BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-135D18
Chromosome19 (Build37)
Map Location 58,164,632 - 58,283,500
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtrnl1
Upstream geneAblim1, EG668259, AI450540, Trub1, LOC100043038
Downstream geneGfra1, LOC100043503, 1700011F14Rik, Pnlip, Pnliprp1, Pnliprp2, 1700019N19Rik, Hspa12a, 6430537H07Rik, 4930506M07Rik, LOC668626, Vax1, LOC668627
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-135D18.bB6Ng01-135D18.g
ACCDH935328DH935329
length1,128857
definitionDH935328|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135D18, 5' end.DH935329|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135D18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,282,370 - 58,283,500)(58,164,632 - 58,165,487)
sequence
gaattccatcaggttatatcctgactcaagagctacttcaggtttccttg
agaaggtggcacgtaagccaagaccaccatgacaataaaatctaggggca
gagccctccagaaagggagagaagagtgtgcaaaggcctaaagatggcaa
gtgcacaagaagcaagagatggccattgcacgcaggcagatggcaagagc
ccacgggtgggctaaatagccagtctccaagctctaggatagaacttata
tcactatcggagacttaaggatctgctcaggttgcctgggacctagatgt
acttggcctgaggtacatgagtagaatagatagccattagatcatagcac
gaccacacaatccccagggaacatccaccagcagatgactagctaggcag
caaaagggtcccctccctgatctaagcacagtgtcttagaggaaacatac
cagggggcggggtctgatcacacaggatccacttaagatatctgacccct
cccactggaagaagttctgttggacagatctgtgttttgtcaaatagtaa
atcctatattgtgagcagttgaaatacacttcaattgaatgaggtgcagg
gttagatttaaggattccttggggaaaatgccctctctcctcacagactt
acctcagtaattcccctctcctgtgcctgagacacagctaccctgagtcc
ctggtttgtgtaccatgggtctcaaacaatatagagatgctatcctgtgc
aattgctctaagacctgggtactatttctatctgagcaagctgagaaaac
agataagtagagagaaagtaacttgcccacaactaaaaacaggcaaatgc
aagatctgaaagtgagctgtactgacatccttttattgtttgtgtgtgtc
tgtatgcatgtgagtatggatgtgtgagtgtgtgtctttgtatgtatgca
aatgtgtttgagtatatgtgtgcatgtgtgtgcatgtgtgtgtttgtatg
tgtgcaccatgtgcttatatgtctatacatgattcgaatgtgtgcatgtg
ttatgtgtgccatgtgtttgcatgcatgcacattgtgttgtgtgcatgca
cagtgttgcatggttaccatgtgtttat
gaattctcataaaccttgaggaaataaacttgcctgtgtggattaaagtg
tttcacagcataaaggaaccaagctgttctgagacaagtgcaagacaagt
gtacatcaacctagcagagctggcatgggaaagatgcctggaaaaacggc
catcagtttatttaagacaacgaaacaaaagaaaaaaaatctagtaaaaa
tcctgggaaatcataatgaaaaaattttgaaagggaataatcattctagg
tattaatccattaaactatagcaattaaagcaacatgaagtcagaacaaa
ttaatcagtaaagaatacaaaaataggcacaaataattatggtaatttag
cgcaataataaagtctataaataaatgggctaaggatgactgttccaaaa
tagtatgaagaccagcagctagatgatgttcaaaaattaccacttgaaat
cacagcttaaattaacttctggatggctcaaaaaaaaaatttataaaagg
acatgcatacggatactagaacaagataaaacagaggctataatagtggc
tcagttcgtaaagtgctcacagggacttgcgcccagtcccaaggacccac
cttgaaaaaaaaaaaaaaatgtgatggtggcattcataatccaagcttga
ggggtggagagggggggttccagggttcagtcagcaggctccaagccacc
aagaaattctgcctcaaaaagcaagaaagagcaagagataattaaattat
accctcgaaaattaaaggaaacacaaggtggtcaacccctgaggaacagt
acccaagacccacatgcatgggcctgcacgatgaacacacgggcacatga
aaataca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_58282370_58283500
seq2: B6Ng01-135D18.b_49_1176 (reverse)

seq1  ATAAACACATGTGTACACATGCAAACACATGTGCATGCACACAAACAC-A  49
      ||||||||||| |||  ||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |
seq2  ATAAACACATG-GTAACCATGC-AACAC-TGTGCATGCACAC-AACACAA  46

seq1  TGTGCATGCATGCAAACACATGTGCACACAT-ACACATGCACACATTCGA  98
      |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATGCATGCAAACACATG-GCACACATAACACATGCACACATTCGA  95

seq1  ATACATGTATAGACATATAAGCACAT-GTGCACACATACAAACACACACA  147
      || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AT-CATGTATAGACATATAAGCACATGGTGCACACATACAAACACACACA  144

seq1  TGCACACACATGCACACATATACTCAAACACATTTGCATACATACAAAGA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACACATGCACACATATACTCAAACACATTTGCATACATACAAAGA  194

seq1  CACACACTCACACATCCATACTCACATGCATACAGACACACACAAACAAT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACTCACACATCCATACTCACATGCATACAGACACACACAAACAAT  244

seq1  AAAAGGATGTCAGTACAGCTCACTTTCAGATCTTGCATTTGCCTGTTTTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGATGTCAGTACAGCTCACTTTCAGATCTTGCATTTGCCTGTTTTT  294

seq1  AGTTGTGGGCAAGTTACTTTCTCTCTACTTATCTGTTTTCTCAGCTTGCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTGGGCAAGTTACTTTCTCTCTACTTATCTGTTTTCTCAGCTTGCT  344

seq1  CAGATAGAAATAGTACCCAGGTCTTAGAGCAATTGCACAGGATAGCATCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAGAAATAGTACCCAGGTCTTAGAGCAATTGCACAGGATAGCATCT  394

seq1  CTATATTGTTTGAGACCCATGGTACACAAACCAGGGACTCAGGGTAGCTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATTGTTTGAGACCCATGGTACACAAACCAGGGACTCAGGGTAGCTG  444

seq1  TGTCTCAGGCACAGGAGAGGGGAATTACTGAGGTAAGTCTGTGAGGAGAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCAGGCACAGGAGAGGGGAATTACTGAGGTAAGTCTGTGAGGAGAG  494

seq1  AGGGCATTTTCCCCAAGGAATCCTTAAATCTAACCCTGCACCTCATTCAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCATTTTCCCCAAGGAATCCTTAAATCTAACCCTGCACCTCATTCAA  544

seq1  TTGAAGTGTATTTCAACTGCTCACAATATAGGATTTACTATTTGACAAAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGTGTATTTCAACTGCTCACAATATAGGATTTACTATTTGACAAAA  594

seq1  CACAGATCTGTCCAACAGAACTTCTTCCAGTGGGAGGGGTCAGATATCTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATCTGTCCAACAGAACTTCTTCCAGTGGGAGGGGTCAGATATCTT  644

seq1  AAGTGGATCCTGTGTGATCAGACCCCGCCCCCTGGTATGTTTCCTCTAAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGATCCTGTGTGATCAGACCCCGCCCCCTGGTATGTTTCCTCTAAG  694

seq1  ACACTGTGCTTAGATCAGGGAGGGGACCCTTTTGCTGCCTAGCTAGTCAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTGCTTAGATCAGGGAGGGGACCCTTTTGCTGCCTAGCTAGTCAT  744

seq1  CTGCTGGTGGATGTTCCCTGGGGATTGTGTGGTCGTGCTATGATCTAATG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGTGGATGTTCCCTGGGGATTGTGTGGTCGTGCTATGATCTAATG  794

seq1  GCTATCTATTCTACTCATGTACCTCAGGCCAAGTACATCTAGGTCCCAGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCTATTCTACTCATGTACCTCAGGCCAAGTACATCTAGGTCCCAGG  844

seq1  CAACCTGAGCAGATCCTTAAGTCTCCGATAGTGATATAAGTTCTATCCTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTGAGCAGATCCTTAAGTCTCCGATAGTGATATAAGTTCTATCCTA  894

seq1  GAGCTTGGAGACTGGCTATTTAGCCCACCCGTGGGCTCTTGCCATCTGCC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTGGAGACTGGCTATTTAGCCCACCCGTGGGCTCTTGCCATCTGCC  944

seq1  TGCGTGCAATGGCCATCTCTTGCTTCTTGTGCACTTGCCATCTTTAGGCC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTGCAATGGCCATCTCTTGCTTCTTGTGCACTTGCCATCTTTAGGCC  994

seq1  TTTGCACACTCTTCTCTCCCTTTCTGGAGGGCTCTGCCCCTAGATTTTAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCACACTCTTCTCTCCCTTTCTGGAGGGCTCTGCCCCTAGATTTTAT  1044

seq1  TGTCATGGTGGTCTTGGCTTACGTGCCACCTTCTCAAGGAAACCTGAAGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGGTGGTCTTGGCTTACGTGCCACCTTCTCAAGGAAACCTGAAGT  1094

seq1  AGCTCTTGAGTCAGGATATAACCTGATGGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTGAGTCAGGATATAACCTGATGGAATTC  1128

seq1: chr19_58164632_58165487
seq2: B6Ng01-135D18.g_66_922

seq1  GAATTCTCATAAACCTTGAGGAAATAAACTTGCCTGTGTGGATTAAAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATAAACCTTGAGGAAATAAACTTGCCTGTGTGGATTAAAGTG  50

seq1  TTTCACAGCATAAAGGAACCAAGCTGTTCTGAGACAAGTGCAAGACAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACAGCATAAAGGAACCAAGCTGTTCTGAGACAAGTGCAAGACAAGT  100

seq1  GTACATCAACCTAGCAGAGCTGGCATGGGAAAGATGCCTGGAAAAACGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATCAACCTAGCAGAGCTGGCATGGGAAAGATGCCTGGAAAAACGGC  150

seq1  CATCAGTTTATTTAAGACAACGAAACAAAAGAAAAAAAATCTAGTAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGTTTATTTAAGACAACGAAACAAAAGAAAAAAAATCTAGTAAAAA  200

seq1  TCCTGGGAAATCATAATGAAAAAATTTTGAAAGGGAATAATCATTCTAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGAAATCATAATGAAAAAATTTTGAAAGGGAATAATCATTCTAGG  250

seq1  TATTAATCCATTAAACTATAGCAATTAAAGCAACATGAAGTCAGAACAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATCCATTAAACTATAGCAATTAAAGCAACATGAAGTCAGAACAAA  300

seq1  TTAATCAGTAAAGAATACAAAAATAGGCACAAATAATTATGGTAATTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCAGTAAAGAATACAAAAATAGGCACAAATAATTATGGTAATTTAG  350

seq1  CGCAATAATAAAGTCTATAAATAAATGGGCTAAGGATGACTGTTCCAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAATAATAAAGTCTATAAATAAATGGGCTAAGGATGACTGTTCCAAAA  400

seq1  TAGTATGAAGACCAGCAGCTAGATGATGTTCAAAAATTACCACTTGAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATGAAGACCAGCAGCTAGATGATGTTCAAAAATTACCACTTGAAAT  450

seq1  CACAGCTTAAATTAACTTCTGGATGGCTCAAATAGCATA-TTATAAAAGG  499
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |  | | ||||||||||
seq2  CACAGCTTAAATTAACTTCTGGATGGCTCAAAAAAAAAATTTATAAAAGG  500

seq1  ACATGCATACGGATACTAGAACAAGATAAAACAGAGGCTATAAAAGTGGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACATGCATACGGATACTAGAACAAGATAAAACAGAGGCTATAATAGTGGC  550

seq1  TCAGTCGGTAAAGTGCTCACAGGGACTTGCGCCCAGTCCCAAGGACCCAC  599
      |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTCGTAAAGTGCTCACAGGGACTTGCGCCCAGTCCCAAGGACCCAC  600

seq1  CTTGAAAAAAAAAATCAGATGTGATGGTGGCATTCATAATCCAAGCTTGA  649
      ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAAAAAAAAAAAAAATGTGATGGTGGCATTCATAATCCAAGCTTGA  650

seq1  GGGGTGGAGAGGGGGGGTTCCAGGGTTCAGTCAGCAGGCTCCAAGCCACC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGGAGAGGGGGGGTTCCAGGGTTCAGTCAGCAGGCTCCAAGCCACC  700

seq1  AAGAAATTCTGCCTCAAAAAGCAAGAAAGAGCAAGAGATAATTAAATTAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATTCTGCCTCAAAAAGCAAGAAAGAGCAAGAGATAATTAAATTAT  750

seq1  ACCCTCGAAAATTAAAGGAAACACAAGGTGGTCAACCCCTGAGGAACAGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCGAAAATTAAAGGAAACACAAGGTGGTCAACCCCTGAGGAACAGT  800

seq1  ACCCAAGACCCACATGCATGGGCCTGCACGATGAACACACGGGCACATGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAGACCCACATGCATGGGCCTGCACGATGAACACACGGGCACATGA  850

seq1  CAATACA  856
       ||||||
seq2  AAATACA  857