BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173C12
Chromosome19 (Build37)
Map Location 35,258,172 - 35,377,475
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneStambpl1, Acta2, Fas, Ch25h, Lipa, Ifit2, Ifit3, OTTMUSG00000016644, LOC667370, 2010002M12Rik, Ifit1, Slc16a12, LOC676714, Pank1, Mphosph1, LOC383464
Downstream geneLOC100042292, A830019P07Rik, Htr7, Rpp30, Ankrd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173C12.bB6Ng01-173C12.g
ACCGA001581GA001582
length1,134955
definitionB6Ng01-173C12.b B6Ng01-173C12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,376,339 - 35,377,475)(35,258,172 - 35,259,076)
sequence
gaattctactcaagtgtacactttaaatggctggagcagtaaatgttctt
atgtggaatttgtcacatcctctaaattcaatgctagaaaccaccactcc
cacacaagtctctctctgctcacaaatgtatacacattcacaccatgatt
ctgtggccttttatttcatgcatcccttgagttcccagaactgcacctcc
tgggaactctggcatgtccctgacagattattttgtgatgcttctcacat
gatggtttcagggtgccagtgatggaattcatggttgtaacatatttctt
aaccaacgggttgaatttcaaactggctacaattatgtgggtttaatgag
ggtacatttctatgacaagagttttaggacacagtatgccaaatggaatc
atttcaatctttaaagcaattgaacattattgatagaaaagccaggaact
ggaaagagtaggaatatgggggttttttctacactgtccctcaacttacc
acccaccatagaaaaacatacaggaaaaggtgtgtatcactttcataaaa
agctcccaaaagtgacttttgtctgagcaatcgggcttgtggtcatatct
ggaaatattgcttattggtatatagacagaattgaaagctcgctgaaaac
attcagtcttttggtgtgattgttagagacccatttccttcctcagactg
ttggccacagatgaaacagccacatcctctttgacttcatcagggtgggg
attaagaaagagcaacaaattgtttccaattctaagaaggggcaaagtgt
ccacactttggtcttcgttcttcttcagttttatgtgtttagcaaattgt
atcttatatctcgctatattaagtttctgggctaatatccacttatcagt
gagtacctatcatttgagttcttttgtgattgtgttacctcactcaagga
tgatgcccttcaggtcagagacaaagtttgaagctgagataaaaaggatg
ggaccatctagagactgccatatccaggatccatccatattagcctcaaa
gatgacacattgcatacactagcatttgctgcagaccctgaatatagctg
ttcctttggtgagactaggccagggctagcaaac
gaattctctgtgtagtccaggttagcctctcaaaaagagtgtcaatcttc
ttccctcagctaagtgctgggatatccagtgtgcaccactacatttggtc
ttctgtgttgttgaagcatatctcctcctactgtccttctttcttttgac
atagtgtttcataatggaagtgaggctggcttgaacttatcaaatagccc
atgttagcttctaaaactagtaacaatcctatctccacttctaagtcctg
gattgtagatattgagaattcctgacatttctatgggttttaggatctga
actccagccaccttgattgcatagtaaatgccttaatgcagagctgtttc
ccacacccacttctacttcctgcaattttgacaagccagtttagccctcc
ttaagaatttaaaagccctatttataatagccagaagctggaaagaaccc
agatgtccctcacagaggaatgaatacagaaaatgtggtacatttacaca
atggagtattactcagctattaaaatcaatgaatttatgaaattcttgga
caaatggatgtatctggaggatatcatcctgagtgaggtaaccaaatcac
aaaagaagtcacttgatatgcactctctgataagtggttattagcccaga
aaacctagaatacccaagatacaacttccaaaacacaagaaattcaagaa
ggaagaccaactcgtggacacttcatttctccctagaatagggaataaaa
tattcatggaaagagtttgcagagacaacgtttagagctaagatgaaagg
atggaccatccagagactgccccacccagggggtccatcccataatcagc
caccaaacacagacatttattgcatacaccagcaatatttttgctgaaag
gaccctgataacagcctgtctcctgtgggggctttgccagtgcctggcaa
aatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_35376339_35377475
seq2: B6Ng01-173C12.b_38_1171 (reverse)

seq1  GTTTGCTAGGCCCTGGCCTAGTCTCAC--AAGAGACAGCTATA-TCAGGG  47
      |||||||| ||||||||||||||||||  |||  ||||||||| ||||||
seq2  GTTTGCTA-GCCCTGGCCTAGTCTCACCAAAGGAACAGCTATATTCAGGG  49

seq1  TCCTTGCAGCAAATGCTAGTGTATGCAATGGTGTCATCTTTTGGAGGCTA  97
      ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||
seq2  TC--TGCAGCAAATGCTAGTGTATGCAAT-GTGTCATCTTT--GAGGCTA  94

seq1  ATTATGGGATGGATCCCTGGATATGGCAGTCTCTAGATGGT-CCATCC-T  145
      | ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |
seq2  A-TAT-GGATGGAT-CCTGGATATGGCAGTCTCTAGATGGTCCCATCCTT  141

seq1  TTTATCTCAGCTTCAAACTTTGTCTCTGACCTGGAGGGCATCATCC-TGA  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  TTTATCTCAGCTTCAAACTTTGTCTCTGACCTGAAGGGCATCATCCTTGA  191

seq1  GTGAGGTAACACAATCACAAAAGAACTCAAATGATAGGTACTCACTGATA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGTAACACAATCACAAAAGAACTCAAATGATAGGTACTCACTGATA  241

seq1  AGTGGATATTAGCCCAGAAACTTAATATAGCGAGATATAAGATACAATTT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATATTAGCCCAGAAACTTAATATAGCGAGATATAAGATACAATTT  291

seq1  GCTAAACACATAAAACTGAAGAAGAACGAAGACCAAAGTGTGGACACTTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAACACATAAAACTGAAGAAGAACGAAGACCAAAGTGTGGACACTTT  341

seq1  GCCCCTTCTTAGAATTGGAAACAATTTGTTGCTCTTTCTTAATCCCCACC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTTCTTAGAATTGGAAACAATTTGTTGCTCTTTCTTAATCCCCACC  391

seq1  CTGATGAAGTCAAAGAGGATGTGGCTGTTTCATCTGTGGCCAACAGTCTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGAAGTCAAAGAGGATGTGGCTGTTTCATCTGTGGCCAACAGTCTG  441

seq1  AGGAAGGAAATGGGTCTCTAACAATCACACCAAAAGACTGAATGTTTTCA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGAAATGGGTCTCTAACAATCACACCAAAAGACTGAATGTTTTCA  491

seq1  GCGAGCTTTCAATTCTGTCTATATACCAATAAGCAATATTTCCAGATATG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGCTTTCAATTCTGTCTATATACCAATAAGCAATATTTCCAGATATG  541

seq1  ACCACAAGCCCGATTGCTCAGACAAAAGTCACTTTTGGGAGCTTTTTATG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAAGCCCGATTGCTCAGACAAAAGTCACTTTTGGGAGCTTTTTATG  591

seq1  AAAGTGATACACACCTTTTCCTGTATGTTTTTCTATGGTGGGTGGTAAGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGATACACACCTTTTCCTGTATGTTTTTCTATGGTGGGTGGTAAGT  641

seq1  TGAGGGACAGTGTAGAAAAAACCCCCATATTCCTACTCTTTCCAGTTCCT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGACAGTGTAGAAAAAACCCCCATATTCCTACTCTTTCCAGTTCCT  691

seq1  GGCTTTTCTATCAATAATGTTCAATTGCTTTAAAGATTGAAATGATTCCA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTCTATCAATAATGTTCAATTGCTTTAAAGATTGAAATGATTCCA  741

seq1  TTTGGCATACTGTGTCCTAAAACTCTTGTCATAGAAATGTACCCTCATTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCATACTGTGTCCTAAAACTCTTGTCATAGAAATGTACCCTCATTA  791

seq1  AACCCACATAATTGTAGCCAGTTTGAAATTCAACCCGTTGGTTAAGAAAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCACATAATTGTAGCCAGTTTGAAATTCAACCCGTTGGTTAAGAAAT  841

seq1  ATGTTACAACCATGAATTCCATCACTGGCACCCTGAAACCATCATGTGAG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTACAACCATGAATTCCATCACTGGCACCCTGAAACCATCATGTGAG  891

seq1  AAGCATCACAAAATAATCTGTCAGGGACATGCCAGAGTTCCCAGGAGGTG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATCACAAAATAATCTGTCAGGGACATGCCAGAGTTCCCAGGAGGTG  941

seq1  CAGTTCTGGGAACTCAAGGGATGCATGAAATAAAAGGCCACAGAATCATG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTGGGAACTCAAGGGATGCATGAAATAAAAGGCCACAGAATCATG  991

seq1  GTGTGAATGTGTATACATTTGTGAGCAGAGAGAGACTTGTGTGGGAGTGG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAATGTGTATACATTTGTGAGCAGAGAGAGACTTGTGTGGGAGTGG  1041

seq1  TGGTTTCTAGCATTGAATTTAGAGGATGTGACAAATTCCACATAAGAACA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCTAGCATTGAATTTAGAGGATGTGACAAATTCCACATAAGAACA  1091

seq1  TTTACTGCTCCAGCCATTTAAAGTGTACACTTGAGTAGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTGCTCCAGCCATTTAAAGTGTACACTTGAGTAGAATTC  1134

seq1: chr19_35258172_35259076
seq2: B6Ng01-173C12.g_68_977

seq1  GAATTCTCTGTGTAGTCCAGGTTAGCCTCTCAAAAAGAGTGTCAATCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTGTAGTCCAGGTTAGCCTCTCAAAAAGAGTGTCAATCTTC  50

seq1  TTCCCTCAGCTAAGTGCTGGGATATCCAGTGTGCACCACTACATTTGGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCAGCTAAGTGCTGGGATATCCAGTGTGCACCACTACATTTGGTC  100

seq1  TTCTGTGTTGTTGAAGCATATCTCCTCCTACTGTCCTTCTTTCTTTTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGTTGTTGAAGCATATCTCCTCCTACTGTCCTTCTTTCTTTTGAC  150

seq1  ATAGTGTTTCATAATGGAAGTGAGGCTGGCTTGAACTTATCAAATAGCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGTTTCATAATGGAAGTGAGGCTGGCTTGAACTTATCAAATAGCCC  200

seq1  ATGTTAGCTTCTAAAACTAGTAACAATCCTATCTCCACTTCTAAGTCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAGCTTCTAAAACTAGTAACAATCCTATCTCCACTTCTAAGTCCTG  250

seq1  GATTGTAGATATTGAGAATTCCTGACATTTCTATGGGTTTTAGGATCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTAGATATTGAGAATTCCTGACATTTCTATGGGTTTTAGGATCTGA  300

seq1  ACTCCAGCCACCTTGATTGCATAGTAAATGCCTTAATGCAGAGCTGTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGCCACCTTGATTGCATAGTAAATGCCTTAATGCAGAGCTGTTTC  350

seq1  CCACACCCACTTCTACTTCCTGCAATTTTGACAAGCCAGTTTAGCCCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACCCACTTCTACTTCCTGCAATTTTGACAAGCCAGTTTAGCCCTCC  400

seq1  TTAAGAATTTAAAAGCCCTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAATTTAAAAGCCCTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCC  450

seq1  AGATGTCCCTCACAGAGGAATGAATACAGAAAATGTGGTACATTTACACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTCCCTCACAGAGGAATGAATACAGAAAATGTGGTACATTTACACA  500

seq1  ATGGAGTATTACTCAGCTATTAAAATCAATGAATTTATGAAATTCTTGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGTATTACTCAGCTATTAAAATCAATGAATTTATGAAATTCTTGGA  550

seq1  CAAATGGATGTATCTGGAGGATATCATCCTGAGTGAGGTAACCAAATCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGATGTATCTGGAGGATATCATCCTGAGTGAGGTAACCAAATCAC  600

seq1  AAAAGAAGTCACTTGATATGCACTCTCTGATAAGTGGTTATTAGCCCAG-  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAAAGAAGTCACTTGATATGCACTCTCTGATAAGTGGTTATTAGCCCAGA  650

seq1  AAACCTAGAATACCCAAGATACAACTTCCAAAACACAAGAAATTCAAGAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTAGAATACCCAAGATACAACTTCCAAAACACAAGAAATTCAAGAA  700

seq1  GGAAGACCAACTCGTGGACACTTCATTTCTCCCTAGAATAGGGAATAAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACCAACTCGTGGACACTTCATTTCTCCCTAGAATAGGGAATAAAA  750

seq1  TATTCATGGAAAGAG-TTGCAGAGACAACGTTTAGAGCTAAGATGAAAGG  798
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATGGAAAGAGTTTGCAGAGACAACGTTTAGAGCTAAGATGAAAGG  800

seq1  ATGGACCATCCAGAGACTGCCCCACCCA-GGGGTCCATCCCATAATCAGC  847
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACCATCCAGAGACTGCCCCACCCAGGGGGTCCATCCCATAATCAGC  850

seq1  CACCAAACACAGACA-TTATTGCATACACCAGCAATA-TTTTGCTGAAAG  895
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CACCAAACACAGACATTTATTGCATACACCAGCAATATTTTTGCTGAAAG  900

seq1  GACCCTGATA  905
      ||||||||||
seq2  GACCCTGATA  910