BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-177J22
Chromosome19 (Build37)
Map Location 30,756,547 - 30,899,051
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrkg1
Upstream geneMlana, 9930021J03Rik, Ranbp6, Il33, Trpd52l3, Uhrf2, Gldc, EG625917, Mbl2, LOC100042088, LOC668020, EG546723, Dkk1
Downstream geneLOC625995, Cstf2t, 8430431K14Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-177J22.bB6Ng01-177J22.g
ACCGA004838GA004839
length989732
definitionB6Ng01-177J22.b B6Ng01-177J22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,756,547 - 30,757,531)(30,898,500 - 30,899,051)
sequence
gaattcataataatatgcaagagactaaaatgttaagacctcacttgtca
ccaagaaggaagtagggcaccaattatttagtgtgcaaacatcattaatg
taaaggccatgcagaagcctgtctgcccgccttgatggaagagtttcaga
gaaaactatctattaaatttctgctagatgaggttaaagtcttttaaaga
gaagaaatgtagctaatcggtattgaagggaggatggaaatggaaattga
tcattttcaaacaaaaggagataacagacaggtgtcatcgctgcatatca
aaccacttaacataaggttgatgggagaccatcacaaaactgcaaggctt
ctatctcctcagacacaggatcaacttaaagtggtgagaggcaaagtgac
caagcatgaaagattttttaaaacttattgaaccacctaagaaatttttt
tgtcaacatgttgattataaatatgtagtaagtttgtagacaaagacaaa
gtccacagcactatttaagagcaataaaacaatctgaagtgatggatctg
caccaaggacagttgccccagtttatgaatttactagagtttcttatgaa
tctactacagtttcttcaggagtgcccctgtgatgaaggaacctcaatag
acatcacaaaatacagctatgtgtgattattatttttacactgagtcata
atcatcaaaagtcaacaggattatatcatatttatgtagcactttagcac
ttcagaaaatgccctagagtacatttccctatttcaataacattataatt
ggctttaatagaatgcatttgaactttccaagttctctgatatttgagct
gttcttataatttgaataatttaaattactgctctttgcctaaacaagtt
atactgataagtaaccagtatccaaagaatgaaataatgaatacaaacta
agattcatttttatagcttagaatgggtttgggaatttt
gaattctctacaggttattgttgaaatattccccagtactagaagtgtat
gctcatacaaaagctaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
aaaaaaccaacaaacaaacccccaaaatggatgaatggcagtacctgttc
tttttgcaaatttgcttttagttacatttagttatctattcctagtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtagcatgaagccatggtactcctagtg
gacaaataacaactcttgggagtctgttgtctccatcatgtgggtcccaa
aaattgaacccaggtccttaaacaagtacatttacttaaacaggtccttt
gtcttttttttttttctaatacattttttaacttcactttgtagcattta
ttcccatctcttctctcagtctcacccttacaaattcctcccctcagggg
tgaaaagccctgattaagcaccaccctatcctgaaacatctagcccctgc
atcttttcctgctgaggtccaatcaaacagcctagtgagaggaaggggat
ccgatggcaggcaacagagttagagacggccctccctctaattgttaggc
tacctacatgcagacaaagcttcacatctgctagaaatgtgtaagggccc
ttgcttcagcccctgcatgctttctttaaatgtttctgctcattgcacgg
gagctttgattgtgagctcaaaaacctcaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_30756547_30757531
seq2: B6Ng01-177J22.b_47_1035

seq1  GAATTCATAATAATATGCAAGAGACTAAAATGTTAAGACCTCACTTGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAATAATATGCAAGAGACTAAAATGTTAAGACCTCACTTGTCA  50

seq1  CCAAGAAGGAAGTAGGGCACCAATTATTTAGTGTGCAAACATCATTAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAAGGAAGTAGGGCACCAATTATTTAGTGTGCAAACATCATTAATG  100

seq1  TAAAGGCCATGCAGAAGCCTGTCTGCCCGCCTTGATGGAAGAGTTTCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGCCATGCAGAAGCCTGTCTGCCCGCCTTGATGGAAGAGTTTCAGA  150

seq1  GAAAACTATCTATTAAATTTCTGCTAGATGAGGTTAAAGTCTTTTAAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACTATCTATTAAATTTCTGCTAGATGAGGTTAAAGTCTTTTAAAGA  200

seq1  GAAGAAATGTAGCTAATCGGTATTGAAGGGAGGATGGAAATGGAAATTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAATGTAGCTAATCGGTATTGAAGGGAGGATGGAAATGGAAATTGA  250

seq1  TCATTTTCAAACAAAAGGAGATAACAGACAGGTGTCATCGCTGCATATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTCAAACAAAAGGAGATAACAGACAGGTGTCATCGCTGCATATCA  300

seq1  AACCACTTAACATAAGGTTGATGGGAGACCATCACAAAACTGCAAGGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACTTAACATAAGGTTGATGGGAGACCATCACAAAACTGCAAGGCTT  350

seq1  CTATCTCCTCAGACACAGGATCAACTTAAAGTGGTGAGAGGCAAAGTGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTCCTCAGACACAGGATCAACTTAAAGTGGTGAGAGGCAAAGTGAC  400

seq1  CAAGCATGAAAGATTTTTTAAAACTTATTGAACCACCTAAGAAATTTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCATGAAAGATTTTTTAAAACTTATTGAACCACCTAAGAAATTTTTT  450

seq1  TGTCAACATGTTGATTATAAATATGTAGTAAGTTTGTAGACAAAGACAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAACATGTTGATTATAAATATGTAGTAAGTTTGTAGACAAAGACAAA  500

seq1  GTCCACAGCACTATTTAAGAGCAATAAAACAATCTGAAGTGATGGATCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACAGCACTATTTAAGAGCAATAAAACAATCTGAAGTGATGGATCTG  550

seq1  CACCAAGGACAGTTGCCCCAGTTTATGAATTTACTAGAGTTTCTTATGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAGGACAGTTGCCCCAGTTTATGAATTTACTAGAGTTTCTTATGAA  600

seq1  TCTACTACAGTTTCTTCAGGAGTGCCCCTGTGATGAAGGAACCTCAATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTACAGTTTCTTCAGGAGTGCCCCTGTGATGAAGGAACCTCAATAG  650

seq1  ACATCACAAAATACAGCTATGTGTGATTATTATTTTTACACTGAGTCATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCACAAAATACAGCTATGTGTGATTATTATTTTTACACTGAGTCATA  700

seq1  ATCATCAAAAGTCAACAGGATTATATCATATTTATGTAGCACTTTAGCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCAAAAGTCAACAGGATTATATCATATTTATGTAGCACTTTAGCAC  750

seq1  TTCAGAAAATGCCCTAGAGTACATTTCCCTATTTCAATAACATTATAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAAATGCCCTAGAGTACATTTCCCTATTTCAATAACATTATAATT  800

seq1  GGCTTTAATAGAATGCATTTGAACTTTCCAAGTTCTCTGATATTTGAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTAATAGAATGCATTTGAACTTTCCAAGTTCTCTGATATTTGAGCT  850

seq1  GTTCTTATAATTTGAAT-ATTTAAATTACTGCTCTTTGCCTAAACAAGTT  899
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTATAATTTGAATAATTTAAATTACTGCTCTTTGCCTAAACAAGTT  900

seq1  ATACTGATAAGTAACCAGTATCCAAAGAATGAAATAATGAATACAAA-TT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 
seq2  ATACTGATAAGTAACCAGTATCCAAAGAATGAAATAATGAATACAAACTA  950

seq1  AGATTTCATTTTATAGCTTAG-ATGGGTTTGGGATTTT-  985
      |||||   ||||||||||||| |||||||||||| ||| 
seq2  AGATTCATTTTTATAGCTTAGAATGGGTTTGGGAATTTT  989

seq1: chr19_30898500_30899051
seq2: B6Ng01-177J22.g_249_800 (reverse)

seq1  TTTTGAGGTCTCTGAGCTCACAATCAAAGCTCACGTGCAATGAGCAGAAA  50
      ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGGTTTTTGAGCTCACAATCAAAGCTCCCGTGCAATGAGCAGAAA  50

seq1  CATTAAAGGAAAGCATGCAGGGGCTGAAGCAAGGGCCCTTACACATTTCT  100
      |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAAAGAAAGCATGCAGGGGCTGAAGCAAGGGCCCTTACACATTTCT  100

seq1  AGCAGATGTGAAGCTTTGTCTGCATGTAGGTAGCCTAACAATTAGAGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGATGTGAAGCTTTGTCTGCATGTAGGTAGCCTAACAATTAGAGGGA  150

seq1  GGACCGTCTCTAACTCTGTTGCCTGCCATCGGATCCCCTTCCTCTCACTA  200
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCGTCTCTAACTCTGTTGCCTGCCATCGGATCCCCTTCCTCTCACTA  200

seq1  GGCTGTCTGATTGGACCTCAGCAGGAAAAGATGCAGGGGCTAGATGTCTC  250
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGCTGTTTGATTGGACCTCAGCAGGAAAAGATGCAGGGGCTAGATGTTTC  250

seq1  AGGATAGGGTGGTGCTTAATCAGGGCTTCTCACCCCTGAGGGGAGGAATT  300
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGGGTGGTGCTTAATCAGGGCTTTTCACCCCTGAGGGGAGGAATT  300

seq1  TGTAAGGGTGAGACTGAGAGAAGAGATGGGAATAAATGCTACAAAGTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGGGTGAGACTGAGAGAAGAGATGGGAATAAATGCTACAAAGTGAA  350

seq1  GTTAAAAAATGTATTAGAAAAAAAAAAAAGACAAAGGACCTGTCTAAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTTAAAAAATGTATTAGAAAAAAAAAAAAGACAAAGGACCTGTTTAAGTA  400

seq1  AATGTACTTGTCTAAGGACCTGGGTTCAATCTTTGGGACCCACATGATGG  450
      ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AATGTACTTGTTTAAGGACCTGGGTTCAATTTTTGGGACCCACATGATGG  450

seq1  AGACAACAGACTCCCAAGAGTTGTTATTTGTCCACTAGGAGTACCATGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAACAGACTCCCAAGAGTTGTTATTTGTCCACTAGGAGTACCATGGC  500

seq1  TTCATGCTACACACACACACACACACACACACACACACTAGGAATAGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCTACACACACACACACACACACACACACACACTAGGAATAGATA  550

seq1  AC  552
      ||
seq2  AC  552