BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-206L11
Chromosome19 (Build37)
Map Location 54,746,650 - 54,883,427
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043004
Upstream geneRbm20, LOC100042979, Pdcd4, 2310002J21Rik, Shoc2, Adra2a
Downstream geneGpam, Tectb, Gucy2g, Acsl5, Zdhhc6, Vti1a, LOC100043479, Tcf7l2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-206L11.bB6Ng01-206L11.g
ACCGA026063GA026064
length1,1641,168
definitionB6Ng01-206L11.b B6Ng01-206L11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,746,650 - 54,747,815)(54,882,258 - 54,883,427)
sequence
gaattcaagtcaagagagtatagccagacacactgtttgctaagtttggg
ccttaaaagcagcaaatctttcttcacatgttcatcagttgcatagtaag
ttagaaagtagtatcagggttcctgaagtaaagtgcaattgatgagccta
ggtttcttcaactctgtgcaatgaatgtctagcccattccatcttattgg
actccacatgaaggaggcattagctggaatacagcagtcctctagtttat
gtgactgctgtgttgctttgtacagtgcctcatgtgtgctaccctgagtt
actcctgctatctcatggccatgcacctctgaagtgcttttgtttgctgt
agtactggaggtacaattctggaggtatgctcacattaacagacaaaaat
gcacagacatctgtgtctctttactttcttatcttactggatatgtttac
atttccaatataatgatgaaaatattgatagcaggcacactactgctttc
aagttcttaaataatgggctttttgttctattctgggctgttgtatggta
ttgagttttgtaacactgcattaaaaagcttcactaattagtatatatat
atatatataatgaaaaacctcatctgtctttattatatatgtttatacat
tattctatattagttgatggaatggaataacagatttttctgatttgaac
ttgtggctaattccccaatacctctttcagttttattataatactcttgg
ttgaattctacttgaaaaataacacattaaactattgttctgctacagga
acatacactgaaatgactcttacagcattctgctctactcataggtgagt
gcattgctcagtcatgatgagagaagcatcctcgtgtagtaggtggaaac
aatgcagagaactacaagtggacagaggccacagtgtgaaggccttggtg
aaactctgtcctgatggaatgtctctataaaacaccaccttctcaggagc
tttcagagaggagtcaatttatttgttcagagagatcgatgacacccaag
aaagactgcttacaacagagcagactgatgcatataatggactcccaaaa
gaactggtggagattgctcagtgttctgccagccttggacccagcaaatc
tcaggctaagaggg
gaattcactgcttcagagtgtgataaatagcccacattttcagttgacat
agcaaaaacaaaggcagaaaccaatatcctggttctgctcgctgctctat
tccctattgttttcctaccaggctgctttcttgctaggccttcttcctgc
agtactcactaagtgcaagcaaccctccttccacaacactgcaatcaatc
ttacccataatgtttacctctagttacagctctcccctgcagggccttct
gagaagaattattatttcagttttccaaaggcattttttccattattatt
attatttatttatttggcaattctaggagttgagcaaaaaccaataattc
ctgacagctctctgagcaacatctagaaaggcagtgaagtatcttttgga
caccaagaactgtctgaagactaaataagtagtctgtctggcacatagct
gaaagctatttttaaagtctgtatacgcacctttgtgattagtaattact
tgaaaggtgtcactaaatttggagtagttcttcttcttatgcaatttctc
tgctgacagtgtgaacttagcacattaatctggtaacctgatggaaatct
aatgagtcaaagccaagctatttcctcatctctgtgtagtacttcctgtg
accctggagaatcaagggtcaacagaggctagagcgggacccctgtaccc
gacctgtgtgctgtcaaggaaagtcagaaccatctcaggacctacagtga
tcattcacttaatttgtttgtctgtctgtccttccctctcctgcttacct
atggagacctcttcctcaccgttgtcttgtggtttttctgggaggaattt
gacccaggtctgatcaccaacatttacctctactctatggacatggacat
ggttgtataagccaggccgactgataagtgtaaaactctatggtttcggc
tggaactttggtgactctatttcttgttggaatccaagaacattcttgga
tgtatggtaaggtcacccccagatacctttgttttattcaagagaggaat
attctaaaattaagcaacaagaagacacagtgaaatgatactggctgtct
tgatatgttagcatattgcaagtcagcctaatttccttatttatttgccc
accttaactggtgttttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_54746650_54747815
seq2: B6Ng01-206L11.b_44_1207

seq1  GAATTCAAGTCAAGAGAGTATAGCCAGACACACTGTTTGCTAAGTTTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTCAAGAGAGTATAGCCAGACACACTGTTTGCTAAGTTTGGG  50

seq1  CCTTAAAAGCAGCAAATCTTTCTTCACATGTTCATCAGTTGCATAGTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAAAGCAGCAAATCTTTCTTCACATGTTCATCAGTTGCATAGTAAG  100

seq1  TTAGAAAGTAGTATCAGGGTTCCTGAAGTAAAGTGCAATTGATGAGCCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAAGTAGTATCAGGGTTCCTGAAGTAAAGTGCAATTGATGAGCCTA  150

seq1  GGTTTCTTCAACTCTGTGCAATGAATGTCTAGCCCATTCCATCTTATTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTTCAACTCTGTGCAATGAATGTCTAGCCCATTCCATCTTATTGG  200

seq1  ACTCCACATGAAGGAGGCATTAGCTGGAATACAGCAGTCCTCTAGTTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCACATGAAGGAGGCATTAGCTGGAATACAGCAGTCCTCTAGTTTAT  250

seq1  GTGACTGCTGTGTTGCTTTGTACAGTGCCTCATGTGTGCTACCCTGAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTGCTGTGTTGCTTTGTACAGTGCCTCATGTGTGCTACCCTGAGTT  300

seq1  ACTCCTGCTATCTCATGGCCATGCACCTCTGAAGTGCTTTTGTTTGCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTGCTATCTCATGGCCATGCACCTCTGAAGTGCTTTTGTTTGCTGT  350

seq1  AGTACTGGAGGTACAATTCTGGAGGTATGCTCACATTAACAGACAAAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTGGAGGTACAATTCTGGAGGTATGCTCACATTAACAGACAAAAAT  400

seq1  GCACAGACATCTGTGTCTCTTTACTTTCTTATCTTACTGGATATGTTTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGACATCTGTGTCTCTTTACTTTCTTATCTTACTGGATATGTTTAC  450

seq1  ATTTCCAATATAATGATGAAAATATTGATAGCAGGCACACTACTGCTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCAATATAATGATGAAAATATTGATAGCAGGCACACTACTGCTTTC  500

seq1  AAGTTCTTAAATAATGGGCTTTTTGTTCTATTCTGGGCTGTTGTATGGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCTTAAATAATGGGCTTTTTGTTCTATTCTGGGCTGTTGTATGGTA  550

seq1  TTGAGTTTTGTAACACTGCATTAAAAAGCTTCACTAATTAGTATATATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTTTGTAACACTGCATTAAAAAGCTTCACTAATTAGTATATATAT  600

seq1  ATATATATAATGAAAAACCTCATCTGTCTTTATTATATATGTTTATACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATAATGAAAAACCTCATCTGTCTTTATTATATATGTTTATACAT  650

seq1  TATTCTATATTAGTTGATGGAATGGAATAACAGATTTTTCTGATTTGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTATATTAGTTGATGGAATGGAATAACAGATTTTTCTGATTTGAAC  700

seq1  TTGTGGCTAATTCCCCAATACCTCTTTCAGTTTTATTATAATACTCTTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGCTAATTCCCCAATACCTCTTTCAGTTTTATTATAATACTCTTGG  750

seq1  TTGAATTCTACTTGAAAAATAACACATTAAACTATTGTTCTGCTACAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTCTACTTGAAAAATAACACATTAAACTATTGTTCTGCTACAGGA  800

seq1  ACATACACTGAAATGACTCTTACAGCATTCTGCTCTACTCATAGGTGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACACTGAAATGACTCTTACAGCATTCTGCTCTACTCATAGGTGAGT  850

seq1  GCATTGCTCAGTCATGATGAGAGAAGCATCCTCGTGTAGTAGGTGGAAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGCTCAGTCATGATGAGAGAAGCATCCTCGTGTAGTAGGTGGAAAC  900

seq1  AAATGCAGAGAACTACAAGTGGACAGAGGCCACAGTGTGAAGGCCTTGG-  949
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  -AATGCAGAGAACTACAAGTGGACAGAGGCCACAGTGTGAAGGCCTTGGT  949

seq1  GAAACTCTGTCCTGATGGAATGTCTCTATAAAACACCACC-TCTCAGGGA  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  GAAACTCTGTCCTGATGGAATGTCTCTATAAAACACCACCTTCTCA-GGA  998

seq1  GCTTTCAAGAAGAGGAGGTCAATTTATT--GTCAGAGAGGATCGATGACA  1046
      |||||||   |||||| |||||||||||   ||||||| |||||||||||
seq2  GCTTTCA--GAGAGGA-GTCAATTTATTTGTTCAGAGA-GATCGATGACA  1044

seq1  CCCAAGAAAGACTGCTTACAACAGAGCAGGACTGATGCATAT-ATGGACT  1095
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  CCCAAGAAAGACTGCTTACAACAGAGCA-GACTGATGCATATAATGGACT  1093

seq1  CCCAGA--GACTGTGGCAGAATGCTCAGTG-TCTGCCCAGGCTTGAGCCA  1142
      |||| |   ||||  | ||| ||||||||| |||| |||| ||||  || 
seq2  CCCAAAAGAACTGGTGGAGATTGCTCAGTGTTCTG-CCAGCCTTGGACCC  1142

seq1  GGCAGAATCTCAGGGCTAAGAGGG  1166
       ||| ||||||| |||||||||||
seq2  AGCA-AATCTCA-GGCTAAGAGGG  1164

seq1: chr19_54882258_54883427
seq2: B6Ng01-206L11.g_65_1232 (reverse)

seq1  GAAAACACCAGTTTAGAGTGGTTTAAATAAATAAGGAAATTTAGGGCGTG  50
      ||||||||||||| || ||||   ||||||||||||||| |||||   ||
seq2  GAAAACACCAGTTAAG-GTGG-GCAAATAAATAAGGAAA-TTAGG--CTG  45

seq1  CCTTCCAATATGGCTACATATCAAAGACAGCAAGTATCATTTCAACTGTG  100
       ||| |||||||   ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  ACTTGCAATATGCTAACATATC-AAGACAGCCAGTATCATTTC-ACTGTG  93

seq1  TCTCTTTGTTGCCTTAATTTTAG-ATATT-CTCTCTTTGATAAAACAAAG  148
      |||  |||||| ||||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||
seq2  TCTTCTTGTTG-CTTAATTTTAGAATATTCCTCTCTTGAATAAAACAAAG  142

seq1  GTATCT-GGTGTGACCTTTACCATACATCC-AGAATG-TCTTGGATTCCA  195
      |||||| || |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  GTATCTGGGGGTGACC-TTACCATACATCCAAGAATGTTCTTGGATTCCA  191

seq1  AC-AGAAATAGAGTCACCAAAGTTCCAGCCGAAACCATAGAG-TTTACAC  243
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACAAGAAATAGAGTCACCAAAGTTCCAGCCGAAACCATAGAGTTTTACAC  241

seq1  TTATCAGTCGGCCTGGCTTATACAACCATGTCCATGTCCATAGAGTAGAG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAGTCGGCCTGGCTTATACAACCATGTCCATGTCCATAGAGTAGAG  291

seq1  GTAAATGTTGGTGATCAGACCTGGGTCAAATTCCTCCCAGAAAAACCACA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATGTTGGTGATCAGACCTGGGTCAAATTCCTCCCAGAAAAACCACA  341

seq1  AGACAACGGTGAGGAAGAGGTCTCCATAGGTAAGCAGGAGAGGGAAGGAC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAACGGTGAGGAAGAGGTCTCCATAGGTAAGCAGGAGAGGGAAGGAC  391

seq1  AGACAGACAAACAAATTAAGTGAATGATCACTGTAGGTCCTGAGATGGTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGACAAACAAATTAAGTGAATGATCACTGTAGGTCCTGAGATGGTT  441

seq1  CTGACTTTCCTTGACAGCACACAGGTCGGGTACAGGGGTCCCGCTCTAGC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTTCCTTGACAGCACACAGGTCGGGTACAGGGGTCCCGCTCTAGC  491

seq1  CTCTGTTGACCCTTGATTCTCCAGGGTCACAGGAAGTACTACACAGAGAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTGACCCTTGATTCTCCAGGGTCACAGGAAGTACTACACAGAGAT  541

seq1  GAGGAAATAGCTTGGCTTTGACTCATTAGATTTCCATCAGGTTACCAGAT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAATAGCTTGGCTTTGACTCATTAGATTTCCATCAGGTTACCAGAT  591

seq1  TAATGTGCTAAGTTCACACTGTCAGCAGAGAAATTGCATAAGAAGAAGAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTGCTAAGTTCACACTGTCAGCAGAGAAATTGCATAAGAAGAAGAA  641

seq1  CTACTCCAAATTTAGTGACACCTTTCAAGTAATTACTAATCACAAAGGTG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCCAAATTTAGTGACACCTTTCAAGTAATTACTAATCACAAAGGTG  691

seq1  CGTATACAGACTTTAAAAATAGCTTTCAGCTATGTGCCAGACAGACTACT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATACAGACTTTAAAAATAGCTTTCAGCTATGTGCCAGACAGACTACT  741

seq1  TATTTAGTCTTCAGACAGTTCTTGGTGTCCAAAAGATACTTCACTGCCTT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGTCTTCAGACAGTTCTTGGTGTCCAAAAGATACTTCACTGCCTT  791

seq1  TCTAGATGTTGCTCAGAGAGCTGTCAGGAATTATTGGTTTTTGCTCAACT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGATGTTGCTCAGAGAGCTGTCAGGAATTATTGGTTTTTGCTCAACT  841

seq1  CCTAGAATTGCCAAATAAATAAATAATAATAATAATGGAAAAAATGCCTT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAATTGCCAAATAAATAAATAATAATAATAATGGAAAAAATGCCTT  891

seq1  TGGAAAACTGAAATAATAATTCTTCTCAGAAGGCCCTGCAGGGGAGAGCT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAACTGAAATAATAATTCTTCTCAGAAGGCCCTGCAGGGGAGAGCT  941

seq1  GTAACTAGAGGTAAACATTATGGGTAAGATTGATTGCAGTGTTGTGGAAG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTAGAGGTAAACATTATGGGTAAGATTGATTGCAGTGTTGTGGAAG  991

seq1  GAGGGTTGCTTGCACTTAGTGAGTACTGCAGGAAGAAGGCCTAGCAAGAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTTGCTTGCACTTAGTGAGTACTGCAGGAAGAAGGCCTAGCAAGAA  1041

seq1  AGCAGCCTGGTAGGAAAACAATAGGGAATAGAGCAGCGAGCAGAACCAGG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCCTGGTAGGAAAACAATAGGGAATAGAGCAGCGAGCAGAACCAGG  1091

seq1  ATATTGGTTTCTGCCTTTGTTTTTGCTATGTCAACTGAAAATGTGGGCTA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGGTTTCTGCCTTTGTTTTTGCTATGTCAACTGAAAATGTGGGCTA  1141

seq1  TTTATCACACTCTGAAGCAGTGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCACACTCTGAAGCAGTGAATTC  1168