BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121O09
Chromosome19 (Build37)
Map Location 17,819,650 - 17,944,081
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcsk5
Upstream geneVps13a, Foxb2, A230083H22Rik, Gcnt1, Rfk
Downstream geneEef1a1-ps1, LOC383440, Ostf1, LOC666712, BC016495, LOC100042193, 2410127L17Rik, LOC100042184, D030056L22Rik, Trpm6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121O09.bB6Ng01-121O09.g
ACCDH925464DH925465
length1,1581,106
definitionDH925464|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121O09, 5' end.DH925465|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121O09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,819,650 - 17,820,826)(17,942,961 - 17,944,081)
sequence
gaattcaatgaggcacaaacttaagaaactatcaatgtaggttacttctc
cctggttttactgacagagagggtaacatgctttgagagttcctagactt
agttagtggtataaactagtgcagcaacaccaggtctcaagtgagtggct
ctaccagcggtcctgctaagctggagtctacctttcacagatgactcttg
cttgcttgagaacatgccacatgcttgcagctttccaccatgttgcattt
tcaattaaaatagctaaatgaggggtcttaaatggatgatttccaagctg
cttggataataatgccacaaactccaccagattttattagagtcaaataa
cagtataaaccagtaggaaaatgtgtgccaaccacagaaacagcaatgcc
tcaaactcttggagcaccgaacactatgcagttggctgagaaagaaccat
gtggcttcaaatcatttttagcaattactatgctagctagttcattgttt
ttggcagatatgccctccataatgacagaactcagctaattttcactttg
ctgatcggcaaatatgattctggaaaaaccacccagagagttttcatgaa
atctgaggcagtgcatcaaagacatgagtccatttgttactatcagtctt
caaaggacagacactaaacatgccacccaacatgcatcccaggaagttct
cagatgctgatcccaaccaccagtgtcagagacaaaaagcaaaacattca
ggccattttttcttttcctttttctctctttctccacaagttttactttt
aattaacacaccaaaacttaaaaatgtatgggcaaccacatgctattcca
acatgtcctcaaacatttatcatctatctgtgacagaaatactccacatc
ctttctttcagcctcttggaacgaccaatgtgtcacctatgctacaatca
ggttttctgtctcagatacataactgctttctcctacctactctaactga
gcatcattgatcgacccttttcttccctttatcttactctagagtgaatt
gcctttcctgggtagaaagatatgttttcagttatttactatgagattct
cgaagcatcactgacttttaatactatgcaaaaaatgagcatgtaggtct
tgtcaatt
gaattctcacttacactagtttttgttgtataaatcttgctctgcaattt
aaagctttaggttaaataaaagtggctacagccaattactggggagacta
gaggtgggcggggcttagcgttagttgcagggctgggagtaacaggtggc
aatcatgagaaggaagaaaaagaaaaagacagagagaacagcatgtctcc
attagacttgatagaccaggggcatgtccctgagtgaaatgtttcctgag
gacagagttctggagcagaaaccacctgggccatactcaaacagcaaggg
cttggacacagctggaaattagccgatctagctttagaaaaatagattag
ggttaattctcccagaaattgtgctaaagctgactttaaaatactgagaa
ctctgccccgattattgggggcatggctgtgtcctattaataactaatag
attcattaagtaatattttaaaataccctttacatttggccctgaagacc
tgcctagttctatttcccccagtaactctgctaaagctgattaaataaat
ctagtaggcctcagtctagattacttgggggactaagaaccaacagagtt
aataaataatgtttaaagcaacacccacccagtcccctttcttcaaatca
atgtctaatctatttccccttcatggagcaatttaagtgtagtcttcctt
gttactttgtttctttgggtctgtgttttatagcatagttatcctgcatt
ttatggctaatacacttataagtgagaacataccatgtttgtctttctgt
ctgggttacctcactcggatgatcttttctagttccattcatttgcctgc
aaatagtagccaactattagaagtatgtatgaagtcaagtgtggtagtac
agtcctgtgatcccagcactgtgggaaggcacatgtgccgttgctgagtg
cactgactactgctggccaccacgcataagattgacaacaccatgtgtaa
atatgcagtaaagtttttgcaagacactgcttgcccaggcatgataatga
gttcttgtagtactgagagatataccaatcgatgtgaacatgccaatgag
aatgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_17819650_17820826
seq2: B6Ng01-121O09.b_47_1204

seq1  GAATTCAATGAGGCACAAACTTAAGAAACTATCAATGTAGGTTACTTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGAGGCACAAACTTAAGAAACTATCAATGTAGGTTACTTCTC  50

seq1  CCTGGTTTTACTGACAGAGAGGGTAACATGCTTTGAGAGTTCCTAGACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTTTTACTGACAGAGAGGGTAACATGCTTTGAGAGTTCCTAGACTT  100

seq1  AGTTAGTGGTATAAACTAGTGCAGCAACACCAGGTCTCAAGTGAGTGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGTGGTATAAACTAGTGCAGCAACACCAGGTCTCAAGTGAGTGGCT  150

seq1  CTACCAGCGGTCCTGCTAAGCTGGAGTCTACCTTTCACAGATGACTCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAGCGGTCCTGCTAAGCTGGAGTCTACCTTTCACAGATGACTCTTG  200

seq1  CTTGCTTGAGAACATGCCACATGCTTGCAGCTTTCCACCATGTTGCATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTGAGAACATGCCACATGCTTGCAGCTTTCCACCATGTTGCATTT  250

seq1  TCAATTAAAATAGCTAAATGAGGGGTCTTAAATGGATGATTTCCAAGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTAAAATAGCTAAATGAGGGGTCTTAAATGGATGATTTCCAAGCTG  300

seq1  CTTGGATAATAATGCCACAAACTCCACCAGATTTTATTAGAGTCAAATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGATAATAATGCCACAAACTCCACCAGATTTTATTAGAGTCAAATAA  350

seq1  CAGTATAAACCAGTAGGAAAATGTGTGCCAACCACAGAAACAGCAATGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATAAACCAGTAGGAAAATGTGTGCCAACCACAGAAACAGCAATGCC  400

seq1  TCAAACTCTTGGAGCACCGAACACTATGCAGTTGGCTGAGAAAGAACCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTCTTGGAGCACCGAACACTATGCAGTTGGCTGAGAAAGAACCAT  450

seq1  GTGGCTTCAAATCATTTTTAGCAATTACTATGCTAGCTAGTTCATTGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTTCAAATCATTTTTAGCAATTACTATGCTAGCTAGTTCATTGTTT  500

seq1  TTGGCAGATATGCCCTCCATAATGACAGAACTCAGCTAATTTTCACTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAGATATGCCCTCCATAATGACAGAACTCAGCTAATTTTCACTTTG  550

seq1  CTGATCGGCAAATATGATTCTGGAAAAACCACCCAGAGAGTTTTCATGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCGGCAAATATGATTCTGGAAAAACCACCCAGAGAGTTTTCATGAA  600

seq1  ATCTGAGGCAGTGCATCAAAGACATGAGTCCATTTGTTACTATCAGTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGGCAGTGCATCAAAGACATGAGTCCATTTGTTACTATCAGTCTT  650

seq1  CAAAGGACAGACACTAAACATGCCACCCAACATGCATCCCAGGAAGTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGACAGACACTAAACATGCCACCCAACATGCATCCCAGGAAGTTCT  700

seq1  CAGATGCTGATCCCAACCACCAGTGTCAGAGACAAAAAGCAAAACATTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGCTGATCCCAACCACCAGTGTCAGAGACAAAAAGCAAAACATTCA  750

seq1  GGCCATTTTTTCTTTTCCTTTTTCTCTCTTTCTCCACAAGTTTTACTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATTTTTTCTTTTCCTTTTTCTCTCTTTCTCCACAAGTTTTACTTTT  800

seq1  AATTAACACACCAAAACTTAAAAATGTATGGGCAACCACATGCTATTCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAACACACCAAAACTTAAAAATGTATGGGCAACCACATGCTATTCCA  850

seq1  ACATGTCCTCAAACATTTATCATCTATCTGTGACAGAAATACTCCACATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTCCTCAAACATTTATCATCTATCTGTGACAGAAATACTCCACATC  900

seq1  CTTTCTTTCAGCCTCTTGGAACGACCAATGTGTCACCTATGCTACAATCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTTCAGCCTCTTGGAACGACCAATGTGTCACCTATGCTACAATCA  950

seq1  GGGTTTTCTGTCTCAGAATACATAACTGCTTTCTCCTACCTAACTCTAAC  1000
       ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  -GGTTTTCTGTCTCAG-ATACATAACTGCTTTCTCCTACCT-ACTCTAAC  997

seq1  TGAGCATCCATTGATCGACCCTTTCCTTCCCTTTATCTTTACTTCTTAGA  1050
      ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||   ||||
seq2  TGAGCAT-CATTGATCGACCCTTTTCTTCCCTTTATC-TTACT--CTAGA  1043

seq1  GTTGAATTTGCCTTTTCCTGGGTAGAAAAGAATATGTTTTCAAAGTTATT  1100
      | |||| ||||| |||||||||||||||   ||||||||||  |||||||
seq2  G-TGAA-TTGCC-TTTCCTGGGTAGAAA--GATATGTTTTC--AGTTATT  1086

seq1  TACTATGAGATTCTCCAAAAGCATCACTGACTCTTAATTACTATGCAAAA  1150
      |||||||||||||||   |||||||||||||| |||| |||||||| |||
seq2  TACTATGAGATTCTC--GAAGCATCACTGACTTTTAA-TACTATGC-AAA  1132

seq1  AAATGAGCATGTAGTGTCTTGTCAATT  1177
      |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAATGAGCATGTAG-GTCTTGTCAATT  1158

seq1: chr19_17942961_17944081
seq2: B6Ng01-121O09.g_71_1175 (reverse)

seq1  ATCATACCTCATTTGCATGTCTCACATCTGATTGGTTATA-CTCTCAGTA  49
      |||||  |||||| |||||| ||||||| |||||| |||| |||||||||
seq2  ATCAT-TCTCATTGGCATGT-TCACATC-GATTGG-TATATCTCTCAGTA  46

seq1  CCTTACAGAACCTCATTATCATGCCTGGGCCAGGCAGTGTCTTTGCAAAA  99
      |  ||||  | |||||||||||||||||| || |||||||| |||| |||
seq2  C--TACAAGAACTCATTATCATGCCTGGG-CAAGCAGTGTC-TTGC-AAA  91

seq1  AACTTTACTGCATATGTACACATTG-GTTGTTTGTCCAATCTTATGCGTG  148
      ||||||||||||||| ||||||| | |||||     ||||||||||||||
seq2  AACTTTACTGCATATTTACACATGGTGTTGT-----CAATCTTATGCGTG  136

seq1  GTGGCCAGCAGTAGTCAGTGCCACTCAGCAACGGCACATGTGGCTTCCCA  198
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTGGCCAGCAGTAGTCAGTG-CACTCAGCAACGGCACATGTGCCTTCCCA  185

seq1  CAGTGCTGGGATCACAGGACTGTACTACCACACCTGACTTCAATACATAC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  CAGTGCTGGGATCACAGGACTGTACTACCACACTTGACTTC-ATACATAC  234

seq1  TTCTTAATAGTTGGCTACTATTTGCAGGCAAATGAATGGAACTAGAAAAG  298
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTC-TAATAGTTGGCTACTATTTGCAGGCAAATGAATGGAACTAGAAAAG  283

seq1  ATCATCCTGAGTGAGGTAACCCAGACAGAAAGACAAACATGGTATGTTCT  348
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCC-GAGTGAGGTAACCCAGACAGAAAGACAAACATGGTATGTTCT  332

seq1  CACTTATAAGTGTATTAGCCATAAAATGCAGGATAACTATGCTATAAAAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTATAAGTGTATTAGCCATAAAATGCAGGATAACTATGCTATAAAAC  382

seq1  ACAGACCCAAAGAAACAAAGTAACAAGGAAGACTACACTTAAATTGCTCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACCCAAAGAAACAAAGTAACAAGGAAGACTACACTTAAATTGCTCC  432

seq1  ATGAAGGGGAAATAGATTAGACATTGATTTGAAGAAAGGGGACTGGGTGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGGGAAATAGATTAGACATTGATTTGAAGAAAGGGGACTGGGTGG  482

seq1  GTGTTGCTTTAAACATTATTTATTAACTCTGTTGGTTCTTAGTCCCCCAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGCTTTAAACATTATTTATTAACTCTGTTGGTTCTTAGTCCCCCAA  532

seq1  GTAATCTAGACTGAGGCCTACTAGATTTATTTAATCAGCTTTAGCAGAGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCTAGACTGAGGCCTACTAGATTTATTTAATCAGCTTTAGCAGAGT  582

seq1  TACTGGGGGAAATAGAACTAGGCAGGTCTTCAGGGCCAAATGTAAAGGGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGGGGAAATAGAACTAGGCAGGTCTTCAGGGCCAAATGTAAAGGGT  632

seq1  ATTTTAAAATATTACTTAATGAATCTATTAGTTATTAATAGGACACAGCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAAATATTACTTAATGAATCTATTAGTTATTAATAGGACACAGCC  682

seq1  ATGCCCCCAATAATCGGGGCAGAGTTCTCAGTATTTTAAAGTCAGCTTTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCCCAATAATCGGGGCAGAGTTCTCAGTATTTTAAAGTCAGCTTTA  732

seq1  GCACAATTTCTGGGAGAATTAACCCTAATCTATTTTTCTAAAGCTAGATC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAATTTCTGGGAGAATTAACCCTAATCTATTTTTCTAAAGCTAGATC  782

seq1  GGCTAATTTCCAGCTGTGTCCAAGCCCTTGCTGTTTGAGTATGGCCCAGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAATTTCCAGCTGTGTCCAAGCCCTTGCTGTTTGAGTATGGCCCAGG  832

seq1  TGGTTTCTGCTCCAGAACTCTGTCCTCAGGAAACATTTCACTCAGGGACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCTGCTCCAGAACTCTGTCCTCAGGAAACATTTCACTCAGGGACA  882

seq1  TGCCCCTGGTCTATCAAGTCTAATGGAGACATGCTGTTCTCTCTGTCTTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCTGGTCTATCAAGTCTAATGGAGACATGCTGTTCTCTCTGTCTTT  932

seq1  TTCTTTTTCTTCCTTCTCATGATTGCCACCTGTTACTCCCAGCCCTGCAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTTCTTCCTTCTCATGATTGCCACCTGTTACTCCCAGCCCTGCAA  982

seq1  CTAACGCTAAGCCCCGCCCACCTCTAGTCTCCCCAGTAATTGGCTGTAGC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACGCTAAGCCCCGCCCACCTCTAGTCTCCCCAGTAATTGGCTGTAGC  1032

seq1  CACTTTTATTTAACCTAAAGCTTTAAATTGCAGAGCAAGATTTATACAAC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTTATTTAACCTAAAGCTTTAAATTGCAGAGCAAGATTTATACAAC  1082

seq1  AAAAACTAGTGTAAGTGAGAATT  1121
      |||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTAGTGTAAGTGAGAATT  1105