BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-122E08
Chromosome19 (Build37)
Map Location 56,197,906 - 56,256,137
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTectb, Gucy2g, Acsl5, Zdhhc6, Vti1a, LOC100043479, Tcf7l2, Ppnr, LOC100043484
Downstream geneHabp2, Nrap, Casp7, 9930023K05Rik, Dclre1a, Nhlrc2, Adrb1, EG629643, A630007B06Rik, 1700010L13Rik, Tdrd1, Vwa2, Afap1l2, Ablim1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-122E08.bB6Ng01-122E08.g
ACCDH925739DH925740
length1,1981,044
definitionDH925739|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122E08, 5' end.DH925740|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122E08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,197,906 - 56,199,092)(56,255,085 - 56,256,137)
sequence
gaattctctctctccagaatccattagcttctcttgaactccctctgagt
aatggtttatataacctccacattgcaaggggatttgactgccctctacc
ctaccattatacaaagggagaaactgcgatccagagagataaatacttga
gctacttaccagtctggtttaggcagaaaacttgtcaactagtcatctga
tggcttctctggatatgagatagttgaaaaaaatgtaaaggacaaacctt
tggttgtagatgtgacatctagtatttgggttgtcatcctcactctctgt
acatgtttgtatatatgtaaggcacacttatgaggacaaagttgcttaat
catcaaaaccaggaaatcccaaggtctggccctcctcctaagcagagaaa
taactttgtgttaggggtgattgaaggtgccccaaatggcccaccaaccc
ctattgcctattccaacttctgtcttactctctagtgtttccagccacgt
cttctcctcatctgttatgtcactgtgtggtatttccaggtagtgaaaag
tagacacaaaggaagaagagcttaaagcaagccaacctggtggatttgct
agctgcagcagtcctgaggggaaagggtatacatttgtacaagctcagaa
agacaggatggaaaaaacacaaatctgactgttgccatatgggcagaccc
agagtcggccatacaaagacatgtcagagtccagagtcatctgcttggaa
agaaaggaaagctacccacactagctcaagccaaaaataaaagccttttt
atatgacgtggtaggtaaggatctcattctctctgaaggaaagaatgtaa
cttagtgagcccctgaaccagaaaaacccaagacaccaggatgaccattc
attcagactttctggccaggctgacatgactcttgtgcgtccttatttct
taagcttctgcagaacacggtctccactaccagaacagaattcaggaggg
gacttctcttgtcgcctccgtagtggttcttgttggaagaccagccccgg
accaggacttgacctctgaagaacagcctcgaccaggactttgactctga
tttccaggaggaaaacaccggttggatggtggctggggcttcaatagtta
atttaatggtgggaatcctaaacatctctggatgtctggataaccatt
gaattctgcagtgtcagcattcctctgctggtctccaagctggcaggact
atctaccactcacttgacatgtgtgtaccgcatccctgtcagctccatgt
acatgaggatctgtgcactacttacagctataggtcagatgagggcttcc
aaattccacggcactggctggctgagaacattttcttccatatgctctca
tcagtacatgtgaagttaagaaagggatcatcaaaaaatgagcagaatgg
ggattctcccctggagctccatggtcagacagaaaacatctctttggaga
aaggactcaaggatccttgaaggtggtagaactacatactagtctcactg
gccagagaaccacctgggggcagggtcacagtgatcaggttcaggactct
ttgctgtgatgtaaggaggttgatgattgtaaagtgtgaggccagggtca
ttgtaatctaccaatcacttcctccacttcacagagggaaagtagaaagt
aggtctcaggcaggaacggtatgtttagagaattctagtttttagaatga
gccaagtttgctatggtaatacccaacctcacactctcaatagcttacag
tgacaaagatctgatttccaatcatgagacatgttcgttggggtctgcaa
tgacccaccccgtagcatccccatgtaggccctggaggatgacgcagcct
gtgcttggaacttctgctgaacaagcttcacaaccttttggctaagacca
agagtgggattctgctgactttctaacgagagaaatggtattgggaaatt
tatccatcactcccaggtcattctggataaagttcccatttcattggcca
gatgaagtcacatgaccaagtcttatgtcaacaggcagaaatgtatgatc
cctgtagggagacccatcataggagaggtctgacagggtgacagaatcta
atatgtcacatcatcatattcagccattgtaaatgtcacttatttctcag
ataagggataaatgacatcaatacacaagctgtgtgaatacatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_56197906_56199092
seq2: B6Ng01-122E08.b_47_1244

seq1  GAATTCTCTCTCTCCAGAATCCATTAGCTTCTCTTGAACTCCCTCTGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTCTCCAGAATCCATTAGCTTCTCTTGAACTCCCTCTGAGT  50

seq1  AATGGTTTATATAACCTCCACATTGCAAGGGGATTTGACTGCCCTCTACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTTTATATAACCTCCACATTGCAAGGGGATTTGACTGCCCTCTACC  100

seq1  CTACCATTATACAAAGGGAGAAACTGCGATCCAGAGAGATAAATACTTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCATTATACAAAGGGAGAAACTGCGATCCAGAGAGATAAATACTTGA  150

seq1  GCTACTTACCAGTCTGGTTTAGGCAGAAAACTTGTCAACTAGTCATCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTTACCAGTCTGGTTTAGGCAGAAAACTTGTCAACTAGTCATCTGA  200

seq1  TGGCTTCTCTGGATATGAGATAGTTGAAAAAAATGTAAAGGACAAACCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCTCTGGATATGAGATAGTTGAAAAAAATGTAAAGGACAAACCTT  250

seq1  TGGTTGTAGATGTGACATCTAGTATTTGGGTTGTCATCCTCACTCTCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTAGATGTGACATCTAGTATTTGGGTTGTCATCCTCACTCTCTGT  300

seq1  ACATGTTTGTATATATGTAAGGCACACTTATGAGGACAAAGTTGCTTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTTTGTATATATGTAAGGCACACTTATGAGGACAAAGTTGCTTAAT  350

seq1  CATCAAAACCAGGAAATCCCAAGGTCTGGCCCTCCTCCTAAGCAGAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAAACCAGGAAATCCCAAGGTCTGGCCCTCCTCCTAAGCAGAGAAA  400

seq1  TAACTTTGTGTTAGGGGTGATTGAAGGTGCCCCAAATGGCCCACCAACCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTGTGTTAGGGGTGATTGAAGGTGCCCCAAATGGCCCACCAACCC  450

seq1  CTATTGCCTATTCCAACTTCTGTCTTACTCTCTAGTGTTTCCAGCCACGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGCCTATTCCAACTTCTGTCTTACTCTCTAGTGTTTCCAGCCACGT  500

seq1  CTTCTCCTCATCTGTTATGTCACTGTGTGGTATTTCCAGGTAGTGAAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCCTCATCTGTTATGTCACTGTGTGGTATTTCCAGGTAGTGAAAAG  550

seq1  TAGACACAAAGGAAGAAGAGCTTAAAGCAAGCCAACCTGGTGGATTTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACACAAAGGAAGAAGAGCTTAAAGCAAGCCAACCTGGTGGATTTGCT  600

seq1  AGCTGCAGCAGTCCTGAGGGGAAAGGGTATACATTTGTACAAGCTCAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCAGCAGTCCTGAGGGGAAAGGGTATACATTTGTACAAGCTCAGAA  650

seq1  AGACAGGATGGAAAAAACACAAATCTGACTGTTGCCATATGGGCAGACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGATGGAAAAAACACAAATCTGACTGTTGCCATATGGGCAGACCC  700

seq1  AGAGTCGGCCATACAAAGACATGTCAGAGTCCAGAGTCATCTGCTTGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCGGCCATACAAAGACATGTCAGAGTCCAGAGTCATCTGCTTGGAA  750

seq1  AGAAAGGAAAGCTACCCACACTAGCTCAAGCCAAAAATAAAAGCCTTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGAAAGCTACCCACACTAGCTCAAGCCAAAAATAAAAGCCTTTTT  800

seq1  ATATGACGTGGTAGGTAAGGATCTCATTCTCTCTGAAGGAAAGAATGTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGACGTGGTAGGTAAGGATCTCATTCTCTCTGAAGGAAAGAATGTAA  850

seq1  CTTAGTGAGCCCCTGAACCAGAAAAACCCAAGACACCAGGATGACCATTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTGAGCCCCTGAACCAGAAAAACCCAAGACACCAGGATGACCATTC  900

seq1  ATTCAGAC-TTCTGGCCAGGCTGACATGACTCTTGTGCGTCCTTATTTC-  948
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATTCAGACTTTCTGGCCAGGCTGACATGACTCTTGTGCGTCCTTATTTCT  950

seq1  TAAGCTTCTGCAGAACAC-GTCTCCACTACCAG-ACAGAATTCAGGAGGT  996
      |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  TAAGCTTCTGCAGAACACGGTCTCCACTACCAGAACAGAATTCAGGAGGG  1000

seq1  GACTTCTC-TGTCGCCTCCCGTAGT-GTTCCTGTTGAAAGACCAGCCCC-  1043
      |||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||| 
seq2  GACTTCTCTTGTCGCCT-CCGTAGTGGTTCTTGTTGGAAGACCAGCCCCG  1049

seq1  GACCAGAACCTTGA-CTCTGAAGACCAGCCCCGACCAGAACCTTGACTCT  1092
      |||||| | ||||| ||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||
seq2  GACCAGGA-CTTGACCTCTGAAGAACAGCCTCGACCAGGACTTTGACTCT  1098

seq1  GAATTCCCAGGA-GAAAACA-CGGTT-GAT-GTGGCTTGGGTTTTCTATA  1138
      | ||| |||||| ||||||| ||||| ||| ||||| ||||  ||| |||
seq2  G-ATTTCCAGGAGGAAAACACCGGTTGGATGGTGGC-TGGGGCTTCAATA  1146

seq1  TGTTATTTATATGTTGAATTCACTAACATCT---GATGTCTGGATAATCA  1185
        | |||||   || | | ||   |||||||   ||||||||||||| ||
seq2  GTTAATTTAATGGTGGGAATCCTAAACATCTCTGGATGTCTGGATAACCA  1196

seq1  TT  1187
      ||
seq2  TT  1198

seq1: chr19_56255085_56256137
seq2: B6Ng01-122E08.g_67_1110 (reverse)

seq1  CATGTATTCACACAGCTTGTGTATGAATGTCATTTTATCCCTTTATCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||
seq2  CATGTATTCACACAGCTTGTGTATTGATGTCA-TTTATCCC-TTATCTGA  48

seq1  GGAAATAAAGGTGACATTTACAATGGCTGGATATGATGATGTGACATATT  100
       |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  -GAAATAA--GTGACATTTACAATGGCTGAATATGATGATGTGACATATT  95

seq1  AGATTCTGTCACCCCTGTCAGACCCTCTCCTATGATGGGTCCTCCCCTAC  150
      ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||
seq2  AGATTCTGTCA-CCCTGTCAGA-CCTCTCCTATGATGGGTC--TCCCTAC  141

seq1  AGGGATCATACATTTCTGCCTGTTGACATAAGACTTGGTCATGTGACTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATCATACATTTCTGCCTGTTGACATAAGACTTGGTCATGTGACTTC  191

seq1  ATCTGGCCAATGAAATGGGAACTTTATCCAGAATGACCTGGGAGTGATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGCCAATGAAATGGGAACTTTATCCAGAATGACCTGGGAGTGATGG  241

seq1  ATAAATTTCCCAATACCATTTCTCTCGTTAGAAAGTCAGCAGAATCCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTTCCCAATACCATTTCTCTCGTTAGAAAGTCAGCAGAATCCCAC  291

seq1  TCTTGGTCTTAGCCAAAAGGTTGTGAAGCTTGTTCAGCAGAAGTTCCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGTCTTAGCCAAAAGGTTGTGAAGCTTGTTCAGCAGAAGTTCCAAG  341

seq1  CACAGGCTGCGTCATCCTCCAGGGCCTACATGGGGATGCTACGGGGTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCTGCGTCATCCTCCAGGGCCTACATGGGGATGCTACGGGGTGGG  391

seq1  TCATTGCAGACCCCAACGAACATGTCTCATGATTGGAAATCAGATCTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGCAGACCCCAACGAACATGTCTCATGATTGGAAATCAGATCTTTG  441

seq1  TCACTGTAAGCTATTGAGAGTGTGAGGTTGGGTATTACCATAGCAAACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTAAGCTATTGAGAGTGTGAGGTTGGGTATTACCATAGCAAACTT  491

seq1  GGCTCATTCTAAAAACTAGAATTCTCTAAACATACCGTTCCTGCCTGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCATTCTAAAAACTAGAATTCTCTAAACATACCGTTCCTGCCTGAGA  541

seq1  CCTACTTTCTACTTTCCCTCTGTGAAGTGGAGGAAGTGATTGGTAGATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTTTCTACTTTCCCTCTGTGAAGTGGAGGAAGTGATTGGTAGATTA  591

seq1  CAATGACCCTGGCCTCACACTTTACAATCATCAACCTCCTTACATCACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGACCCTGGCCTCACACTTTACAATCATCAACCTCCTTACATCACAG  641

seq1  CAAAGAGTCCTGAACCTGATCACTGTGACCCTGCCCCCAGGTGGTTCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGTCCTGAACCTGATCACTGTGACCCTGCCCCCAGGTGGTTCTCT  691

seq1  GGCCAGTGAGACTAGTATGTAGTTCTACCACCTTCAAGGATCCTTGAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGTGAGACTAGTATGTAGTTCTACCACCTTCAAGGATCCTTGAGTC  741

seq1  CTTTCTCCAAAGAGATGTTTTCTGTCTGACCATGGAGCTCCAGGGGAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCCAAAGAGATGTTTTCTGTCTGACCATGGAGCTCCAGGGGAGAA  791

seq1  TCCCCATTCTGCTCATTTTTTGATGATCCCTTTCTTAACTTCACATGTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCATTCTGCTCATTTTTTGATGATCCCTTTCTTAACTTCACATGTAC  841

seq1  TGATGAGAGCATATGGAAGAAAATGTTCTCAGCCAGCCAGTGCCGTGGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGAGCATATGGAAGAAAATGTTCTCAGCCAGCCAGTGCCGTGGAA  891

seq1  TTTGGAAGCCCTCATCTGACCTATAGCTGTAAGTAGTGCACAGATCCTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAAGCCCTCATCTGACCTATAGCTGTAAGTAGTGCACAGATCCTCA  941

seq1  TGTACATGGAGCTGACAGGGATGCGGTACACACATGTCAAGTGAGTGGTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATGGAGCTGACAGGGATGCGGTACACACATGTCAAGTGAGTGGTA  991

seq1  GATAGTCCTGCCAGCTTGGAGACCAGCAGAGGAATGCTGACACTGCAGAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTCCTGCCAGCTTGGAGACCAGCAGAGGAATGCTGACACTGCAGAA  1041

seq1  TTC  1053
      |||
seq2  TTC  1044