacaacatacataagtgtatgtaagcatacagatatacaaatacattat
acacggtgtgtatatatgtgcatgtatatacatacgcctatatacatatt
ggtatatatgtagatttatgtatacatattttatacacatacatttatta
catgttacagtaggtatatat
gaattcacaccctcgtggttgcagtcaggctcattcaactcaggccaggg
gctgtgcctgcagagaggggcactttggggctttttgagcatgaactatg
attagcaggaagctgggaccaaatccacaagaccttgtcacagcaagata
catgctgtggcaccaccacggccagcaaatcagaatccaagtacagaggg
cacagaaatccccaagtaatcaggccaggtttgtgcttacaggagggctg
aggcagagctaaggggttggagattcactacacattctgcagtctacttg
aaatggagcaagcctttttacaaccacacacattgttggaacgaggctgt
caacagttcaaaagcctgtttggcttacccaatcagtctagtgggcacca
agaacagcctcctgtcttgctacaagggcaacaggaggaagtggagagtc
agagcagctcagtctcgcagtgacatccaagtgctgggcaaatcattttt
ctagcactgtgcactcatgggtaaaacagggccaaccctgtctgcactta
tagaccacacagaaagccatgtaatcattcactgaaaaaagggactctct
ctctctctctctatatatatatatatacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacatatgcctcactgattgcttgtagccag
aagcaaggaatgattaatgaagtagatttagatgctggggctgcccagct
aggacatttccttttcttgggacccactggcactgagtcagaaacagatg
taatagtgtaagcccaggatggctcaagggtgtgaggaatgcttctaggt
gtgctggagtacgacagcataccttcttcaggtgagtgtctgactcagca
tacactaagtgtgatgaggagaaagatgctcagagtagggtgtacccagg
atctcagcatcaacagtagcagcagtagcagcagcagcagcagcgagggc
tcctctgcatgagctcacacttgactctttcatcgtctccttgaattact
gggaactgactctactgcaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_10045408_10046373
seq2: B6Ng01-111A22.b_49_1019

seq1  GAATTCCATGATTTTTTAAAAAGGGATGGGAATGTTCAGAGGTGGTTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGATTTTTTAAAAAGGGATGGGAATGTTCAGAGGTGGTTAGA  50

seq1  ATATCATTCATTCCTCTAAAGCTAGAGAGATAGGTAAGGAAAGAACATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCATTCATTCCTCTAAAGCTAGAGAGATAGGTAAGGAAAGAACATGA  100

seq1  AAGATGTCCTAAAATGCATCTTGGGTTTGACTCAGGACAACAAGACTCCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTCCTAAAATGCATCTTGGGTTTGACTCAGGACAACAAGACTCCG  150

seq1  ATCCTAAGTTACAAGCTTCAGACAAGAGATGGGGGTGGAGAGAAGGTTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAAGTTACAAGCTTCAGACAAGAGATGGGGGTGGAGAGAAGGTTGG  200

seq1  GATTGGGTTCAGGGCCCTGCCTGGAAACTGGTAGTGATGGACTTCATAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGGTTCAGGGCCCTGCCTGGAAACTGGTAGTGATGGACTTCATAAC  250

seq1  AGATCACCCTAAACTCTCCTACCGTTGTACTTCTCTTTCAGAAATGCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCACCCTAAACTCTCCTACCGTTGTACTTCTCTTTCAGAAATGCCAG  300

seq1  CTGCTTCCAGATGTTTGTACAGGAATGAAAGACCATGAGCTCCTCAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCCAGATGTTTGTACAGGAATGAAAGACCATGAGCTCCTCAGAGA  350

seq1  GACCTTATAGCTGCCTAATCTTGTACTGTTCTTCTGTGACTGACAAGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTATAGCTGCCTAATCTTGTACTGTTCTTCTGTGACTGACAAGAGA  400

seq1  CCTCCCAGTCGAGACTGCAGAGTGCCCTGGAGGGCTGAAGAACCAGTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCAGTCGAGACTGCAGAGTGCCCTGGAGGGCTGAAGAACCAGTCTT  450

seq1  GGTCCCTAATGGTAGTGCACCCCTTAGGTCTCCTCAGGCTTGCTCAGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCTAATGGTAGTGCACCCCTTAGGTCTCCTCAGGCTTGCTCAGGAA  500

seq1  TGTCACCAGAACAGCAAGCTATCTCGGGCTACCTGGTCACTGATTAATCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCAGAACAGCAAGCTATCTCGGGCTACCTGGTCACTGATTAATCC  550

seq1  TGCCAACTACAGACTAAGCTCAGTGGATAACTCAAAACCAAGTTTCTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAACTACAGACTAAGCTCAGTGGATAACTCAAAACCAAGTTTCTTGT  600

seq1  CTGAGCCTTGCCATGAGACTCTTTTGTAGTGGCAAAGACAAAACTGAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCTTGCCATGAGACTCTTTTGTAGTGGCAAAGACAAAACTGAGCC  650

seq1  AGCAAGACAGCTCAGTAAGTAAAGGAATCCAGCATCAAGCCAGACTGCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGACAGCTCAGTAAGTAAAGGAATCCAGCATCAAGCCAGACTGCCT  700

seq1  GAGTTCAA-TTCCCCAAGACCCACATTGTAGAAGGAGAGAACCAAAAC-T  748
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GAGTTCAATTTCCCCAAGACCCACATTGTAGAAGGAGAGAACCAAAACTT  750

seq1  TACAAGATGTCCTCCACACATGATGTCATGGCATGTATGCACCCAAACGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGATGTCCTCCACACATGATGTCATGGCATGTATGCACCCAAACGC  800

seq1  ACACAACATACATAAGTGTATGTAAGCATACAGATATACAAATACA-TAT  847
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACACAACATACATAAGTGTATGTAAGCATACAGATATACAAATACATTAT  850

seq1  ACAC-GTGTGTATATATGTGCATGTATATACATACGCATATATACATA-T  895
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  ACACGGTGTGTATATATGTGCATGTATATACATACGCCTATATACATATT  900

seq1  GGTATATATGTAGATATATGTATACATA-TTTATACACATACATATA-TA  943
      ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| || ||
seq2  GGTATATATGTAGATTTATGTATACATATTTTATACACATACATTTATTA  950

seq1  CATGTTACATATGTA-TTATATAT  966
      |||||||||   |||  |||||||
seq2  CATGTTACA---GTAGGTATATAT  971

seq1: chr19_10200453_10201549
seq2: B6Ng01-111A22.g_66_1136 (reverse)

seq1  TCTGCAGTAGAGTCAGTCTCCAGTAATACTACAGAGAGACGATGGAAAGA  50
      |||||||||||||||||  |||||||   | ||  |||||||| ||||| 
seq2  TCTGCAGTAGAGTCAGTTCCCAGTAA---TTCAAGGAGACGAT-GAAAG-  45

seq1  AGTCAAAGTTGGTGAGCCCAGGGCAGGAGGGAAGGCCCCTCGGCTGCTGC  100
      |||| ||||  |||||| ||  ||| ||||  ||  ||||| ||||||||
seq2  AGTC-AAGT--GTGAGCTCA-TGCA-GAGG--AG--CCCTC-GCTGCTGC  85

seq1  TGCTGCTGCTACTGCTGCTGGCTGTTTGATGCTGAGATTCCTGGGTACAC  150
      |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGCTGCTGCTACTGCTGCT-ACTG-TTGATGCTGAGA-TCCTGGGTACAC  132

seq1  CCCTTACTTCTGAGCATCTTTCTCCTCATCACACTTAGTGGTAATGCTGG  200
      ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |
seq2  CC--TAC-TCTGAGCATCTTTCTCCTCATCACACTTAGTG--TATGCT-G  176

seq1  AGTCAGACACTCACCTTGAAGAAGGTATGCTGTCGTACTCCCAGCACACC  250
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGTCAGACACTCACC-TGAAGAAGGTATGCTGTCGTACT-CCAGCACACC  224

seq1  TAGGAGCATTCCTCACACCCTTGAGCCATCCTGGGCTTACACTATTACAT  300
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGCATTCCTCACACCCTTGAGCCATCCTGGGCTTACACTATTACAT  274

seq1  CTGTTTCCTGACTCAGTGCCAGTGGGTCCCAAG-AAAGGAAATGTCCTAG  349
      |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTGTTT-CTGACTCAGTGCCAGTGGGTCCCAAGAAAAGGAAATGTCCTAG  323

seq1  CTGGGCAGCCCCAGCATCTAAATCTACTTCATTAATCATTCCTTGCTTCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCAGCCCCAGCATCTAAATCTACTTCATTAATCATTCCTTGCTTCT  373

seq1  GGCTACAAGCAATCAGTGAGGCATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACAAGCAATCAGTGAGGCATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  423

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATAGAGAGAGAGAGAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATAGAGAGAGAGAGAG  473

seq1  AGAGTCCCTTTTTTCAGTGAATGATTACATGGCTTTCTGTGTGGTCTATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCCCTTTTTTCAGTGAATGATTACATGGCTTTCTGTGTGGTCTATA  523

seq1  AGTGCAGACAGGGTTGGCCCTGTTTTACCCATGAGTGCACAGTGCTAGAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAGACAGGGTTGGCCCTGTTTTACCCATGAGTGCACAGTGCTAGAA  573

seq1  AAATGATTTGCCCAGCACTTGGATGTCACTGCGAGACTGAGCTGCTCTGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATTTGCCCAGCACTTGGATGTCACTGCGAGACTGAGCTGCTCTGA  623

seq1  CTCTCCACTTCCTCCTGTTGCCCTTGTAGCAAGACAGGAGGCTGTTCTTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCACTTCCTCCTGTTGCCCTTGTAGCAAGACAGGAGGCTGTTCTTG  673

seq1  GTGCCCACTAGACTGATTGGGTAAGCCAAACAGGCTTTTGAACTGTTGAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCACTAGACTGATTGGGTAAGCCAAACAGGCTTTTGAACTGTTGAC  723

seq1  AGCCTCGTTCCAACAATGTGTGTGGTTGTAAAAAGGCTTGCTCCATTTCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCGTTCCAACAATGTGTGTGGTTGTAAAAAGGCTTGCTCCATTTCA  773

seq1  AGTAGACTGCAGAATGTGTAGTGAATCTCCAACCCCTTAGCTCTGCCTCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGACTGCAGAATGTGTAGTGAATCTCCAACCCCTTAGCTCTGCCTCA  823

seq1  GCCCTCCTGTAAGCACAAACCTGGCCTGATTACTTGGGGATTTCTGTGCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCCTGTAAGCACAAACCTGGCCTGATTACTTGGGGATTTCTGTGCC  873

seq1  CTCTGTACTTGGATTCTGATTTGCTGGCCGTGGTGGTGCCACAGCATGTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTACTTGGATTCTGATTTGCTGGCCGTGGTGGTGCCACAGCATGTA  923

seq1  TCTTGCTGTGACAAGGTCTTGTGGATTTGGTCCCAGCTTCCTGCTAATCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTGTGACAAGGTCTTGTGGATTTGGTCCCAGCTTCCTGCTAATCA  973

seq1  TAGTTCATGCTCAAAAAGCCCCAAAGTGCCCCTCTCTGCAGGCACAGCCC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCATGCTCAAAAAGCCCCAAAGTGCCCCTCTCTGCAGGCACAGCCC  1023

seq1  CTGGCCTGAGTTGAATGAGCCTGACTGCAACCACGAGGGTGTGAATTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTGAGTTGAATGAGCCTGACTGCAACCACGAGGGTGTGAATTC  1071