BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-217K13
Chromosome19 (Build37)
Map Location 37,786,551 - 37,935,529
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668248, LOC668251
Upstream genePpp1r3c, Tnks2, Fgfbp3, Btaf1, Cpeb3, March5, LOC668230, Ide, LOC100043010, Kif11, EG667490, LOC631069, Hhex, Exoc6, Cyp26c1, Cyp26a1
Downstream geneLOC209281, Fer1l3, Cep55, Gpr120, Rbp4, Pde6c, 5730455O13Rik, Lgi1, Tmem20, LOC100042483, Plce1, EG667587, Noc3l, Tbc1d12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-217K13.bB6Ng01-217K13.g
ACCGA034003GA034004
length1,0911,060
definitionB6Ng01-217K13.b B6Ng01-217K13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,786,551 - 37,787,644)(37,934,475 - 37,935,529)
sequence
gaattcaagtctttttatatccctcatcttggaagtctttcatgcaaatg
ctttcatgcccccttggtcaacaaagcctttgtctatacaaaggctctgc
tacattctgggattaaaatggttgatcccctcctcctttcattttctttc
caacaagtcttttattttattttttaaaatatttttattacatattttcc
tcaattacattttcaatgctatcccaaaagttccccataccctccccccc
cccacttccctacccacccattcccatttttttggccctggcattcccct
gtattggggcatatacagtttgcgtgtccaatgggcctctctttccagtg
atggccgactaggccatcttttgatacatatgcagttagagtcaagagct
ccggggtactggttaattcataatgttgttccacctatagggttgcagac
ccctttagctccttgggtactttctctagctcctccattgggagccctgt
gatccattcaatagctgactgtgagcatccacttctgtgtttgctaggcc
ctggcatagtctcacaagagacagctacatctgggtcctttcaacaaaat
cttgctagtgtatgcaatggagtcagcgtttggaagctgattatggggtg
gatccctggatatggcagtctctagatggtccatcctttcgtctcagctc
caaactttgtctctgtaactccttccatgggtgtttttgtttcccaattc
taaggaggggcatagtgtccactctttagtctttcattcttctccaacaa
gtcttttaaactagccaatcaaatagactaagaggtcaggccttgtgaac
tgtctgctctcttcataagggaatgcccggaagactgatcttatgtcttg
tgtggctaatcatagctgctccaatttcaaaatggcagttgccacattat
acccagagggcagagttccccagcataagtccaggtatgtttggatcagt
gctgttctaactcaaaagaatatgactctcaattccaggacttagtggca
caaatgacggtcctctatgcctttctggtaattgattctcc
gaattcagtgaagttaagtagctttcttcacagaattttcactcatgttc
taccagctaagcagcagcaatcttgtctttactccagaggaaataggctt
cagtcagtgattctttgtaactgccacctggaagataactccactgcctc
tgaagcactggtcatgtcggcatccacaacggcagctaaagaaatgagac
ttctgtggaacacacattggcaattgtgcacacttgctcactctgccctg
gttctgataatccaggaaacagcagaccagctgggcattttccccaggag
ccacaggatggtctcctggttgactttgaccttgccttatagttaggtgt
gaaggttaccaacgggctttggatcagcccagagacatcagctactttgc
acaggtgactatatttttgccatttgacttttggaagatattttcttttt
gcctgagggaagttgaaggggaaagttatcttagaatgaagagagatggc
ctttggctccagagcttcctgaccaaattccagcttttatgccagcagcc
tgttgaccttgttaacctatctactacccagtgataacagactaaggatc
attgagagggctcagtagataaaaacactatgtgctcaagcctaatgact
agcttttgatccctggaactcatgaacaagccccatgtagtagcgcacat
ctgtaaccacagcattcctaacctgagataggagatagagatgagaaaat
agtcaggaggcttatgggtcagctggcctggagaatgaagaagagacccc
accccagcatggaggcaggcaagaactaactcctgaaagttgtcttctaa
cccttcacaaaagtccacactcatccataccacatacataccctacaacc
catataaatgaacaaagacttaaataaatcttaagtttaataaacttagt
taacccacaatacccacccccccctcccccccgcacctttttttattatt
ttactggtgttcccaacctcaccaaggtgaaaaggatggtctcttggatt
ttctgacgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_37786551_37787644
seq2: B6Ng01-217K13.b_48_1138

seq1  GAATTCAAGTCTTTTTATATCCCTCATCTTGGAAGTCTTTCATGCAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTCTTTTTATATCCCTCATCTTGGAAGTCTTTCATGCAAATG  50

seq1  CTTTCATGCCCCCTTGGTCAACAAAGCCTTTGTCTATACAAAGGCTCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATGCCCCCTTGGTCAACAAAGCCTTTGTCTATACAAAGGCTCTGC  100

seq1  TACATTCTGGGATTAAAATGGTTGATCCCCTCCTCCTTTCATTTTCTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTCTGGGATTAAAATGGTTGATCCCCTCCTCCTTTCATTTTCTTTC  150

seq1  CAACAAGTCTTTTATTTTATTTTTTAAAATATTTTTATTACATATTTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAGTCTTTTATTTTATTTTTTAAAATATTTTTATTACATATTTTCC  200

seq1  TCAATTACATTTTCAATGCTATCCCAAAAGTTCCCCATACCCTCCCCCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTACATTTTCAATGCTATCCCAAAAGTTCCCCATACCCTCCCCCCC  250

seq1  CCCACTTCCCTACCCACCCATTCCCATTTTTTTGGCCCTGGCATTCCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTTCCCTACCCACCCATTCCCATTTTTTTGGCCCTGGCATTCCCCT  300

seq1  GTATTGGGGCATATACAGTTTGCGTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGGGGCATATACAGTTTGCGTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTG  350

seq1  ATGGCCGACTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGTTAGAGTCAAGAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCGACTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGTTAGAGTCAAGAGCT  400

seq1  CCGGGGTACTGGTTAATTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGGGTACTGGTTAATTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGAC  450

seq1  CCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGT  500

seq1  GATCCATTCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCATTCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCC  550

seq1  CTGGCATAGTCTCACAAGAGACAGCTACATCTGGGTCCTTTCAACAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATAGTCTCACAAGAGACAGCTACATCTGGGTCCTTTCAACAAAAT  600

seq1  CTTGCTAGTGTATGCAATGGAGTCAGCGTTTGGAAGCTGATTATGGGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTAGTGTATGCAATGGAGTCAGCGTTTGGAAGCTGATTATGGGGTG  650

seq1  GATCCCTGGATATGGCAGTCTCTAGATGGTCCATCCTTTCGTCTCAGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCTGGATATGGCAGTCTCTAGATGGTCCATCCTTTCGTCTCAGCTC  700

seq1  CAAACTTTGTCTCTGTAACTCCTTCCATGGGTGTTTT--GTTCCCAATTC  748
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  CAAACTTTGTCTCTGTAACTCCTTCCATGGGTGTTTTTGTTTCCCAATTC  750

seq1  TAAGGAGGGGCATAGTGTCCACTCTTTAGTC-TTCATCTTTCTCCAACAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||
seq2  TAAGGAGGGGCATAGTGTCCACTCTTTAGTCTTTCATTCTTCTCCAACAA  800

seq1  GTCTTTTAAACTAGCCAATCAAATAAGACTAAGAGGTCAGGCCTTGTGAA  847
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTTAAACTAGCCAATCAAAT-AGACTAAGAGGTCAGGCCTTGTGAA  849

seq1  CTGTCTGCTCTCTTCATAAGGGAATGCCCGGAAAGACCTGATCTTATGTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  CTGTCTGCTCTCTTCATAAGGGAATGCCCGG-AAGA-CTGATCTTATGTC  897

seq1  TTGTGTGGCTAATCATAGCTGCTCCAATTTCAAAATGGCAGTTGCCACAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGGCTAATCATAGCTGCTCCAATTTCAAAATGGCAGTTGCCACAT  947

seq1  TATACCCAGAGGGCAGAGTTCCCCAGCATAAGTCCAGGTTATGTTTGGAT  997
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TATACCCAGAGGGCAGAGTTCCCCAGCATAAGTCCAGG-TATGTTTGGAT  996

seq1  CAGGTGCTGTTTCTACTCAAGAGAATAATGACTCCTATTTCCAGGACTTA  1047
      || ||||||||   |||||| ||||| |||||||  | ||||||||||||
seq2  CA-GTGCTGTTCTAACTCAAAAGAAT-ATGACTCTCAATTCCAGGACTTA  1044

seq1  GTTGGCACCAATGAGCGTCCTCAGTG-CTTTCTGTGAATTGATTCACC  1094
      | |||||| |||||  ||||||  || |||||||  ||||||||| ||
seq2  G-TGGCACAAATGACGGTCCTCTATGCCTTTCTGGTAATTGATTCTCC  1091

seq1: chr19_37934475_37935529
seq2: B6Ng01-217K13.g_70_1129 (reverse)

seq1  ATCGTCAG-AAATCC-AGAGACACTCCTTTCCAC--TTGTGAGTTTGGG-  45
      |||||||| |||||| ||||||  |||||| |||  | ||||| ||||| 
seq2  ATCGTCAGAAAATCCAAGAGACCATCCTTTTCACCTTGGTGAGGTTGGGA  50

seq1  ACA-CAGTAATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  94
      ||| |||||| ||| ||| | |   ||| | | | | | | | | ||| |
seq2  ACACCAGTAAAATA-ATAAAAAAAGGTGCGGGGGGGAG-GGGGGGGTGGG  98

seq1  TATT-TGTGGTTACTAAG-TTATTAAACTTAAGATTTATTTATGTCTTTG  142
      |||| || | | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TATTGTGGGTTAACTAAGTTTATTAAACTTAAGATTTATTTAAGTCTTTG  148

seq1  TTCATTTATATGTGTTTGTATGTGTATGTATGTGGTATGAATGAGTGTGG  192
      |||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTCATTTATATG-GGTTGTA-GGGTATGTATGTGGTATGGATGAGTGTGG  196

seq1  ACTTTTGTGAA-GGTTAGAAGACAACTTTCAGGAGTTAGTTCTTGCCTGC  241
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTGTGAAGGGTTAGAAGACAACTTTCAGGAGTTAGTTCTTGCCTGC  246

seq1  CTCCATGCTGGGGTGGGGTCTCTTCTTCATTCTCCAGGCCAGCTGACCCA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGCTGGGGTGGGGTCTCTTCTTCATTCTCCAGGCCAGCTGACCCA  296

seq1  TAAGCCTCCTGACTATTTTCTCATCTCTATCTCCTATCTCAGGTTAGGAA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCTCCTGACTATTTTCTCATCTCTATCTCCTATCTCAGGTTAGGAA  346

seq1  TGCTGTGGTTACAGATGTGCGCTACTACATGGGGCTTGTTCATGAGTTCC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGGTTACAGATGTGCGCTACTACATGGGGCTTGTTCATGAGTTCC  396

seq1  AGGGATCAAAAGCTAGTCATTAGGCTTGAGCACATAGTGTTTTTATCTAC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATCAAAAGCTAGTCATTAGGCTTGAGCACATAGTGTTTTTATCTAC  446

seq1  TGAGCCCTCTCAATGATCCTTAGTCTGTTATCACTGGGTAGTAGATAGGT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCCTCTCAATGATCCTTAGTCTGTTATCACTGGGTAGTAGATAGGT  496

seq1  TAACAAGGTCAACAGGCTGCTGGCATAAAAGCTGGAATTTGGTCAGGAAG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAGGTCAACAGGCTGCTGGCATAAAAGCTGGAATTTGGTCAGGAAG  546

seq1  CTCTGGAGCCAAAGGCCATCTCTCTTCATTCTAAGATAACTTTCCCCTTC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGAGCCAAAGGCCATCTCTCTTCATTCTAAGATAACTTTCCCCTTC  596

seq1  AACTTCCCTCAGGCAAAAAGAAAATATCTTCCAAAAGTCAAATGGCAAAA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCCCTCAGGCAAAAAGAAAATATCTTCCAAAAGTCAAATGGCAAAA  646

seq1  ATATAGTCACCTGTGCAAAGTAGCTGATGTCTCTGGGCTGATCCAAAGCC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTCACCTGTGCAAAGTAGCTGATGTCTCTGGGCTGATCCAAAGCC  696

seq1  CGTTGGTAACCTTCACACCTAACTATAAGGCAAGGTCAAAGTCAACCAGG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGGTAACCTTCACACCTAACTATAAGGCAAGGTCAAAGTCAACCAGG  746

seq1  AGACCATCCTGTGGCTCCTGGGGAAAATGCCCAGCTGGTCTGCTGTTTCC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCATCCTGTGGCTCCTGGGGAAAATGCCCAGCTGGTCTGCTGTTTCC  796

seq1  TGGATTATCAGAACCAGGGCAGAGTGAGCAAGTGTGCACAATTGCCAATG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTATCAGAACCAGGGCAGAGTGAGCAAGTGTGCACAATTGCCAATG  846

seq1  TGTGTTCCACAGAAGTCTCATTTCTTTAGCTGCCGTTGTGGATGCCGACA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCCACAGAAGTCTCATTTCTTTAGCTGCCGTTGTGGATGCCGACA  896

seq1  TGACCAGTGCTTCAGAGGCAGTGGAGTTATCTTCCAGGTGGCAGTTACAA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAGTGCTTCAGAGGCAGTGGAGTTATCTTCCAGGTGGCAGTTACAA  946

seq1  AGAATCACTGACTGAAGCCTATTTCCTCTGGAGTAAAGACAAGATTGCTG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCACTGACTGAAGCCTATTTCCTCTGGAGTAAAGACAAGATTGCTG  996

seq1  CTGCTTAGCTGGTAGAACATGAGTGAAAATTCTGTGAAGAAAGCTACTTA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTAGCTGGTAGAACATGAGTGAAAATTCTGTGAAGAAAGCTACTTA  1046

seq1  ACTTCACTGAATTC  1055
      ||||||||||||||
seq2  ACTTCACTGAATTC  1060