BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-156F03
Chromosome19 (Build37)
Map Location 35,565,451 - 35,734,039
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042292
Upstream geneLipa, Ifit2, Ifit3, OTTMUSG00000016644, LOC667370, 2010002M12Rik, Ifit1, Slc16a12, LOC676714, Pank1, Mphosph1, LOC383464
Downstream geneA830019P07Rik, Htr7, Rpp30, Ankrd1, LOC668195, Pcgf5, LOC668201, Hectd2, LOC668215
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-156F03.bB6Ng01-156F03.g
ACCDH950856DH950857
length1,145863
definitionDH950856|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156F03, 5' end.DH950857|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156F03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,565,451 - 35,566,414)(35,733,179 - 35,734,039)
sequence
gaattctgacatagctaagccttcaccagtgttccaacgtcctagaaagt
ccttgagctgaccatgggcttggaattcagtaagaatgttgcctattcag
tgacattcagaattacctctggtattacactatcactttgaataaaagct
aagtcactgccctacaaaggaatttaccatcttctaggaagaaggacgtt
tgagacctaaagaggaaccagaatagatacttagaactatagatagctga
gttacacccatacacacgtatttacaatggcctaagggaaaggtggacta
tacaatagactaaaatagaaactatgtcaaaggcatgaagcccttgaccc
tggtttctaagattaagtggatcttaggtggagctctttttgatcccagt
tgttaacaatgaattctatcccaggtggttcctattagaccttctgtgtt
tgtattcctctgttttgtgtaaggatccagtaacctctttgtaccttgct
ggtgtgtcacccaacttccctattttcttctgtataaaaagtttaatgct
tgagttgacaaattacattcagattctacacaacctctcctgtgtgcatc
tgtctgtcattccatccaacgctttgcccacccgcgactagagacccgtt
ccacgcagacaaaggggcccagagggtctgcggcaatggtggttttcaga
gttattagtttttgcctttgataagactgagagcctagtggtaactgtta
agtttgagggagtaacaaccggcacaggaaagagctctttgtgagcagtt
aggagcatatctatagggtacaggttttacttcttgttttcaaagaatat
tatgcttttctgtatctatgtaggctggcaacaccgttaaatacaaacag
tgggagtattttacttcttcatctactttcaggagtcagagactttggaa
ctagggtcactgtactaggaaactacacacatgtctcactaacagctcta
gaatggaaattgcatttgcatacattgtttgcttgttttagccaccttgt
atgtggttctttcctggtcttgtgttatttttagggtgatgatttagtgc
ttcaccctcagtataccgaaaaattgggtactgacttaaaatcca
gaattcaaataggacactctaggccccaggattaacctaagctggaaccc
ttgggatcattgggaagtctctgcccaccaggcccttaatatacagtgag
tggtcaggtcccagatcagtggtgcctgttgccattgcagtgttgggtgt
cctccccttcgtggagtccatgtgaggatgcagcatcctttctcttctgg
gatacttgatacattctctagcctgttttcctgatataattttagtatga
ccactcataggtgtgcattttactttgatggattcatagagtggtagact
ctcaacttcggataataggttatttattagtctgggtggtatcggagaga
tggtgttggttacattcacagtgagatgcagtcatctgcttctgtatttt
cacttgaaatgagttgcaagatgcttgtacaatggagctctgagaataag
gcccaatctgaaaagggagtttcatacagtacacaggctgatctcaacat
atattaatgggaatcatcttgctttccctacattttattttttattggtt
attttatttattcacacttcaaatgttatcccccttcctggtttaccctc
cacaagccccctatcccatctccccacccacctgcttctatgagggtgct
ccccaacctacccaaccactcctacctcactgtcctagcattctcctatg
ctggagcatcgagcctttcacaggaccaaggaccacccctcccattgatg
ccagataaggccatcctctgctacatatgcatctgaagccatgggtctct
ccatgtgtactctttgattgatggtttagtccctgggagctcttgggggg
ggggtggttaggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_35565451_35566414
seq2: B6Ng01-156F03.b_232_1189

seq1  GAAGAAGGACGTTTGAGACCTAAAGAGGAACCAGAATAGATACTTAGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGGACGTTTGAGACCTAAAGAGGAACCAGAATAGATACTTAGAAC  50

seq1  TATAGATAGCTGAGTTACACCCATACACACGTATTTACAATGGCCTAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATAGCTGAGTTACACCCATACACACGTATTTACAATGGCCTAAGG  100

seq1  GAAAGGTGGACTATACAATAGACTAAAATAGAAACTATGTCAAAGGCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTGGACTATACAATAGACTAAAATAGAAACTATGTCAAAGGCATG  150

seq1  AAGCCCTTGACCCTGGTTTCTAAGATTAAGTGGATCTTAGGTGGAGCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCTTGACCCTGGTTTCTAAGATTAAGTGGATCTTAGGTGGAGCTCT  200

seq1  TTTTGATCCCAGTTGTTAACAATGAATTCTATCCCAGGTGGTTCCTATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATCCCAGTTGTTAACAATGAATTCTATCCCAGGTGGTTCCTATTA  250

seq1  GACCTTCTGTGTTTGTATTCCTCTGTTTTGTGTAAGGATCCAGTAACCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTCTGTGTTTGTATTCCTCTGTTTTGTGTAAGGATCCAGTAACCTC  300

seq1  TTTGTACCTTGCTGGTGTGTCACCCAACTTCCCTATTTTCTTCTGTATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTACCTTGCTGGTGTGTCACCCAACTTCCCTATTTTCTTCTGTATAA  350

seq1  AAAGTTTAATGCTTGAGTTGACAAATTACATTCAGATTCTACACAACCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTAATGCTTGAGTTGACAAATTACATTCAGATTCTACACAACCTC  400

seq1  TCCTGTGTGCATCTGTCTGTCATTCCATCCAACGCTTTGCCCACCCGCGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGTGCATCTGTCTGTCATTCCATCCAACGCTTTGCCCACCCGCGA  450

seq1  CTAGAGACCCGTTCCACGCAGACAAAGGGGCCCAGAGGGTCTGCGGCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGACCCGTTCCACGCAGACAAAGGGGCCCAGAGGGTCTGCGGCAAT  500

seq1  GGTGGTTTTCAGAGTTATTAGTTTTTGCCTTTGATAAGACTGAGAGCCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTTTTCAGAGTTATTAGTTTTTGCCTTTGATAAGACTGAGAGCCTA  550

seq1  GTGGTAACTGTTAAGTTTGAGGGAGTAACAACCGGCACAGGAAAGAGCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAACTGTTAAGTTTGAGGGAGTAACAACCGGCACAGGAAAGAGCTC  600

seq1  TTTGTGAGCAGTTAGGAGCATATCTATAGGGTACAGGTTTTACTTCTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGAGCAGTTAGGAGCATATCTATAGGGTACAGGTTTTACTTCTTGT  650

seq1  TTTCAAAGAATATTATGCTTTTCTGTATCTATGTAGGCTGGCAACACCGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAAGAATATTATGCTTTTCTGTATCTATGTAGGCTGGCAACACCGT  700

seq1  TAAATACAAACAGTGGGAGTATTTTACTTCTTCATCTACTTCCAGGAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TAAATACAAACAGTGGGAGTATTTTACTTCTTCATCTACTTTCAGGAGTC  750

seq1  AGAGACTTTGGAACTAGGGTCACTGTAACTAGGAAACTACACACATGTCT  800
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTTTGGAACTAGGGTCACTGT-ACTAGGAAACTACACACATGTCT  799

seq1  CACTAAACAGCTCTAGAATGGGAAATTGCATTTGCATACATTGTCTGCCT  850
      |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||
seq2  CACT-AACAGCTCTAGAAT-GGAAATTGCATTTGCATACATTGTTTG-CT  846

seq1  TGTCTAAGCCACC-TGTATGT-GTTCTTTCCTTGTCTTGTGTTATTTCTA  898
      ||| | ||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  TGTTTTAGCCACCTTGTATGTGGTTCTTTCCTGGTCTTGTGTTATTTTTA  896

seq1  GGTGGGTTGGATTTAGTGCTTCACCCTCAGGTATACCGAGACATTGTGTA  948
      ||  | |  |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| || 
seq2  GGGTGAT--GATTTAGTGCTTCACCCTCA-GTATACCGAAAAATTGGGT-  942

seq1  ACTGACTTAGAATCCA  964
      ||||||||| ||||||
seq2  ACTGACTTAAAATCCA  958

seq1: chr19_35733179_35734039
seq2: B6Ng01-156F03.g_67_929 (reverse)

seq1  ACCTAACCA-CCCCCCCCCAAGAGCTCCCAGGGACTAAACCATCAATCAA  49
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAACCACCCCCCCCCCAAGAGCTCCCAGGGACTAAACCATCAATCAA  50

seq1  AGAGTACACATGGAGAGACCCATGGCTTCAGATGCATATGTAGCAGAGGA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTACACATGGAGAGACCCATGGCTTCAGATGCATATGTAGCAGAGGA  100

seq1  TGGCCTTATCTGGCATCAATGGGAGGGGTGGTCCTTGGTCCTGTG-AAGG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGGCCTTATCTGGCATCAATGGGAGGGGTGGTCCTTGGTCCTGTGAAAGG  150

seq1  CTCGATGCTCCAGCATAGGAGAATGCTAGGACAGTGAGGTAGGAGTGGTT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGATGCTCCAGCATAGGAGAATGCTAGGACAGTGAGGTAGGAGTGGTT  200

seq1  GGGTAGGTTGGGGAGCACCCTCATAGAAGCAGGTGGGTGGGGAGATGGGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGGTTGGGGAGCACCCTCATAGAAGCAGGTGGGTGGGGAGATGGGA  250

seq1  TAGGGGGCTTGTGGAGGGTAAACCAGGAAGGGGGATAACATTTGAAGTGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGGCTTGTGGAGGGTAAACCAGGAAGGGGGATAACATTTGAAGTGT  300

seq1  GAATAAATAAAATAACCAATAAAAAATAAAATGTAGGGAAAGCAAGATGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAATAAAATAACCAATAAAAAATAAAATGTAGGGAAAGCAAGATGA  350

seq1  TTCCCATTAATATATGTTGAGATCAGCCTGTGTACTGTATGAAACTCCCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATTAATATATGTTGAGATCAGCCTGTGTACTGTATGAAACTCCCT  400

seq1  TTTCAGATTGGGCCTTATTCTCAGAGCTCCATTGTACAAGCATCTTGCAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGATTGGGCCTTATTCTCAGAGCTCCATTGTACAAGCATCTTGCAA  450

seq1  CTCATTTCAAGTGAAAATACAGAAGCAGATGACTGCATCTCACTGTGAAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTCAAGTGAAAATACAGAAGCAGATGACTGCATCTCACTGTGAAT  500

seq1  GTAACCAACACCATCTCTCCGATACCACCCAGACTAATAAATAACCTATT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCAACACCATCTCTCCGATACCACCCAGACTAATAAATAACCTATT  550

seq1  ATCCGAAGTTGAGAGTCTACCACTCTATGAATCCATCAAAGTAAAATGCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGAAGTTGAGAGTCTACCACTCTATGAATCCATCAAAGTAAAATGCA  600

seq1  CACCTATGAGTGGTCATACTAAAATTATATCAGGAAAACAGGCTAGAGAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTATGAGTGGTCATACTAAAATTATATCAGGAAAACAGGCTAGAGAA  650

seq1  TGTATCAAGTATCCCAGAAGAGAAAGGATGCTGCATCCTCACATGGACTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCAAGTATCCCAGAAGAGAAAGGATGCTGCATCCTCACATGGACTC  700

seq1  CACGAAGGGGAGGACACCCAACACTGCAATGGCAACAGGCACCACTGATC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGAAGGGGAGGACACCCAACACTGCAATGGCAACAGGCACCACTGATC  750

seq1  TGGGACCTGACCACTCACTGTATATTAAGGGCCTGGTGGGCAGAGACTTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACCTGACCACTCACTGTATATTAAGGGCCTGGTGGGCAGAGACTTC  800

seq1  CCAATGATCCCAAGGGTTCCAGCTTAGGTTAATCCTGGGGCCTAGAGTGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGATCCCAAGGGTTCCAGCTTAGGTTAATCCTGGGGCCTAGAGTGT  850

seq1  CCTATTTGAATTC  861
      |||||||||||||
seq2  CCTATTTGAATTC  863