BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-180M21
Chromosome19 (Build37)
Map Location 55,647,113 - 55,839,090
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVti1a, Tcf7l2
Upstream geneLOC100043004, Gpam, Tectb, Gucy2g, Acsl5, Zdhhc6, LOC100043479
Downstream genePpnr, LOC100043484, Habp2, Nrap, Casp7, 9930023K05Rik, Dclre1a, Nhlrc2, Adrb1, EG629643
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-180M21.bB6Ng01-180M21.g
ACCGA007140GA007141
length387970
definitionB6Ng01-180M21.b B6Ng01-180M21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,838,698 - 55,839,090)(55,647,113 - 55,648,073)
sequence
acttggtagccaaggatgacctccatcttttgaatggggggattacattg
cagtttatacaggcagttggtacatcgctatgattgagcccagtgtccat
gcatgctaggcaagcactctaattagcgcgttaccttctcacaaattcca
tgaagtatttaacccctcacgcctcctgtccgcctactacagctccaact
ataaggatacgaataggagcaaaacacaacaaccccagcccttaggaaga
ccctgcatgtcagagttgaggcacagccttcatgtgacataagacaaacg
tcaacagtaacaaacagaactcataaatctgccatcgcacatagccaatg
ctatcaaatccatcatgtggcggcggcaagggggggc
gaattccactttacagcatggttggagagaaactaaggggaccgctccct
tcaccaaaggttctttgccagccccaacccaaggttcaggagaattccag
cttaggaaacacgacctctcgttcccccaagacccagccaagtcatccgt
agttgtttggttgttaatgaagtctggccaagtgtgcacatggaggctcc
tgtagaatggccttaatttgtgcttaggaatgcttaattttatcagcacc
cctgtaattagatattgtgcaaagggatgaaggataggcactgctgttgc
atggagcaatggcctgaagctccttgctatctttgagatagcgagggttt
ccatagacacatgtgtcacgtgggtttgcttgcatacacatccaagaaga
gaatgaaaatttcccagttggctttcccctctctaagggtaggtttttaa
atacatgaatccctgctcgctcacttcctgctctcttctttgctgttacc
tcctggatgcttggctctgcccccattgtctgaggaaaactgtaaatctg
gtgttggaggttgcacggctctgtacgtgaatgtcagcacttcagctaga
gtttagtagaaaatgtttgttgttcgagggagaattagtgccgtagacgc
cttctgttgaggagctggggagggatttgctgagaatatggattggattt
tcttcagctggaacacagatgtgctttgagtgtagacagaaaattagctt
tctagaagcagagcggtgcccgcagtcatcactgagaacccacatctact
gttgtcaggcacacagtaggtactcataactccctgctatcagctaatag
gaatgtcagaagcctaataattaactatgaaaagatcctgcagagggtaa
cttttgtttctagatgacaagccagatgcttgcagaaatagaaggacaat
aggaacccggtagggacaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_55838698_55839090
seq2: B6Ng01-180M21.b_48_440 (reverse)

seq1  GCCCCCCCTCGCCGCCGCCACATGATGGATTTGATAGCCTTGGCTATCTG  50
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  GCCCCCCCTTGCCGCCGCCACATGATGGATTTGATAGCATTGGCTATGTG  50

seq1  CGATGGCAGATTTATGAGTTCTGTTTGTTACTGTTGACGTTTGTCTTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGGCAGATTTATGAGTTCTGTTTGTTACTGTTGACGTTTGTCTTATG  100

seq1  TCACATGAAGGCTGTGCCTCAACTCTGACATGCAGGGTCTTCCTAAGGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGAAGGCTGTGCCTCAACTCTGACATGCAGGGTCTTCCTAAGGGC  150

seq1  TGGGGTTGTTGTGTTTTGCTCCTATTCGTATCCTTATAGTTGGAGCTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTTGTTGTGTTTTGCTCCTATTCGTATCCTTATAGTTGGAGCTGTA  200

seq1  GTAGGCGGACAGGAGGCGTGAGGGGTTAAATACTTCATGGAATTTGTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCGGACAGGAGGCGTGAGGGGTTAAATACTTCATGGAATTTGTGAG  250

seq1  AAGGTAACGCGCTAATTAGAGTGCTTGCCTAGCATGCATGGACACTGGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAACGCGCTAATTAGAGTGCTTGCCTAGCATGCATGGACACTGGGC  300

seq1  TCAATCATAGCGCTGTACCAACTGCCTGTATAAACTGCAATGTAATCCCA  350
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCAATCATAGCGATGTACCAACTGCCTGTATAAACTGCAATGTAATCCCC  350

seq1  GCACTCAGAAGATGGAGGTCATCCTTGGCTACCAAGTGAATTC  393
       || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCAAAAGATGGAGGTCATCCTTGGCTACCAAGTGAATTC  393

seq1: chr19_55647113_55648073
seq2: B6Ng01-180M21.g_69_1037

seq1  GAATTCCACTTTACAGCATGGTTGGAGAGAAACTAAGGGGACCGCTCCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTTTACAGCATGGTTGGAGAGAAACTAAGGGGACCGCTCCCT  50

seq1  TCACCAAAGGTTCTTTGCCAGCCCCAACCCAAGGTTCAGGAGAATTCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAAAGGTTCTTTGCCAGCCCCAACCCAAGGTTCAGGAGAATTCCAG  100

seq1  CTTAGGAAACACGACCTCTCGTTCCCCCAAGACCCAGCCAAGTCATCCGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGAAACACGACCTCTCGTTCCCCCAAGACCCAGCCAAGTCATCCGT  150

seq1  AGTTGTTTGGTTGTTAATGAAGTCTGGCCAAGTGTGCACATGGAGGCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTTTGGTTGTTAATGAAGTCTGGCCAAGTGTGCACATGGAGGCTCC  200

seq1  TGTAGAATGGCCTTAATTTGTGCTTAGGAATGCTTAATTTTATCAGCACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAATGGCCTTAATTTGTGCTTAGGAATGCTTAATTTTATCAGCACC  250

seq1  CCTGTAATTAGATATTGTGCAAAGGGATGAAGGATAGGCACTGCTGTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAATTAGATATTGTGCAAAGGGATGAAGGATAGGCACTGCTGTTGC  300

seq1  ATGGAGCAATGGCCTGAAGCTCCTTGCTATCTTTGAGATAGCGAGGGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGCAATGGCCTGAAGCTCCTTGCTATCTTTGAGATAGCGAGGGTTT  350

seq1  CCATAGACACATGTGTCACGTGGGTTTGCTTGCATACACATCCAAGAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGACACATGTGTCACGTGGGTTTGCTTGCATACACATCCAAGAAGA  400

seq1  GAATGAAAATTTCCCAGTTGGCTTTCCCCTCTCTAAGGGTAGGTTTTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAAAATTTCCCAGTTGGCTTTCCCCTCTCTAAGGGTAGGTTTTTAA  450

seq1  ATACATGAATCCCTGCTCGCTCACTTCCTGCTCTCTTCTTTGCTGTTACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGAATCCCTGCTCGCTCACTTCCTGCTCTCTTCTTTGCTGTTACC  500

seq1  TCCTGGATGCTTGGCTCTGCCCCCATTGTCTGAGGAAAACTGTAAATCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGATGCTTGGCTCTGCCCCCATTGTCTGAGGAAAACTGTAAATCTG  550

seq1  GTGTTGGAGGTTGCACGGCTCTGTACGTGAATGTCAGCACTTCAGCTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGGAGGTTGCACGGCTCTGTACGTGAATGTCAGCACTTCAGCTAGA  600

seq1  GTTTAGTAGAAAATGTTTGTTGTTCGAGGGAGAATTAGTGCCGTAGACGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGTAGAAAATGTTTGTTGTTCGAGGGAGAATTAGTGCCGTAGACGC  650

seq1  CTTCTGTTGAGGAGCTGGGGAGGGATTTGCTGAGAATATGGATTGGA-TT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTTCTGTTGAGGAGCTGGGGAGGGATTTGCTGAGAATATGGATTGGATTT  700

seq1  TCTTCAGCTGGAACACAGATGTGC-TTGAGTGTAGACAGAAAATTAGC-T  747
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCTTCAGCTGGAACACAGATGTGCTTTGAGTGTAGACAGAAAATTAGCTT  750

seq1  TCTAGAAGCAGAG-GGTGCCCGCAGTCATCACTGAGAACCCACATCTACT  796
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAAGCAGAGCGGTGCCCGCAGTCATCACTGAGAACCCACATCTACT  800

seq1  GTTGTCAGGCACACAGTAGGTACTCATAACTCCCTGCTATCAGCTAATAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCAGGCACACAGTAGGTACTCATAACTCCCTGCTATCAGCTAATAG  850

seq1  GAATGGCAG-AGCCTAATAATTAACTATGAAAAGATCCTGCAGAGGGT-A  894
      ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GAATGTCAGAAGCCTAATAATTAACTATGAAAAGATCCTGCAGAGGGTAA  900

seq1  CCTTTGTTTCTAGATGACAAGCCAGATGCCTGCAGAAGTAGAGGGAC-AT  943
      | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| ||
seq2  CTTTTGTTTCTAGATGACAAGCCAGATGCTTGCAGAAATAGAAGGACAAT  950

seq1  AGGAA-CCTGTAGGGACAA  961
      ||||| || ||||||||||
seq2  AGGAACCCGGTAGGGACAA  969