BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140M01
Chromosome19 (Build37)
Map Location 29,526,910 - 29,660,572
singlet/doubletdoublet
Overlap genePdcd1lg2, C030046E11Rik
Upstream geneGlis3, EG434460, EG627788, Slc1a1, LOC545262, 4430402I18Rik, Ppapdc2, LOC100042006, EG226086, Cdc37l1, LOC672214, Ak3, Rcl1, LOC433238, Jak2, Insl6, Rln1, 5033414D02Rik, Cd274
Downstream geneD19Wsu12e, Mlana, 9930021J03Rik, Ranbp6, Il33, Trpd52l3, Uhrf2, Gldc, EG625917, Mbl2, LOC100042088, LOC668020, EG546723, Dkk1, Prkg1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140M01.bB6Ng01-140M01.g
ACCDH939393DH939394
length951833
definitionDH939393|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140M01, 5' end.DH939394|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140M01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,659,619 - 29,660,572)(29,526,910 - 29,527,742)
sequence
gaattctcaatcctcctgtctcagctataatataaatagttatcttacaa
attcaacttgtcactgtaaaaaagaacaggaagaacctaaacagtaagtc
tactattgtgataagctaagttattgagacaaaatgctttgttccgtttt
taatggcttattgtctacctaaaattaaatctctattatttctgagaaag
aaaaaaagttacctcttcttgacggtcacttaagttgtaacacgcaagga
ccataaagtcatcccaccaggctaagccaccagtcacaatcatattttgc
tccttaaaagaaaaatttcagatgcacttaccttaattatattactcaaa
ctttcaacaaatataatactcttagaaagctctgattatttctgctttat
tctctcttgcaaaattatttctccaggacttttattaacaatgtatcata
tcctgtcctttaaaaaattacatattcctaaaagaaacagctgtgtcatt
caaaatatctcagtactatatagcattattaatcttacatctaaaacaac
ttgatttaaattctggctttactcctcagcagacaagtgcgtgaatcctg
atcttttggcaaatgatagtattagtgtcctaactgggctgataacacca
acccatttaaagccctggtacacaagacacctatgttaactttctccact
ccttcccatctgactctcataaaatcaaacattctccctctgagcctcca
ccccccacctcctgctatccagacgcacatatcacatacagaatgccctc
taattttgtggacacttagtttccccacattagacaactcagtcttaaag
ataatattaaccctatgctaaataattattgctactaatcttttttcctt
cttttcatgtacttgttagagatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
t
gaattcactcttagccggaatttagtttatactacaggctatgtttaagt
gctgatgaggtctagaaaagcagcccctcagagagctctatgtctaacta
ttaacctagcactgggaaggaaggagcaggtaagattaccagcaggttgc
tacatggtagctactagagggagtaggtaagattaataaccagcaggttg
ctacaaggtaactaacatagactagtcaattcagcctaggaactgagact
taagtctctcctgcagtggtgctgggcttcataccagactgagtggtggc
ttaggagccaactctatcctccaaatgcattctaagaaaactaaagtctt
caagggtaagcagaaattccatacatggaaggatctatgagcagacctgg
acagaacaagggttcccaaagacgctgaggcaggggcctggctcacagca
ctaccttgcaacatgcatgtagtagaaaaaaagcagtgtgatcagttagg
gtttgcaacacacctctacctgttgcatgtaattttaaaaatatgctatc
tccttggcagatctgctgcgccatccccactctcggaaaaacccattctt
cccagcttagctccgccaatggccagctggtgcctttcccaggagctgcg
attatgctcccagcccttcccagctagccaccagctactgcctctctcta
tctctgcccacctctctgagacttagacagctttattaacttagtacttg
tcagatagcataattgctgggagcagaatttcattgttctcaagcatggc
cacaaactcctttctctttcctcctcctcctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_29659619_29660572
seq2: B6Ng01-140M01.b_46_996 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACATCTCTTAACAGGTACATGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACATCTC-TAACAAGTACATGAAA  49

seq1  AGAAGGAAAAAAAGATTAGTAGCAATAATTATTTAGCATAGGGTTTAATA  100
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGAAGG-AAAAAAGATTAGTAGCAATAATTATTTAGCATAGGG-TTAATA  97

seq1  TTATCTTTAAGACTGAGTTGTCTAATGTGGGGAAACTAAGTGTCCACAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTTAAGACTGAGTTGTCTAATGTGGGGAAACTAAGTGTCCACAAA  147

seq1  ATTAGAGGGCATTCTGTATGTGATATGTGCGTCTGGATAGCAGGAGGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAGGGCATTCTGTATGTGATATGTGCGTCTGGATAGCAGGAGGTGG  197

seq1  GGGGTGGAGGCTCAGAGGGAGAATGTTTGATTTTATGAGAGTCAGATGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGGAGGCTCAGAGGGAGAATGTTTGATTTTATGAGAGTCAGATGGG  247

seq1  AAGGAGTGGAGAAAGTTAACATAGGTGTCTTGTGTACCAGGGCTTTAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGTGGAGAAAGTTAACATAGGTGTCTTGTGTACCAGGGCTTTAAAT  297

seq1  GGGTTGGTGTTATCAGCCCAGTTAGGACACTAATACTATCATTTGCCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGGTGTTATCAGCCCAGTTAGGACACTAATACTATCATTTGCCAAA  347

seq1  AGATCAGGATTCACGCACTTGTCTGCTGAGGAGTAAAGCCAGAATTTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAGGATTCACGCACTTGTCTGCTGAGGAGTAAAGCCAGAATTTAAA  397

seq1  TCAAGTTGTTTTAGATGTAAGATTAATAATGCTATATAGTACTGAGATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTTGTTTTAGATGTAAGATTAATAATGCTATATAGTACTGAGATAT  447

seq1  TTTGAATGACACAGCTGTTTCTTTTAGGAATATGTAATTTTTTAAAGGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATGACACAGCTGTTTCTTTTAGGAATATGTAATTTTTTAAAGGAC  497

seq1  AGGATATGATACATTGTTAATAAAAGTCCTGGAGAAATAATTTTGCAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATATGATACATTGTTAATAAAAGTCCTGGAGAAATAATTTTGCAAGA  547

seq1  GAGAATAAAGCAGAAATAATCAGAGCTTTCTAAGAGTATTATATTTGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATAAAGCAGAAATAATCAGAGCTTTCTAAGAGTATTATATTTGTTG  597

seq1  AAAGTTTGAGTAATATAATTAAGGTAAGTGCATCTGAAATTTTTCTTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTGAGTAATATAATTAAGGTAAGTGCATCTGAAATTTTTCTTTTA  647

seq1  AGGAGCAAAATATGATTGTGACTGGTGGCTTAGCCTGGTGGGATGACTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCAAAATATGATTGTGACTGGTGGCTTAGCCTGGTGGGATGACTTT  697

seq1  ATGGTCCTTGCGTGTTACAACTTAAGTGACCGTCAAGAAGAGGTAACTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCCTTGCGTGTTACAACTTAAGTGACCGTCAAGAAGAGGTAACTTT  747

seq1  TTTTCTTTCTCAGAAATAATAGAGATTTAATTTTAGGTAGACAATAAGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTCTCAGAAATAATAGAGATTTAATTTTAGGTAGACAATAAGCC  797

seq1  ATTAAAAACGGAACAAAGCATTTTGTCTCAATAACTTAGCTTATCACAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAACGGAACAAAGCATTTTGTCTCAATAACTTAGCTTATCACAAT  847

seq1  AGTAGACTTACTGTTTAGGTTCTTCCTGTTCTTTTTTACAGTGACAAGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGACTTACTGTTTAGGTTCTTCCTGTTCTTTTTTACAGTGACAAGTT  897

seq1  GAATTTGTAAGATAACTATTTATATTATAGCTGAGACAGGAGGATTGAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTGTAAGATAACTATTTATATTATAGCTGAGACAGGAGGATTGAGA  947

seq1  ATTC  954
      ||||
seq2  ATTC  951

seq1: chr19_29526910_29527742
seq2: B6Ng01-140M01.g_65_897

seq1  GAATTCACTCTTAGCCGGAATTTAGTTTATACTACAGGCTATGTTTAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTTAGCCGGAATTTAGTTTATACTACAGGCTATGTTTAAGT  50

seq1  GCTGATGAGGTCTAGAAAAGCAGCCCCTCAGAGAGCTCTATGTCTAACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATGAGGTCTAGAAAAGCAGCCCCTCAGAGAGCTCTATGTCTAACTA  100

seq1  TTAACCTAGCACTGGGAAGGAAGGAGCAGGTAAGATTACCAGCAGGTTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCTAGCACTGGGAAGGAAGGAGCAGGTAAGATTACCAGCAGGTTGC  150

seq1  TACATGGTAGCTACTAGAGGGAGTAGGTAAGATTAATAACCAGCAGGTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGTAGCTACTAGAGGGAGTAGGTAAGATTAATAACCAGCAGGTTG  200

seq1  CTACAAGGTAACTAACATAGACTAGTCAATTCAGCCTAGGAACTGAGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAGGTAACTAACATAGACTAGTCAATTCAGCCTAGGAACTGAGACT  250

seq1  TAAGTCTCTCCTGCAGTGGTGCTGGGCTTCATACCAGACTGAGTGGTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCTCTCCTGCAGTGGTGCTGGGCTTCATACCAGACTGAGTGGTGGC  300

seq1  TTAGGAGCCAACTCTATCCTCCAAATGCATTCTAAGAAAACTAAAGTCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAGCCAACTCTATCCTCCAAATGCATTCTAAGAAAACTAAAGTCTT  350

seq1  CAAGGGTAAGCAGAAATTCCATACATGGAAGGATCTATGAGCAGACCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGTAAGCAGAAATTCCATACATGGAAGGATCTATGAGCAGACCTGG  400

seq1  ACAGAACAAGGGTTCCCAAAGACGCTGAGGCAGGGGCCTGGCTCACAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAACAAGGGTTCCCAAAGACGCTGAGGCAGGGGCCTGGCTCACAGCA  450

seq1  CTACCTTGCAACATGCATGTAGTAGAAAAAAAGCAGTGTGATCAGTTAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTTGCAACATGCATGTAGTAGAAAAAAAGCAGTGTGATCAGTTAGG  500

seq1  GTTTGCAACACACCTCTACCTGTTGCATGTAATTTTAAAAATATGCTATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCAACACACCTCTACCTGTTGCATGTAATTTTAAAAATATGCTATC  550

seq1  TCCTTGGCAGATCTGCTGCGCCATCCCCACTCTCGGAAAAACCCATTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGGCAGATCTGCTGCGCCATCCCCACTCTCGGAAAAACCCATTCTT  600

seq1  CCCAGCTTAGCTCCGCCAATGGCCAGCTGGTGCCTTTCCCAGGAGCTGCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTTAGCTCCGCCAATGGCCAGCTGGTGCCTTTCCCAGGAGCTGCG  650

seq1  ATTATGCTCCCAGCCCTTCCCAGCTAGCCACCAGCTACTGCCTCTCTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGCTCCCAGCCCTTCCCAGCTAGCCACCAGCTACTGCCTCTCTCTA  700

seq1  TCTCTGCCCACCTCTCTGAGACTTAGACAGCTTTATTAACTTAGTACTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCCCACCTCTCTGAGACTTAGACAGCTTTATTAACTTAGTACTTG  750

seq1  TCAGATAGCATAATTGCTGGGAGCAGAATCTCATTGTTCCCAAGCATGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  TCAGATAGCATAATTGCTGGGAGCAGAATTTCATTGTTCTCAAGCATGGC  800

seq1  CACAAACTCCTTTCTCTTTCCTCCTCCTCCTCT  833
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACTCCTTTCTCTTTCCTCCTCCTCCTCT  833