BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-153G24
Chromosome19 (Build37)
Map Location 48,157,904 - 48,318,840
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC670576, Sorcs3
Upstream geneTaf5, Usmg5, Pdcd11, 2810048G17Rik, EG546729, EG240669, EG629389, Neurl, EG329070, Sh3pxd2a, Obfc1, Slk, Col17a1, 6330577E15Rik, D19Ertd652e, LOC677174, Gsto1, Gsto2, BC063749, Gm969
Downstream geneLOC100042896
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-153G24.bB6Ng01-153G24.g
ACCDH948751DH948752
length1,025987
definitionDH948751|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-153G24, 5' end.DH948752|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-153G24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,317,808 - 48,318,840)(48,157,904 - 48,158,902)
sequence
gaattccagaactggattctggcagatcaaagagctacatgtccacagta
gaaccatctcatgatgcttcccctgccaccaagagctgcctccttcaccc
agccagcatgcaggcaagtctcctcacacaagcaggctgaacttccctct
ccagtactagttccatctcaagataattgctatttgaggcgggagattac
atctgttttaaggtgtcaaggacacataaaaaaaacatctctactctatt
aggcacctcaaaactggctggaattaggctccttcaacccgggtgcttgt
aaaggatgtgtaattaaaatgccgattgttgtgactctagcttccaattc
aggaaagcacagatatcatctgcattataattcaagtgtgtcactgagat
ggaaaaaaaaagttctgttcatattgaaaaagtgcaaacggaaaagccgg
gcgtggtggcacacgcctttaatcccagcactcggaaggcagaggcaggc
ggatttctgagttcaaggccagcctggtctacagagtgagttccaggaca
gccagggctacacagagaaaccctgtctcaaaaaaaaaaaaaaagtgcaa
atggtacatgcagccacttaaggatattatataagacagacatgaggatg
taaccccccaggtgcgtcgtactggttctgagcaccaacattcccatagt
aggcactaagatgcatgctcattttgtcagtgaagacatctaaatgcaga
gaatgcagtcacttgtccaggagcctatgaccatgggaggctggacccgc
agtccaacccttgtttagttcatacaaacttatggctctaactagctaac
tcctcatatgactctcagtggatcagttaaaacagaaaacgctttaaagt
catttagtggctctctataggcctgtcctaaatggttataacaggtccgg
tgctcccaccataatcatttgagttactgttaatcttagacagacacact
ggattgtgatgtgtttaaatggata
gaattcaaggccgtccttgactacacagtaacttcatggccagcctgtgt
taggagactgtgtctcaacaaaacaaaccaactgaggggcttaagagatg
gcttaagatcgttaagagatagttaagaacacttactgttcatgcagagg
acctgggtttggtttccagcatccaaatcaagtggcccaagggatctgac
accctctggcctccacaagttcatacagacatacacattaggatttaaaa
aaaaaaaaacaaaaaactctgtaaaaagctgtttggagaaaaagttcatt
atcttattctctgggagagaagttctcctcctgaccaactggacagaagc
ctaagtgggtgggggaagtgaccatggccttgatctgtggtttgatggac
gtctctggaatcactctttggggaggtggtcctccacagagttctgtggt
gtccgaagcttcaatatcctctgagaacttattaaaatgcaaatgctaag
accctcacctctgactgctctgaatctagaggttggccgagcccagcaaa
gtgctggtcagaactgcctctcagctaaagggctttctctctgtggaagt
ctatctctgtagctatcctgcccttttgctctgtaataaaggtgtctccg
ttgtaaggttagcaaacactcccctgccctgggtgaactggaaatagagc
tatttctctctagcgaggggctgcagtgggagatggcatcctgcaacgga
gacttctccctctctccaagtttaatgccctgctcaaatgtctttaattt
tcttgtcaaacagacaggttaaatatctctattgctcgccgggagcatct
ccttttgcagcccagcccgctaagcttgcatgggatttaaagacatttta
gactgatctctttgtttctttcaagaaccaggaaagagtaacatgtattc
ttccttttccatttaagaaactttccttagttctaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_48317808_48318840
seq2: B6Ng01-153G24.b_42_1066 (reverse)

seq1  TATCCATATTTAACACATTTACAATCCATGTGTGTCTGTCCTAGGATATA  50
      ||||||| || |||||| | |||||||| |||||||||| ||| |||  |
seq2  TATCCAT-TTAAACACA-TCACAATCCA-GTGTGTCTGT-CTAAGATTAA  46

seq1  CAGTAACTCAAATGATTATTGGTGGGAGCTACCGGACCTGTTATAACCAT  100
      |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAACTCAAATGATTA-TGGTGGGAGC-ACCGGACCTGTTATAACCAT  94

seq1  TTAGGACAGGCCTATAGAGAGCCACTAAATGACTTTAAAGCGTTTTCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGACAGGCCTATAGAGAGCCACTAAATGACTTTAAAGCGTTTTCTGT  144

seq1  TTTAACTGATCCACCTGAGAGTCATATGAGGAGTTAGCTAGTTAGAGCCA  200
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTGATCCA-CTGAGAGTCATATGAGGAGTTAGCTAGTTAGAGCCA  193

seq1  TAAGTTTTGTATGAACTAAACAAGGGTTGGACTGCGGGTCCAGCCTCCCA  250
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAG-TTTGTATGAACTAAACAAGGGTTGGACTGCGGGTCCAGCCTCCCA  242

seq1  TGGTCATAGGCTCCTGGACAAGTGACTGCATTCTCTGCATTTAGATGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATAGGCTCCTGGACAAGTGACTGCATTCTCTGCATTTAGATGTCT  292

seq1  TCACTGACAAAATGAGCATGCATCTTAGTGCCTACTATGGGAATGTTGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGACAAAATGAGCATGCATCTTAGTGCCTACTATGGGAATGTTGGT  342

seq1  GCTCAGAACCAGTACGACGCACCTGGGGGGTTACATCCTCATGTCTGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAACCAGTACGACGCACCTGGGGGGTTACATCCTCATGTCTGTCT  392

seq1  TATATAATATCCTTAAGTGGCTGCATGTACCATTTGCACTTTTTTTTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAATATCCTTAAGTGGCTGCATGTACCATTTGCACTTTTTTTTTTT  442

seq1  TTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTC  492

seq1  TGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTTCC  542

seq1  GAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGTGCCACCACGCCCGGCTTTTCCGTTTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGTGCCACCACGCCCGGCTTTTCCGTTTGC  592

seq1  ACTTTTTCAATATGAACAGAACTTTTTTTTTCCATCTCAGTGACACACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTCAATATGAACAGAACTTTTTTTTTCCATCTCAGTGACACACTT  642

seq1  GAATTATAATGCAGATGATATCTGTGCTTTCCTGAATTGGAAGCTAGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATAATGCAGATGATATCTGTGCTTTCCTGAATTGGAAGCTAGAGT  692

seq1  CACAACAATCGGCATTTTAATTACACATCCTTTACAAGCACCCGGGTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACAATCGGCATTTTAATTACACATCCTTTACAAGCACCCGGGTTGA  742

seq1  AGGAGCCTAATTCCAGCCAGTTTTGAGGTGCCTAATAGAGTAGAGATGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCCTAATTCCAGCCAGTTTTGAGGTGCCTAATAGAGTAGAGATGTT  792

seq1  TTTTTTATGTGTCCTTGACACCTTAAAACAGATGTAATCTCCCGCCTCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTATGTGTCCTTGACACCTTAAAACAGATGTAATCTCCCGCCTCAA  842

seq1  ATAGCAATTATCTTGAGATGGAACTAGTACTGGAGAGGGAAGTTCAGCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAATTATCTTGAGATGGAACTAGTACTGGAGAGGGAAGTTCAGCCT  892

seq1  GCTTGTGTGAGGAGACTTGCCTGCATGCTGGCTGGGTGAAGGAGGCAGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTGTGAGGAGACTTGCCTGCATGCTGGCTGGGTGAAGGAGGCAGCT  942

seq1  CTTGGTGGCAGGGGAAGCATCATGAGATGGTTCTACTGTGGACATGTAGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGGCAGGGGAAGCATCATGAGATGGTTCTACTGTGGACATGTAGC  992

seq1  TCTTTGATCTGCCAGAATCCAGTTCTGGAATTC  1033
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGATCTGCCAGAATCCAGTTCTGGAATTC  1025

seq1: chr19_48157904_48158902
seq2: B6Ng01-153G24.g_64_1050

seq1  GAATTCAAGGCCGTCCTTGACTACACAGTAACTTCATGGCCAGCCTGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCCGTCCTTGACTACACAGTAACTTCATGGCCAGCCTGTGT  50

seq1  TAGGAGACTGTGTCTCAACAAAACAAACCAACTGAGGGGCTTAAGAGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGACTGTGTCTCAACAAAACAAACCAACTGAGGGGCTTAAGAGATG  100

seq1  GCTTAAGATCGTTAAGAGATAGTTAAGAACACTTACTGTTCATGCAGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAGATCGTTAAGAGATAGTTAAGAACACTTACTGTTCATGCAGAGG  150

seq1  ACCTGGGTTTGGTTTCCAGCATCCAAATCAAGTGGCCCAAGGGATCTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGGTTTGGTTTCCAGCATCCAAATCAAGTGGCCCAAGGGATCTGAC  200

seq1  ACCCTCTGGCCTCCACAAGTTCATACAGACATACACATTAGGATTTAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCTGGCCTCCACAAGTTCATACAGACATACACATTAGGATTTAAAA  250

seq1  AAAAAAAAACAAAAAACTCTGTAAAAAGCTGTTTGGAGAAAAAGTTCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAACAAAAAACTCTGTAAAAAGCTGTTTGGAGAAAAAGTTCATT  300

seq1  ATCTTATTCTCTGGGAGAGAAGTTCTCCTCCTGACCAACTGGACAGAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTATTCTCTGGGAGAGAAGTTCTCCTCCTGACCAACTGGACAGAAGC  350

seq1  CTAAGTGGGTGGGGGAAGTGACCATGGCCTTGATCTGTGGTTTGATGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTGGGTGGGGGAAGTGACCATGGCCTTGATCTGTGGTTTGATGGAC  400

seq1  GTCTCTGGAATCACTCTTTGGGGAGGTGGTCCTCCACAGAGTTCTGTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGGAATCACTCTTTGGGGAGGTGGTCCTCCACAGAGTTCTGTGGT  450

seq1  GTCCGAAGCTTCAATATCCTCTGAGAACTTATTAAAATGCAAATGCTAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCGAAGCTTCAATATCCTCTGAGAACTTATTAAAATGCAAATGCTAAG  500

seq1  ACCCTCACCTCTGACTGCTCTGAATCTAGAGGTTGGCCGAGCCCAGCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCACCTCTGACTGCTCTGAATCTAGAGGTTGGCCGAGCCCAGCAAA  550

seq1  GTGCTGGTCAGAACTGCCTCTCAGCTAAAGGGCTTTCTCTCTGTGGAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGTCAGAACTGCCTCTCAGCTAAAGGGCTTTCTCTCTGTGGAAGT  600

seq1  CTATCTCTGTAGCTATCCTGCCCTTTTGCTCTGTAATAAAGGTGTCTCCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTCTGTAGCTATCCTGCCCTTTTGCTCTGTAATAAAGGTGTCTCCG  650

seq1  TTGTAAGGTTAGCAAACACTCCCCTGCCCTGGGTGAACTGGAAATAGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAGGTTAGCAAACACTCCCCTGCCCTGGGTGAACTGGAAATAGAGC  700

seq1  TATTTCTCTCTAGCGAGGGGCTGCAGTGGGAGATGGCATCCTGCAACGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTCTCTAGCGAGGGGCTGCAGTGGGAGATGGCATCCTGCAACGGA  750

seq1  GACTTCTCCCTCTCTCCAAGTTTAATGCCCTGCTCAAATGTCTTTAATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTCCCTCTCTCCAAGTTTAATGCCCTGCTCAAATGTCTTTAATTT  800

seq1  TCTTGTCAGAACAGACAGGTTAAATATCTCATTTGCCCGCCGGGAGCATC  850
      |||||||| |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||
seq2  TCTTGTCA-AACAGACAGGTTAAATATCTCTATTGCTCGCCGGGAGCATC  849

seq1  TCC-TTTGCAGCCCAGCCCGCTAAGCTTGCATGGTA-TTAAAGACATTTT  898
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
seq2  TCCTTTTGCAGCCCAGCCCGCTAAGCTTGCATGGGATTTAAAGACATTTT  899

seq1  AAGAACTGATTCTCTTTTGTTTCTTTCAGAGAACCAAGGAAAGAGTAAAC  948
      |   ||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| |||
seq2  A--GACTGA-TCTC-TTTGTTTCTTTCA-AGAACC-AGGAAAGAGT-AAC  942

seq1  ATGTTATTTCTTCCCTTTTCCATTTAAGTAAATCTTTCCTTCAGTTCTAA  998
      ||||   ||||| |||||||||||||||  || |||||||| ||||||||
seq2  ATGT--ATTCTT-CCTTTTCCATTTAAG--AAACTTTCCTT-AGTTCTAA  986

seq1  A  999
      |
seq2  A  987