BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-151N14
Chromosome19 (Build37)
Map Location 27,644,007 - 27,801,707
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSmarca2, Gm815, LOC100042576, Vldlr, LOC100042588, Kcnv2, D19Bwg1357e, LOC667868
Downstream geneLOC100042612, Rfx3, LOC666997, LOC433235, Glis3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-151N14.bB6Ng01-151N14.g
ACCDH947567DH947568
length1,1571,151
definitionDH947567|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-151N14, 5' end.DH947568|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-151N14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,644,007 - 27,645,177)(27,800,538 - 27,801,707)
sequence
gaattccatcccttttctagattctggttatatcttgtgctgtcccccaa
gtcagtggcagccaacatccacccaaatgttcatgttcccttactgtaga
gttgtttagaagcagcaagcagtagcttcaccaggacagcattcccacac
tcttgtgtctgtccatgcacagggccacttctgccaagagtatatttggg
tatgtgatgagtcatttcaggcaaagggtccagcatatgcttccaaggca
agcagcttatgatgggtccattgaagaatttctgaatttatagagatgtg
gggaggatacactttaagcagaaatgctacaactagttctgaagtctgaa
cattctctgcactagtgatgtgtaatggtgtgttcccatggaccattgag
catctaaggtgagacttagcttccagtcacatggcattgcctccgtgtgc
tatgatttggataggataggtatatcaaatgtatcttggatttatgattg
ttccaaattaatacgagttgagagggaagtaacacagacccagaaaggta
aagacagcctgttcccactcaaatgtgtatcctaccatcgaatctcgaga
tctgtgtgtttaatctgtagaatccaggaaactagaaagggaacctacaa
gccgggagcatctgtgctttgtgctccatgtgcagcaatgctgagaccac
ctactcatgaaaggaataggagtctctgggttggctacccagaaggcact
cgagatgggatggacaggaaatatatttcattatggcaaacgactaaagc
acgaggatggcttactttttaatagctggaatacaatgatcaattctttt
ctttggagacattccgctgcttagtttctacctgggaaactcattctctg
agatgtagcttagtagggatgcgttctggactctctcactagtcaaagca
aggctctcgggcccttggtactcagctctctgcataagatacatgtgatg
taaaacatcacaaggctattgcaagcattcctgcattctattgctctgct
taacccatgattccctatatatagtcatatattaaggtctaagcctctgg
tcggattattaattataaacctattaataaatactatactaaataattga
gggggac
gaattcagcagtgaaagacgagagttagtcttagcagctgagtggagctt
gagccgccacccccactccagcccatcctcaaggctgtgtggccactgta
gcaaattctggtgctgtcacctggtgcagttcgattattacaggtgccgg
agaaagaggatgccacacaacccacaatctgttagatctccaaggaatat
accgaggaagctctcttagaagtgggtgatgctcgaatgggtctagtttt
atcaagcaagataaaatagggaatttttttttttttaacaaacagttcag
agtctgttctggaggaattggctcgtttggggggtgtgaggattccaggg
cttacgggggaaagcactcagaccctagcacttatgggccatccgcatgc
agttcaccggcttcctggatcaactgctgcaagggttaatgttggctgat
gtctcatgtggccccctccttgtttagaaggatttgctttgtgtgaccac
tcccatcagagcagcaacagcagcagcagcagcagcagcagccaagatga
tgacggagtagttagaaatgaaaggtcctggggtgaagagtttgactact
ggttaagagcacttgctgctctgctcttccagaggacctgagctttttcc
ccagcactcaagtcagacccttcacaactgcctgtaactccaactccagg
ggatctgatgctgcattgtggcctaagtgcataaacacagacacacagac
acatatatacacacacacacagacacatacacatacacagacacagacag
acacacagacacacacacacacacacacacacacaccttccccctaaaga
aaaaggaaaaggtcgtggaccttgcatcaggcatactaaatcagaattat
taagggtaggcccagtaacttccattacaatctcctccggatgacatttc
atgagtgctaggactagtgtttgatactggctcaaagtaaatccacattg
tatgatacttacaaaggggatgtggcagaacatgataaatatacccactt
ctacataggaggggatttgtacggagaataagaatggacatacacaattc
agttgatgaattacattggaaggccatagaataggccgggtgctctcatt
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_27644007_27645177
seq2: B6Ng01-151N14.b_50_1206

seq1  GAATTCCATCCCTTTTCTAGATTCTGGTTATATCTTGTGCTGTCCCCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCCTTTTCTAGATTCTGGTTATATCTTGTGCTGTCCCCCAA  50

seq1  GTCAGTGGCAGCCAACATCCACCCAAATGTTCATGTTCCCTTACTGTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGGCAGCCAACATCCACCCAAATGTTCATGTTCCCTTACTGTAGA  100

seq1  GTTGTTTAGAAGCAGCAAGCAGTAGCTTCACCAGGACAGCATTCCCACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTTAGAAGCAGCAAGCAGTAGCTTCACCAGGACAGCATTCCCACAC  150

seq1  TCTTGTGTCTGTCCATGCACAGGGCCACTTCTGCCAAGAGTATATTTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTGTCTGTCCATGCACAGGGCCACTTCTGCCAAGAGTATATTTGGG  200

seq1  TATGTGATGAGTCATTTCAGGCAAAGGGTCCAGCATATGCTTCCAAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGATGAGTCATTTCAGGCAAAGGGTCCAGCATATGCTTCCAAGGCA  250

seq1  AGCAGCTTATGATGGGTCCATTGAAGAATTTCTGAATTTATAGAGATGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTTATGATGGGTCCATTGAAGAATTTCTGAATTTATAGAGATGTG  300

seq1  GGGAGGATACACTTTAAGCAGAAATGCTACAACTAGTTCTGAAGTCTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGATACACTTTAAGCAGAAATGCTACAACTAGTTCTGAAGTCTGAA  350

seq1  CATTCTCTGCACTAGTGATGTGTAATGGTGTGTTCCCATGGACCATTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCTGCACTAGTGATGTGTAATGGTGTGTTCCCATGGACCATTGAG  400

seq1  CATCTAAGGTGAGACTTAGCTTCCAGTCACATGGCATTGCCTCCGTGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAAGGTGAGACTTAGCTTCCAGTCACATGGCATTGCCTCCGTGTGC  450

seq1  TATGATTTGGATAGGATAGGTATATCAAATGTATCTTGGATTTATGATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATTTGGATAGGATAGGTATATCAAATGTATCTTGGATTTATGATTG  500

seq1  TTCCAAATTAATACGAGTTGAGAGGGAAGTAACACAGACCCAGAAAGGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAATTAATACGAGTTGAGAGGGAAGTAACACAGACCCAGAAAGGTA  550

seq1  AAGACAGCCTGTTCCCACTCAAATGTGTATCCTACCATCGAATCTCGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGCCTGTTCCCACTCAAATGTGTATCCTACCATCGAATCTCGAGA  600

seq1  TCTGTGTGTTTAATCTGTAGAATCCAGGAAACTAGAAAGGGAACCTACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTGTTTAATCTGTAGAATCCAGGAAACTAGAAAGGGAACCTACAA  650

seq1  GCCGGGAGCATCTGTGCTTTGTGCTCCATGTGCAGCAATGCTGAGACCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGGAGCATCTGTGCTTTGTGCTCCATGTGCAGCAATGCTGAGACCAC  700

seq1  CTACTCATGAAAGGAATAGGAGTCTCTGGGTTGGCTACCCAGAAGGCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCATGAAAGGAATAGGAGTCTCTGGGTTGGCTACCCAGAAGGCACT  750

seq1  CGAGATGGGATGGACAGGAAATATATTTCATTATGGCAAACGACTAAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CGAGATGGGATGGACAGGAAATATATTTCATTATGGCAAACGACTAAAGC  800

seq1  ACGAGGATGGCTTACTTTTTAATAGCTGGAATACAATGATCAATTCTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGGATGGCTTACTTTTTAATAGCTGGAATACAATGATCAATTCTTTT  850

seq1  CTTTTGGAGACATTCCGCTGCTTAGTTTTCTACCTGGGAAACTCATTCTC  900
      | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TTTGGAGACATTCCGCTGCTTAG-TTTCTACCTGGGAAACTCATTCTC  898

seq1  TGAGATGTAGCTTAGGTAGGGATGCGTTCTGGACTCTCTCACTAGTCAAA  950
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGTAGCTTA-GTAGGGATGCGTTCTGGACTCTCTCACTAGTCAAA  947

seq1  GCAAGGCTCTCGGGCCCTTGGTACTCAGCTCTCTGCATAAGATACATGTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGCTCTCGGGCCCTTGGTACTCAGCTCTCTGCATAAGATACATGTG  997

seq1  ATGT-ATACATCAC-AGGCTATTGCAAGCATTCCTTGCATTCTTATTGCT  1048
      |||| | ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  ATGTAAAACATCACAAGGCTATTGCAAGCATTCC-TGCATTC-TATTGCT  1045

seq1  CCTGCTTAACCCATGGTCTCCCTAAATATAGGTCATATAATTTAAGTCTT  1098
       |||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||| ||| | |||| 
seq2  -CTGCTTAACCCATGAT-TCCCTATATATA-GTCATAT-ATTAAGGTCTA  1091

seq1  AGCCTCTGGCCAGATTTATTAATTAATTAAAACTATTAATAAATACCTAT  1148
      ||||||||| | || ||||||||||  |||| ||||||||||||||   |
seq2  AGCCTCTGGTCGGA-TTATTAATTA--TAAACCTATTAATAAATAC---T  1135

seq1  AAACTAAATAAATGAAGGGGGAC  1171
      | ||||||||| || ||||||||
seq2  ATACTAAATAATTG-AGGGGGAC  1157

seq1: chr19_27800538_27801707
seq2: B6Ng01-151N14.g_68_1218 (reverse)

seq1  AAATGAGAGCACACCGGCACTAATCTATGCCCTGTCAATGTATTATTCCT  50
      |||||||||||| ||||| ||| |||||| |||  |||||||  ||||  
seq2  AAATGAGAGCAC-CCGGC-CTATTCTATGGCCTTCCAATGTA--ATTC--  44

seq1  ATCAACTGGAATGTTGCTGTAATGGTCAATCTTAAATCTCCTGTACAAAT  100
      |||||||| | ||    ||| |||  || |||| | ||||| ||||||||
seq2  ATCAACTGAATTG----TGT-ATGTCCATTCTT-ATTCTCC-GTACAAAT  87

seq1  ACCCTACCTATGTAGAAAGTGGGTAATATTTATTCATGTTCTGCACCATC  150
       |||| ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||  ||||
seq2  CCCCT-CCTATGTAG-AAGTGGGT-ATATTTA-TCATGTTCTGCCACATC  133

seq1  CCCTTTGTAAGTATCATACAATGT-GATTTACCTTTGAGCCAGTATC-AA  198
      |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||
seq2  CCCTTTGTAAGTATCATACAATGTGGATTTA-CTTTGAGCCAGTATCAAA  182

seq1  CACTAGTCCTTAGCACTCATGAATTGTCATCCGGA-GAGATTGTTAAAAT  247
      ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||   |||
seq2  CACTAGTCC-TAGCACTCATGAAATGTCATCCGGAGGAGATTGT---AAT  228

seq1  GGAAGTTACTGGGCCTACCCCTAATAATTCTGATTTAGTATGCCTGATGC  297
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTTACTGGGCCTACCCTTAATAATTCTGATTTAGTATGCCTGATGC  278

seq1  AAGGTCCACGACCTTTTCCTTTTTCTTTAGGGGGAAGGTGTGTGTGTGTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCCACGACCTTTTCCTTTTTCTTTAGGGGGAAGGTGTGTGTGTGTG  328

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTCTGTCTGTGTCTGTGTATGTGTATGTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTCTGTCTGTGTCTGTGTATGTGTATGTG  378

seq1  TCTGTGTGTGTGTGTATATATGTGTCTGTGTGTCTGTGTTTATGCACTTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTGTGTGTGTATATATGTGTCTGTGTGTCTGTGTTTATGCACTTA  428

seq1  GGCCACAATGCAGCATCAGATCCCCTGGAGTTGGAGTTACAGGCAGTTGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACAATGCAGCATCAGATCCCCTGGAGTTGGAGTTACAGGCAGTTGT  478

seq1  GAAGGGTCTGACTTGAGTGCTGGGGAAAAAGCTCAGGTCCTCTGGAAGAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGTCTGACTTGAGTGCTGGGGAAAAAGCTCAGGTCCTCTGGAAGAG  528

seq1  CAGAGCAGCAAGTGCTCTTAACCAGTAGTCAAACTCTTCACCCCAGGACC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAGCAAGTGCTCTTAACCAGTAGTCAAACTCTTCACCCCAGGACC  578

seq1  TTTCATTTCTAACTACTCCGTCATCATCTTGGCTGCTGCTGCTGCTGCTG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTTCTAACTACTCCGTCATCATCTTGGCTGCTGCTGCTGCTGCTG  628

seq1  CTGCTGTTGCTGCTCTGATGGGAGTGGTCACACAAAGCAAATCCTTCTAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTTGCTGCTCTGATGGGAGTGGTCACACAAAGCAAATCCTTCTAA  678

seq1  ACAAGGAGGGGGCCACATGAGACATCAGCCAACATTAACCCTTGCAGCAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGAGGGGGCCACATGAGACATCAGCCAACATTAACCCTTGCAGCAG  728

seq1  TTGATCCAGGAAGCCGGTGAACTGCATGCGGATGGCCCATAAGTGCTAGG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCCAGGAAGCCGGTGAACTGCATGCGGATGGCCCATAAGTGCTAGG  778

seq1  GTCTGAGTGCTTTCCCCCGTAAGCCCTGGAATCCTCACACCCCCCAAACG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGTGCTTTCCCCCGTAAGCCCTGGAATCCTCACACCCCCCAAACG  828

seq1  AGCCAATTCCTCCAGAACAGACTCTGAACTGTTTGTTAAAAAAAAAAAAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAATTCCTCCAGAACAGACTCTGAACTGTTTGTTAAAAAAAAAAAAA  878

seq1  TTCCCTATTTTATCTTGCTTGATAAAACTAGACCCATTCGAGCATCACCC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTATTTTATCTTGCTTGATAAAACTAGACCCATTCGAGCATCACCC  928

seq1  ACTTCTAAGAGAGCTTCCTCGGTATATTCCTTGGAGATCTAACAGATTGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTAAGAGAGCTTCCTCGGTATATTCCTTGGAGATCTAACAGATTGT  978

seq1  GGGTTGTGTGGCATCCTCTTTCTCCGGCACCTGTAATAATCGAACTGCAC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGTGTGGCATCCTCTTTCTCCGGCACCTGTAATAATCGAACTGCAC  1028

seq1  CAGGTGACAGCACCAGAATTTGCTACAGTGGCCACACAGCCTTGAGGATG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGACAGCACCAGAATTTGCTACAGTGGCCACACAGCCTTGAGGATG  1078

seq1  GGCTGGAGTGGGGGTGGCGGCTCAAGCTCCACTCAGCTGCTAAGACTAAC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGAGTGGGGGTGGCGGCTCAAGCTCCACTCAGCTGCTAAGACTAAC  1128

seq1  TCTCGTCTTTCACTGCTGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGTCTTTCACTGCTGAATTC  1151