BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-195O05
Chromosome19 (Build37)
Map Location 40,355,171 - 40,501,986
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC435599, Sorbs1, A930028N01Rik
Upstream geneCyp2c29, Cyp2c38, Cyp2c39, C730004C24Rik, 9030012A22Rik, Cyp2c40, LOC100043108, LOC100042523, Cyp2c37, Cyp2c54, Cyp2c50, Cyp2c70, LOC545289, LOC676923, Pdlim1
Downstream geneAldh18a1, LOC100043135, 4930521E07Rik, EG667723, Entpd1, EG667720, EG668310, EG668311, Ccnj, LOC664819, E030044B06Rik, E130314M14Rik, Zfp518, Blnk, LOC100043155, Dntt, Tmem10, Tll2, Tm9sf3, Pik3ap1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-195O05.bB6Ng01-195O05.g
ACCGA018183GA018184
length1,111621
definitionB6Ng01-195O05.b B6Ng01-195O05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,355,171 - 40,356,214)(40,501,366 - 40,501,986)
sequence
gaattcatccagctatctggagagagaacatcccaggtgaggcaaacagt
gagttaaaggttaaaggagagaacaaggtgggcctggtaaccagcatgga
ggccagagggctcaggctgagtaaaggagaaaggagaggaagctgaagtc
agagagacagcaacccagctggacacacctctgaaagccctggagaaaga
ggatgccctgagggctgaggacagaggattactaagacaggatgttttcc
acagtctggttactgtatcaaaaacagatggaaaggctcaggtagctcag
ttagtaaagtgactgactggcaagcgtgaagacctgaattcagtccccag
aatccacatagaaaagccaggagcagccgcatatgcttgcaatcccagga
ctggacagagacaggtaggtcattgtctcactcgaaggtcagtctagcct
actcgagtaagagaccctgtctcaaagaccaaggcagaaagctcctgtgg
aacaacacctgaaatcgtctcgacctccacatgtatgcatacacacctgt
gctggcacatacatacatacaaatgcaaaagcaaaacagatggatgagcg
cacaagacaacaaagctaggcacccgtgaactgttcaagcagtggttctc
aacccgtggggcccaacccctggggagggtcaaatgaccctttcataaag
gctgcctaagaccattggaaaacacacagatattatagtgtgattaataa
attaaaattaaagttataaagtagcaacaaacataattttatggttgggg
gggtcaccacaacatgaactgtattaacggttgtttagggaggttgagaa
tcattgtgtcagagtaacttcaggtgaaagaccatcaattgacttggata
cagggtaggaacagaggcatctgatttagtgcctagattcttcctttatt
tttaaagccacttgctgataggaggaaaagcacagggagaccctgtcagg
gatgagttctggcttggtccattggtaaggaaagtgcttccccttaacaa
ccctgaacagagcccagcaagggcatgtgccctccacgtgtggtttgatg
cctagttatgg
gaattcagagtgaacagggccctgagctgagccatgtgaggagagaggga
agaggagaggggaagagccaggagaccaagagaccaagagtgaaaggata
gacaaagggactggataaccaagatggctggattatatagggaagggtat
gccagccatatgctgtaacaggtagggactgagggatgctgggagactag
ccaggtccactataggcacctcagccatttgcccaggatttgagacctaa
aaggaatggaagtaaataaacagtggaaagtgaaatgtgtgcatgtgtgt
gcgtacgtgcatgcgtgttagatttactcagtgagtgttttgtctgcatg
tatgtatgtacaccatatgcatgcttagtgcctatagaggtcagaagagg
gcatcggatcccttgaaagtagagttggggagccattgcatggatactga
aactcaaactcctgagcctctgcaagagcaaccgttgagccatctctcca
gctccaaggttttattgtttcaaaagaagcattttttaatttaatttaat
tttttttttttttttggtctaaaggaagaaaatggtacgcttggaggagg
tggggaagatggggagaggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_40355171_40356214
seq2: B6Ng01-195O05.b_91_1155

seq1  CAGTGAGTTAAAGGTTAAAGGAGAGAACAAGGTGGGCCTGGTAACCAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGTTAAAGGTTAAAGGAGAGAACAAGGTGGGCCTGGTAACCAGCA  50

seq1  TGGAGGCCAGAGGGCTCAGGCTGAGTAAAGGAGAAAGGAGAGGAAGCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGCCAGAGGGCTCAGGCTGAGTAAAGGAGAAAGGAGAGGAAGCTGA  100

seq1  AGTCAGAGAGACAGCAACCCAGCTGGACACACCTCTGAAAGCCCTGGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGAGAGACAGCAACCCAGCTGGACACACCTCTGAAAGCCCTGGAGA  150

seq1  AAGAGGATGCCCTGAGGGCTGAGGACAGAGGATTACTAAGACAGGATGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGATGCCCTGAGGGCTGAGGACAGAGGATTACTAAGACAGGATGTT  200

seq1  TTCCACAGTCTGGTTACTGTATCAAAAACAGATGGAAAGGCTCAGGTAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACAGTCTGGTTACTGTATCAAAAACAGATGGAAAGGCTCAGGTAGC  250

seq1  TCAGTTAGTAAAGTGACTGACTGGCAAGCGTGAAGACCTGAATTCAGTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTAGTAAAGTGACTGACTGGCAAGCGTGAAGACCTGAATTCAGTCC  300

seq1  CCAGAATCCACATAGAAAAGCCAGGAGCAGCCGCATATGCTTGCAATCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAATCCACATAGAAAAGCCAGGAGCAGCCGCATATGCTTGCAATCCC  350

seq1  AGGACTGGACAGAGACAGGTAGGTCATTGTCTCACTCGAAGGTCAGTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTGGACAGAGACAGGTAGGTCATTGTCTCACTCGAAGGTCAGTCTA  400

seq1  GCCTACTCGAGTAAGAGACCCTGTCTCAAAGACCAAGGCAGAAAGCTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACTCGAGTAAGAGACCCTGTCTCAAAGACCAAGGCAGAAAGCTCCT  450

seq1  GTGGAACAACACCTGAAATCGTCTCGACCTCCACATGTATGCATACACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAACAACACCTGAAATCGTCTCGACCTCCACATGTATGCATACACAC  500

seq1  CTGTGCTGGCACATACATACATACAAATGCAAAAGCAAAACAGATGGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTGGCACATACATACATACAAATGCAAAAGCAAAACAGATGGATG  550

seq1  AGCGCACAAGACAACAAAGCTAGGCACCCGTGAACTGTTCAAGCAGTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGCACAAGACAACAAAGCTAGGCACCCGTGAACTGTTCAAGCAGTGGT  600

seq1  TCTCAACCCGTGGGGCCCAACCCCTGGGGAGGGTCAAATGACCCTTTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAACCCGTGGGGCCCAACCCCTGGGGAGGGTCAAATGACCCTTTCAT  650

seq1  AAAGGCTGCCTAAGACCATTGGAAAACACACAGATATTATAGTGTGATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTGCCTAAGACCATTGGAAAACACACAGATATTATAGTGTGATTA  700

seq1  ATAAATTAAAATTAAAGTTATAAAGTAGCAACAAACATAATTTTATGGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTAAAATTAAAGTTATAAAGTAGCAACAAACATAATTTTATGGTT  750

seq1  GGGGGGGTCACCACAACATGAACTGTATTAACGGTTG-TTAGGGAGGTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGGGGGGTCACCACAACATGAACTGTATTAACGGTTGTTTAGGGAGGTTG  800

seq1  AGAATCATTGTGTCAGAGTAAC-TCAGGTGAAAGACCATCAA-TGACTTG  847
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGAATCATTGTGTCAGAGTAACTTCAGGTGAAAGACCATCAATTGACTTG  850

seq1  GATACAGGGTAGGAACAGAGGCATCTGA-TTAGTGCCTAGATTCTTCCTT  896
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGGGTAGGAACAGAGGCATCTGATTTAGTGCCTAGATTCTTCCTT  900

seq1  TA-TTTTAAAG-CACTTGCTGATAGGAGGAAAAGCACA-GGAGA-CCTGT  942
      || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  TATTTTTAAAGCCACTTGCTGATAGGAGGAAAAGCACAGGGAGACCCTGT  950

seq1  CAGGGATGAG-TCTGGCTTGG-CCA-TGGTAAGGAAAGTGCT--CCCTTA  987
      |||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||
seq2  CAGGGATGAGTTCTGGCTTGGTCCATTGGTAAGGAAAGTGCTTCCCCTTA  1000

seq1  --CACCCTGAACAGAG-CCAGC-AGGGCATG-GGCCTCCACGTGTG--TT  1030
         ||||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||  ||
seq2  ACAACCCTGAACAGAGCCCAGCAAGGGCATGTGCCCTCCACGTGTGGTTT  1050

seq1  GATG-CTTGTTATGG  1044
      |||| || |||||||
seq2  GATGCCTAGTTATGG  1065

seq1: chr19_40501366_40501986
seq2: B6Ng01-195O05.g_63_683 (reverse)

seq1  TCCCTCTCCCCATCTTCCCCACCTCCTCCAAGCGTACCATTTTCTTCCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTCCCCATCTTCCCCACCTCCTCCAAGCGTACCATTTTCTTCCTT  50

seq1  TAGACCAAAAAAAAAAAAAAAATTAAATTAAATTAAAAAATGCTTCTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCAAAAAAAAAAAAAAAATTAAATTAAATTAAAAAATGCTTCTTTT  100

seq1  GAAACAATAAAACCTTGGAGCTGGAGAGATGGCTCAACGGTTGCTCTTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAATAAAACCTTGGAGCTGGAGAGATGGCTCAACGGTTGCTCTTGC  150

seq1  AGAGGCTCAGGAGTTTGAGTTTCAGTATCCATGCAATGGCTCCCCAACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTCAGGAGTTTGAGTTTCAGTATCCATGCAATGGCTCCCCAACTC  200

seq1  TACTTTCAAGGGATCCGATGCCCTCTTCTGACCTCTATAGGCACTAAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTCAAGGGATCCGATGCCCTCTTCTGACCTCTATAGGCACTAAGCA  250

seq1  TGCATATGGTGTACATACATACATGCAGACAAAACACTCACTGAGTAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATGGTGTACATACATACATGCAGACAAAACACTCACTGAGTAAAT  300

seq1  CTAACACGCATGCACGTACGCACACACATGCACACATTTCACTTTCCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACACGCATGCACGTACGCACACACATGCACACATTTCACTTTCCACT  350

seq1  GTTTATTTACTTCCATTCCTTTTAGGTCTCAAATCCTGGGCAAATGGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTTACTTCCATTCCTTTTAGGTCTCAAATCCTGGGCAAATGGCTG  400

seq1  AGGTGCCTATAGTGGACCTGGCTAGTCTCCCAGCATCCCTCAGTCCCTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCCTATAGTGGACCTGGCTAGTCTCCCAGCATCCCTCAGTCCCTAC  450

seq1  CTGTTACAGCATATGGCTGGCATACCCTTCCCTATATAATCCAGCCATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTACAGCATATGGCTGGCATACCCTTCCCTATATAATCCAGCCATCT  500

seq1  TGGTTATCCAGTCCCTTTGTCTATCCTTTCACTCTTGGTCTCTTGGTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTATCCAGTCCCTTTGTCTATCCTTTCACTCTTGGTCTCTTGGTCTC  550

seq1  CTGGCTCTTCCCCTCTCCTCTTCCCTCTCTCCTCACATGGCTCAGCTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCTTCCCCTCTCCTCTTCCCTCTCTCCTCACATGGCTCAGCTCAG  600

seq1  GGCCCTGTTCACTCTGAATTC  621
      |||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTGTTCACTCTGAATTC  621