BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223F02
Chromosome19 (Build37)
Map Location 52,280,325 - 52,338,291
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042924, LOC100042928, LOC668536, LOC100042936
Downstream geneIns1, LOC100043450, Xpnpep1, LOC668545, LOC674277, Add3, 1700001K23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223F02.bB6Ng01-223F02.g
ACCGA038093GA038094
length1,1291,107
definitionB6Ng01-223F02.b B6Ng01-223F02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,280,325 - 52,281,458)(52,337,204 - 52,338,291)
sequence
gaattctgttcttataaggatggattcttgccattttcagcaatgcagat
agaactggagatcgtcaagtcatgggaaacaaagcaactattgcaggaaa
atattatatgatttcaatcacctagagaacctaatagaatgagtgtatgc
atgcagtcagcttaatgcttatcactgttggctccagaggattaaaatgg
aagagataaggcatggttgttaaggcccacagagttgcagctggctgtat
tctaagttgagatgttttgtttcacagatggtgactacagttcacaatat
tataccatggagtacaaaaacacttacaaaaggattttaatattctcatt
acaaataattggcaagtgcctgtatactgagttgaccaatatacagagaa
taaaaggatgaaaacattaccctacaacccactaagctgaaaaagtacta
tcaataagcttaattttaaaataaatgcgtttaagaaataaaggttgttt
tgatttttacctgccttgacagtggacgtcagaattaattctcctggaga
aatgaaatagctgctgtgtactccttgattattaattcattgctactagt
tgataaaggaccacttgcctctggctcattatagtcatatctggagacct
agttaaggaaatgtgcagtaactttcagccttgggatttatctccagagc
atacagtgtggaatacatagagcccttctttcttttactcagaagaacag
gaatttccatcaaggaatacaccctttgagaaaccagtatctttggattt
ctcgatgaagaacacctcagaatgttgaatatattgtgtttagatcagta
aacaacttcgttttcagccctgttaatcaaatagcctcaagaatttcctc
actgtttaaaatgaaaattagttatttcaggcacttgtttgggaaatgtc
aagtctaacaggtcttgattggaaatgaatgttaaaggttctatctcaac
ttttctaagtcagattgagtctatggtataatgagctcacatttatgggt
gtcatgtatcacagaaaacaaacgttattcgtcgttactcatgtagaata
ttgctatgcgttcataaaactatgttgaa

gaattctttgtatacatgctcaaattcctttttttttgaaacaatcattt
gaattaggtagaatatttggactcatcctaatttttccccaaagtatcag
acctcagaagcacagtggtcacccaagattttagtccaattataggtatg
aaaaacatatcaatttaacagttttctaaagagtgagagtagagaaaaat
agagaatgagctactttgagggacaaagggcataatgctagcacaacatt
gtaagtgaccagcttgtgtcctggcacgtaggatcatctttgcagctgga
ctggagctagttgggggtggagagcttggggatgtggcaaatacctggtt
gcatctctcaaccactgtaaactttcttattcaactggattcactgataa
tctttgttcaaaatgaggacctttgtggggctgctcaatctctcctgttc
tcagtcattggctgcaacctcaaatatataattctatcccagcagaacag
aacttttagaaacaggttctgacaccatatgtataaattatcttgctatt
tagaaattgcaccttccgttctaattagagtaacaagattcttttttgaa
caatatgtggcactctgtttattaattcaaaaccgaccctatgattccag
tgaggttagtgtcttcactcagctaatcaccatgtggcagtttaggagag
gaacctagagagctgagaacagagaaggaacataagactgaaggataggc
taagatgtttggatttaatcaagagtaaagaaaccaagatactgtaacat
ataggcttgtaaccttttaggttcaagttgggtagacaacagttttagag
acaatgtcccctctttcttacactggtcagagagtgagtgacagaatttg
aggaaccagagggaaaggctgatagaaggagactaggactgcttaagtac
ctgttgcaggtttctagttatgggataccttgaacttagaagatatcttg
aatgtaaagcaactttgtttacctgaataaccttacttttattggaagct
tgggagaaaaagaggaattgaaggcttcaccttacctggtttaataaacc
acagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_52280325_52281458
seq2: B6Ng01-223F02.b_49_1177

seq1  GAATTCTGTTCTTATAAGGATGGATTCTTGCCATTTTCAGCAATGCAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTCTTATAAGGATGGATTCTTGCCATTTTCAGCAATGCAGAT  50

seq1  AGAACTGGAGATCGTCAAGTCATGGGAAACAAAGCAACTATTGCAGGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGGAGATCGTCAAGTCATGGGAAACAAAGCAACTATTGCAGGAAA  100

seq1  ATATTATATGATTTCAATCACCTAGAGAACCTAATAGAATGAGTGTATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATATGATTTCAATCACCTAGAGAACCTAATAGAATGAGTGTATGC  150

seq1  ATGCAGTCAGCTTAATGCTTATCACTGTTGGCTCCAGAGGATTAAAATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTCAGCTTAATGCTTATCACTGTTGGCTCCAGAGGATTAAAATGG  200

seq1  AAGAGATAAGGCATGGTTGTTAAGGCCCACAGAGTTGCAGCTGGCTGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGATAAGGCATGGTTGTTAAGGCCCACAGAGTTGCAGCTGGCTGTAT  250

seq1  TCTAAGTTGAGATGTTTTGTTTCACAGATGGTGACTACAGTTCACAATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTTGAGATGTTTTGTTTCACAGATGGTGACTACAGTTCACAATAT  300

seq1  TATACCATGGAGTACAAAAACACTTACAAAAGGATTTTAATATTCTCATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCATGGAGTACAAAAACACTTACAAAAGGATTTTAATATTCTCATT  350

seq1  ACAAATAATTGGCAAGTGCCTGTATACTGAGTTGACCAATATACAGAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATAATTGGCAAGTGCCTGTATACTGAGTTGACCAATATACAGAGAA  400

seq1  TAAAAGGATGAAAACATTACCCTACAACCCACTAAGCTGAAAAAGTACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGGATGAAAACATTACCCTACAACCCACTAAGCTGAAAAAGTACTA  450

seq1  TCAATAAGCTTAATTTTAAAATAAATGCGTTTAAGAAATAAAGGTTGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAAGCTTAATTTTAAAATAAATGCGTTTAAGAAATAAAGGTTGTTT  500

seq1  TGATTTTTACCTGCCTTGACAGTGGACGTCAGAATTAATTCTCCTGGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTTACCTGCCTTGACAGTGGACGTCAGAATTAATTCTCCTGGAGA  550

seq1  AATGAAATAGCTGCTGTGTACTCCTTGATTATTAATTCATTGCTACTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAATAGCTGCTGTGTACTCCTTGATTATTAATTCATTGCTACTAGT  600

seq1  TGATAAAGGACCACTTGCCTCTGGCTCATTATAGTCATATCTGGAGACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAAGGACCACTTGCCTCTGGCTCATTATAGTCATATCTGGAGACCT  650

seq1  AGTTAAGGAAATGTGCAGTAACTTTCAGCCTTGGGATTTATCTCCAGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAGGAAATGTGCAGTAACTTTCAGCCTTGGGATTTATCTCCAGAGC  700

seq1  ATACAGTGTGGAATACATAGAGCCCTTCTTTCTTTTACTCAGAAGAACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGTGTGGAATACATAGAGCCCTTCTTTCTTTTACTCAGAAGAACAG  750

seq1  GAATTTCCATCAAGGAATACACCCTTTGAGAAACCAGTATCTTTGGATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCCATCAAGGAATACACCCTTTGAGAAACCAGTATCTTTGGATTT  800

seq1  CTCGATGAAGAACACCTCAGAATGTTGAATATATTGTGTTTAGATCAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGATGAAGAACACCTCAGAATGTTGAATATATTGTGTTTAGATCAGTA  850

seq1  AACAACTTCGTTTTCAGCCCTGTTAATCAAATAGCCTCAAGAATTTCCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACTTCGTTTTCAGCCCTGTTAATCAAATAGCCTCAAGAATTTCCTC  900

seq1  ACTGTTTAAAATGAAAATTAGTTATTTCAGGGCACTTGTTT-GGAAATGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  ACTGTTTAAAATGAAAATTAGTTATTTCA-GGCACTTGTTTGGGAAATGT  949

seq1  CAAGTCTAACAGGTCTTGATTGGAAATGAATGTTAAAAGGTTCTATCTCA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAAGTCTAACAGGTCTTGATTGGAAATGAATGTT-AAAGGTTCTATCTCA  998

seq1  ACTTTTCTAAGTCAGATTTGAAGTCTATGGTATAATGAGCTCACATTTAT  1049
      ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTCTAAGTCAGATT--GAGTCTATGGTATAATGAGCTCACATTTAT  1046

seq1  GGGTGTCATGTATCACAG-AAACAAACGTTATCCGTCGTTTACTCATGTA  1098
      |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  GGGTGTCATGTATCACAGAAAACAAACGTTATTCGTCG-TTACTCATGTA  1095

seq1  GAATATTGCTATGCGTTCATAAAAACTATGGTTGAA  1134
      |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  GAATATTGCTATGCGTTCAT-AAAACTAT-GTTGAA  1129


seq1: chr19_52337204_52338291
seq2: B6Ng01-223F02.g_68_1173 (reverse)

seq1  CTCTGTGGTTTA-TAAAC--AGTAAGGTG-AGCC-TCAA-TCCTC-TCTT  43
      |||||||||||| |||||   |||||||| |||| |||| ||||| | ||
seq2  CTCTGTGGTTTATTAAACCAGGTAAGGTGAAGCCTTCAATTCCTCTTTTT  50

seq1  CTCCC-AGCTTTCCCAAT-AAAGTAA-GTTAATCA-GTAAACAAAGTTGC  89
      ||||| |||||  ||||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||||
seq2  CTCCCAAGCTT--CCAATAAAAGTAAGGTTATTCAGGTAAACAAAGTTGC  98

seq1  TTTAACATCAAGATATC-TCTAAGTTC-AGGTATCCCAT-ACTAGAAA-C  135
      ||||   |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| |
seq2  TTTACATTCAAGATATCTTCTAAGTTCAAGGTATCCCATAACTAGAAACC  148

seq1  TGCAACA-GTACCTAAGCAGTCCTAGTCT-CTTCTATCAGCC-TTCCCTC  182
      ||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  TGCAACAGGTACTTAAGCAGTCCTAGTCTCCTTCTATCAGCCTTTCCCTC  198

seq1  TGGTTCCTCAAATTCTGTCACTCACTCTCTGACCAGTGTAAG-AAGAGGG  231
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGGTTCCTCAAATTCTGTCACTCACTCTCTGACCAGTGTAAGAAAGAGGG  248

seq1  GACATTGTCTCTAAAACTGTTGTCTA-CCAACTTGAAACCTAAAGGTTAC  280
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  |||||||||
seq2  GACATTGTCTCTAAAACTGTTGTCTACCCAACTTGAACCTAAAAGGTTAC  298

seq1  AAGCCTATATGTTACAGTATCTTGGTTTCTTTACTCTTGATTAAATCCAA  330
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTATATGTTACAGTATCTTGGTTTCTTTACTCTTGATTAAATCCAA  348

seq1  ACATCTTAGCCTATCCTTCAGTCTTATGTTCCTTCTCTGTTCTCAGCTCT  380
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTTAGCCTATCCTTCAGTCTTATGTTCCTTCTCTGTTCTCAGCTCT  398

seq1  CTAGGTTCCTCTCCTAAACTGCCACATGGTGATTAGCTGAGTGAAGACAC  430
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTTCCTCTCCTAAACTGCCACATGGTGATTAGCTGAGTGAAGACAC  448

seq1  TAACCTCACTGGAATCATAGGGTCGGTTTTGAATTAATAAACAGAGTGCC  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTCACTGGAATCATAGGGTCGGTTTTGAATTAATAAACAGAGTGCC  498

seq1  ACATATTGTTCAAAAAAGAATCTTGTTACTCTAATTAGAACGGAAGGTGC  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTGTTCAAAAAAGAATCTTGTTACTCTAATTAGAACGGAAGGTGC  548

seq1  AATTTCTAAATAGCAAGATAATTTATACATATGGTGTCAGAACCTGTTTC  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTAAATAGCAAGATAATTTATACATATGGTGTCAGAACCTGTTTC  598

seq1  TAAAAGTTCTGTTCTGCTGGGATAGAATTATATATTTGAGGTTGCAGCCA  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTTCTGTTCTGCTGGGATAGAATTATATATTTGAGGTTGCAGCCA  648

seq1  ATGACTGAGAACAGGAGAGATTGAGCAGCCCCACAAAGGTCCTCATTTTG  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGAGAACAGGAGAGATTGAGCAGCCCCACAAAGGTCCTCATTTTG  698

seq1  AACAAAGATTATCAGTGAATCCAGTTGAATAAGAAAGTTTACAGTGGTTG  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGATTATCAGTGAATCCAGTTGAATAAGAAAGTTTACAGTGGTTG  748

seq1  AGAGATGCAACCAGGTATTTGCCACATCCCCAAGCTCTCCACCCCCAACT  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGCAACCAGGTATTTGCCACATCCCCAAGCTCTCCACCCCCAACT  798

seq1  AGCTCCAGTCCAGCTGCAAAGATGATCCTACGTGCCAGGACACAAGCTGG  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCAGTCCAGCTGCAAAGATGATCCTACGTGCCAGGACACAAGCTGG  848

seq1  TCACTTACAATGTTGTGCTAGCATTATGCCCTTTGTCCCTCAAAGTAGCT  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTACAATGTTGTGCTAGCATTATGCCCTTTGTCCCTCAAAGTAGCT  898

seq1  CATTCTCTATTTTTCTCTACTCTCACTCTTTAGAAAACTGTTAAATTGAT  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCTATTTTTCTCTACTCTCACTCTTTAGAAAACTGTTAAATTGAT  948

seq1  ATGTTTTTCATACCTATAATTGGACTAAAATCTTGGGTGACCACTGTGCT  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTTCATACCTATAATTGGACTAAAATCTTGGGTGACCACTGTGCT  998

seq1  TCTGAGGTCTGATACTTTGGGGAAAAATTAGGATGAGTCCAAATATTCTA  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGTCTGATACTTTGGGGAAAAATTAGGATGAGTCCAAATATTCTA  1048

seq1  CCTAATTCAAATGATTGTTTCAAAAAAAAAGGAATTTGAGCATGTATACA  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATTCAAATGATTGTTTCAAAAAAAAAGGAATTTGAGCATGTATACA  1098

seq1  AAGAATTC  1088
      ||||||||
seq2  AAGAATTC  1106


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |