BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-127N19
Chromosome19 (Build37)
Map Location 43,614,920 - 43,725,296
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNkx2-3, LOC100042700, LOC100043245
Upstream geneD19Ertd386e, Loxl4, 4833409A17Rik, Hps1, LOC545291, EG627624, Cnnm1, Got1
Downstream geneSlc25a28, Entpd7, Cox15, Cutc, Abcc2, Dnmbp, LOC668408, Cpn1, Cyp2c44, Erlin1, Chuk, Cwf19l1, Bloc1s2, Pkd2l1, Scd3, LOC629152, Scd2, Scd4, Scd1, Wnt8b, Sec31b, Ndufb8, Hif1an
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-127N19.bB6Ng01-127N19.g
ACCDH929864DH929865
length1,164916
definitionDH929864|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127N19, 5' end.DH929865|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127N19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,724,129 - 43,725,296)(43,614,920 - 43,615,851)
sequence
gaattcactgatagttacaaaaagaaatcttcagaaagtcggtccagggc
tagaatagcagtgttctgcctagtgaggaactacaaactccttttctttt
tttaattaaaaaaaattttataagagggtacacatgagctcagtgatcat
ggaagccagattggacatcagttctctggagctgaggctccacaggaacc
ccacaggaagtgggtgctgggaatcaaattccagtcctctgcaagagcag
tgtgtgtgctcttaaccactgagacatctccaggtcccagtgacccaaac
tccttagctttttgcagtgccaaccccaggctatgttcctcctccttggt
ctcctaaagagcagttgagatccaagccatcagccatacagtctggaccc
acaggcagaaatacagatgtcacctccatctgtagggattggaaattcca
tgcaattcttccattcagaacttgctggccccatcccatggccaacggag
ctgcagaagaagaactcatgtcgagggaacccgatgaagatcagggcttg
gttcctaacaccaggtttcagcatctgtagccagcagcatgttatcacct
ctcaaggttctgagataacaacctctctccctcatctcttcccattttgt
tttacctctaagcaagtttttagtgtaagccttagaccgagtccagggcc
tgggctcttcatcttctgaggtgatacacaaactttctttttcataatgt
aaatttataaataaccattaagcatcctttcctccctcccttaagtaagc
atgcagcctttcagaaatagatttggttttgttttgtctcttgagacagg
gtttctccatgtagccctggctgtcctggaacttgctctgtataccaggc
tggccttgaactcaaagctctgcctgcctctgcctcctagatgcaggatt
aaatgtgtgcataccaccactgcccggcagaaacagatcttaatatttgg
ctcctactgtgcagaattcagctggagtcctcttaaaatgttatttttgg
gtacctatctgtgaagatctagggagacttctctaaaggtcataaactta
agacagtgatagctaatagtggatatggtcctaaagaaaatgttcctgga
gaagactcagataa
gaattcagagaacataaaagcatgtgagagagaaaaacctttgtaattgt
aaaaaggtgtggctaacacggagcgggaaagggctgagcaatgaccttga
gcttgggaaggcacaagagtcccgattttgatggactttataaagtataa
agatcgcatgggcaattgagctattaaagtggtggacagagcacgtagct
gggtaagggtgtttggcctgatccgaagtcatgggcatgcagtggtgcct
gaaccctgggaggtcgaaaagcccagggatgaaagccaaagacagcagca
agaaagggggaaagagaaagagactccttaaaagagacccagacaggtgg
cataagaccccccccccaggactatacaagctgtaaccagagttgagaat
tcaaactgtctctaatcttgaactcggtgtctcaaatataatgcttcctt
agtatctaaaaatcacagcagatattaaatatctgtatttttcagttcat
tcatacaacaaaagtctgatacgtgattattgagaacacccgagttctgc
tgaggaagcaaactcctgtcttctggctggctggtggcagccatgccttc
tgctgggctatgttttatgctttccctctgtattgtcccctaggggatac
tgtccattaacagactcttaggatttctccttagaagtcctctcatatgg
cactggggcatctacatacatccagaaatcactctgggtagccacaatct
ccaaggagaaaactaatgtcagcagagatcttgtttcctacgccaacata
tattttctccttcaaaatgcagattaatggacaccattgctctgtgttat
gtttataaatggcccatgccgtctaacagggaatgttatgatagatgatg
atagatagtagataga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_43724129_43725296
seq2: B6Ng01-127N19.b_60_1211 (reverse)

seq1  TTATCTTGAGTCTTCTCAGTGAAAACAATTTTTTCCTTTAGAACATTATT  50
      ||||| |||||||||||   ||| |      ||| |||||| ||  || |
seq2  TTATC-TGAGTCTTCTCCAGGAACA------TTTTCTTTAGGACCATA-T  42

seq1  TCACTATTAGCTATTCACTG-CTTATGCTTTATGGTCTTTAGAGAAGTCT  99
       |||||||||||| |||||| |||| | ||||||  ||||||||||||||
seq2  CCACTATTAGCTA-TCACTGTCTTAAG-TTTATGACCTTTAGAGAAGTCT  90

seq1  -CCTAGATTCTTCACAGATAAGGTACCAAAAATTAACATTTTAAAGGAGG  148
       |||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||  ||||
seq2  CCCTAGA-TCTTCACAGAT-AGGTACCCAAAAATAACATTTTAA--GAGG  136

seq1  ACCCCAGCTGAATTCTGCACAGTAAGGGAGCCAAATA-TAAGATTCTGTT  197
      || |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||
seq2  ACTCCAGCTGAATTCTGCACAGTA--GGAGCCAAATATTAAGA-TCTGTT  183

seq1  TCTGCCCGGGCAGTGGTGGTAATGCACACATTTAATCCTGCATCTAGGAG  247
      |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTG-CCGGGCAGTGGTGGT-ATGCACACATTTAATCCTGCATCTAGGAG  231

seq1  GCAGAGGCAGGCAGAGCTTTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTATACAGAGCA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGCAGGCAGAGCTTTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTATACAGAGCA  281

seq1  AGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACATGGAGAAACCCTGTCTCAAGAGACAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACATGGAGAAACCCTGTCTCAAGAGACAA  331

seq1  AACAAAACCAAATCTATTTCTGAAAGGCTGCATGCTTACTTAAGGGAGGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACCAAATCTATTTCTGAAAGGCTGCATGCTTACTTAAGGGAGGG  381

seq1  AGGAAAGGATGCTTAATGGTTATTTATAAATTTACATTATGAAAAAGAAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGGATGCTTAATGGTTATTTATAAATTTACATTATGAAAAAGAAA  431

seq1  GTTTGTGTATCACCTCAGAAGATGAAGAGCCCAGGCCCTGGACTCGGTCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGTATCACCTCAGAAGATGAAGAGCCCAGGCCCTGGACTCGGTCT  481

seq1  AAGGCTTACACTAAAAACTTGCTTAGAGGTAAAACAAAATGGGAAGAGAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTTACACTAAAAACTTGCTTAGAGGTAAAACAAAATGGGAAGAGAT  531

seq1  GAGGGAGAGAGGTTGTTATCTCAGAACCTTGAGAGGTGATAACATGCTGC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGAGAGGTTGTTATCTCAGAACCTTGAGAGGTGATAACATGCTGC  581

seq1  TGGCTACAGATGCTGAAACCTGGTGTTAGGAACCAAGCCCTGATCTTCAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTACAGATGCTGAAACCTGGTGTTAGGAACCAAGCCCTGATCTTCAT  631

seq1  CGGGTTCCCTCGACATGAGTTCTTCTTCTGCAGCTCCGTTGGCCATGGGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTTCCCTCGACATGAGTTCTTCTTCTGCAGCTCCGTTGGCCATGGGA  681

seq1  TGGGGCCAGCAAGTTCTGAATGGAAGAATTGCATGGAATTTCCAATCCCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCCAGCAAGTTCTGAATGGAAGAATTGCATGGAATTTCCAATCCCT  731

seq1  ACAGATGGAGGTGACATCTGTATTTCTGCCTGTGGGTCCAGACTGTATGG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGGAGGTGACATCTGTATTTCTGCCTGTGGGTCCAGACTGTATGG  781

seq1  CTGATGGCTTGGATCTCAACTGCTCTTTAGGAGACCAAGGAGGAGGAACA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGGCTTGGATCTCAACTGCTCTTTAGGAGACCAAGGAGGAGGAACA  831

seq1  TAGCCTGGGGTTGGCACTGCAAAAAGCTAAGGAGTTTGGGTCACTGGGAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTGGGGTTGGCACTGCAAAAAGCTAAGGAGTTTGGGTCACTGGGAC  881

seq1  CTGGAGATGTCTCAGTGGTTAAGAGCACACACACTGCTCTTGCAGAGGAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGATGTCTCAGTGGTTAAGAGCACACACACTGCTCTTGCAGAGGAC  931

seq1  TGGAATTTGATTCCCAGCACCCACTTCCTGTGGGGTTCCTGTGGAGCCTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTTGATTCCCAGCACCCACTTCCTGTGGGGTTCCTGTGGAGCCTC  981

seq1  AGCTCCAGAGAACTGATGTCCAATCTGGCTTCCATGATCACTGAGCTCAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCAGAGAACTGATGTCCAATCTGGCTTCCATGATCACTGAGCTCAT  1031

seq1  GTGTACCCTCTTATAAAATTTTTTTTAATTAAAAAAAGAAAAGGAGTTTG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACCCTCTTATAAAATTTTTTTTAATTAAAAAAAGAAAAGGAGTTTG  1081

seq1  TAGTTCCTCACTAGGCAGAACACTGCTATTCTAGCCCTGGACCGACTTTC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCCTCACTAGGCAGAACACTGCTATTCTAGCCCTGGACCGACTTTC  1131

seq1  TGAAGATTTCTTTTTGTAACT  1168
      |||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATTTCTTTTTGTAACT  1152

seq1: chr19_43614920_43615851
seq2: B6Ng01-127N19.g_68_983

seq1  GAATTCAGAGAACATAAAAGCATGTGAGAGAGAAAAACCTTTGTAATTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGAACATAAAAGCATGTGAGAGAGAAAAACCTTTGTAATTGT  50

seq1  AAAAAGGTGTGGCTAACACGGAGCGGGAAAGGGCTGAGCAATGACCTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGGTGTGGCTAACACGGAGCGGGAAAGGGCTGAGCAATGACCTTGA  100

seq1  GCTTGGGAAGGCACAAGAGTCCCGATTTTGATGGACTTTATAAAGTATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGGAAGGCACAAGAGTCCCGATTTTGATGGACTTTATAAAGTATAA  150

seq1  AGATCGCATGGGCAATTGAGCTATTAAAGTGGTGGACAGAGCACGTAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCGCATGGGCAATTGAGCTATTAAAGTGGTGGACAGAGCACGTAGCT  200

seq1  GGGTAAGGGTGTTTGGCCTGATCCGAAGTCATGGGCATGCAGTGGTGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAGGGTGTTTGGCCTGATCCGAAGTCATGGGCATGCAGTGGTGCCT  250

seq1  GAACCCTGGGAGGTCGAAAAGCCCAGGGATGAAAGCCAAAGACAGCAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCTGGGAGGTCGAAAAGCCCAGGGATGAAAGCCAAAGACAGCAGCA  300

seq1  AGAAAGGGGGAAAGAGAAAGAGACTCCTTAAAAGAGACCCAGACAGGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGGGGAAAGAGAAAGAGACTCCTTAAAAGAGACCCAGACAGGTGG  350

seq1  CATAAGACCCCCCCCCCAGGACTATACAAGCTGTAACCAGAGTTGAGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGACCCCCCCCCCAGGACTATACAAGCTGTAACCAGAGTTGAGAAT  400

seq1  TCAAACTGTCTCTAATCTTGAACTCGGTGTCTCAAATATAATGCTTCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTGTCTCTAATCTTGAACTCGGTGTCTCAAATATAATGCTTCCTT  450

seq1  AGTATCTAAAAATCACAGCAGATATTAAATATCTGTATTTTTCAGTTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCTAAAAATCACAGCAGATATTAAATATCTGTATTTTTCAGTTCAT  500

seq1  TCATACAACAAAAGTCTGATACGTGATTATTGAGAACACCCGAGTTCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACAACAAAAGTCTGATACGTGATTATTGAGAACACCCGAGTTCTGC  550

seq1  TGAGGAAGCAAACTCCTGTCTTCTGGCTGGCTGGTGGCAGCCATGCCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAGCAAACTCCTGTCTTCTGGCTGGCTGGTGGCAGCCATGCCTTC  600

seq1  TGCTGGGCTATGTTTTATGCTTTCCCTCTGTATTGTCCCCTAGGGGATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGCTATGTTTTATGCTTTCCCTCTGTATTGTCCCCTAGGGGATAC  650

seq1  TGTCCATTAACAGACTCTTAGGATTTCTCCTTAGAAGTCCTCTCATATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATTAACAGACTCTTAGGATTTCTCCTTAGAAGTCCTCTCATATGG  700

seq1  CACTGGGGCATCTACATACATCCAGAAATCACTCTGGGTAGCCACAATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CACTGGGGCATCTACATACATCCAGAAATCACTCTGGGTAGCCACAA-TC  749

seq1  TCCAAGGAGAAAACTAATGTCAGCAGAGATCTTGTTTCCTACGCCAACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGAGAAAACTAATGTCAGCAGAGATCTTGTTTCCTACGCCAACAT  799

seq1  ATA-TGTCTCCTTCAAAATGCAGATTAATGGACACCATTGCTTCTGTTGT  849
      ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   
seq2  ATATTTTCTCCTTCAAAATGCAGATTAATGGACACCATTGC-TCTGT--G  846

seq1  TTATTGTTTTATTAAAATGGCCCATTGCCGTTCTTAAACAGGTGAGTGTA  899
      ||||   |||||  |||||||||| ||||| |||  |||||| || ||| 
seq2  TTAT--GTTTAT--AAATGGCCCA-TGCCG-TCT--AACAGG-GAATGT-  886

seq1  TATGAATAGATGATAGATAGATAGGTAGATAGA  932
      |||| ||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  TATG-ATAGATGAT-GATAGATA-GTAGATAGA  916