BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-186L04
Chromosome19 (Build37)
Map Location 58,969,582 - 59,084,454
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6430537H07Rik, 4930506M07Rik
Upstream geneAtrnl1, Gfra1, LOC100043503, 1700011F14Rik, Pnlip, Pnliprp1, Pnliprp2, 1700019N19Rik, Hspa12a
Downstream geneLOC668626, Vax1, LOC668627, Kcnk18, Slc18a2, Pdzd8, LOC100034727, LOC100043073, Emx2os, Emx2, Rab11fip2, LOC100043087
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-186L04.bB6Ng01-186L04.g
ACCGA011471GA011472
length1,162991
definitionB6Ng01-186L04.b B6Ng01-186L04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,083,289 - 59,084,454)(58,969,582 - 58,970,570)
sequence
gaattcatgcaagtataggggagttggttttcaccgaacatttagaacta
tccgttttgccagttggacaataaagcggccactaattcctttgggatct
ctttcttcttcccaaaggtccctcatgtctatgatccggaagcgatctca
ccccagtggcaatagtgctaagaaagaaaagacaactcagccagagacag
gtaagcttcgtaactattcagttcccctcaagctggtaatagtgggcagc
ttgtcagtaattgatgtgtttgccgagctctttgaacagattttcggacc
tttgaacttccagaaggatgggcattgacctctgtcttagggttttactg
cagtgaacagacaccatgaccaaggaaagtcctataaaggacaacattta
attagggcaggcttacaggttcagagtctattatcatcaaggtgggaaaa
ttgcaaatccaggtaggcatggaaggcagagctgagagttctacatcttt
atctgaaggctactagcagaatactggcttccaggcagtttggatgagga
ttttatagcccacacccacagtgacacatctactccagcagagccacacc
cattccaacagggccacatatactccctgggtagagcatagacaaaccag
cacaccttcctccagcttactgtctagactagatcaaagagagtgttcta
agaacaatgctttctctgagaatggctctctggggcatgatggagaggga
gtaatcccaaagaagatttggagaaagacttcttatcagtgtcaaggagg
ccaagtatcttatcagctgtacactaccactgtgtcacaagctgaaccga
caagatgctgatgttacattctagtgtaattaggcgtggtgtgaacaagt
gaccatccacatagatgtcatttaatgcaacatttgggaaatactgtggg
aagagcgtgtgtctctgagaatctgttttggaggactgctggcatcatta
ggcaacattcaagttgattggagcgtcaagacgcagtgtttgggatgaaa
aataccaacagcatagcagtatgttcaaaagtcggaacagggagaagctc
aatgcatcagaaaaaaacttaaagaactgctctggctgctggactcagaa
tcaaggaagagg
gaattccttactactgctagagaaaattacactgatcgatacaaagtgag
catcccttgctctaattcatgttcaattttgtaatataaatacatgcctt
atatactacccaaagcaaatataacaaaagaaactaactttccatgggat
tcttaccttagtttccttttgtgtttctgtgaaacaaaggcaccttaaag
aaggaatagttcattttggttcatagctgaagtccaaatggggacttcaa
gacacagctgcacacattgtattgtgctcggagtcaagaagagagcaacg
ggtgcttctgctgagcctgatttctcctttctatccagttcatgaaccgg
tccatggatcagtgccacccacaatggacaggtcttcttgttccaatgaa
cctaatcaagataatgcccaacaggcaccatcagaggcctctcttcccgg
tggttctcagtttgacagctgagatttaccacactactcatacaataaaa
tacatttgctgccctggccctcaaggacccagatcccatccccctgacag
accttccaatccacaagcttacccctgacttatatagactctgtctcgct
gctccctgcctgccatgcttgccatgcaaaggggtctttgaagagtttta
gtagcacacagccctgttcccttgctctgcagaggttagctcccacactg
acactttccctacttgctggcatatggttttttccttcctacttgcctgt
gagccctgacacctgacacaagagttaacctcattcgtctctcatttagc
ttgtaaactcagaactccacaaagagttttggttgatgaatgaatgaaag
agtgactgagtggatgggttttaacaaatgaatttggaagatcagatgtg
gcttagagttgatgcctgtgagacagactcccttctctcctcgtgctttt
agggttgcagaaaggaaagagagagagagagagagaaggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_59083289_59084454
seq2: B6Ng01-186L04.b_46_1207 (reverse)

seq1  CCTCTTCCCTGGGTCCTGAGTCAAGGCAG-CAGAGCAG-TCTTTAGG--T  46
      |||||| ||| | | ||||||| | |||| |||||||| |||||| |  |
seq2  CCTCTT-CCTTGATTCTGAGTCCA-GCAGCCAGAGCAGTTCTTTAAGTTT  48

seq1  TTTTCTGATGCATGAAGCTTCTCCCCTGTTCCGACTTTTGAACATACTGC  96
      |||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGATGCATTGAGCTTCT-CCCTGTTCCGACTTTTGAACATACTGC  97

seq1  TATGCTGTTTGGGTATTTTTCATCCCAAACACTGCGTCTTTGACGCTCCA  146
      |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  TATGCTGTT--GGTATTTTTCATCCCAAACACTGCGTC-TTGACGCTCC-  143

seq1  AATCAACTTGAATGTTGCCTAATGATGCCAGCAGTCCTCCAAAACAGATT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAACTTGAATGTTGCCTAATGATGCCAGCAGTCCTCCAAAACAGATT  193

seq1  CTCAGAGACACACGCTTCTTCCCACAGTATTTCCCAAATGTTGCATTAAA  246
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGACACACGC-TCTTCCCACAGTATTTCCCAAATGTTGCATTAAA  242

seq1  TGACATCTATGTGGATGGTCACTTGTTCACACCACGCCTAATTACACTAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCTATGTGGATGGTCACTTGTTCACACCACGCCTAATTACACTAG  292

seq1  AATGTAACATCAGCATCTTGTCGGTTCAGCTTGTGACACAGTGGTAGTGT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAACATCAGCATCTTGTCGGTTCAGCTTGTGACACAGTGGTAGTGT  342

seq1  ACAGCTGATAAGATACTTGGCCTCCTTGACACTGATAAGAAGTCTTTCTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGATAAGATACTTGGCCTCCTTGACACTGATAAGAAGTCTTTCTC  392

seq1  CAAATCTTCTTTGGGATTACTCCCTCTCCATCATGCCCCAGAGAGCCATT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCTTCTTTGGGATTACTCCCTCTCCATCATGCCCCAGAGAGCCATT  442

seq1  CTCAGAGAAAGCATTGTTCTTAGAACACTCTCTTTGATCTAGTCTAGACA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGAAAGCATTGTTCTTAGAACACTCTCTTTGATCTAGTCTAGACA  492

seq1  GTAAGCTGGAGGAAGGTGTGCTGGTTTGTCTATGCTCTACCCAGGGAGTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCTGGAGGAAGGTGTGCTGGTTTGTCTATGCTCTACCCAGGGAGTA  542

seq1  TATGTGGCCCTGTTGGAATGGGTGTGGCTCTGCTGGAGTAGATGTGTCAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGCCCTGTTGGAATGGGTGTGGCTCTGCTGGAGTAGATGTGTCAC  592

seq1  TGTGGGTGTGGGCTATAAAATCCTCATCCAAACTGCCTGGAAGCCAGTAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTGTGGGCTATAAAATCCTCATCCAAACTGCCTGGAAGCCAGTAT  642

seq1  TCTGCTAGTAGCCTTCAGATAAAGATGTAGAACTCTCAGCTCTGCCTTCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTAGTAGCCTTCAGATAAAGATGTAGAACTCTCAGCTCTGCCTTCC  692

seq1  ATGCCTACCTGGATTTGCAATTTTCCCACCTTGATGATAATAGACTCTGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTACCTGGATTTGCAATTTTCCCACCTTGATGATAATAGACTCTGA  742

seq1  ACCTGTAAGCCTGCCCTAATTAAATGTTGTCCTTTATAGGACTTTCCTTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTAAGCCTGCCCTAATTAAATGTTGTCCTTTATAGGACTTTCCTTG  792

seq1  GTCATGGTGTCTGTTCACTGCAGTAAAACCCTAAGACAGAGGTCAATGCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGGTGTCTGTTCACTGCAGTAAAACCCTAAGACAGAGGTCAATGCC  842

seq1  CATCCTTCTGGAAGTTCAAAGGTCCGAAAATCTGTTCAAAGAGCTCGGCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTCTGGAAGTTCAAAGGTCCGAAAATCTGTTCAAAGAGCTCGGCA  892

seq1  AACACATCAATTACTGACAAGCTGCCCACTATTACCAGCTTGAGGGGAAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATCAATTACTGACAAGCTGCCCACTATTACCAGCTTGAGGGGAAC  942

seq1  TGAATAGTTACGAAGCTTACCTGTCTCTGGCTGAGTTGTCTTTTCTTTCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAGTTACGAAGCTTACCTGTCTCTGGCTGAGTTGTCTTTTCTTTCT  992

seq1  TAGCACTATTGCCACTGGGGTGAGATCGCTTCCGGATCATAGACATGAGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTATTGCCACTGGGGTGAGATCGCTTCCGGATCATAGACATGAGG  1042

seq1  GACCTTTGGGAAGAAGAAAGAGATCCCAAAGGAATTAGTGGCCGCTTTAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTTGGGAAGAAGAAAGAGATCCCAAAGGAATTAGTGGCCGCTTTAT  1092

seq1  TGTCCAACTGGCAAAACGGATAGTTCTAAATGTTCGGTGAAAACCAACTC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAACTGGCAAAACGGATAGTTCTAAATGTTCGGTGAAAACCAACTC  1142

seq1  CCCTATACTTGCATGAATTC  1166
      ||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATACTTGCATGAATTC  1162

seq1: chr19_58969582_58970570
seq2: B6Ng01-186L04.g_65_1055

seq1  GAATTCCTTACTACTGCTAGAGAAAATTACACTGATCGATACAAAGTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTACTACTGCTAGAGAAAATTACACTGATCGATACAAAGTGAG  50

seq1  CATCCCTTGCTCTAATTCATGTTCAATTTTGTAATATAAATACATGCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCTTGCTCTAATTCATGTTCAATTTTGTAATATAAATACATGCCTT  100

seq1  ATATACTACCCAAAGCAAATATAACAAAAGAAACTAACTTTCCATGGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTACCCAAAGCAAATATAACAAAAGAAACTAACTTTCCATGGGAT  150

seq1  TCTTACCTTAGTTTCCTTTTGTGTTTCTGTGAAACAAAGGCACCTTAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACCTTAGTTTCCTTTTGTGTTTCTGTGAAACAAAGGCACCTTAAAG  200

seq1  AAGGAATAGTTCATTTTGGTTCATAGCTGAAGTCCAAATGGGGACTTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAATAGTTCATTTTGGTTCATAGCTGAAGTCCAAATGGGGACTTCAA  250

seq1  GACACAGCTGCACACATTGTATTGTGCTCGGAGTCAAGAAGAGAGCAACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGCTGCACACATTGTATTGTGCTCGGAGTCAAGAAGAGAGCAACG  300

seq1  GGTGCTTCTGCTGAGCCTGATTTCTCCTTTCTATCCAGTTCATGAACCGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTTCTGCTGAGCCTGATTTCTCCTTTCTATCCAGTTCATGAACCGG  350

seq1  TCCATGGATCAGTGCCACCCACAATGGACAGGTCTTCTTGTTCCAATGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGATCAGTGCCACCCACAATGGACAGGTCTTCTTGTTCCAATGAA  400

seq1  CCTAATCAAGATAATGCCCAACAGGCACCATCAGAGGCCTCTCTTCCCGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATCAAGATAATGCCCAACAGGCACCATCAGAGGCCTCTCTTCCCGG  450

seq1  TGGTTCTCAGTTTGACAGCTGAGATTTACCACACTACTCATACAATAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCTCAGTTTGACAGCTGAGATTTACCACACTACTCATACAATAAAA  500

seq1  TACATTTGCTGCCCTGGCCCTCAAGGACCCAGATCCCATCCCCCTGACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTGCTGCCCTGGCCCTCAAGGACCCAGATCCCATCCCCCTGACAG  550

seq1  ACCTTCCAATCCACAAGCTTACCCCTGACTTATATAGACTCTGTCTCGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCCAATCCACAAGCTTACCCCTGACTTATATAGACTCTGTCTCGCT  600

seq1  GCTCCCTGCCTGCCATGCTTGCCATGCAAAGGGGTCTTTGAAGAGTTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCTGCCTGCCATGCTTGCCATGCAAAGGGGTCTTTGAAGAGTTTTA  650

seq1  GTAGCACACAGCCCTGTTCCCTTGCTCTGCAGAGGTTAGCTCCCACACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCACACAGCCCTGTTCCCTTGCTCTGCAGAGGTTAGCTCCCACACTG  700

seq1  ACACTTTCCCTACTTGCTGGCATATGGTTTTTTCCTTCCTACTTGCCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTCCCTACTTGCTGGCATATGGTTTTTTCCTTCCTACTTGCCTGT  750

seq1  GAGCCCTGACACCTGACACAAGAGTTAACCTCATTCGTCTCTCATTTAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCTGACACCTGACACAAGAGTTAACCTCATTCGTCTCTCATTTAGC  800

seq1  TTGTAAACTCAGAACTCCACAAAGAGTTTTGGTTGATGAATGAATGAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAACTCAGAACTCCACAAAGAGTTTTGGTTGATGAATGAATGAAAG  850

seq1  AGTGACTGAGTGGATGGGTTTTAACAAATGAATTTGGAAGATCAGATGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTGAGTGGATGGGTTTTAACAAATGAATTTGGAAGATCAGATGTG  900

seq1  GCTTAGAGTTGATGCCTGTGAGACAGAC-CCCTTCTCTCCTCGGTGCTTT  949
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  GCTTAGAGTTGATGCCTGTGAGACAGACTCCCTTCTCTCCTC-GTGCTTT  949

seq1  TAGGGTTGCAGAAA-GAAAGAGAGAGAGAGAGAGAG-AGGGA  989
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TAGGGTTGCAGAAAGGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGGGA  991