BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-125C20
Chromosome19 (Build37)
Map Location 25,412,577 - 25,543,012
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAnkrd15, LOC433233, LOC383474
Upstream genePip5k1b, 2900009I07Rik, E030010A14Rik, Pgm5, LOC672195, Foxd4, Cbwd1, Dock8, LOC100042503
Downstream geneDmrt1, Dmrt3, Dmrt2, EG667806, 1700048O14Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-125C20.bB6Ng01-125C20.g
ACCDH927887DH927888
length1,1561,142
definitionDH927887|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125C20, 5' end.DH927888|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125C20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,412,577 - 25,413,737)(25,541,853 - 25,543,012)
sequence
gaattctcttgaggtgttgggtttggggcttatttctggaacctttacca
ttacgataagtaacattcaattgcatcaacacatcataatatatagacta
aaattgtatattgctagaaatgtagacggagattattcttttgctacatt
agatgccactgaatgtcgtcttcttgccgcagtcatttgttcccttggga
tgcagtcctaaagcataactagatcttgatattttaatatttttgaacac
tttctatttatcaaaattctttaaactataaaagtaaacacaattatctt
tacaaagtaggacgatttagagacatctataaggttaaaaaaaaaattgt
ctacccggccttagcgccactttgcaaagtgaaccacaagcatatgaaaa
atatgcctttaagccggtgatacctagaatgagaaagaggactctggtgg
gaggaagctcagctagaaatgatggtaatgtactatgtagttaaacagta
aagcaaagtacagggttagctgtgtgatgtcctctttaatggaatgcagc
attgctctgtgtcccagcaagctgttggtggtgtctaccattgacgtaat
gtcacagctggatgttgaagggcagcctcctgtgtggggtccttgctctg
tgagctgtggctggaatcagcagccccagcttacggatcagtaaagagcg
gtattttgggggccctggagggatggctggctcgccctgcaatacaggga
gggtgggtttgagacagttggtctgactttcatgtctgtgaactggctgt
ctttgagattgtcttcatggtcgattgagagccacaggtagaaatcaatt
ttcatggtcttgctgtctatctggggaccgccacaagcaagagctggtat
gtagcgctgctgttgacagagctgatgttttttttataggatcctcgaga
aaggtagcgatggcgatctcacattcattgtctgttggattgtttcaact
ctgtccagggctcacttcctcttactctcaggcctgactgaccataagta
aaagtcactcctgaggtcagcttgtccctagtctcatgttcaagagaagg
tgcccagacctgtacattgggggttggacttccttaaagagtcatgcatt
aacccc
gaattcactcctaatcccagcccttgagaggtggaggcaggacaatcagt
gggtcaaggccatccttgactccgtagcaaggttgaggctggcctggaat
acaaaaacaaaaaaacaaaaaaacaaaaaacaaaaaaaccagaaaacaac
cacaaaacaaaaccctgcttcaaaacaataaataaacaaatcatagccat
attaaaggaaggctagaaatctgagctccaatgtctttctagaaaatgct
agcagtttagttcattgcctgctcttctctgtttcctttggtcccctctc
actaagtaatttgtcctggacttaagttcattgtttagcctacttttcaa
attctaaatcctctctcctgccttgttcttgcaagtggccagggctacac
tcctccaccactgggaccatctggctaccgggatctatcaccacctcttt
ttttttatgtttttcccccgaatggaatcctagtgattccattttttaaa
aaattagatttattcattttttatgtgtaagtattctatctgcatgcatg
tatgtgtatcatgtgcatacttcatgcccaaggaggtcagaagaggacat
cggatcccctggaactgaagttacagatagttgtgagatgctaagtatct
gttaaatataaattatagtatctatagaccctaagaacagaatccaggta
ttctgcaaaagctcttaactgctgagccatctctctggccctcctggtta
ttcttttaaagagctaggatcagaagtgctgttgtcacacgggcaggaag
aataacattttgagaatcaactctgtactgggtattaacaactaaagaca
gtgagctatgcagacggtgagctatgcttcattacagctaggagagaaga
aagagcagtgctgggactgggagatggctctgtgggtgggcctttgtcac
atgcctcagaccaatttgaactttcacaacccacattaagttggattagt
attatcatctattatccagcattactatgggggagtagcagtatgacaga
aaacccttgtggctctttgagctagttagcctgacatagtactgggaaaa
caaaaactgtaaataagcaaagcaaggaggtgccaagatttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_25412577_25413737
seq2: B6Ng01-125C20.b_45_1200

seq1  GAATTCTCTTGAGGTGTTGGGTTTGGGGCTTATTTCTGGAACCTTTACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTGAGGTGTTGGGTTTGGGGCTTATTTCTGGAACCTTTACCA  50

seq1  TTACGATAAGTAACATTCAATTGCATCAACACATCATAATATATAGACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGATAAGTAACATTCAATTGCATCAACACATCATAATATATAGACTA  100

seq1  AAATTGTATATTGCTAGAAATGTAGACGGAGATTATTCTTTTGCTACATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTATATTGCTAGAAATGTAGACGGAGATTATTCTTTTGCTACATT  150

seq1  AGATGCCACTGAATGTCGTCTTCTTGCCGCAGTCATTTGTTCCCTTGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCCACTGAATGTCGTCTTCTTGCCGCAGTCATTTGTTCCCTTGGGA  200

seq1  TGCAGTCCTAAAGCATAACTAGATCTTGATATTTTAATATTTTTGAACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTCCTAAAGCATAACTAGATCTTGATATTTTAATATTTTTGAACAC  250

seq1  TTTCTATTTATCAAAATTCTTTAAACTATAAAAGTAAACACAATTATCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATTTATCAAAATTCTTTAAACTATAAAAGTAAACACAATTATCTT  300

seq1  TACAAAGTAGGACGATTTAGAGACATCTATAAGGTTAAAAAAAAAATTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGTAGGACGATTTAGAGACATCTATAAGGTTAAAAAAAAAATTGT  350

seq1  CTACCCGGCCTTAGCGCCACTTTGCAAAGTGAACCACAAGCATATGAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCGGCCTTAGCGCCACTTTGCAAAGTGAACCACAAGCATATGAAAA  400

seq1  ATATGCCTTTAAGCCGGTGATACCTAGAATGAGAAAGAGGACTCTGGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCCTTTAAGCCGGTGATACCTAGAATGAGAAAGAGGACTCTGGTGG  450

seq1  GAGGAAGCTCAGCTAGAAATGATGGTAATGTACTATGTAGTTAAACAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGCTCAGCTAGAAATGATGGTAATGTACTATGTAGTTAAACAGTA  500

seq1  AAGCAAAGTACAGGGTTAGCTGTGTGATGTCCTCTTTAATGGAATGCAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAGTACAGGGTTAGCTGTGTGATGTCCTCTTTAATGGAATGCAGC  550

seq1  ATTGCTCTGTGTCCCAGCAAGCTGTTGGTGGTGTCTACCATTGACGTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTCTGTGTCCCAGCAAGCTGTTGGTGGTGTCTACCATTGACGTAAT  600

seq1  GTCACAGCTGGATGTTGAAGGGCAGCCTCCTGTGTGGGGTCCTTGCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGCTGGATGTTGAAGGGCAGCCTCCTGTGTGGGGTCCTTGCTCTG  650

seq1  TGAGCTGTGGCTGGAATCAGCAGCCCCAGCTTACGGATCAGTAAAGAGCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGTGGCTGGAATCAGCAGCCCCAGCTTACGGATCAGTAAAGAGCG  700

seq1  GTATTTTGGGGGCCCTGGAGGGATGGCTGGCTCGCCCTGCAATACAGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTGGGGGCCCTGGAGGGATGGCTGGCTCGCCCTGCAATACAGGGA  750

seq1  GGGTGGG-TTGAGACAGTTGGTCTGAC-TTCATGTCTGTGAACTGGCTGT  798
      ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGTTTGAGACAGTTGGTCTGACTTTCATGTCTGTGAACTGGCTGT  800

seq1  CTTTGAGATTTGTCTTCATGGTCGATTGAGAGCCACAGGTAGAAATCAAT  848
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGA-TTGTCTTCATGGTCGATTGAGAGCCACAGGTAGAAATCAAT  849

seq1  TTTCATGGTCTTGCTGTCTATCTGGGGACCGCCACAAGCAAGAGGCTGGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTCATGGTCTTGCTGTCTATCTGGGGACCGCCACAAGCAAGA-GCTGGT  898

seq1  ATGTAGCGCTGCTGTTGACAGAGCTGATG-TCTGTCTATAGGATCC-CGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||||| |||
seq2  ATGTAGCGCTGCTGTTGACAGAGCTGATGTTTTTTTTATAGGATCCTCGA  948

seq1  GGAAGGTAGCGATGGCGATCTCACAATTCATTGTCTTGTTGGATTGTTTC  996
      | |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAAAGGTAGCGATGGCGATCTCAC-ATTCATTGTC-TGTTGGATTGTTTC  996

seq1  AAACTCTGTCCAGGGCTCACTTCCTC-TACTCCTCAGGCCTGACTGACAA  1045
       ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |
seq2  -AACTCTGTCCAGGGCTCACTTCCTCTTACT-CTCAGGCCTGACTGACCA  1044

seq1  TAGGTAAAAGTCACT-CTGAGTGTCAGCTTGT-CCTTGTCTCCATGTTCC  1093
      || |||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||| |||||| |
seq2  TAAGTAAAAGTCACTCCTGAG-GTCAGCTTGTCCCTAGTCT-CATGTT-C  1091

seq1  AAGAGAAGGTGGCCAGACCTGGACATTGGGGTTTGGGTCTTCATTAAAGA  1143
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||| || || |||| |||||||
seq2  AAGAGAAGGTGCCCAGACCTGTACATTGGGGGTT-GGACTTCCTTAAAGA  1140

seq1  GGTCATGCTATTAACCCC  1161
       ||||||| |||||||||
seq2  -GTCATGC-ATTAACCCC  1156

seq1: chr19_25541853_25543012
seq2: B6Ng01-125C20.g_65_1206 (reverse)

seq1  GAAATCTGTGGGCAACCTCCTTGCCTTTGCTTTATTTGACAGTTTTTTGT  50
      ||||||| |||   ||||||||| |||||| |||||| |||||||||   
seq2  GAAATCT-TGG--CACCTCCTTG-CTTTGC-TTATTT-ACAGTTTTT--G  42

seq1  TTTTCCCAGTGACTATGTCAGGCTAACTAGCTCAAAGAGCCACAAGGGGT  100
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  TTTTCCCAGT-ACTATGTCAGGCTAACTAGCTCAAAGAGCCACAAGGG--  89

seq1  TCTCCTGTCATTACTGCCTACCTCCCCATAGTAATGCTGGGATAATAGAT  150
      | | |||||| ||||| ||||  ||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTTTCTGTCA-TACTG-CTACTCCCCCATAGTAATGCT-GGATAATAGAT  136

seq1  GAATAATACTAAATCCAACTTAATGTGGGTTGTGAAAGTTCAAATTGGTC  200
      | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  G-ATAATACT-AATCCAACTTAATGTGGGTTGTGAAAGTTCAAATTGGT-  183

seq1  CTGAGGCATGTGACAAAGGCCCACCCACAGAGCCATCTCCCCAGTCCCAG  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTGAGGCATGTGACAAAGGCCCACCCACAGAGCCATCT-CCCAGTCCCAG  232

seq1  CACTGCTCTTTCTTCTCTCCTAGCTGTAATGAAGCATAGCTCACCGTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTCTTTCTTCTCTCCTAGCTGTAATGAAGCATAGCTCACCGTCTG  282

seq1  CATAGCTCACTGTCTTTAGTTGTTAATACCCAGTACAGAGTTGATTCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTCACTGTCTTTAGTTGTTAATACCCAGTACAGAGTTGATTCTCA  332

seq1  AAATGTTATTCTTCCTGCCCGTGTGACAACAGCACTTCTGATCCTAGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTATTCTTCCTGCCCGTGTGACAACAGCACTTCTGATCCTAGCTC  382

seq1  TTTAAAAGAATAACCAGGAGGGCCAGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGAATAACCAGGAGGGCCAGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGC  432

seq1  TTTTGCAGAATACCTGGATTCTGTTCTTAGGGTCTATAGATACTATAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCAGAATACCTGGATTCTGTTCTTAGGGTCTATAGATACTATAATT  482

seq1  TATATTTAACAGATACTTAGCATCTCACAACTATCTGTAACTTCAGTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTAACAGATACTTAGCATCTCACAACTATCTGTAACTTCAGTTCC  532

seq1  AGGGGATCCGATGTCCTCTTCTGACCTCCTTGGGCATGAAGTATGCACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGATCCGATGTCCTCTTCTGACCTCCTTGGGCATGAAGTATGCACAT  582

seq1  GATACACATACATGCATGCAGATAGAATACTTACACATAAAAAATGAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACACATACATGCATGCAGATAGAATACTTACACATAAAAAATGAATA  632

seq1  AATCTAATTTTTTAAAAAATGGAATCACTAGGATTCCATTCGGGGGAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAATTTTTTAAAAAATGGAATCACTAGGATTCCATTCGGGGGAAAA  682

seq1  ACATAAAAAAAAAGAGGTGGTGATAGATCCCGGTAGCCAGATGGTCCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAAAAAAAAGAGGTGGTGATAGATCCCGGTAGCCAGATGGTCCCAG  732

seq1  TGGTGGAGGAGTGTAGCCCTGGCCACTTGCAAGAACAAGGCAGGAGAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGAGGAGTGTAGCCCTGGCCACTTGCAAGAACAAGGCAGGAGAGAG  782

seq1  GATTTAGAATTTGAAAAGTAGGCTAAACAATGAACTTAAGTCCAGGACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAGAATTTGAAAAGTAGGCTAAACAATGAACTTAAGTCCAGGACAA  832

seq1  ATTACTTAGTGAGAGGGGACCAAAGGAAACAGAGAAGAGCAGGCAATGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTTAGTGAGAGGGGACCAAAGGAAACAGAGAAGAGCAGGCAATGAA  882

seq1  CTAAACTGCTAGCATTTTCTAGAAAGACATTGGAGCTCAGATTTCTAGCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACTGCTAGCATTTTCTAGAAAGACATTGGAGCTCAGATTTCTAGCC  932

seq1  TTCCTTTAATATGGCTATGATTTGTTTATTTATTGTTTTGAAGCAGGGTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTAATATGGCTATGATTTGTTTATTTATTGTTTTGAAGCAGGGTT  982

seq1  TTGTTTTGTGGTTGTTTTCTGGTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTTGTTTTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTGTGGTTGTTTTCTGGTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTTGTTTTT  1032

seq1  TTGTTTTTGTATTCCAGGCCAGCCTCAACCTTGCTACGGAGTCAAGGATG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTGTATTCCAGGCCAGCCTCAACCTTGCTACGGAGTCAAGGATG  1082

seq1  GCCTTGACCCACTGATTGTCCTGCCTCCACCTCTCAAGGGCTGGGATTAG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGACCCACTGATTGTCCTGCCTCCACCTCTCAAGGGCTGGGATTAG  1132

seq1  GAGTGAATTC  1160
      ||||||||||
seq2  GAGTGAATTC  1142