BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-168F08
Chromosome19 (Build37)
Map Location 29,813,208 - 29,945,346
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRanbp6
Upstream geneEG434460, EG627788, Slc1a1, LOC545262, 4430402I18Rik, Ppapdc2, LOC100042006, EG226086, Cdc37l1, LOC672214, Ak3, Rcl1, LOC433238, Jak2, Insl6, Rln1, 5033414D02Rik, Cd274, Pdcd1lg2, C030046E11Rik, D19Wsu12e, Mlana, 9930021J03Rik
Downstream geneIl33, Trpd52l3, Uhrf2, Gldc, EG625917, Mbl2, LOC100042088, LOC668020, EG546723, Dkk1, Prkg1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-168F08.bB6Ng01-168F08.g
ACCDH959598DH959599
length1,1691,129
definitionDH959598|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168F08, 5' end.DH959599|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168F08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,944,181 - 29,945,346)(29,813,208 - 29,814,346)
sequence
gaattcttctgacaaacggagagtctacacagatacttaaaagtacagcc
aagatacaagaatttactaaggcctaggaaataggggggttgtggtattg
cattattcatgagaaggtctgctagagcagaaccccctggtgctagcctt
cacaaggctcaaaggagtagcacaaattctgactagggtgtgaaatcctt
aactgtcattagctaaccctaggcaggactgctttatcattactgtaaac
attcacctggttcgtgtaagtccctttgtagtcattcctttgttttgtgt
caggtaacttcaatgtactttgcctgctgtgacttcctaccccctttatt
ttctgtattatataacacgtgttcactttgtgacatacattcagattcta
cacaatctcctgggtgcatctgtctgtcatttccgcagactccttgccca
tctgcacccagagactcgttccacgcagaccaagggacccagaggctctg
cggcaggaggaaggtgtgtgtaccagtgtcaggggagcccgtcagttccc
cagcagtactttctatagtttcttcatctttctcttcttcctgggagcaa
aaccacaatcataggttctgaacatcatgggcaaagttcacaaaccgtat
ttgaagaccgatcaggtaggtagttttctgggcagtgggatgacagggat
caagacattcaagcacagggtagtgattctgtgggatgtctgtattctag
ctgcttcagagcaaccagatctcccctttaaaaggtgtgtggtcatgggg
cctggcatctctgaatgcctggtgtggatgcctcgcagcatctctgtttg
ctcctcattctccagtcattatctcactttcccctattctagcatatctt
agtctgaaggctgggatagctagctttctgttactctttccctcttagct
ccagtttgtctactccatcattgcccagctttctagacacagaaactgcc
cactattgtttgtctcagaaacgcagctagcaatatcaaggatgtctctt
atgcttcatcatccagctctcactgtggcttccttttctcacttttcctc
aaaccttgcgccctttgctagtccgatgtccaagctttatgaattgagaa
actgatagactcgaattga
gaattctaaactcctctactagaccatatgctgagggctctttctaaaca
aaagagaaacatttaaaaacaagcaacaattcaacacagttttaggacaa
aattcattattattttcactgacagtattaaaatgctgtctctttgacta
aaaaattatacatgaatgtatgtattagggaaaggaaaggactatgtaag
taaaagaatctcatgaccatatctcagagaattacataataaaaatttcc
ttataacttcaatcactaaaatcatgccattttggtagatccacactagg
tttgaaaaatacttccaaataaggcaaaataaaaactgtaggtcatattt
taaaagcaaaggggaaatcatggtaaaaagtaaaaataattatgttcaaa
caaaatgagtcattctcactaccatcctaataaaaggtcctacaattata
aaatctgtaactataacacaaactataggatataaattataaatctacat
agtattcaaacaaaattatattaatagttgttaagactatgctaacagga
aattacatatttcttatggtcaccatgccacaacagcaaggacaatagta
acaataaaatattcagttgacatgaaaaaaattctaaaaaccaagttaac
aaaatatgtaacaatactatgtaattaaacatgttcttctaatgccttaa
ttaaataaaattgaaaagttttaaagaggttaaaaaaaatctcgatttat
aaattaaaaaaaacctaagttgaaattatgtaatttaagaagtagcaatt
aaaatatgacttaatctatagacctttataacataggaaagttaaaaact
tatttgaactttagtctcatttgttttatgaagatatacttaacccatag
aatgaatcacatgtatagatcagatgccaagtacataatcatttaaaaag
tatttttgtgtgtatttgtatgtgggggattactatgaaagaaaaaacat
tggtaaggccacttaattttttgtctaaatgactaccaagtatgggagtg
cctatgagccagaggtgccaagatgcttgggacgggagtagcaggcacct
gtgagctaaatgactatgcgctgtgaact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_29944181_29945346
seq2: B6Ng01-168F08.b_57_1216 (reverse)

seq1  TCAATTCTGAGTC-ATCAGTTTCTCAAT--CTATAGCTTTGGACAATCGG  47
      ||||||| ||||| ||||||||||||||   || ||| |||||| |||||
seq2  TCAATTC-GAGTCTATCAGTTTCTCAATTCATAAAGC-TTGGAC-ATCGG  47

seq1  ACTAGCAAAGGGCGCAGGGTTTGAGGGAAGAGTGAGAAGAGG-AGCCACC  96
      |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| ||| ||||| |
seq2  ACTAGCAAAGGGCGCAAGGTTTGA-GGAAAAGTGAGAAAAGGAAGCCA-C  95

seq1  AGTGAGAGCTGGATGATGAAGGCATTAGAGACATCCTTGATATTGCTAGC  146
      |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAGCTGGATGATGAA-GCATAAGAGACATCCTTGATATTGCTAGC  144

seq1  TGCGTTTTCTTGAGACCAACCATAGTGGGGCAGTTTCTGTGTTCTAGAAG  196
      |||||||   |||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||| 
seq2  TGCGTTT--CTGAGACAAACAATAGT-GGGCAGTTTCTGTG-TCTAGAAA  190

seq1  GCTGGGCAATGATGGAGTAGACAAACTGGAGCCTAAGAGGG-AAGAGTAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  GCTGGGCAATGATGGAGTAGACAAACTGGAG-CTAAGAGGGAAAGAGTAA  239

seq1  CAGAAAGCTAGCTATCCCAGCCTTCAGACTAAGATATGCTAGAATAGGGG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGCTAGCTATCCCAGCCTTCAGACTAAGATATGCTAGAATAGGGG  289

seq1  AAAGTGAGATAATGACTGGAGAATGAGGAGCAAACAGAGATGCTGCGAGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGAGATAATGACTGGAGAATGAGGAGCAAACAGAGATGCTGCGAGG  339

seq1  CATCCACACCAGGCATTCAGAGATGCCAGGCCCCATGACCACACACCTTT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCACACCAGGCATTCAGAGATGCCAGGCCCCATGACCACACACCTTT  389

seq1  TAAAGGGGAGATCTGGTTGCTCTGAAGCAGCTAGAATACAGACATCCCAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGGGAGATCTGGTTGCTCTGAAGCAGCTAGAATACAGACATCCCAC  439

seq1  AGAATCACTACCCTGTGCTTGAATGTCTTGATCCCTGTCATCCCACTGCC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCACTACCCTGTGCTTGAATGTCTTGATCCCTGTCATCCCACTGCC  489

seq1  CAGAAAACTACCTACCTGATCGGTCTTCAAATACGGTTTGTGAACTTTGC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAACTACCTACCTGATCGGTCTTCAAATACGGTTTGTGAACTTTGC  539

seq1  CCATGATGTTCAGAACCTATGATTGTGGTTTTGCTCCCAGGAAGAAGAGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGATGTTCAGAACCTATGATTGTGGTTTTGCTCCCAGGAAGAAGAGA  589

seq1  AAGATGAAGAAACTATAGAAAGTACTGCTGGGGAACTGACGGGCTCCCCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGAAGAAACTATAGAAAGTACTGCTGGGGAACTGACGGGCTCCCCT  639

seq1  GACACTGGTACACACACCTTCCTCCTGCCGCAGAGCCTCTGGGTCCCTTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGGTACACACACCTTCCTCCTGCCGCAGAGCCTCTGGGTCCCTTG  689

seq1  GTCTGCGTGGAACGAGTCTCTGGGTGCAGATGGGCAAGGAGTCTGCGGAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCGTGGAACGAGTCTCTGGGTGCAGATGGGCAAGGAGTCTGCGGAA  739

seq1  ATGACAGACAGATGCACCCAGGAGATTGTGTAGAATCTGAATGTATGTCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGACAGATGCACCCAGGAGATTGTGTAGAATCTGAATGTATGTCA  789

seq1  CAAAGTGAACACGTGTTATATAATACAGAAAATAAAGGGGGTAGGAAGTC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTGAACACGTGTTATATAATACAGAAAATAAAGGGGGTAGGAAGTC  839

seq1  ACAGCAGGCAAAGTACATTGAAGTTACCTGACACAAAACAAAGGAATGAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGGCAAAGTACATTGAAGTTACCTGACACAAAACAAAGGAATGAC  889

seq1  TACAAAGGGACTTACACGAACCAGGTGAATGTTTACAGTAATGATAAAGC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGGGACTTACACGAACCAGGTGAATGTTTACAGTAATGATAAAGC  939

seq1  AGTCCTGCCTAGGGTTAGCTAATGACAGTTAAGGATTTCACACCCTAGTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTGCCTAGGGTTAGCTAATGACAGTTAAGGATTTCACACCCTAGTC  989

seq1  AGAATTTGTGCTACTCCTTTGAGCCTTGTGAAGGCTAGCACCAGGGGGTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTGTGCTACTCCTTTGAGCCTTGTGAAGGCTAGCACCAGGGGGTT  1039

seq1  CTGCTCTAGCAGACCTTCTCATGAATAATGCAATACCACAACCCCCCTAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTAGCAGACCTTCTCATGAATAATGCAATACCACAACCCCCCTAT  1089

seq1  TTCCTAGGCCTTAGTAAATTCTTGTATCTTGGCTGTACTTTTAAGTATCT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAGGCCTTAGTAAATTCTTGTATCTTGGCTGTACTTTTAAGTATCT  1139

seq1  GTGTAGACTCTCCGTTTGTCA  1166
      |||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGACTCTCCGTTTGTCA  1160

seq1: chr19_29813208_29814346
seq2: B6Ng01-168F08.g_66_1194

seq1  GAATTCTAAACTCCTCTACTAGACCATATGCTGAGGGCTCTTTCTAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAACTCCTCTACTAGACCATATGCTGAGGGCTCTTTCTAAACA  50

seq1  AAAGAGAAACATTTAAAAACAAGCAACAATTCAACACAGTTTTAGGACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAAACATTTAAAAACAAGCAACAATTCAACACAGTTTTAGGACAA  100

seq1  AATTCATTATTATTTTCACTGACAGTATTAAAATGCTGTCTCTTTGACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATTATTATTTTCACTGACAGTATTAAAATGCTGTCTCTTTGACTA  150

seq1  AAAAATTATACATGAATGTATGTATTAGGGAAAGGAAAGGACTATGTAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTATACATGAATGTATGTATTAGGGAAAGGAAAGGACTATGTAAG  200

seq1  TAAAAGAATCTCATGACCATATCTCAGAGAATTACATAATAAAAATTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGAATCTCATGACCATATCTCAGAGAATTACATAATAAAAATTTCC  250

seq1  TTATAACTTCAATCACTAAAATCATGCCATTTTGGTAGATCCACACTAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAACTTCAATCACTAAAATCATGCCATTTTGGTAGATCCACACTAGG  300

seq1  TTTGAAAAATACTTCCAAATAAGGCAAAATAAAAACTGTAGGTCATATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAAATACTTCCAAATAAGGCAAAATAAAAACTGTAGGTCATATTT  350

seq1  TAAAAGCAAAGGGGAAATCATGGTAAAAAGTAAAAATAATTATGTTCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCAAAGGGGAAATCATGGTAAAAAGTAAAAATAATTATGTTCAAA  400

seq1  CAAAATGAGTCATTCTCACTACCATCCTAATAAAAGGTCCTACAATTATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGAGTCATTCTCACTACCATCCTAATAAAAGGTCCTACAATTATA  450

seq1  AAATCTGTAACTATAACACAAACTATAGGATATAAATTATAAATCTACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGTAACTATAACACAAACTATAGGATATAAATTATAAATCTACAT  500

seq1  AGTATTCAAACAAAATTATATTAATAGTTGTTAAGACTATGCTAACAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTCAAACAAAATTATATTAATAGTTGTTAAGACTATGCTAACAGGA  550

seq1  AATTACATATTTCTTATGGTCACCATGCCACAACAGCAAGGACAATAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACATATTTCTTATGGTCACCATGCCACAACAGCAAGGACAATAGTA  600

seq1  ACAATAAAATATTCAGTTGACATGAAAAAAATTCTAAAAACCAAGTTAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAAAATATTCAGTTGACATGAAAAAAATTCTAAAAACCAAGTTAAC  650

seq1  AAAATATGTAACAATACTATGTAATTAAACATGTTCTTCTAATGCCTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGTAACAATACTATGTAATTAAACATGTTCTTCTAATGCCTTAA  700

seq1  TTAAATAAAATTGAAAAGTTTTAAAGAGGTTAAAAAAAATCTCGATTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATAAAATTGAAAAGTTTTAAAGAGGTTAAAAAAAATCTCGATTTAT  750

seq1  AAATTAAAAAAAACCTAAGTTGAAATTATGTAATTTAAGAAGTAGCAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAAAAAAACCTAAGTTGAAATTATGTAATTTAAGAAGTAGCAATT  800

seq1  AAAATATGACTTAATCTATAGACCTTTATAACATAGGAAAGTTAAAAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGACTTAATCTATAGACCTTTATAACATAGGAAAGTTAAAAACT  850

seq1  TATTTGAACTTTAGTCTCAATTTGTTTTATGAAGATATACTTAACCCATA  900
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGAACTTTAGTCTC-ATTTGTTTTATGAAGATATACTTAACCCATA  899

seq1  GAATGAATCACATGTATAGATCAGATGCCAAGTACATAATCATTAAAAAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GAATGAATCACATGTATAGATCAGATGCCAAGTACATAATCATTTAAAAA  949

seq1  GTA-TTTTGTGTGTATTTGTATGTGGTGGGATTACCAATGAAAAGAAAAA  999
      ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||
seq2  GTATTTTTGTGTGTATTTGTATGTGG-GGGATTA-CTATG-AAAGAAAAA  996

seq1  AACATGGTAAGGCCACTTAATTATATGTCTAAATGACTACCAAGTATGGG  1049
      |   |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGGTAAGGCCACTTAATTTTTTGTCTAAATGACTACCAAGTATGGG  1046

seq1  AGTGCCTATGGAGGCCAGAAGGTGGCACAAGATGCTGTGGAGCGGGAGTA  1099
      ||||||||||   ||||| |||||   ||||||||| |||  ||||||||
seq2  AGTGCCTATG--AGCCAG-AGGTG--CCAAGATGCT-TGGGACGGGAGTA  1090

seq1  GCAGGCACTTGTGAGCCACATGACATAGGCGCTGTGAACT  1139
      |||||||| ||||||| | ||||| || ||||||||||||
seq2  GCAGGCACCTGTGAGCTAAATGAC-TATGCGCTGTGAACT  1129