BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-164N11
Chromosome19 (Build37)
Map Location 48,587,351 - 48,776,471
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSorcs3
Upstream geneObfc1, Slk, Col17a1, 6330577E15Rik, D19Ertd652e, LOC677174, Gsto1, Gsto2, BC063749, Gm969, LOC670576
Downstream geneLOC100042896
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-164N11.bB6Ng01-164N11.g
ACCDH957061DH957062
length1,0401,030
definitionDH957061|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164N11, 5' end.DH957062|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164N11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,775,426 - 48,776,471)(48,587,351 - 48,588,370)
sequence
gaattccaggacagtcagggttacatagagaaacaatgtcttgaaaaaga
aaaacaaacaaacaaacaaaaatcagtaacaacaaaattgattgcaaaag
atgctgattaagtctggatgttttatagttcctctagagcaggcaatttt
actttcctttctgtagatcctcctaccaaagggaaacctttttggtgttc
tttctatccaccaaactctctcctaaatcagttgccctcctgcaactcac
actcagggctgtgctgttcacttcctcgtagagcatagacaggtctgact
ctgagtctatgacacactgttgctggggagtgcctagaacattcttgtct
gagaacaggcatgtaaaaacacacgtaggatgagcatggtaaacaaacag
aatatgtttgttccaaatcccactaagatgggaaattttttttttgagtc
acacaaaaattcctacagttaaaataaagtgaatggcgaccagacattgt
aggaaagaggcatttctgtggaactctctgcactcagctctgaacttgcc
tctcttgaagcgagacacaatacaacagcaatctcctgaagtgtcctgaa
aaattgaggtacattccatttgtgtgtggatggttcctaatctctgtgtc
atttctggggtgattcgtggcttcgtggcttgtgtaagcaaatggatgac
cagtttgagccattgagccacttgagccactgtgtctttcaggcccagaa
cttgtacagtttggtcgcaacccaagttagaaatatgttcattccagata
ccaatattcatgtccaaatctatgtgtttggagacatacatgtggacatt
tttctgatagcatacctcagccacatgaagtgtatcagaagtaaacatga
gatccatggttttgggcttcatctgagaggaggcccttagcatactatta
actgtaaatatctttatcgcattgttgggggaaacccttaacgtgcctgt
ggtattgttcctgaagtccatgaagaaccacttgattgtg
gaattcagatgtggatgcatgaagcaagatgaaggaaactggctcaagga
cctgtggagccagcgtctgacaccacatggccactcaagttggcatgaaa
atgataaagacaaagaaccttgtaggtgattttagaaaatggtcaaggct
gttgggatgggagtactcatcaggaattgcttctattgagaactgagctg
tcaaatggatctgtttgcttgacgtcattgtcaggacaggtactgaagac
acagatagaggcttgccccacgtgggaagcatgaggctcggtgtgcatag
cagcttccttttctttggtccatgcatgcctagtggctctaggagaagcg
agtctaagagagagagagcctcttccagaggaagatctttgagaaagtga
atgaattaacattagatttgccttttcttagaggttatcaagcagatcag
catattctaagcccagcgtgtcctccattaccacagtattgattatacac
agtggaatgactaggggacatatttagtcacagactgctgacctcccagt
ctctgttgccagcctcttctccttcaaaccatccaataaatattacattg
tcaaagagtacagttcatgctaatagtaacctaacctaaatcaagctaat
tggtaggggaaaaaaaagggactgccctctagaatgtaagaaaatccaag
tgctttctttagtttgtagtcacacactgctcaagacatccatatgatga
ctacccaactttttgacagtagcagctaatttgttttttaaaaatgttta
aatattaataggtatatatcattcctaccttgcttcagaagcaaaaaatt
gaaagttagcttttatttaaaattgatatgttttgaaacaaaacaataca
aacaaaacaaaacgcacctctattaggacgcgcactacaaattgatatgc
aaggccccattgctttaaacagttcacttgaaaattggtgattatcaaac
tggtgccttcatagagcctttcacccttat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_48775426_48776471
seq2: B6Ng01-164N11.b_48_1087 (reverse)

seq1  CACAATCACATGGTTCTCACTGGACCTTCAGGAACAATAGCAGCAGGCAC  50
      ||||||||  |||||||   |||| |||||||||||||| || |||||||
seq2  CACAATCAAGTGGTTCTTCATGGA-CTTCAGGAACAATACCA-CAGGCAC  48

seq1  GCTAAGTGATTTCACCCAACAATGCGATAAAGAATATTTACAGTTAATAG  100
      | |||| | |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTTAAG-GGTTTCCCCCAACAATGCGATAAAG-ATATTTACAGTTAATAG  96

seq1  TATGCTAAGGGCCTCCTCTTCAGATGAAGCCCAAAACCATGGATCTCATG  150
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTAAGGGCCTCCTC-TCAGATGAAGCCCAAAACCATGGATCTCATG  145

seq1  TTTTACTTCTGATACACTTCATGTGGCTGAGGTATGCTATCAGAAAAATG  200
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTACTTCTGATACACTTCATGTGGCTGAGGTATGCTATCAGAAAAATG  194

seq1  TCCACATGTATGTCTCCAAACACATAGATTTGGACATGAATATTGGTATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATGTATGTCTCCAAACACATAGATTTGGACATGAATATTGGTATC  244

seq1  TGGAATGAACATATTTCTAACTTGGGTTGCGACCAAACTGTACAAGTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATGAACATATTTCTAACTTGGGTTGCGACCAAACTGTACAAGTTCT  294

seq1  GGGCCTGAAAGACACAGTGGCTCAAGTGGCTCAATGGCTCAAACTGGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTGAAAGACACAGTGGCTCAAGTGGCTCAATGGCTCAAACTGGTCA  344

seq1  TCCATTTGCTTACACAAGCCACGAAGCCACGAATCACCCCAGAAATGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTGCTTACACAAGCCACGAAGCCACGAATCACCCCAGAAATGACA  394

seq1  CAGAGATTAGGAACCATCCACACACAAATGGAATGTACCTCAATTTTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATTAGGAACCATCCACACACAAATGGAATGTACCTCAATTTTTCA  444

seq1  GGACACTTCAGGAGATTGCTGTTGTATTGTGTCTCGCTTCAAGAGAGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACTTCAGGAGATTGCTGTTGTATTGTGTCTCGCTTCAAGAGAGGCA  494

seq1  AGTTCAGAGCTGAGTGCAGAGAGTTCCACAGAAATGCCTCTTTCCTACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAGAGCTGAGTGCAGAGAGTTCCACAGAAATGCCTCTTTCCTACAA  544

seq1  TGTCTGGTCGCCATTCACTTTATTTTAACTGTAGGAATTTTTGTGTGACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGGTCGCCATTCACTTTATTTTAACTGTAGGAATTTTTGTGTGACT  594

seq1  CAAAAAAAAAATTTCCCATCTTAGTGGGATTTGGAACAAACATATTCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAAAAAATTTCCCATCTTAGTGGGATTTGGAACAAACATATTCTGT  644

seq1  TTGTTTACCATGCTCATCCTACGTGTGTTTTTACATGCCTGTTCTCAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTACCATGCTCATCCTACGTGTGTTTTTACATGCCTGTTCTCAGAC  694

seq1  AAGAATGTTCTAGGCACTCCCCAGCAACAGTGTGTCATAGACTCAGAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGTTCTAGGCACTCCCCAGCAACAGTGTGTCATAGACTCAGAGTC  744

seq1  AGACCTGTCTATGCTCTACGAGGAAGTGAACAGCACAGCCCTGAGTGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTGTCTATGCTCTACGAGGAAGTGAACAGCACAGCCCTGAGTGTGA  794

seq1  GTTGCAGGAGGGCAACTGATTTAGGAGAGAGTTTGGTGGATAGAAAGAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAGGAGGGCAACTGATTTAGGAGAGAGTTTGGTGGATAGAAAGAAC  844

seq1  ACCAAAAAGGTTTCCCTTTGGTAGGAGGATCTACAGAAAGGAAAGTAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAAAGGTTTCCCTTTGGTAGGAGGATCTACAGAAAGGAAAGTAAAA  894

seq1  TTGCCTGCTCTAGAGGAACTATAAAACATCCAGACTTAATCAGCATCTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGCTCTAGAGGAACTATAAAACATCCAGACTTAATCAGCATCTTT  944

seq1  TGCAATCAATTTTGTTGTTACTGATTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTCTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATCAATTTTGTTGTTACTGATTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTCTT  994

seq1  TTTCAAGACATGGTTTCTCTATGTAACCCTGACTGTCCTGGAATTC  1046
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGACATTGTTTCTCTATGTAACCCTGACTGTCCTGGAATTC  1040

seq1: chr19_48587351_48588370
seq2: B6Ng01-164N11.g_68_1097

seq1  GAATTCAGATGTGGATGCATGAAGCAAGATGAAGGAAACTGGCTCAAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATGTGGATGCATGAAGCAAGATGAAGGAAACTGGCTCAAGGA  50

seq1  CCTGTGGAGCCAGCGTCTGACACCACATGGCCACTCAAGTTGGCATGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGAGCCAGCGTCTGACACCACATGGCCACTCAAGTTGGCATGAAA  100

seq1  ATGATAAAGACAAAGAACCTTGTAGGTGATTTTAGAAAATGGTCAAGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAAAGACAAAGAACCTTGTAGGTGATTTTAGAAAATGGTCAAGGCT  150

seq1  GTTGGGATGGGAGTACTCATCAGGAATTGCTTCTATTGAGAACTGAGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGATGGGAGTACTCATCAGGAATTGCTTCTATTGAGAACTGAGCTG  200

seq1  TCAAATGGATCTGTTTGCTTGACGTCATTGTCAGGACAGGTACTGAAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGGATCTGTTTGCTTGACGTCATTGTCAGGACAGGTACTGAAGAC  250

seq1  ACAGATAGAGGCTTGCCCCACGTGGGAAGCATGAGGCTCGGTGTGCATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATAGAGGCTTGCCCCACGTGGGAAGCATGAGGCTCGGTGTGCATAG  300

seq1  CAGCTTCCTTTTCTTTGGTCCATGCATGCCTAGTGGCTCTAGGAGAAGCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCCTTTTCTTTGGTCCATGCATGCCTAGTGGCTCTAGGAGAAGCG  350

seq1  AGTCTAAGAGAGAGAGAGCCTCTTCCAGAGGAAGATCTTTGAGAAAGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAAGAGAGAGAGAGCCTCTTCCAGAGGAAGATCTTTGAGAAAGTGA  400

seq1  ATGAATTAACATTAGATTTGCCTTTTCTTAGAGGTTATCAAGCAGATCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTAACATTAGATTTGCCTTTTCTTAGAGGTTATCAAGCAGATCAG  450

seq1  CATATTCTAAGCCCAGCGTGTCCTCCATTACCACAGTATTGATTATACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTCTAAGCCCAGCGTGTCCTCCATTACCACAGTATTGATTATACAC  500

seq1  AGTGGAATGACTAGGGGACATATTTAGTCACAGACTGCTGACCTCCCAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAATGACTAGGGGACATATTTAGTCACAGACTGCTGACCTCCCAGT  550

seq1  CTCTGTTGCCAGCCTCTTCTCCTTCAAACCATCCAATAAATATTACATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTGCCAGCCTCTTCTCCTTCAAACCATCCAATAAATATTACATTG  600

seq1  TCAAAGAGTACAGTTCATGCTAATAGTAACCTAACCTAAATCAAGCTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGAGTACAGTTCATGCTAATAGTAACCTAACCTAAATCAAGCTAAT  650

seq1  TGGTAGGGGAAAAAAAAGGGACTGCCCTCTAGAATGTAAGAAAATCCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGGGGAAAAAAAAGGGACTGCCCTCTAGAATGTAAGAAAATCCAAG  700

seq1  TGCTTTCTTTAGTTTGTAGTCACACACTGCTCAAGACATCCATATGATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCTTTAGTTTGTAGTCACACACTGCTCAAGACATCCATATGATGA  750

seq1  CTACCCAAC-TTTTGACAGTAGCAGCTAATTTG-TTTTTAAAAATGTTTA  798
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTACCCAACTTTTTGACAGTAGCAGCTAATTTGTTTTTTAAAAATGTTTA  800

seq1  AATATTAATAGGTATATATCATTCCTACCTTGCTCCAGAAGC-AAAAATT  847
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  AATATTAATAGGTATATATCATTCCTACCTTGCTTCAGAAGCAAAAAATT  850

seq1  GAAAGTTAGC-TTTATTTAAAATTGATATG-TTTGAAACAAAACAAAACA  895
      |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || 
seq2  GAAAGTTAGCTTTTATTTAAAATTGATATGTTTTGAAACAAAACAATAC-  899

seq1  AAACAAAACAAAACGCACCTCTA-TAGGACGCGCACTACAAATTGATA-G  943
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAACAAAACAAAACGCACCTCTATTAGGACGCGCACTACAAATTGATATG  949

seq1  CAAGGCCCCATTGCTTTAAACAGCTCAC-TGAAAA-TGGTGA-TATCAAA  990
      ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||
seq2  CAAGGCCCCATTGCTTTAAACAGTTCACTTGAAAATTGGTGATTATCAAA  999

seq1  CTGGTGCCTCCATAGAGCC-TTCACCCTTAT  1020
      ||||||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  CTGGTGCCTTCATAGAGCCTTTCACCCTTAT  1030