BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173P10
Chromosome19 (Build37)
Map Location 3,252,798 - 3,312,039
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039218, Ighmbp2, Mrpl21
Upstream geneLOC630980, LOC665804, EG665806, EG665810
Downstream geneLOC665826, Cpt1a, Mtl5, Gal, Saps3, LOC100043581, Lrp5, 1810055G02Rik, LOC100039289, Suv420h1, Chka, Tcirg1, Ndufs8, Aldh3b1, Unc93b1, LOC100039337, 1700055N04Rik, Aldh3b2, Acy3, Tbx10, Nudt8, Doc2g, Ndufv1, Gstp1, Gstp2, BC021614, Cabp2, Cdk2ap2, Pitpnm1, Aip, Tmem134, Cabp4, Gpr152, Coro1b, Ptprcap, Rps6kb2, AI790298, Tbc1d10c, Ppp1ca, Rad9, Clcf1, Pold4, Ssh3, Ankrd13d, Adrbk1
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173P10.bB6Ng01-173P10.g
ACCGA002168GA002169
length1,1471,030
definitionB6Ng01-173P10.b B6Ng01-173P10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,310,881 - 3,312,039)(3,252,798 - 3,253,825)
sequence
gaattccaggccagacagtgatatatagagaaactctgcctcaaaaacaa
agcaaaacaaaagaagagcagaaaatgagtcttctgaagcccaggctggc
ctcaaatttgctatgtaaccaagcaaggatgatcttaaactcctgcttct
ctgctctcccaatggctgggtgttgacatgacaggtgtgatttctgagga
acacagatgaaaacattctcaaaggaattattaaaaattgggtgttggga
tatgctcctttaatccatttctcataaattagacgccagtctggtttaaa
cagagtttttggccagccagggctacatagactttgcctttattgtggtt
taaataggaatggcctttatagactcatgtgtttgaatgcttgcctatag
aaagtagcactattaggaggtgtggcctcattggagtgggcatgaccttg
ttggaggaagtacaattgttggagcgttactgtgggctttgaggtctcat
atgctcaagctttggccagggtagcacgtagtcttcctctactgcctgtg
gatcaagatgtagaactctcagctccttcttcagccccatgtctgcctgc
acacagccatgctttctaacaagatgataatggactcaacctctgaaacc
atgagccagcccaattaaatgttgttctgtataagagttgctgtggtcat
ggtgtctcctcgccacaataaaatcctaactaaaacaagtctccaaaacc
aaaacaaacccaaaaagaacacagtaggatttttcacacttcatgaccac
caaatcacaagttggtcttgctcaggattcaagaatgattcaacatatgc
aaatccatagggggaacacaacacatatatcaatcgtgtcatctcaactg
attcagaaagggcctttgataaaattcaatatctacatgttaaaatgttc
ttaaaattataatatattgtttaaaattccaacaccccttctttacaaga
accttctaaatggccagagaatattgcttcagtggggtaacctttgcaat
acgagcacggaggacctgagttaaaccctaagaaccacagaaagcaagca
tgattcacatgtctatttcaggttcttaagaggaatgaagcacagac

gaattctcccttctctgcaaaagcctagatggtattgcaatgaaaacagc
taacataactcccagagctcactggactggagagtaagactgagtatata
ggcccttggttggcagagaaggtaggaggctgtaaggaaaaatcataact
cacactcttaagccacccttggtcacgtgggaatctctggcaccttggag
accatgagttagctattgtccccttataaataaaaaggtatagtcaccac
ccaatatgaagtgagaccatggaaggggaagaaaaggtctcacaggggtc
aggccacgtgcaaaatctgttcttttacaggtaagtgtagaacagaaggc
tggtgacatttagaggttccttctctgttatctgggagggccagcctcta
gtcttcgatcagccccaactttgaggatgaatagggagaaaggtacacat
ccttaaacattggacaagatatgaggtcacagcagatccttctctcaagt
accaagccccagttttaaaagctctgcctggatgtaggatgatggataac
actatcatctcaggattccttggccaatcaggagcagctgaaattaagga
tggttatcctgcaaatattgccatgcctgagacccaaggagatggagaca
ggacttgtcaaggaagaagagaacttttctatcaagaagagttgacaaag
gaaggcagtatgaatctctaagagctggccatgtgctccacctggactgt
gctggaggtgacagtgaggcagatgtgtgtatggtgctctgcaggcttat
agggggtcatgtcaaaggaacactgggatggagggttcaggtttctgtcc
ccaccactccctccctggtgagctgccccaagggactggaagtgtgatgt
ttgtggaaggtggctgctcctgctgctgctgcctctgctgctgctactgc
tgctgtgataccctgcaaagctggccttgggccaatgctgttgcctgtga
tgtcactttgcatttgctgtgaaagatcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_3310881_3312039
seq2: B6Ng01-173P10.b_42_1188 (reverse)

seq1  GTCTGTGCTTCTCATCTCTCTCTAGGAACACTGAAATTAGACATGTGATA  50
      |||||||||  ||||  |||| || |||| |||||| ||||||||||| |
seq2  GTCTGTGCT--TCATTCCTCT-TAAGAAC-CTGAAA-TAGACATGTGA-A  44

seq1  TCATGCCTGGCTTTCTGTGGGTTCTTAGGGTTTAAACTCAGGTCCT-CGT  99
      ||||| || ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  TCATG-CTTGCTTTCTGT-GGTTCTTAGGGTTT-AACTCAGGTCCTCCGT  91

seq1  GCTCGTATGGCAAAAGTTTTACCCACTG-AGCAATA-TCTCTGGCCCTTT  147
      |||||||| || |||| ||  ||||||| ||||||| ||||||||| |||
seq2  GCTCGTATTGC-AAAGGTTACCCCACTGAAGCAATATTCTCTGGCCATTT  140

seq1  AAGAAGGTTCTTGTAAAGAAGGGGTGTT-GAATTTTAAACAATATATTTA  196
       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  -AGAAGGTTCTTGTAAAGAAGGGGTGTTGGAATTTTAAACAATATA-TTA  188

seq1  TTAATTTTTAAGAACATTTTAACATTGTAGATATTGAATTTTATCAAAGG  246
      |  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  T--AATTTTAAGAACATTTTAACA-TGTAGATATTGAATTTTATCAAAGG  235

seq1  CCCTTTCTGAATCAGTTGAGATGACACGATTGATATATGTGTTGTGTTCC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCTGAATCAGTTGAGATGACACGATTGATATATGTGTTGTGTTCC  285

seq1  CCCTATGGATTTGCATATGTTGAATCATTCTTGAATCCCTGAGCAAGACC  346
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCCTATGGATTTGCATATGTTGAATCATTCTTGAAT-CCTGAGCAAGACC  334

seq1  AACTTGTGATTTGGTGGTCATGAAGTGTGAAAAATCCTACTGTGTTCTTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGTGATTTGGTGGTCATGAAGTGTGAAAAATCCTACTGTGTTCTTT  384

seq1  TTGGGTTTGTTTTGGTTTTGGAGACTTGTTTTAGTTAGGATTTTATTGTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTTTGTTTTGGTTTTGGAGACTTGTTTTAGTTAGGATTTTATTGTG  434

seq1  GCGAGGAGACACCATGACCACAGCAACTCTTATACAGAACAACATTTAAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGGAGACACCATGACCACAGCAACTCTTATACAGAACAACATTTAAT  484

seq1  TGGGCTGGCTCATGGTTTCAGAGGTTGAGTCCATTATCATCTTGTTAGAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTGGCTCATGGTTTCAGAGGTTGAGTCCATTATCATCTTGTTAGAA  534

seq1  AGCATGGCTGTGTGCAGGCAGACATGGGGCTGAAGAAGGAGCTGAGAGTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGCTGTGTGCAGGCAGACATGGGGCTGAAGAAGGAGCTGAGAGTT  584

seq1  CTACATCTTGATCCACAGGCAGTAGAGGAAGACTACGTGCTACCCTGGCC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATCTTGATCCACAGGCAGTAGAGGAAGACTACGTGCTACCCTGGCC  634

seq1  AAAGCTTGAGCATATGAGACCTCAAAGCCCACAGTAACGCTCCAACAATT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTGAGCATATGAGACCTCAAAGCCCACAGTAACGCTCCAACAATT  684

seq1  GTACTTCCTCCAACAAGGTCATGCCCACTCCAATGAGGCCACACCTCCTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTCCTCCAACAAGGTCATGCCCACTCCAATGAGGCCACACCTCCTA  734

seq1  ATAGTGCTACTTTCTATAGGCAAGCATTCAAACACATGAGTCTATAAAGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGCTACTTTCTATAGGCAAGCATTCAAACACATGAGTCTATAAAGG  784

seq1  CCATTCCTATTTAAACCACAATAAAGGCAAAGTCTATGTAGCCCTGGCTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCCTATTTAAACCACAATAAAGGCAAAGTCTATGTAGCCCTGGCTG  834

seq1  GCCAAAAACTCTGTTTAAACCAGACTGGCGTCTAATTTATGAGAAATGGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAAACTCTGTTTAAACCAGACTGGCGTCTAATTTATGAGAAATGGA  884

seq1  TTAAAGGAGCATATCCCAACACCCAATTTTTAATAATTCCTTTGAGAATG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGAGCATATCCCAACACCCAATTTTTAATAATTCCTTTGAGAATG  934

seq1  TTTTCATCTGTGTTCCTCAGAAATCACACCTGTCATGTCAACACCCAGCC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATCTGTGTTCCTCAGAAATCACACCTGTCATGTCAACACCCAGCC  984

seq1  ATTGGGAGAGCAGAGAAGCAGGAGTTTAAGATCATCCTTGCTTGGTTACA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGAGAGCAGAGAAGCAGGAGTTTAAGATCATCCTTGCTTGGTTACA  1034

seq1  TAGCAAATTTGAGGCCAGCCTGGGCTTCAGAAGACTCATTTTCTGCTCTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAATTTGAGGCCAGCCTGGGCTTCAGAAGACTCATTTTCTGCTCTT  1084

seq1  CTTTTGTTTTGCTTTGTTTTTGAGGCAGAGTTTCTCTATATATCACTGTC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTTTTGCTTTGTTTTTGAGGCAGAGTTTCTCTATATATCACTGTC  1134

seq1  TGGCCTGGAATTC  1159
      |||||||||||||
seq2  TGGCCTGGAATTC  1147


seq1: chr19_3252798_3253825
seq2: B6Ng01-173P10.g_66_1095

seq1  GAATTCTCCCTTCTCTGCAAAAGCCTAGATGGTATTGCAATGAAAACAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCTTCTCTGCAAAAGCCTAGATGGTATTGCAATGAAAACAGC  50

seq1  TAACATAACTCCCAGAGCTCACTGGACTGGAGAGTAAGACTGAGTATATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATAACTCCCAGAGCTCACTGGACTGGAGAGTAAGACTGAGTATATA  100

seq1  GGCCCTTGGTTGGCAGAGAAGGTAGGAGGCTGTAAGGAAAAATCATAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTTGGTTGGCAGAGAAGGTAGGAGGCTGTAAGGAAAAATCATAACT  150

seq1  CACACTCTTAAGCCACCCTTGGTCACGTGGGAATCTCTGGCACCTTGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCTTAAGCCACCCTTGGTCACGTGGGAATCTCTGGCACCTTGGAG  200

seq1  ACCATGAGTTAGCTATTGTCCCCTTATAAATAAAAAGGTATAGTCACCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGAGTTAGCTATTGTCCCCTTATAAATAAAAAGGTATAGTCACCAC  250

seq1  CCAATATGAAGTGAGACCATGGAAGGGGAAGAAAAGGTCTCACAGGGGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATATGAAGTGAGACCATGGAAGGGGAAGAAAAGGTCTCACAGGGGTC  300

seq1  AGGCCACGTGCAAAATCTGTTCTTTTACAGGTAAGTGTAGAACAGAAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCACGTGCAAAATCTGTTCTTTTACAGGTAAGTGTAGAACAGAAGGC  350

seq1  TGGTGACATTTAGAGGTTCCTTCTCTGTTATCTGGGAGGGCCAGCCTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGACATTTAGAGGTTCCTTCTCTGTTATCTGGGAGGGCCAGCCTCTA  400

seq1  GTCTTCGATCAGCCCCAACTTTGAGGATGAATAGGGAGAAAGGTACACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCGATCAGCCCCAACTTTGAGGATGAATAGGGAGAAAGGTACACAT  450

seq1  CCTTAAACATTGGACAAGATATGAGGTCACAGCAGATCCTTCTCTCAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAACATTGGACAAGATATGAGGTCACAGCAGATCCTTCTCTCAAGT  500

seq1  ACCAAGCCCCAGTTTTAAAAGCTCTGCCTGGATGTAGGATGATGGATAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGCCCCAGTTTTAAAAGCTCTGCCTGGATGTAGGATGATGGATAAC  550

seq1  ACTATCATCTCAGGATTCCTTGGCCAATCAGGAGCAGCTGAAATTAAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCATCTCAGGATTCCTTGGCCAATCAGGAGCAGCTGAAATTAAGGA  600

seq1  TGGTTATCCTGCAAATATTGCCATGCCTGAGACCCAAGGAGATGGAGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTATCCTGCAAATATTGCCATGCCTGAGACCCAAGGAGATGGAGACA  650

seq1  GGACTTGTCAAGGAAGAAGAGAACTTTTCTATCAAGAAGAGTTGACAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTGTCAAGGAAGAAGAGAACTTTTCTATCAAGAAGAGTTGACAAAG  700

seq1  GAAGGCAGTATGAATCTCTAAGAGCTGGCCATGTGCTCCACCTGGACTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCAGTATGAATCTCTAAGAGCTGGCCATGTGCTCCACCTGGACTGT  750

seq1  GCTGGAGGTGACAGTGAGGCAGATGTGTGTATGGTGCTCTGCAGGCTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGGTGACAGTGAGGCAGATGTGTGTATGGTGCTCTGCAGGCTTAT  800

seq1  AGGGGGTCATGTCAAAGGAACACTGGGATGGAGGGTTCAGGTTTCTGTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGTCATGTCAAAGGAACACTGGGATGGAGGGTTCAGGTTTCTGTCC  850

seq1  CCACCACTCCCTCCCTGGTGAGCTGCCCCAAGGGACTGGAAGTGTGATGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCACCACTCCCTCCCTGGTGAGCTGCCCCAAGGGACTGGAAGTGTGATGT  900

seq1  TTGTGG-AGGTGGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCCTCTGCTGCTGCTACTGC  949
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGAAGGTGGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCCTCTGCTGCTGCTACTGC  950

seq1  TGCTGTGATA-CCTGCAAAGCTTGGGCCTGGGCCAATGCTGTTGCTGTTG  998
      |||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||   ||
seq2  TGCTGTGATACCCTGCAAAGC-TGGCCTTGGGCCAATGCTGTTGCCTGTG  999

seq1  ATGTCAC-TTGCATTTGCTGTTGAAGATCAG  1028
      ||||||| |||||||||||||  ||||||||
seq2  ATGTCACTTTGCATTTGCTGTGAAAGATCAG  1030


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |