BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188D17
Chromosome19 (Build37)
Map Location 33,331,060 - 33,439,750
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6530404N21Rik
Upstream gene2700046G09Rik, LOC100042138, LOC672490, LOC100042823, Minpp1, Papss2, Atad1, Pten, B430203M17Rik
Downstream geneLOC638381, EG668095, LOC628236, AI747699, EG668106, EG668112, EG668114, EG329055, EG433241, LOC668127, Lipf, Lipk, EG383462, Lipn, Ankrd22, Stambpl1, Acta2, Fas
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188D17.bB6Ng01-188D17.g
ACCGA012588GA012589
length1,1291,172
definitionB6Ng01-188D17.b B6Ng01-188D17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,331,060 - 33,332,189)(33,438,581 - 33,439,750)
sequence
gaattcactctggtcggtcctaaagcactaggaaggacaaggtggctggg
ataaattcctgagcccagctcaatcctccgtctattctatctgtgaaata
tttgctactaaagctactctgtctttattttgattatattgtctgcatga
taatttcatccttttattttaatcaagttttatctttatatttgaagtat
gttcctttttattgttttttatttatttacatttcaaatgttatccccct
tcccaatttcccctccacaacccccctacctatcctctccctctgcctct
gtgagggtgctcccttactcacctgcccactcccgcctcactaccctagc
attcacctatgatggggcattgagcctttccaggaccaagggtctcccct
cccactgatgccagttaaggccatcccctgctacatatgtagctggagcc
atgggtccctccatgtgtatcctttgtttggtggtttagtccatgggagt
tctggaggctctggttgattgatattgttcttcctatggggttgcaaacc
ccttcagctacttcagtccttcccttaactcctccattgggttccctgtg
ctcagtctgatggttggctacaagcatctacatctgtatcggtcaggctc
tggcagagcctctcaggagacagctatgccaagaagtgaagtgtgtttct
tttggaagcatataattatgacttaattttactgggctttttgtttacat
ttaatttcatcatttgtatggttgtgcataggtctataactatttttggt
ctattcctcagctacactttgctccagtttccttcatttttgttttacta
gtttgtttttggtatttatgacttatattatcatctctttgttaatttat
ggactataactcttggctttgttattttaagattataaagcggtttctaa
agtcaaagctttcaaatacagtatcagttgatggatgggagacatggctt
agtggtttagagtgcagtgcctgctctcccatactcacttcaatttccca
ccacccatgtgtgcctcacaaacaatctgtaacttcattcaggggatctg
acaccttcttcttggcctcatggaacact
gaattccatatattcttttggcttgtgggggcatcaaacacatgtacaat
gcatatacatatgtgcaggcacaacacttatacacatacaaaaaaaagaa
atagatctttaaaaaaaaaaaagaaacacaattgttctgtttgcttttgt
agtggcaggcagagtgatttttgaagtgttataagcacaaccttcatttt
ctatacagttattgtgcaataaagccacttgagaaatacaggaggaagca
gggtagggacttttgcttctttgtcttcatccatagatagacactgaatc
aaaatggtaaaaatacttgaaatgtttaaagcctcatgatggcagtgtgg
agagtttcttggctagaattccaaaggcacaaacaataaaagcagacaca
gacaagtgagcttgcatcagacctagaagcccctgtccaggaaaaggatc
gatagtgaacgctggtgataataggactttgacagcaagaagctggcctt
caagtctgcatttctagtcactagcaaaatgatagatactacatgcttat
gtaatgaatttagttctgtaatctgttgttctttccatgtgtggaatgga
aaactctgtgcaagttgccatgatgtcatattcctgttgtttcagcatca
aggaagctgtacaagagggctattagttcaagggtagcctgggctacata
tacgtgtatttctttaaaagtgaacacaactggttatctaatgatgtttg
ctgaatgtgagttttaaaattgctttagctaacttcttaaatcgccaaat
ttactaaatggcacccaactcctcaaatacttgatctcaaatgcttgttc
tacaattgtagattggcctgctcatatcaatatagcaaatagtcacctgc
tggtatctggaatcatccatacagacatgtgactagtaacaaaataaata
gagacaaaccagaggaaactgggttcaggcccatgagtgaaataaaagaa
taattagaaatgcagaataattgacttgctgcctgtagaactgaaatgga
agtcacagagagttcccacagtgtaacggtcggagtggaggagagtatga
gaaaatacactaagccttgcatcacttttaagcaatccggaatttttata
ttttccaccacgatttgttcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_33331060_33332189
seq2: B6Ng01-188D17.b_49_1177

seq1  GAATTCACTCTGGTCGGTCCTAAAGCACTAGGAAGGACAAGGTGGCTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGGTCGGTCCTAAAGCACTAGGAAGGACAAGGTGGCTGGG  50

seq1  ATAAATTCCTGAGCCCAGCTCAATCCTCCGTCTATTCTATCTGTGAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTCCTGAGCCCAGCTCAATCCTCCGTCTATTCTATCTGTGAAATA  100

seq1  TTTGCTACTAAAGCTACTCTGTCTTTATTTTGATTATATTGTCTGCATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTACTAAAGCTACTCTGTCTTTATTTTGATTATATTGTCTGCATGA  150

seq1  TAATTTCATCCTTTTATTTTAATCAAGTTTTATCTTTATATTTGAAGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTCATCCTTTTATTTTAATCAAGTTTTATCTTTATATTTGAAGTAT  200

seq1  GTTCCTTTTTATTGTTTTTTATTTATTTACATTTCAAATGTTATCCCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTTTTTATTGTTTTTTATTTATTTACATTTCAAATGTTATCCCCCT  250

seq1  TCCCAATTTCCCCTCCACAACCCCCCTACCTATCCTCTCCCTCTGCCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAATTTCCCCTCCACAACCCCCCTACCTATCCTCTCCCTCTGCCTCT  300

seq1  GTGAGGGTGCTCCCTTACTCACCTGCCCACTCCCGCCTCACTACCCTAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGGTGCTCCCTTACTCACCTGCCCACTCCCGCCTCACTACCCTAGC  350

seq1  ATTCACCTATGATGGGGCATTGAGCCTTTCCAGGACCAAGGGTCTCCCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACCTATGATGGGGCATTGAGCCTTTCCAGGACCAAGGGTCTCCCCT  400

seq1  CCCACTGATGCCAGTTAAGGCCATCCCCTGCTACATATGTAGCTGGAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGATGCCAGTTAAGGCCATCCCCTGCTACATATGTAGCTGGAGCC  450

seq1  ATGGGTCCCTCCATGTGTATCCTTTGTTTGGTGGTTTAGTCCATGGGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTCCCTCCATGTGTATCCTTTGTTTGGTGGTTTAGTCCATGGGAGT  500

seq1  TCTGGAGGCTCTGGTTGATTGATATTGTTCTTCCTATGGGGTTGCAAACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGGCTCTGGTTGATTGATATTGTTCTTCCTATGGGGTTGCAAACC  550

seq1  CCTTCAGCTACTTCAGTCCTTCCCTTAACTCCTCCATTGGGTTCCCTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGCTACTTCAGTCCTTCCCTTAACTCCTCCATTGGGTTCCCTGTG  600

seq1  CTCAGTCTGATGGTTGGCTACAAGCATCTACATCTGTATCGGTCAGGCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTCTGATGGTTGGCTACAAGCATCTACATCTGTATCGGTCAGGCTC  650

seq1  TGGCAGAGCCTCTCAGGAGACAGCTATGCCAAGAAGTGAAGTGTGTTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGAGCCTCTCAGGAGACAGCTATGCCAAGAAGTGAAGTGTGTTTCT  700

seq1  TTTGGAAGCATATAATTATGACTTAATTTTACTGGGCTTTTTGTTTACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAAGCATATAATTATGACTTAATTTTACTGGGCTTTTTGTTTACAT  750

seq1  TTAATTTCATCATTTGTATGGTTGTGCATAGGTCTATAACTATTTTTGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTCATCATTTGTATGGTTGTGCATAGGTCTATAACTATTTTTGGT  800

seq1  CTATTCCTCAGCTACACTTTGCTCCAGTTTCCTTCATTTTTGTTTTACTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCCTCAGCTACACTTTGCTCCAGTTTCCTTCATTTTTGTTTTACTA  850

seq1  GTTTGTTTTTGGTATTTATGACTTATATTATCATCTCTTTGTTAATTTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTTTTGGTATTTATGACTTATATTATCATCTCTTTGTTAATTTAT  900

seq1  GGACTATAACTCTTGGCTTTGTTATTTTAAGATTATAAAGCGGTTTCTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTATAACTCTTGGCTTTGTTATTTTAAGATTATAAAGCGGTTTCTAA  950

seq1  AGTCAAAGCTTTCAAATACAGTATCAG-TGATGGAT-GGAGACATGGCTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  AGTCAAAGCTTTCAAATACAGTATCAGTTGATGGATGGGAGACATGGCTT  1000

seq1  AGTGG-TTAGAGTGCAGTGGCTGCTCTTCCCAATAACTCAACTTCAA-TT  1046
      ||||| ||||||||||||| |||||| |||||   |||| ||||||| ||
seq2  AGTGGTTTAGAGTGCAGTGCCTGCTC-TCCCA--TACTC-ACTTCAATTT  1046

seq1  CCCACCACCCATGTGGTGGCTCACAAAC-ATCTGTAACTTCAATTCCAGG  1095
      |||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||  | ||||
seq2  CCCACCACCCATGT-GTGCCTCACAAACAATCTGTAACTTCA--TTCAGG  1093

seq1  GGATCTGACAACCTCTTCTGGCCTTCATGG-ACACT  1130
      |||||||||| | |||||| | | |||||| |||||
seq2  GGATCTGACACCTTCTTCTTGGCCTCATGGAACACT  1129

seq1: chr19_33438581_33439750
seq2: B6Ng01-188D17.g_66_1237 (reverse)

seq1  GTGAACAA-----TGTGGAA---ATAAAAAT--CTGATCCTTTAAAAGTG  40
      ||||||||      ||||||   ||||||||  | |||   |||||||||
seq2  GTGAACAAATCGTGGTGGAAAATATAAAAATTCCGGATTGCTTAAAAGTG  50

seq1  AATCCCAAAGCTAAAGTGTA-TTTCTCAATACTCTCCCTCACTCCGGCCC  89
      |    ||| |||  |||||| |||||| |||||||||  ||||||| || 
seq2  A--TGCAAGGCT-TAGTGTATTTTCTC-ATACTCTCCTCCACTCCGACCG  96

seq1  TTTAACACTGTTGGGAACTCTTCCTGTGACTTCCATTTCAGTTCTACAGG  139
      ||  |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TT--ACACTG-TGGGAACTCT--CTGTGACTTCCATTTCAGTTCTACAGG  141

seq1  CAGCAAGTCAAATTATCTGCATTTTCTAATTATCTTTTAATTTCACTCAT  189
      ||||||||||| |  |||||| |||||||||||  ||| |||||||||||
seq2  CAGCAAGTCAATTATTCTGCA-TTTCTAATTATTCTTTTATTTCACTCAT  190

seq1  GGCCCTGAA-CCAGTTTCCTCTGGTTTTGTCTCTATTTATTTTGTTACTA  238
      || |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTGAACCCAGTTTCCTCTGG-TTTGTCTCTATTTATTTTGTTACTA  239

seq1  GTCACATGTCTGTATGGATGATTCCAGATACCAGCAGGTGACTATTTGCT  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACATGTCTGTATGGATGATTCCAGATACCAGCAGGTGACTATTTGCT  289

seq1  ATATTGATATGAGCAGGCCAATCTACAATTGTAGAACAAGCATTTGAGAT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGATATGAGCAGGCCAATCTACAATTGTAGAACAAGCATTTGAGAT  339

seq1  CAAGTATTTGAGGAGTT-GGTGCCATTTAGTAAATTTGGCGATTTAAGAA  387
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATTTGAGGAGTTGGGTGCCATTTAGTAAATTTGGCGATTTAAGAA  389

seq1  GTTAGCTAAAGCAATTTTAAAACTCACATTCAGCAAACATCATTAGATAA  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCTAAAGCAATTTTAAAACTCACATTCAGCAAACATCATTAGATAA  439

seq1  CCAGTTGTGTTCACTTTTAAAGAAATACACGTATATGTAGCCCAGGCTAC  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTGTGTTCACTTTTAAAGAAATACACGTATATGTAGCCCAGGCTAC  489

seq1  CCTTGAACTAATAGCCCTCTTGTACAGCTTCCTTGATGCTGAAACAACAG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAACTAATAGCCCTCTTGTACAGCTTCCTTGATGCTGAAACAACAG  539

seq1  GAATATGACATCATGGCAACTTGCACAGAGTTTTCCATTCCACACATGGA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATGACATCATGGCAACTTGCACAGAGTTTTCCATTCCACACATGGA  589

seq1  AAGAACAACAGATTACAGAACTAAATTCATTACATAAGCATGTAGTATCT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACAACAGATTACAGAACTAAATTCATTACATAAGCATGTAGTATCT  639

seq1  ATCATTTTGCTAGTGACTAGAAATGCAGACTTGAAGGCCAGCTTCTTGCT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTTGCTAGTGACTAGAAATGCAGACTTGAAGGCCAGCTTCTTGCT  689

seq1  GTCAAAGTCCTATTATCACCAGCGTTCACTATCGATCCTTTTCCTGGACA  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGTCCTATTATCACCAGCGTTCACTATCGATCCTTTTCCTGGACA  739

seq1  GGGGCTTCTAGGTCTGATGCAAGCTCACTTGTCTGTGTCTGCTTTTATTG  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTTCTAGGTCTGATGCAAGCTCACTTGTCTGTGTCTGCTTTTATTG  789

seq1  TTTGTGCCTTTGGAATTCTAGCCAAGAAACTCTCCACACTGCCATCATGA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGCCTTTGGAATTCTAGCCAAGAAACTCTCCACACTGCCATCATGA  839

seq1  GGCTTTAAACATTTCAAGTATTTTTACCATTTTGATTCAGTGTCTATCTA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTAAACATTTCAAGTATTTTTACCATTTTGATTCAGTGTCTATCTA  889

seq1  TGGATGAAGACAAAGAAGCAAAAGTCCCTACCCTGCTTCCTCCTGTATTT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGAAGACAAAGAAGCAAAAGTCCCTACCCTGCTTCCTCCTGTATTT  939

seq1  CTCAAGTGGCTTTATTGCACAATAACTGTATAGAAAATGAAGGTTGTGCT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTGGCTTTATTGCACAATAACTGTATAGAAAATGAAGGTTGTGCT  989

seq1  TATAACACTTCAAAAATCACTCTGCCTGCCACTACAAAAGCAAACAGAAC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACACTTCAAAAATCACTCTGCCTGCCACTACAAAAGCAAACAGAAC  1039

seq1  AATTGTGTTTCTTTTTTTTTTTTAAAGATCTATTTCTTTTTTTTGTATGT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTGTTTCTTTTTTTTTTTTAAAGATCTATTTCTTTTTTTTGTATGT  1089

seq1  GTATAAGTGTTGTGCCTGCACATATGTATATGCATTGTACATGTGTTTGA  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAGTGTTGTGCCTGCACATATGTATATGCATTGTACATGTGTTTGA  1139

seq1  TGCCCCCACAAGCCAAAAGAATATATGGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCCACAAGCCAAAAGAATATATGGAATTC  1172