BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202I18
Chromosome19 (Build37)
Map Location 25,016,636 - 25,188,619
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCbwd1, Dock8, LOC100042503
Upstream geneApba1, Gm967, 1700021P04Rik, Tjp2, Fxn, LOC667743, Pip5k1b, LOC100042457, 2900009I07Rik, E030010A14Rik, Pgm5, LOC672195, Foxd4
Downstream geneAnkrd15, LOC433233, LOC383474, Dmrt1, Dmrt3, Dmrt2, EG667806, 1700048O14Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202I18.bB6Ng01-202I18.g
ACCGA023012GA023013
length1,0741,131
definitionB6Ng01-202I18.b B6Ng01-202I18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,016,636 - 25,017,705)(25,187,496 - 25,188,619)
sequence
gaattcccaatttcataaatgaaagaacctaatggtcacattcatagata
aagtcctgctacttaccccaatacaaatatttctaattctttttgtctga
aggagactggcagaattactatattcagttactctgctaattaaccttca
actatttgtatagcacataagaaataacactgctcacattttcaaaagaa
agcaggtcaatgaaatgtgcaagaggcagtttttaaggaagcaaattaac
tatcttcaattccaaaggggcatgagaacaaaacgcttctaaatgttaga
ctcttctaaattcataaagatcaggtaagtcttatgtctaccattcattt
tatcccacaatataaatggcttaaataaaatgctagtcatgggtccatga
ggggtagacagtaataatgtgtggaaggaaaaggaaacaaatttgtctta
actatctttcttttttttccgtttgtttttatgttacttctattttctaa
caggttggtaattaatataagctttaaatatgaatacctagtagcttcat
tgacaaggccatcaggtttttcttcagttaaatgctgaacaaaacaaaat
ttaaaagaattactataatacaatacaaaaatctaatatcaacacaaagg
attttattttaaagctacctatcttgtcttaatgagactttaagttctat
tcctaaatacaaatttacagaagacttttggtttagttagttgctacaca
gaattgatttagaaggccattcaccttttcacctctgaaagcaacccctc
tctcaatagtagttatatcctgaagtcatctatgctagcataaaagggtt
accagaggttgtcttttgcaaattcatgttttcaaccacatgactctcaa
cagagactcccgatcacaagaaaaatctggctactaaggcgatagacaac
tagattatattaacacttcacattttaatggaccttatatatacttatta
attttgcaacattttaactcgtttaggcatatgactatataatatataat
atatatgtcatacatcatatatat
gaattcttttaaaccctggagtgctccgattttcatgtttagattaattg
atagccactgatcatcctttaatgctgtgcttggaggactgatgagctag
ggtttgaaaatgctttgaagcagctggatgaagggcgtgtaagtcactct
agcagtggcctgctggactggacagtgtggttcgctgttaccactctcgt
ctttgaccccagtaagcaggcaccacagacctgtcccctatgacccaaca
ccagtcaactgttttgcacagtgcttctgaaggggttgctagaccttttc
gagtgtcaccagcatacctgtcaaggttatgttgatactgtctgcacaca
cacaacagaagaaaaagtcttagagaatttggtttaatatccctttttgc
agaccatgaaaccgactcccagaaaagtagagtgagtttgcctaaaatgt
ttttgagaagattgttttcctaaggaccaccatattccttactgacaaga
atgctaagtaatgtctttggcagattagcatctcttacagaatgaacaga
agagaataatgctttccttttgacagggaagatctctatgtctagtctgt
aatccagagcttgtatcagagaagagtaatcttagtcaactggtcaacag
actcatgtaatttatagtataagttagtattaaggaaaattgtaaaaatt
acattattgaagagcctgtaagaagacagtccatattgtaaacaggaatc
actcatatgaagaatgaagctgttttgacaggttctgtaataactagagg
cctcatgaatgtgcaaggcatctgagcctcatcttatttttttttaatca
catttggagaaatgtaatcaagagatgttttttacttatatgcatcccag
cttagagaaaggagaaagttgggatgttacccttccaaagagtgttttaa
gcatccttcagatgggattctcttgattagcagctctatagggttgttaa
ttcttcccacagatttcaggaatatgccatttaatatactatgactgtgt
gtggagagcccatgagcatcgcatcatggagccctccgctggtgccttac
tgtaaccaagtaatgtggcgcaagtgcaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_25016636_25017705
seq2: B6Ng01-202I18.b_44_1117

seq1  GAATTCCCAATTTCATAAATGAAAGAACCTAATGGTCACATTCATAGATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAATTTCATAAATGAAAGAACCTAATGGTCACATTCATAGATA  50

seq1  AAGTCCTGCTACTTACCCCAATACAAATATTTCTAATTCTTTTTGTCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCTGCTACTTACCCCAATACAAATATTTCTAATTCTTTTTGTCTGA  100

seq1  AGGAGACTGGCAGAATTACTATATTCAGTTACTCTGCTAATTAACCTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGACTGGCAGAATTACTATATTCAGTTACTCTGCTAATTAACCTTCA  150

seq1  ACTATTTGTATAGCACATAAGAAATAACACTGCTCACATTTTCAAAAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTGTATAGCACATAAGAAATAACACTGCTCACATTTTCAAAAGAA  200

seq1  AGCAGGTCAATGAAATGTGCAAGAGGCAGTTTTTAAGGAAGCAAATTAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGTCAATGAAATGTGCAAGAGGCAGTTTTTAAGGAAGCAAATTAAC  250

seq1  TATCTTCAATTCCAAAGGGGCATGAGAACAAAACGCTTCTAAATGTTAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTCAATTCCAAAGGGGCATGAGAACAAAACGCTTCTAAATGTTAGA  300

seq1  CTCTTCTAAATTCATAAAGATCAGGTAAGTCTTATGTCTACCATTCATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTAAATTCATAAAGATCAGGTAAGTCTTATGTCTACCATTCATTT  350

seq1  TATCCCACAATATAAATGGCTTAAATAAAATGCTAGTCATGGGTCCATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCACAATATAAATGGCTTAAATAAAATGCTAGTCATGGGTCCATGA  400

seq1  GGGGTAGACAGTAATAATGTGTGGAAGGAAAAGGAAACAAATTTGTCTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAGACAGTAATAATGTGTGGAAGGAAAAGGAAACAAATTTGTCTTA  450

seq1  ACTATCTTTCTTTTTTTTCCGTTTGTTTTTATGTTACTTCTATTTTCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTTTCTTTTTTTTCCGTTTGTTTTTATGTTACTTCTATTTTCTAA  500

seq1  CAGGTTGGTAATTAATATAAGCTTTAAATATGAATACCTAGTAGCTTCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTGGTAATTAATATAAGCTTTAAATATGAATACCTAGTAGCTTCAT  550

seq1  TGACAAGGCCATCAGGTTTTTCTTCAGTTAAATGCTGAACAAAACAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAGGCCATCAGGTTTTTCTTCAGTTAAATGCTGAACAAAACAAAAT  600

seq1  TTAAAAGAATTACTATAATACAATACAAAAATCTAATATCAACACAAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGAATTACTATAATACAATACAAAAATCTAATATCAACACAAAGG  650

seq1  ATTTTATTTTAAAGCTACCTATCTTGTCTTAATGAGACTTTAAGTTCTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTTTAAAGCTACCTATCTTGTCTTAATGAGACTTTAAGTTCTAT  700

seq1  TCCTAAATACAAATTTACAGAAGACTTTTGGTTTAGTTAGTTGCTACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAATACAAATTTACAGAAGACTTTTGGTTTAGTTAGTTGCTACACA  750

seq1  GAATTGATTTAGAAGGCCATTCACCTTTTCACCTCTGAAAGCAACCCCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGATTTAGAAGGCCATTCACCTTTTCACCTCTGAAAGCAACCCCTC  800

seq1  TCTCAATAGTAGTTATATCCTGAAGTCATCTATGCTAGCATAAAAGGGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATAGTAGTTATATCCTGAAGTCATCTATGCTAGCATAAAAGGGTT  850

seq1  ACCAGAGGTTGTCTTTTGCAAATTCATGTTTTCAACCACATGACTCTCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAGGTTGTCTTTTGCAAATTCATGTTTTCAACCACATGACTCTCAA  900

seq1  CAGAGACTCCCGATCACAAGAAAAATCTGGCTACTAAGGGCGATAGACAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAGAGACTCCCGATCACAAGAAAAATCTGGCTACTAA-GGCGATAGACAA  949

seq1  CTAGATTATATTAACACTTCACATTTTAATGGACCTTTATATATACTTAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTAGATTATATTAACACTTCACATTTTAATGGACC-TTATATATACTTAT  998

seq1  TTAATTTTTGCAACATTTTAACTCGTTTAGGCATTATGACTATAT-ATAT  1049
      |  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  T--AATTTTGCAACATTTTAACTCGTTTAGGCA-TATGACTATATAATAT  1045

seq1  AT-ATATATATG-------TTATATATAT  1070
      || |||||||||       | ||||||||
seq2  ATAATATATATGTCATACATCATATATAT  1074

seq1: chr19_25187496_25188619
seq2: B6Ng01-202I18.g_62_1192 (reverse)

seq1  TCTTGCACCTGCG-CACATTACTTGTTTACCAGTTAGGCA-CAGCGGA-G  47
      |||||||| |||| ||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||| |
seq2  TCTTGCACTTGCGCCACATTACTTGGTTA-CAGTAAGGCACCAGCGGAGG  49

seq1  GCT-CATGATGGCGATTGCTCAT-GGCTCTCCACACACAGTCATAAGTAT  95
      ||| |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCTCCATGAT-GCGA-TGCTCATGGGCTCTCCACACACAGTCAT-AGTAT  96

seq1  A-TAAATGGCATATTCCTG-AATCTGTGGGAAGAATTAACAA-CCTATAG  142
      | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATTAAATGGCATATTCCTGAAATCTGTGGGAAGAATTAACAACCCTATAG  146

seq1  AGCTGCTAATCAAGAGAAT-CCATCTGAAGGATGCTTAAAACACTCTTTG  191
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCTAATCAAGAGAATCCCATCTGAAGGATGCTTAAAACACTCTTTG  196

seq1  GAAGGGTAACAT-CCAACTTTCTCC-TTCTCTAAGCTGGGATGCATATAA  239
      |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGTAACATCCCAACTTTCTCCTTTCTCTAAGCTGGGATGCATATAA  246

seq1  GTAAAAAACATCTCTTTGATTACATTTCTCCAAATGTGATT-AAAAAAAA  288
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTAAAAAACATCTC-TTGATTACATTTCTCCAAATGTGATTAAAAAAAAA  295

seq1  TAAGATGAGGCTCAGATGCCTTGCACATTCATGAGGCCTCTAGTTATTAC  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATGAGGCTCAGATGCCTTGCACATTCATGAGGCCTCTAGTTATTAC  345

seq1  AGAACCTGTCAAAACAGCTTCATTCTTCATATGAGTGATTCCTGTTTACA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCTGTCAAAACAGCTTCATTCTTCATATGAGTGATTCCTGTTTACA  395

seq1  ATATGGACTGTCTTCTTACAGGCTCTTCAATAATGTAATTTTTACAATTT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGACTGTCTTCTTACAGGCTCTTCAATAATGTAATTTTTACAATTT  445

seq1  TCCTTAATACTAACTTATACTATAAATTACATGAGTCTGTTGACCAGTTG  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAATACTAACTTATACTATAAATTACATGAGTCTGTTGACCAGTTG  495

seq1  ACTAAGATTACTCTTCTCTGATACAAGCTCTGGATTACAGACTAGACATA  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGATTACTCTTCTCTGATACAAGCTCTGGATTACAGACTAGACATA  545

seq1  GAGATCTTCCCTGTCAAAAGGAAAGCATTATTCTCTTCTGTTCATTCTGT  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCTTCCCTGTCAAAAGGAAAGCATTATTCTCTTCTGTTCATTCTGT  595

seq1  AAGAGATGCTAATCTGCCAAAGACATTACTTAGCATTCTTGTCAGTAAGG  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGATGCTAATCTGCCAAAGACATTACTTAGCATTCTTGTCAGTAAGG  645

seq1  AATATGGTGGTCCTTAGGAAAACAATCTTCTCAAAAACATTTTAGGCAAA  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGGTGGTCCTTAGGAAAACAATCTTCTCAAAAACATTTTAGGCAAA  695

seq1  CTCACTCTACTTTTCTGGGAGTCGGTTTCATGGTCTGCAAAAAGGGATAT  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTCTACTTTTCTGGGAGTCGGTTTCATGGTCTGCAAAAAGGGATAT  745

seq1  TAAACCAAATTCTCTAAGACTTTTTCTTCTGTTGTGTGTGTGCAGACAGT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCAAATTCTCTAAGACTTTTTCTTCTGTTGTGTGTGTGCAGACAGT  795

seq1  ATCAACATAACCTTGACAGGTATGCTGGTGACACTCGAAAAGGTCTAGCA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACATAACCTTGACAGGTATGCTGGTGACACTCGAAAAGGTCTAGCA  845

seq1  ACCCCTTCAGAAGCACTGTGCAAAACAGTTGACTGGTGTTGGGTCATAGG  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTTCAGAAGCACTGTGCAAAACAGTTGACTGGTGTTGGGTCATAGG  895

seq1  GGACAGGTCTGTGGTGCCTGCTTACTGGGGTCAAAGACGAGAGTGGTAAC  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGGTCTGTGGTGCCTGCTTACTGGGGTCAAAGACGAGAGTGGTAAC  945

seq1  AGCGAACCACACTGTCCAGTCCAGCAGGCCACTGCTAGAGTGACTTACAC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAACCACACTGTCCAGTCCAGCAGGCCACTGCTAGAGTGACTTACAC  995

seq1  GCCCTTCATCCAGCTGCTTCAAAGCATTTTCAAACCCTAGCTCATCAGTC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTCATCCAGCTGCTTCAAAGCATTTTCAAACCCTAGCTCATCAGTC  1045

seq1  CTCCAAGCACAGCATTAAAGGATGATCAGTGGCTATCAATTAATCTAAAC  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGCACAGCATTAAAGGATGATCAGTGGCTATCAATTAATCTAAAC  1095

seq1  ATGAAAATCGGAGCACTCCAGGGTTTAAAAGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAATCGGAGCACTCCAGGGTTTAAAAGAATTC  1131