BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-142F16
Chromosome19 (Build37)
Map Location 25,972,497 - 26,127,982
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700048O14Rik
Upstream geneFoxd4, Cbwd1, Dock8, LOC100042503, Ankrd15, LOC433233, LOC383474, Dmrt1, Dmrt3, Dmrt2, EG667806
Downstream geneLOC100041846, LOC100041857, Smarca2, Gm815
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-142F16.bB6Ng01-142F16.g
ACCDH940572DH940573
length1,2051,093
definitionDH940572|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142F16, 5' end.DH940573|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142F16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,972,497 - 25,973,732)(26,126,865 - 26,127,982)
sequence
gaattcatgaaacacagagcaagtttaaccgattcttcattttgaaatca
cctgatatcaattagcattcctctagtttatagctgatttatggtgccct
tgtaaggtcctgaaaatatgaaagcagagaagcagtatttcaaaatgcag
cataaaatcaacaataaaaatgtatatttataacctgaaaagtatgattt
catcttggagaattaccaacccaatagcagtaataagcatgattttcatt
gtaccatattgtacttattaagcacttcaggggacttgtgaataaatcaa
gttgtgggatcagttctggatatccgaacatatttttagatattataaaa
atgtggaaaagtatcatagctggttatcacgtgttcatgctttcccaaaa
ggttttaatcataacctcacagttacatcctcctacaagcttgactgagg
ttagaatcattcttaagtgatgtccttttaataaatgcagatttaatatg
gtcatgagataaaagtgggcctttcaaaagcccaattcaaatgccacagg
ttctgataatgtgaataaagtcagagacagctaggtggccccgggtatca
gaaaatgtaggataatgtatgtctgattttgatttaaatttgcaataaaa
gtattcaatataggaaattaaagaactgaatttaaatacctcagcttgct
ctggttgctttaaatagcttatgcaagtcaagtcaattcaatctccttaa
cacttgttgacaaggtgatgtgcctgtctctgcaatagatgtgggaacca
ttaagtcaagagatagtagtgtgtgcatatgcttgcttgagtgcccagta
gttgcagagtggaatttctagttcacatagcatagcctgccatttgctta
agattgtgaattcagatcagagtcctaaattccagtggacagggatatat
ggtgtgcctggacagtgagtgagtgaggtccttatctgctatgatcatct
catggttttatgctgatgactcttaagtggcagtgggtactagagagttg
acatagtagtctcgatagatttcatctaatgaaattcatcttcttgatag
aatggttgggaatggaaattctctggaacttagaaccggacaatatcaat
gaggagaaatgatgagtgcttagagagttgtagaggatttgtcatgggaa
ggggc
gaattcaaggcagggactgaggcagaggctgctgaggaatgctgactatt
ggctcactctcttctggctcaagcttggccagctttcttatgtaaccaag
gaccacttactcagttgtggaacacaaaaagtgggctgggcccttgcaca
tcaatcaaccatcaagacatctttccataggcatggctacaagccgatct
gatctcagcaattcttcaattgagaatccctcctcccaagtaactcttgg
ttttatcaagcaattaagaattaaccacggcagtctgtctggacgtatgg
aacacatgggctcctgttggatcagtccaccattgggtcaagcactgagg
acaattgcagcatttatttgtctacctggctgcgggtgggatccagacac
tgccgaggattgagaatcagtcatggaaaattactgaacagtagaacctg
tagcctctggaagaacctagaaccccaatgtttccaacaattaaaaacta
tttgctcagtgtgttctgcttttgataaatgctcatcaagtctgtgatga
ggaaccagatagattttataagtaaaataagagtactaaaagccatccaa
gtcagctcactgatttaacttgtacggtacgagggcttgaccaaccgatt
tggacatcaccaggtatagacttagcaccagagtctaggattctgcccta
acgccttgggataattccatcagagcttagtctcctcatcactgctctgt
agttgcactgatcaccaacctccatgacaccaggagaccaggtgaccgac
tacccctcgtcatatgttttcatcaaagctctttagataaaaacaatgac
acttttttacatttccagttaataattatttctgtaatgcattattacca
ccagtttttgacatttttcttagaaatttaatgcctcttgcttcagacaa
caacaaacaaaaacaaaaacaaactctttcaagaagcttgctctagcagt
atgtgttgtactcagtttcactgactcagatcgcctcactgagtgaccca
agaaaatcgtacataagaaaaagtgcctatggcaacatagcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_25972497_25973732
seq2: B6Ng01-142F16.b_49_1252

seq1  GAATTCATGAAACACAGAGCAAGTTTAACCGATTCTTCATTTTGAAATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGAAACACAGAGCAAGTTTAACCGATTCTTCATTTTGAAATCA  50

seq1  CCTGATATCAATTAGCATTCCTCTAGTTTATAGCTGATTTATGGTGCCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATATCAATTAGCATTCCTCTAGTTTATAGCTGATTTATGGTGCCCT  100

seq1  TGTAAGGTCCTGAAAATATGAAAGCAGAGAAGCAGTATTTCAAAATGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGGTCCTGAAAATATGAAAGCAGAGAAGCAGTATTTCAAAATGCAG  150

seq1  CATAAAATCAACAATAAAAATGTATATTTATAACCTGAAAAGTATGATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAATCAACAATAAAAATGTATATTTATAACCTGAAAAGTATGATTT  200

seq1  CATCTTGGAGAATTACCAACCCAATAGCAGTAATAAGCATGATTTTCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTGGAGAATTACCAACCCAATAGCAGTAATAAGCATGATTTTCATT  250

seq1  GTACCATATTGTACTTATTAAGCACTTCAGGGGACTTGTGAATAAATCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCATATTGTACTTATTAAGCACTTCAGGGGACTTGTGAATAAATCAA  300

seq1  GTTGTGGGATCAGTTCTGGATATCCGAACATATTTTTAGATATTATAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGGGATCAGTTCTGGATATCCGAACATATTTTTAGATATTATAAAA  350

seq1  ATGTGGAAAAGTATCATAGCTGGTTATCACGTGTTCATGCTTTCCCAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGAAAAGTATCATAGCTGGTTATCACGTGTTCATGCTTTCCCAAAA  400

seq1  GGTTTTAATCATAACCTCACAGTTACATCCTCCTACAAGCTTGACTGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTAATCATAACCTCACAGTTACATCCTCCTACAAGCTTGACTGAGG  450

seq1  TTAGAATCATTCTTAAGTGATGTCCTTTTAATAAATGCAGATTTAATATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATCATTCTTAAGTGATGTCCTTTTAATAAATGCAGATTTAATATG  500

seq1  GTCATGAGATAAAAGTGGGCCTTTCAAAAGCCCAATTCAAATGCCACAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGAGATAAAAGTGGGCCTTTCAAAAGCCCAATTCAAATGCCACAGG  550

seq1  TTCTGATAATGTGAATAAAGTCAGAGACAGCTAGGTGGCCCCGGGTATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATAATGTGAATAAAGTCAGAGACAGCTAGGTGGCCCCGGGTATCA  600

seq1  GAAAATGTAGGATAATGTATGTCTGATTTTGATTTAAATTTGCAATAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGTAGGATAATGTATGTCTGATTTTGATTTAAATTTGCAATAAAA  650

seq1  GTATTCAATATAGGAAATTAAAGAACTGAATTTAAATACCTCAGCTTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCAATATAGGAAATTAAAGAACTGAATTTAAATACCTCAGCTTGCT  700

seq1  CTGGTTGCTTTAAATAGCTTATGCAAGTCAAGTCAATTCAATCTCCTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTGCTTTAAATAGCTTATGCAAGTCAAGTCAATTCAATCTCCTTAA  750

seq1  CACTTGTTGACAAGGTGATGTGCCTGTCTCTGCAATAGATGTGGGAACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGTTGACAAGGTGATGTGCCTGTCTCTGCAATAGATGTGGGAACCA  800

seq1  TTAAGTCAAGAGATAGTAGTGTGTGCATATGCTTGCTTGAGTGCCCAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTCAAGAGATAGTAGTGTGTGCATATGCTTGCTTGAGTGCCCAGTA  850

seq1  GTTGCAGAGTGGAATTTCTAGTTCACATAGCATAGCCTGCCATTTGCTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAGAGTGGAATTTCTAGTTCACATAGCATAGCCTGCCATTTGCTTA  900

seq1  AGATTGTGAATTCAGATCAAGAGTCCTAAATTCCAGTGGGACAGGGATAT  950
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGATTGTGAATTCAGATC-AGAGTCCTAAATTCCAGT-GGACAGGGATAT  948

seq1  ATGGTGTGGCCTGGACAGTGGAGGTGAGTGAGGGTCCTTATCTGCTATGA  1000
      ||||||| ||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGT-GCCTGGACAGTG--AGTGAGTGA-GGTCCTTATCTGCTATGA  994

seq1  TCATCTCAATGGTTTTTATGCTGAATGACTCTTAAGTGGCAGTGGGTTAA  1050
      ||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |
seq2  TCATCTC-ATGG-TTTTATGCTG-ATGACTCTTAAGTGGCAGTGGGT--A  1039

seq1  CTAAGAGAGTGTGACATAAGTAGTCTTCGATAGTATTTCATCTAATGATA  1100
      || ||||||| |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| |
seq2  CT-AGAGAGT-TGACAT-AGTAGTC-TCGATAG-ATTTCATCTAATGAAA  1084

seq1  TTCATCTTCTTTGATAGGATATGGTTGGTAATGGGAATGTCTCTGAGACA  1150
      ||||||||| |||||||   |||||||| ||||| ||| |||||| || |
seq2  TTCATCTTC-TTGATAG--AATGGTTGGGAATGGAAAT-TCTCTG-GA-A  1128

seq1  CTTTAAGACCAGGACAAATAATCAAGATGGAGGAGAGAATTAGGATGAGT  1200
      |||  ||| | ||||||   |||||    ||||||| |||   |||||||
seq2  CTT--AGAACCGGACAA--TATCAA---TGAGGAGA-AAT---GATGAGT  1167

seq1  GC-TAGAGAGATGGAGAGGATTTTGGAAGGGAAGGGG  1236
      || ||||||| || |||||||||   | |||||||||
seq2  GCTTAGAGAGTTGTAGAGGATTTGTCATGGGAAGGGG  1204

seq1: chr19_26126865_26127982
seq2: B6Ng01-142F16.g_68_1160 (reverse)

seq1  TGGCTAGTGTTGCCATAGGCAACCTTTTTCTAATGTAACGAATGTATCTT  50
      |||||| ||||||||||||||  |||||||| |||| ||||   | ||||
seq2  TGGCTA-TGTTGCCATAGGCA--CTTTTTCTTATGT-ACGA--TTTTCTT  44

seq1  TGGTGTCACTCAGTGAGGCGATCTGGAGTCAGTGAAACCTGGAGTACAAC  100
        | |||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||
seq2  --GGGTCACTCAGTGAGGCGATCT-GAGTCAGTGAAAC--TGAGTACAAC  89

seq1  ACATACTTGCCTAGAGCAAAGGCTCTCTTGAAAGAGTTTTGTTTTTGTTT  150
      |||||||   |||||||||  ||| ||||||||||| |||||||||| ||
seq2  ACATACT--GCTAGAGCAA--GCT-TCTTGAAAGAG-TTTGTTTTTG-TT  132

seq1  TTTGTTTGTTTGTTTGTCCTGAAAGCAAGAGGCATTAAAATTTCTAAGAA  200
      ||||||||||   |||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTT--GTTGT-CTG-AAGCAAGAGGCATT-AAATTTCTAAGAA  177

seq1  AAATGTCAAAAAACTTGGTGGTAATAATGCATTACAGAAATAATTATTAA  250
      ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCAAAAA--CTGGTGGTAATAATGCATTACAGAAATAATTATTAA  225

seq1  CTGGAAATGTAAAAAAGTGTCATTGTTTTTATCTAAAGAGCTTTGATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAATGTAAAAAAGTGTCATTGTTTTTATCTAAAGAGCTTTGATGAA  275

seq1  AACATATGACGAGGGGTAGTCGGTCACCTGGTCTCCTGGTGTCATGGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATGACGAGGGGTAGTCGGTCACCTGGTCTCCTGGTGTCATGGAGG  325

seq1  TTGGTGATCAGTGCAACTACAGAGCAGTGATGAGGAGACTAAGCTCTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGATCAGTGCAACTACAGAGCAGTGATGAGGAGACTAAGCTCTGAT  375

seq1  GGAATTATCCCAAGGCGTTAGGGCAGAATCCTAGACTCTGGTGCTAAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTATCCCAAGGCGTTAGGGCAGAATCCTAGACTCTGGTGCTAAGTC  425

seq1  TATACCTGGTGATGTCCAAATCGGTTGGTCAAGCCCTCGTACCGTACAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCTGGTGATGTCCAAATCGGTTGGTCAAGCCCTCGTACCGTACAAG  475

seq1  TTAAATCAGTGAGCTGACTTGGATGGCTTTTAGTACTCTTATTTTACTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCAGTGAGCTGACTTGGATGGCTTTTAGTACTCTTATTTTACTTA  525

seq1  TAAAATCTATCTGGTTCCTCATCACAGACTTGATGAGCATTTATCAAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCTATCTGGTTCCTCATCACAGACTTGATGAGCATTTATCAAAAG  575

seq1  CAGAACACACTGAGCAAATAGTTTTTAATTGTTGGAAACATTGGGGTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACACACTGAGCAAATAGTTTTTAATTGTTGGAAACATTGGGGTTCT  625

seq1  AGGTTCTTCCAGAGGCTACAGGTTCTACTGTTCAGTAATTTTCCATGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCTTCCAGAGGCTACAGGTTCTACTGTTCAGTAATTTTCCATGACT  675

seq1  GATTCTCAATCCTCGGCAGTGTCTGGATCCCACCCGCAGCCAGGTAGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTCAATCCTCGGCAGTGTCTGGATCCCACCCGCAGCCAGGTAGACA  725

seq1  AATAAATGCTGCAATTGTCCTCAGTGCTTGACCCAATGGTGGACTGATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATGCTGCAATTGTCCTCAGTGCTTGACCCAATGGTGGACTGATCC  775

seq1  AACAGGAGCCCATGTGTTCCATACGTCCAGACAGACTGCCGTGGTTAATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGAGCCCATGTGTTCCATACGTCCAGACAGACTGCCGTGGTTAATT  825

seq1  CTTAATTGCTTGATAAAACCAAGAGTTACTTGGGAGGAGGGATTCTCAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTGCTTGATAAAACCAAGAGTTACTTGGGAGGAGGGATTCTCAAT  875

seq1  TGAAGAATTGCTGAGATCAGATCGGCTTGTAGCCATGCCTATGGAAAGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAATTGCTGAGATCAGATCGGCTTGTAGCCATGCCTATGGAAAGAT  925

seq1  GTCTTGATGGTTGATTGATGTGCAAGGGCCCAGCCCACTTTTTGTGTTCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGATGGTTGATTGATGTGCAAGGGCCCAGCCCACTTTTTGTGTTCC  975

seq1  ACAACTGAGTAAGTGGTCCTTGGTTACATAAGAAAGCTGGCCAAGCTTGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGAGTAAGTGGTCCTTGGTTACATAAGAAAGCTGGCCAAGCTTGA  1025

seq1  GCCAGAAGAGAGTGAGCCAATAGTCAGCATTCCTCAGCAGCCTCTGCCTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAAGAGAGTGAGCCAATAGTCAGCATTCCTCAGCAGCCTCTGCCTC  1075

seq1  AGTCCCTGCCTTGAATTC  1118
      ||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCTGCCTTGAATTC  1093