BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-200J20
Chromosome19 (Build37)
Map Location 50,552,466 - 50,744,087
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSorcs1
Upstream geneLOC629448, Siah1-ps1, EG433251
Downstream geneLOC100042924
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-200J20.bB6Ng01-200J20.g
ACCGA021626GA021627
length2171,020
definitionB6Ng01-200J20.b B6Ng01-200J20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,552,466 - 50,552,682)(50,743,075 - 50,744,087)
sequence
tcatatatggatttcattatttcaagagtctgccattaaatcataaactc
agtagaagcaacgatgttttcagttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgcatagttgtgtgtgctatgcggatgtgttcatgtagatgtgg
atgtgaataggacaggaggtttgacctgcaaacatgcaatgttaggtatc
ttgtaccattgtgctcc

gaattcccaggtgagaggtagatgctggcgtctctgcattgtgacaagtc
ccttggaaatttgtccaacttggacactgtttgtttagaagcatgtgaat
tttagggtctgtggagctcttttctgtccctacaattatattttttgtta
gcatgccatgttttcccatgaagaactgaggcatgtagattttgaaatct
ccttaatggaaattcctggtacttgagataaggtgggaggccttgctgat
cacatgggatggcacaacctccctagtattactaggaaattgttttcctt
cctcaatgcaacctggatcagaaatgtactggaaggggcaaaatgttgca
cataagcctatgtgacttaaagagatctaacctagagagattgttttaat
ttcttgctttattatctggtacatatgttaatttataattatctggtaca
tgtattaatttggcaaaggatacagttctgtgcttttgccttcctttaaa
atgtgaataataatgaacattttttaaatttttaaataattgtttttggt
tttatgagattaatgtaattgcattagttcttcctatatagacaggtgat
aattaaaagtgattataaatattaacaatgtgtaaagcagcctctagtac
atactatgcaaccagtaagggttactaatgtcactatcattatcattatg
gtttggttactattactcttagtattaaataacgcctaagtatagcatac
tagaagatgcttataaataggtttcattgtaatattgccttttctcccca
tgttaatcatttaattacatttatgtttgtatgcacacgtgtttacatat
gtgcaggtcagaggacaatttagaggattcagctttctccttctaccatt
ggaacttgggaactgaacttcagggtgtcagggctggcagtagtcatctt
cacttgtgagaaggacttaccagccccatggtttttggactcccagttcc
ttactggatatgatgtctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_50552466_50552682
seq2: B6Ng01-200J20.b_54_270

seq1  TCATATATGGATTTCATTATTTCAAGAGTCTGCCATTAAATCATAAACTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATATGGATTTCATTATTTCAAGAGTCTGCCATTAAATCATAAACTC  50

seq1  AGTAGAAGCAACGATGTTTTCAGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAAGCAACGATGTTTTCAGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  100

seq1  TGTGTGTGCATAGTTGTGTGTGCTATGCGGATGTGTTCATGTAGATGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGCATAGTTGTGTGTGCTATGCGGATGTGTTCATGTAGATGTGG  150

seq1  ATGTGAATAGGACAGGAGGTTTGACCTGCAAACATGCAATGTTAGGTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAATAGGACAGGAGGTTTGACCTGCAAACATGCAATGTTAGGTATC  200

seq1  GTGTACCATTGTGCTCC  217
       ||||||||||||||||
seq2  TTGTACCATTGTGCTCC  217


seq1: chr19_50743075_50744087
seq2: B6Ng01-200J20.g_68_1087 (reverse)

seq1  TCAGACATCATA-CCAGTAAAGGAACT-GGAGT-CAAAAACCATGGGGCT  47
      |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  TCAGACATCATATCCAGT-AAGGAACTGGGAGTCCAAAAACCATGGGGCT  49

seq1  GGTAAGTCC-TCTCAACAGGTGAAGATGACTACTGCCAGCCCTGACACCC  96
      ||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGTCCTTCTC-ACAAGTGAAGATGACTACTGCCAGCCCTGACACCC  98

seq1  TGAGGTTCAGTTCCCAAG-TCCAATGGTAGAAGGAGAAAACTGAATCCTC  145
      ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGAAGTTCAGTTCCCAAGTTCCAATGGTAGAAGGAGAAAGCTGAATCCTC  148

seq1  TAAATTGTCCTCTGACCTGCACATATGTAAACACGTGTGCATACAAACAT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTGTCCTCTGACCTGCACATATGTAAACACGTGTGCATACAAACAT  198

seq1  AAATGTAATTAAATGATTAACATGGGGAG-AAAGGCAATATTACAATG-A  243
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  AAATGTAATTAAATGATTAACATGGGGAGAAAAGGCAATATTACAATGAA  248

seq1  ACCTA-TTATAAGCATCTTCTAGTATGCTATACTTAGGCGTTA-TTAATA  291
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACCTATTTATAAGCATCTTCTAGTATGCTATACTTAGGCGTTATTTAATA  298

seq1  CTAAGAGTAATAGTAACCAAACCATAATGATAATGATAGTGACATTAGTA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAGTAATAGTAACCAAACCATAATGATAATGATAGTGACATTAGTA  348

seq1  ACCCTTACTGGTTGCATAGTATGTACTAGAGGCTGCTTTACACATTGTTA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTACTGGTTGCATAGTATGTACTAGAGGCTGCTTTACACATTGTTA  398

seq1  ATATTTATAATCACTTTTAATTATCACCTGTCTATATAGGAAGAACTAAT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTATAATCACTTTTAATTATCACCTGTCTATATAGGAAGAACTAAT  448

seq1  GCAATTACATTAATCTCATAAAACCAAAAACAATTATTTAAAAATTTAAA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTACATTAATCTCATAAAACCAAAAACAATTATTTAAAAATTTAAA  498

seq1  AAATGTTCATTATTATTCACATTTTAAAGGAAGGCAAAAGCACAGAACTG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTCATTATTATTCACATTTTAAAGGAAGGCAAAAGCACAGAACTG  548

seq1  TATCCTTTGCCAAATTAATACATGTACCAGATAATTATAAATTAACATAT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTTTGCCAAATTAATACATGTACCAGATAATTATAAATTAACATAT  598

seq1  GTACCAGATAATAAAGCAAGAAATTAAAACAATCTCTCTAGGTTAGATCT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCAGATAATAAAGCAAGAAATTAAAACAATCTCTCTAGGTTAGATCT  648

seq1  CTTTAAGTCACATAGGCTTATGTGCAACATTTTGCCCCTTCCAGTACATT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGTCACATAGGCTTATGTGCAACATTTTGCCCCTTCCAGTACATT  698

seq1  TCTGATCCAGGTTGCATTGAGGAAGGAAAACAATTTCCTAGTAATACTAG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATCCAGGTTGCATTGAGGAAGGAAAACAATTTCCTAGTAATACTAG  748

seq1  GGAGGTTGTGCCATCCCATGTGATCAGCAAGGCCTCCCACCTTATCTCAA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTTGTGCCATCCCATGTGATCAGCAAGGCCTCCCACCTTATCTCAA  798

seq1  GTACCAGGAATTTCCATTAAGGAGATTTCAAAATCTACATGCCTCAGTTC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCAGGAATTTCCATTAAGGAGATTTCAAAATCTACATGCCTCAGTTC  848

seq1  TTCATGGGAAAACATGGCATGCTAACAAAAAATATAATTGTAGGGACAGA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGGAAAACATGGCATGCTAACAAAAAATATAATTGTAGGGACAGA  898

seq1  AAAGAGCTCCACAGACCCTAAAATTCACATGCTTCTAAACAAACAGTGTC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGCTCCACAGACCCTAAAATTCACATGCTTCTAAACAAACAGTGTC  948

seq1  CAAGTTGGACAAATTTCCAAGGGACTTGTCACAATGCAGAGACGCCAGCA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGGACAAATTTCCAAGGGACTTGTCACAATGCAGAGACGCCAGCA  998

seq1  TCTACCTCTCACCTGGGAATTC  1013
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTCTCACCTGGGAATTC  1020


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |