BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-177A06
Chromosome19 (Build37)
Map Location 52,747,675 - 52,905,740
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042928, LOC668536, LOC100042936, Ins1
Downstream geneLOC100043450, Xpnpep1, LOC668545, LOC674277, Add3, 1700001K23Rik, Mxi1, Smndc1, Dusp5, LOC100043462, Smc3, Rbm20
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-177A06.bB6Ng01-177A06.g
ACCGA004401GA004402
length9161,105
definitionB6Ng01-177A06.b B6Ng01-177A06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,904,828 - 52,905,740)(52,747,675 - 52,748,784)
sequence
gaattcccactgattgatatatatatatatatatatatatatatatatat
atatattgccaagagcttttcacaactgattggccacccaaacctgtggc
tttacctctgttgagtctgcagactgtgccaatcaatcatccccagatac
agaggagagtggcacatttcacgtccttacaggggtctcttttgtttcca
gttgtagtcttttgttcttgaggcagatgtttgggagccatttgtggtag
aggacaactcagactgcatggcagagagacttccattctttgagatggtg
ctttctaatgcccaaggaacccaggggacatacctggcaaaatgctttga
aagcatgcctcaggatttggtccttagctcacttgtttcagagttgcttg
agaattgtttgcaaaggcagatgctaaagacctattgaaacaaagggttt
ttaacaagtgactcttgtgggatggccacaagtcagtgtaacagagatcg
ctgatatagttgtacttggatgtacagtggtcccatgtgaaactgggagg
attgggagaggccagcctcagctacatcccgagttcaaggttacacatgg
cttcagagagatggttgcatctgacaacagacaaaagacaaaagaaaaac
agatcctctttcttcgtgacactcagttatagacatatgccaactgagga
actgttgtagagtcagaatggagttagggttatcataggtacaggtacaa
ttatgaaccgggtatcagggactatcacaccaagtgccccgtcttttagg
agtgtattatgtagacaactaacatgaaaaaaattgtagagaagacacat
caaaacaagatctgcagtattatataagtatgattaagcattattggtgt
gtggggtgattgtggg
gaattcagaaatccattcaagcttgcttcttcaaagctagaaacagagat
gtagcagaagggaaggagaagaaagagagaataagaaactaaacagggca
gtatgaccatgagagggacatcgctcccctttgactataggtgcttgaat
ctgagcatcaacaattatctgattccatcagttagatataatgcccataa
tcagaacaaaatgagaataaggcaatacttgatgatcctcccagaatctc
cccaaaataaatgatagtagtgtgtgtgtacccatgagtattgactctca
ccagttgcaatctttggcatgtagaactgtctttgatatctgctaccttc
tagaagattctaccatttctcctaatctctgagttaatttcatgttatgt
gaagaaaacatgattggaaacaggcagtaaaattaaaagaattctatttt
acatcttcaaacaaagatgaacacaagcaaaactgaatctattaatggcc
aaaataatataaaacaagtaaaaaatatttattctataaatatacttatt
tcctaaagctgaagccattaaaatgcatgtttttttttaaataaacatgt
tttaagttgtttaagttatatttaaaatgaaattagacaacccacaatta
tacacttagaatcagtatttaactttaggtttatgttctgatgtgcaggc
aacccctaaatctatattttattctgtcctgattacatgtcaaaagcatt
ggatacatcagtgcttaagtgaaataaaatacaaaggaatggctttctgt
gcctggtatacatcttaaggagaaatagcacgatgtcataatttaatatc
agatactatgtagcacatttattttatttttttggcttactggttagaag
ttggaggtttccctccccacttatggaaaatttcttcctcaagtgtattc
ttagtccaataatactttagggtttgggtgctatgtttataagcacttcc
cgaataaagtaatttatgcattaaaaaggactaagttcagccttttctct
ctattctccatacctgcaaaccaattcgaattcgttataatgaaataaac
tctaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_52904828_52905740
seq2: B6Ng01-177A06.b_44_958 (reverse)

seq1  CCACAATCA-CCCACACA-CAATAATGCTTAATCATACTTATATAATACT  48
      ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAATCACCCCACACACCAATAATGCTTAATCATACTTATATAATACT  50

seq1  GCAGATCTTGTTTTGATGTGTCTTCTCTACAATTTTTTTCATGTTTGTTG  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCAGATCTTGTTTTGATGTGTCTTCTCTACAATTTTTTTCATGTTAGTTG  100

seq1  TCTACATAATACACTCCTAAAAGACGGGGCACTTGGTGTGATAGTCCCTG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACATAATACACTCCTAAAAGACGGGGCACTTGGTGTGATAGTCCCTG  150

seq1  ATACCCGGTTCATAATTGTACCTGTACCTATGATAACCCTAACTCCATTC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCGGTTCATAATTGTACCTGTACCTATGATAACCCTAACTCCATTC  200

seq1  TGACTCTACAACAGTTCCTCAGTTGGCATATGTCTATAACTGAGTGTCAC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTACAACAGTTCCTCAGTTGGCATATGTCTATAACTGAGTGTCAC  250

seq1  GAAGAAAGAGGATCTGTTTTTCTTTTGTCTTTTGTCTGTTGTCAGATGCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAAGAGGATCTGTTTTTCTTTTGTCTTTTGTCTGTTGTCAGATGCA  300

seq1  ACCATCTCTCTGAAGCCATGTGTAACCTTGAACTCGGGATGTAGCTGAGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTCTCTGAAGCCATGTGTAACCTTGAACTCGGGATGTAGCTGAGG  350

seq1  CTGGCCTCTCCCAATCCTCCCAGTTTCACATGGGACCACTGTACATCCAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTCTCCCAATCCTCCCAGTTTCACATGGGACCACTGTACATCCAA  400

seq1  GTACAACTATATCAGCGATCTCTGTTACACTGACTTGTGGCCATCCCACA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAACTATATCAGCGATCTCTGTTACACTGACTTGTGGCCATCCCACA  450

seq1  AGAGTCACTTGTTAAAAACCCTTTGTTTCAATAGGTCTTTAGCATCTGCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCACTTGTTAAAAACCCTTTGTTTCAATAGGTCTTTAGCATCTGCC  500

seq1  TTTGCAAACAATTCTCAAGCAACTCTGAAACAAGTGAGCTAAGGACCAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAACAATTCTCAAGCAACTCTGAAACAAGTGAGCTAAGGACCAAA  550

seq1  TCCTGAGGCATGCTTTCAAAGCATTTTGCCAGGTATGTCCCCTGGGTTCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGGCATGCTTTCAAAGCATTTTGCCAGGTATGTCCCCTGGGTTCC  600

seq1  TTGGGCATTAGAAAGCACCATCTCAAAGAATGGAAGTCTCTCTGCCATGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCATTAGAAAGCACCATCTCAAAGAATGGAAGTCTCTCTGCCATGC  650

seq1  AGTCTGAGTTGTCCTCTACCACAAATGGCTCCCAAACATCTGCCTCAAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGAGTTGTCCTCTACCACAAATGGCTCCCAAACATCTGCCTCAAGA  700

seq1  ACAAAAGACTACAACTGGAAACAAAAGAGACCCCTGTAAGGACGTGAAAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGACTACAACTGGAAACAAAAGAGACCCCTGTAAGGACGTGAAAT  750

seq1  GTGCCACTCTCCTCTGTATCTGGGGATGATTGATTGGCACAGTCTGCAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCACTCTCCTCTGTATCTGGGGATGATTGATTGGCACAGTCTGCAGA  800

seq1  CTCAACAGAGGTAAAGCCACAGGTTTGGGTGGCCAATCAGTTGTGAAAAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACAGAGGTAAAGCCACAGGTTTGGGTGGCCAATCAGTTGTGAAAAG  850

seq1  CTCTTGGCAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGGCAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATC  900

seq1  AATCAGTGGGAATTC  913
      |||||||||||||||
seq2  AATCAGTGGGAATTC  915

seq1: chr19_52747675_52748784
seq2: B6Ng01-177A06.g_58_1162

seq1  GAATTCAGAAATCCATTCAAGCTTGCTTCTTCAAAGCTAGAAACAGAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAAATCCATTCAAGCTTGCTTCTTCAAAGCTAGAAACAGAGAT  50

seq1  GTAGCAGAAGGGAAGGAGAAGAAAGAGAGAATAAGAAACTAAACAGGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGAAGGGAAGGAGAAGAAAGAGAGAATAAGAAACTAAACAGGGCA  100

seq1  GTATGACCATGAGAGGGACATCGCTCCCCTTTGACTATAGGTGCTTGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGACCATGAGAGGGACATCGCTCCCCTTTGACTATAGGTGCTTGAAT  150

seq1  CTGAGCATCAACAATTATCTGATTCCATCAGTTAGATATAATGCCCATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCATCAACAATTATCTGATTCCATCAGTTAGATATAATGCCCATAA  200

seq1  TCAGAACAAAATGAGAATAAGGCAATACTTGATGATCCTCCCAGAATCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAACAAAATGAGAATAAGGCAATACTTGATGATCCTCCCAGAATCTC  250

seq1  CCCAAAATAAATGATAGTAGTGTGTGTGTACCCATGAGTATTGACTCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAATAAATGATAGTAGTGTGTGTGTACCCATGAGTATTGACTCTCA  300

seq1  CCAGTTGCAATCTTTGGCATGTAGAACTGTCTTTGATATCTGCTACCTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTGCAATCTTTGGCATGTAGAACTGTCTTTGATATCTGCTACCTTC  350

seq1  TAGAAGATTCTACCATTTCTCCTAATCTCTGAGTTAATTTCATGTTATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGATTCTACCATTTCTCCTAATCTCTGAGTTAATTTCATGTTATGT  400

seq1  GAAGAAAACATGATTGGAAACAGGCAGTAAAATTAAAAGAATTCTATTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAAACATGATTGGAAACAGGCAGTAAAATTAAAAGAATTCTATTTT  450

seq1  ACATCTTCAAACAAAGATGAACACAAGCAAAACTGAATCTATTAATGGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTTCAAACAAAGATGAACACAAGCAAAACTGAATCTATTAATGGCC  500

seq1  AAAATAATATAAAACAAGTAAAAAATATTTATTCTATAAATATACTTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATATAAAACAAGTAAAAAATATTTATTCTATAAATATACTTATT  550

seq1  TCCTAAAGCTGAAGCCATTAAAATGCATGTTTTTTTTTAAATAAACATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAAGCTGAAGCCATTAAAATGCATGTTTTTTTTTAAATAAACATGT  600

seq1  TTTAAGTTGTTTAAGTTATATTTAAAATGAAATTAGACAACCCACAATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTTGTTTAAGTTATATTTAAAATGAAATTAGACAACCCACAATTA  650

seq1  TACACTTAGAATCAGTATTTAACTTTAGGTTTATGTTCTGATGTGCAGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTAGAATCAGTATTTAACTTTAGGTTTATGTTCTGATGTGCAGGC  700

seq1  AACCCCTAAATCTATATTTTATTCTGTCCTGATTACATGTCAAAAGCATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCTAAATCTATATTTTATTCTGTCCTGATTACATGTCAAAAGCATT  750

seq1  GGATACATCAGTGCTTAAGTGAAATAAAATACAAAGGAATGGCTTTCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACATCAGTGCTTAAGTGAAATAAAATACAAAGGAATGGCTTTCTGT  800

seq1  GCCTGGTATACATCTTAAGGAGAAATAGCACGATGTCATAATTTAATATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGTATACATCTTAAGGAGAAATAGCACGATGTCATAATTTAATATC  850

seq1  AGATACTATGTAGCACA-TTATTT--ATTTTTTGGCTTACTGGTAGAAAG  897
      ||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||   |||
seq2  AGATACTATGTAGCACATTTATTTTATTTTTTTGGCTTACTGGTTAGAAG  900

seq1  TTGGAGGTTTCCCT-CCCACTTATGGAAAATTTCTTCCTCAAGGTGTATT  946
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTGGAGGTTTCCCTCCCCACTTATGGAAAATTTCTTCCTCAA-GTGTATT  949

seq1  CTTAGTCCAATAATACTTTAGGGTCT-GGTGCTATG-TTATAAGCACCTT  994
      |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| |||
seq2  CTTAGTCCAATAATACTTTAGGGTTTGGGTGCTATGTTTATAAGCA-CTT  998

seq1  CCCCGATAAAGTAATTATAGCATAAAAAAGGACTAAGGTTCAGTCTTTTT  1044
      |||  |||||||||||   |||| |||||||||||| |||||| | ||||
seq2  CCCGAATAAAGTAATTTATGCATTAAAAAGGACTAA-GTTCAG-CCTTTT  1046

seq1  CTCTCTATTCTTCATTATCCTTGCAAAACCAATTTTGGATTCGTTTATAA  1094
      ||||||||||| |   || | ||| ||||||| || | ||||| |||| |
seq2  CTCTCTATTCTCC---ATACCTGC-AAACCAA-TTCGAATTCG-TTAT-A  1089

seq1  ATGAAATAAACTCTAA  1110
      ||||||||||||||||
seq2  ATGAAATAAACTCTAA  1105