BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121K12
Chromosome19 (Build37)
Map Location 42,220,334 - 42,372,580
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMarveld1, EG628994, LOC100042633, Zfyve27, Sfrp5, 4933417O08Rik, Crtac1
Upstream geneTll2, Tm9sf3, Pik3ap1, LOC100043167, EG627352, Lcor, AI606181, Slit1, Arhgap19, Frat1, Frat2, Rrp12, LOC100042609, Pgam1, Exosc1, Zdhhc16, Mms19l, Ubtd1, Ankrd2, 0610010D20Rik, 4933411K16Rik, BC023055, Pi4k2a, Avpi1
Downstream geneD19Ertd386e, Loxl4, 4833409A17Rik, Hps1, LOC545291, EG627624
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121K12.bB6Ng01-121K12.g
ACCDH925286DH925287
length1,140814
definitionDH925286|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121K12, 5' end.DH925287|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121K12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,371,424 - 42,372,580)(42,220,334 - 42,221,146)
sequence
gaattccttgctcagccctctgccatctgccacaggaacttcttggcccc
aaaccttggcccacagtctcttggctctttccctcctccctgaagcaagc
tttgcccatgttcctcttcttttttctcttctgcgcctctccttttccac
ccgttctccctcttccctgtctcctcatccccttcctcctcccctccctc
tctcccagcattcctacctcccggctctatgccaccctggctgatgcctg
ccaccttcctccctccagggcttcagcaacaactggttgcgtgtggtacc
tcgcacccggttcggggcctttgccaggggcgccaaggttgtactctaca
ccaagaagagtggggcgcacctacggatcattgatgggggttccggctac
ctgtgtgaaatggagcctgtggcacattttggcctgggtgagttggggcc
catgacaacagtagtagtagccttcctgtgtgctgcagccctagggtttg
ggaggtaacttctctgtggcagcacagtgggtgcccattgtaaaggccac
cacctgtgttcggtggtgagtctgtgcccaagaaagaggaacggaggaag
gggaaagcaggagcccccaagccagggcttctgtggaattagctcaccta
ggggtcagagtccttaattctccattcttaattctgcccagaccatagct
ctgtttacacactgaactccaccaaatatgtccagagcagctgtctgtgc
cccacccccatccccggagccagttcagtctttaaggtactgcccaaagt
ctgatgtcttcctgggacggaaggcttagagttttgagttttcttctttc
ttttttcttcttcttaaagatttatttattgttggttatttatttattta
tttattattcattcattcattcatttatttatttattaatatgagtacac
accattgctctcttcagacacaccagagaggcatcagagagcatcagacc
cattatggatggtgtgagcaccatgtggttgctgggaatgaactcaggac
tctggaagaacagtcgttgctctactgctgagtcatctctcagcccgagt
cctggatttcaacggcacgaagtcacttgaaaaggtgaag
gaattctacatcttgatccgcaggcagcagaaagagactgtgttccacag
tgttccagcttgagcacatgagaccttaaagcccacagccacagtgaaac
aggtcctctagcaaggccacactgattccaacaaggctacacctcttaac
ggtgccaatccttatgggctaagcagtgagtttatgtgggatgtatctat
tcaaatcaccacacttaggtccagtactattcctgcagccaattggcaag
caactccatttgtatgtactgaggggctcctacatgccaggctcaggcaa
agatggataagccagaatagaccagtttttgatgtagtagactcagaact
agggatgattcaaatggaggcccagacaaacaaataattgtcaatgtggg
gagctcaaccttaaaccagtaagtgcttaaactgggtatgtctgctggtg
agggagtgtctggaaaataaagagcattctgagttcatgtgggaaacttg
cagttcataagtgacagagtttggacatgagttggggaaggaagtggaaa
aaacccaagaaactggaagttggttggggacagattatgtaatgtgccac
attgacaggacacagctccatactgggttgggaacagccaggtcagttgt
gtaacattgctgaagcacaaaaggttggctctttggtggggtggagagca
gagaagccatctctggcttcctggtctgaaacccttcagtcttcaggaaa
aatgaaaacaactattgctctcctgtcttgggtcgcgggagcttacataa
agatggcccctgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_42371424_42372580
seq2: B6Ng01-121K12.b_47_1186 (reverse)

seq1  CTTCACCTCTTCAAGTGACTCTGTGCCCGTTGAAAACTCAGGACTCGGGC  50
      |||||||| |||||||||||  ||| ||||||||| | ||||||||||||
seq2  CTTCACCTTTTCAAGTGACTTCGTG-CCGTTGAAATC-CAGGACTCGGGC  48

seq1  TGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCAACGACTGTTCTTCCAGAGGTCC  100
      | |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  T-GAGAGATGACTCAGCAGT--AGAGCAACGACTGTTCTTCCAGA-GTCC  94

seq1  TGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCATAATGG  150
      ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |
seq2  TGAGTTC-ATTCCCAGCAACCACATGGT-GCTCAC-ACCATCCATAAT-G  140

seq1  GGTCTGATGCTCTCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGAGAGCAATG  200
      ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGATGCTCTCTGATG-CCTC-TCTGGTGTGTCTGAAGAGAGCAATG  188

seq1  GTGTGTACTCATATTAAATAAATAAATAAATGAATGAATGAATGAATAAA  250
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTGTGTACTCATATT-AATAAATAAATAAATGAATGAATGAATGAAT-AA  236

seq1  TAAATAAATAAATAAATAAACAAACAAATAAATAAATCTTTAAGAAGAAG  300
      ||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAATAAATAAATAACCAA--CAATAAATAAATCTTTAAGAAGAAG  284

seq1  AAAAAAGAAAGAAAGAAAACTCAAAACTCTAAGCCTTCCGTCCCAGGAAG  350
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGAAAG-AAGAAAACTCAAAACTCTAAGCCTTCCGTCCCAGGAAG  333

seq1  ACATCAGACTTTGGGCAGTACCTTAAAGACTGAACTGGCTCCGGGGATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAGACTTTGGGCAGTACCTTAAAGACTGAACTGGCTCCGGGGATGG  383

seq1  GGGTGGGGCACAGACAGCTGCTCTGGACATATTTGGTGGAGTTCAGTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGGCACAGACAGCTGCTCTGGACATATTTGGTGGAGTTCAGTGTG  433

seq1  TAAACAGAGCTATGGTCTGGGCAGAATTAAGAATGGAGAATTAAGGACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAGAGCTATGGTCTGGGCAGAATTAAGAATGGAGAATTAAGGACTC  483

seq1  TGACCCCTAGGTGAGCTAATTCCACAGAAGCCCTGGCTTGGGGGCTCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCCTAGGTGAGCTAATTCCACAGAAGCCCTGGCTTGGGGGCTCCTG  533

seq1  CTTTCCCCTTCCTCCGTTCCTCTTTCTTGGGCACAGACTCACCACCGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCCTTCCTCCGTTCCTCTTTCTTGGGCACAGACTCACCACCGAAC  583

seq1  ACAGGTGGTGGCCTTTACAATGGGCACCCACTGTGCTGCCACAGAGAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTGGTGGCCTTTACAATGGGCACCCACTGTGCTGCCACAGAGAAGT  633

seq1  TACCTCCCAAACCCTAGGGCTGCAGCACACAGGAAGGCTACTACTACTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCCCAAACCCTAGGGCTGCAGCACACAGGAAGGCTACTACTACTGT  683

seq1  TGTCATGGGCCCCAACTCACCCAGGCCAAAATGTGCCACAGGCTCCATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGGGCCCCAACTCACCCAGGCCAAAATGTGCCACAGGCTCCATTT  733

seq1  CACACAGGTAGCCGGAACCCCCATCAATGATCCGTAGGTGCGCCCCACTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGGTAGCCGGAACCCCCATCAATGATCCGTAGGTGCGCCCCACTC  783

seq1  TTCTTGGTGTAGAGTACAACCTTGGCGCCCCTGGCAAAGGCCCCGAACCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGTGTAGAGTACAACCTTGGCGCCCCTGGCAAAGGCCCCGAACCG  833

seq1  GGTGCGAGGTACCACACGCAACCAGTTGTTGCTGAAGCCCTGGAGGGAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCGAGGTACCACACGCAACCAGTTGTTGCTGAAGCCCTGGAGGGAGG  883

seq1  AAGGTGGCAGGCATCAGCCAGGGTGGCATAGAGCCGGGAGGTAGGAATGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGCAGGCATCAGCCAGGGTGGCATAGAGCCGGGAGGTAGGAATGC  933

seq1  TGGGAGAGAGGGAGGGGAGGAGGAAGGGGATGAGGAGACAGGGAAGAGGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGAGAGGGAGGGGAGGAGGAAGGGGATGAGGAGACAGGGAAGAGGG  983

seq1  AGAACGGGTGGAAAAGGAGAGGCGCAGAAGAGAAAAAAGAAGAGGAACAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACGGGTGGAAAAGGAGAGGCGCAGAAGAGAAAAAAGAAGAGGAACAT  1033

seq1  GGGCAAAGCTTGCTTCAGGGAGGAGGGAAAGAGCCAAGAGACTGTGGGCC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAAGCTTGCTTCAGGGAGGAGGGAAAGAGCCAAGAGACTGTGGGCC  1083

seq1  AAGGTTTGGGGCCAAGAAGTTCCTGTGGCAGATGGCAGAGGGCTGAGCAA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTTGGGGCCAAGAAGTTCCTGTGGCAGATGGCAGAGGGCTGAGCAA  1133

seq1  GGAATTC  1157
      |||||||
seq2  GGAATTC  1140

seq1: chr19_42220334_42221146
seq2: B6Ng01-121K12.g_67_880

seq1  GAATTCTACATCTTGATCCGCAGGCAGCAGAAAGAGACTGTGTTCCACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACATCTTGATCCGCAGGCAGCAGAAAGAGACTGTGTTCCACAG  50

seq1  TGTTCCAGCTTGAGCACATGAGACCTTAAAGCCCACAGCCACAGTGAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCAGCTTGAGCACATGAGACCTTAAAGCCCACAGCCACAGTGAAAC  100

seq1  AGGTCCTCTAGCAAGGCCACACTGATTCCAACAAGGCTACACCTCTTAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCTCTAGCAAGGCCACACTGATTCCAACAAGGCTACACCTCTTAAC  150

seq1  GGTGCCAATCCTTATGGGCTAAGCAGTGAGTTTATGTGGGATGTATCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCAATCCTTATGGGCTAAGCAGTGAGTTTATGTGGGATGTATCTAT  200

seq1  TCAAATCACCACACTTAGGTCCAGTACTATTCCTGCAGCCAATTGGCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATCACCACACTTAGGTCCAGTACTATTCCTGCAGCCAATTGGCAAG  250

seq1  CAACTCCATTTGTATGTACTGAGGGGCTCCTACATGCCAGGCTCAGGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCCATTTGTATGTACTGAGGGGCTCCTACATGCCAGGCTCAGGCAA  300

seq1  AGATGGATAAGCCAGAATAGACCAGTTTTTGATGTAGTAGACTCAGAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGATAAGCCAGAATAGACCAGTTTTTGATGTAGTAGACTCAGAACT  350

seq1  AGGGATGATTCAAATGGAGGCCCAGACAAACAAATAATTGTCAATGTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGATTCAAATGGAGGCCCAGACAAACAAATAATTGTCAATGTGGG  400

seq1  GAGCTCAACCTTAAACCAGTAAGTGCTTAAACTGGGTATGTCTGCTGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCAACCTTAAACCAGTAAGTGCTTAAACTGGGTATGTCTGCTGGTG  450

seq1  AGGGAGTGTCTGGAAAATAAAGAGCATTCTGAGTTCATGTGGGAAACTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGTGTCTGGAAAATAAAGAGCATTCTGAGTTCATGTGGGAAACTTG  500

seq1  CAGTTCATAAGTGACAGAGTTTGGACATGAGTTGGGGAAGGAAGTGGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCATAAGTGACAGAGTTTGGACATGAGTTGGGGAAGGAAGTGGAAA  550

seq1  AAACCCAAGAAACTGGAAGTTGGTTGGGGACAGATTATGTAATGTGCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCAAGAAACTGGAAGTTGGTTGGGGACAGATTATGTAATGTGCCAC  600

seq1  ATTGACAGGACACAGCTCCATACTGGGTTGGGAACAGCCAGGTCAGTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACAGGACACAGCTCCATACTGGGTTGGGAACAGCCAGGTCAGTTGT  650

seq1  GTAACATTGCTGAAGCAC-AAAGGTTGGCTCTTTGGTGGGGTGGAGAGCA  699
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACATTGCTGAAGCACAAAAGGTTGGCTCTTTGGTGGGGTGGAGAGCA  700

seq1  GAGAAGCCATCTCTGGCTTCCTGGTCTGAAACCCTTCAGTCTTCAGGAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCCATCTCTGGCTTCCTGGTCTGAAACCCTTCAGTCTTCAGGAAA  750

seq1  AATGAAAACAACTATTGCTCTCCTGTCTTGGGTCGCGGGAAGCTTACATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AATGAAAACAACTATTGCTCTCCTGTCTTGGGTCGCGGG-AGCTTACATA  799

seq1  GAGA-GGGCCCTGTA  813
       ||| || |||||||
seq2  AAGATGGCCCCTGTA  814