BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223K16
Chromosome19 (Build37)
Map Location 17,262,506 - 17,433,749
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA230083H22Rik, Gcnt1
Upstream geneGnaq, LOC624438, Gna14, LOC666665, Vps13a, Foxb2
Downstream geneRfk, Pcsk5, Eef1a1-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223K16.bB6Ng01-223K16.g
ACCGA038341GA038342
length1,0411,140
definitionB6Ng01-223K16.b B6Ng01-223K16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,432,699 - 17,433,749)(17,262,506 - 17,263,459)
sequence
gaattcttccggagcagaagttagagatggagtgcaagaagagacgcatc
tccccacccatgacttcagtaatattagtaattaagtttggcgcaaaaga
agttatgattgccgatggttggcggataccaagcaaaatcaggaataaat
agagaattaaagccaatgaagtggacttcgggagttgaatttatatcctt
ctaatacacgatgacatgggaaaaaaaaaggcaaacacgtctgtgtctct
gacatagctcactgacgagtgtattatatatactacagttctctgatgat
atttataaaaggttttacggggggccaggaaatggttcatcggttaagag
cactgacccactgctcaccaaggtgttgtgcaatagttactttcctctga
gattgaagcattccatcctgcagggaagctccttaaactggaaagtaaac
aactcaaaatttctgcaggaagtccctcagactgagcaaattcactaggt
gtctctccttgccatactcagcaatagaagctgaatgctcttctcaaagg
aagccgagctgccaagacccttgagtctcggaccagctgcctggaggagg
tttaaaccaacctaggtacatagaaggacactctccatcctgttgagctg
cctacaggctgtgccgtgtgctccagggtcccagcttctgtgagctgtat
gcactgtgtgtgtctggtatacgtggaagctagaagagggtactagatcc
tctgaaactggagtttcaggtgattatgagctgccatgtgggtgctagaa
accaaccccaaatcctctgcaagaggaacaagtactctccagccttagac
ttattctaaaagctgacaatgcacattaagttagaaggtcagaggctgac
tcagtggtgtagctcaatatcaaagcatttgcttaacatgcctaagtcct
ggtttcattacagtacccaactgaaaccaaacaacagaaaacacacaacg
gaaaggaagagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtgtgt

gaattcagattttatggcatggctggaagccaagatagaccctcttgtct
ttgctcccaccagtgcagaggataggtatgtactggcccacccatgcctt
gttactagaatagagggatgtgaactcccgccctcatgctcatacagaag
tgctaataacaacagccacctcttcagctgtatatacactgtggtggttt
gaatacatatggcccccatagattcatgtgtttgaatgcttagtcatagg
aagtggcaccattaggaggtgtggacttgttggaaaaagtatgccactgt
ggaccttaaggctatatatactcaaaactatgctcagtgtggcagagagt
gtctccttctgctccctgtggatcaagatgtagaactctcagcttcttca
gcaccatgtctactgcacactcccatgtttcccaccatgaggataatgga
ctaaacctctgaaattataagccagacccaattaaacattttcttctgta
agagttaccttggttatggtgtctctttacggcaatggaaaccctaagac
atacatcttcttacttgtagatgtccaggagtcccagtgccatttattga
aaagactatctatgtccatggtgttgccatggctcttttgccaaaataat
ttcactgcgtttgtgtggcttatattttaatttaataaatccaataaagg
ctatttagtacccagtaagaaaaaaggaaagagggtatgaaatccttcct
gtctgggccaaagccctgagcagaccttgggtgtgaactctgcagccagt
cacacaacacccagaagaagctccactcccaggtgctctaacatgcccag
gaccacaggagaacgggatcacaggatcacaggatctctgatacacccaa
aatctcaggatcacaggatcacagagacagctgaattctgaggagttctg
acacaacgaggatcacaggaaggacaggctccagtcagatatatggaggg
gaggtagcacttagaagaataatcagaattggtgggagcaagcataagaa
caatgagttaatagaaacccacgttacttgccatcatcagaatcaaattc
tcctacaatagcaagtctggatacacattccacctggaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_17432699_17433749
seq2: B6Ng01-223K16.b_46_1086 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACCTCTTCCTTTTCCGTTGT  50
      ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  ACACACA-ACACACACACACACACACACACA-CTCTTCC-TTTCCGTTGT  47

seq1  GTTGTTTTCTGTTTGTTTGGTTTCAGTTGGGTACTGTAATGGAAACCAGG  100
      | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  G-TGTTTTCTG-TTGTTTGGTTTCAGTTGGGTACTGTAAT-GAAACCA-G  93

seq1  GACTTAGGCATGTTAAGCAAATGCTTTGATTATTTGAGCTACACCACTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||
seq2  GACTTAGGCATGTTAAGCAAATGCTTTGAT--ATTGAGCTACACCACTGA  141

seq1  GTCAGCCTCTGACCTTCTAACTTTAATGTGCATTGTCAGCTTTTAGAATA  200
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCCTCTGACCTTCTAAC-TTAATGTGCATTGTCAGCTTTTAGAATA  190

seq1  AGTCTAAGGCTGGAGAGTACTTGTTCCTCTTGCAGAGGATTTGGGGTTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAAGGCTGGAGAGTACTTGTTCCTCTTGCAGAGGATTTGGGGTTGG  240

seq1  TTTCTAGCACCCACATGGCAGCTCATAATCACCTGAAACTCCAGTTTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGCACCCACATGGCAGCTCATAATCACCTGAAACTCCAGTTTCAG  290

seq1  AGGATCTAGTACCCTCTTCTAGCTTCCACGTATACCAGACACACACAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTAGTACCCTCTTCTAGCTTCCACGTATACCAGACACACACAGTG  340

seq1  CATACAGCTCACAGAAGCTGGGACCCTGGAGCACACGGCACAGCCTGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAGCTCACAGAAGCTGGGACCCTGGAGCACACGGCACAGCCTGTAG  390

seq1  GCAGCTCAACAGGATGGAGAGTGTCCTTCTATGTACCTAGGTTGGTTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTCAACAGGATGGAGAGTGTCCTTCTATGTACCTAGGTTGGTTTAA  440

seq1  ACCTCCTCCAGGCAGCTGGTCCGAGACTCAAGGGTCTTGGCAGCTCGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCTCCAGGCAGCTGGTCCGAGACTCAAGGGTCTTGGCAGCTCGGCT  490

seq1  TCCTTTGAGAAGAGCATTCAGCTTCTATTGCTGAGTATGGCAAGGAGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGAGAAGAGCATTCAGCTTCTATTGCTGAGTATGGCAAGGAGAGA  540

seq1  CACCTAGTGAATTTGCTCAGTCTGAGGGACTTCCTGCAGAAATTTTGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTAGTGAATTTGCTCAGTCTGAGGGACTTCCTGCAGAAATTTTGAGT  590

seq1  TGTTTACTTTCCAGTTTAAGGAGCTTCCCTGCAGGATGGAATGCTTCAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACTTTCCAGTTTAAGGAGCTTCCCTGCAGGATGGAATGCTTCAAT  640

seq1  CTCAGAGGAAAGTAACTATTGCACAACACCTTGGTGAGCAGTGGGTCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGGAAAGTAACTATTGCACAACACCTTGGTGAGCAGTGGGTCAGT  690

seq1  GCTCTTAACCGATGAACCATTTCCTGGCCCCCCGTAAAACCTTTTATAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTAACCGATGAACCATTTCCTGGCCCCCCGTAAAACCTTTTATAAA  740

seq1  TATCATCAGAGAACTGTAGTATATATAATACACTCGTCAGTGAGCTATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATCAGAGAACTGTAGTATATATAATACACTCGTCAGTGAGCTATGT  790

seq1  CAGAGACACAGACGTGTTTGCCTTTTTTTTTCCCATGTCATCGTGTATTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACACAGACGTGTTTGCCTTTTTTTTTCCCATGTCATCGTGTATTA  840

seq1  GAAGGATATAAATTCAACTCCCGAAGTCCACTTCATTGGCTTTAATTCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGATATAAATTCAACTCCCGAAGTCCACTTCATTGGCTTTAATTCTC  890

seq1  TATTTATTCCTGATTTTGCTTGGTATCCGCCAACCATCGGCAATCATAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTCCTGATTTTGCTTGGTATCCGCCAACCATCGGCAATCATAAC  940

seq1  TTCTTTTGCGCCAAACTTAATTACTAATATTACTGAAGTCATGGGTGGGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTGCGCCAAACTTAATTACTAATATTACTGAAGTCATGGGTGGGG  990

seq1  AGATGCGTCTCTTCTTGCACTCCATCTCTAACTTCTGCTCCGGAAGAATT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCGTCTCTTCTTGCACTCCATCTCTAACTTCTGCTCCGGAAGAATT  1040

seq1  C  1051
      |
seq2  C  1041


seq1: chr19_17262506_17263459
seq2: B6Ng01-223K16.g_252_1210

seq1  ATATACACTGTGGTGGTTTGAATACATATGGCCCCCATAGATTCATGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACACTGTGGTGGTTTGAATACATATGGCCCCCATAGATTCATGTGT  50

seq1  TTGAATGCTTAGTCATAGGAAGTGGCACCATTAGGAGGTGTGGACTTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGCTTAGTCATAGGAAGTGGCACCATTAGGAGGTGTGGACTTGTT  100

seq1  GGAAAAAGTATGCCACTGTGGACCTTAAGGCTATATATACTCAAAACTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAAGTATGCCACTGTGGACCTTAAGGCTATATATACTCAAAACTAT  150

seq1  GCTCAGTGTGGCAGAGAGTGTCTCCTTCTGCTCCCTGTGGATCAAGATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGTGTGGCAGAGAGTGTCTCCTTCTGCTCCCTGTGGATCAAGATGT  200

seq1  AGAACTCTCAGCTTCTTCAGCACCATGTCTACTGCACACTCCCATGTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCTCAGCTTCTTCAGCACCATGTCTACTGCACACTCCCATGTTTC  250

seq1  CCACCATGAGGATAATGGACTAAACCTCTGAAATTATAAGCCAGACCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCATGAGGATAATGGACTAAACCTCTGAAATTATAAGCCAGACCCAA  300

seq1  TTAAACATTTTCTTCTGTAAGAGTTACCTTGGTTATGGTGTCTCTTTACG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACATTTTCTTCTGTAAGAGTTACCTTGGTTATGGTGTCTCTTTACG  350

seq1  GCAATGGAAACCCTAAGACATACATCTTCTTACTTGTAGATGTCCAGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGGAAACCCTAAGACATACATCTTCTTACTTGTAGATGTCCAGGAG  400

seq1  TCCCAGTGCCATTTATTGAAAAGACTATCTATGTCCATGGTGTTGCCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTGCCATTTATTGAAAAGACTATCTATGTCCATGGTGTTGCCATG  450

seq1  GCTCTTTTGCCAAAATAATTTCACTGCGTTTGTGTGGCTTATATTTTAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTTTGCCAAAATAATTTCACTGCGTTTGTGTGGCTTATATTTTAAT  500

seq1  TTAATAAATCCAATAAAGGCTATTTAGTACCCAGTAAGAAAAAAGGAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAATCCAATAAAGGCTATTTAGTACCCAGTAAGAAAAAAGGAAAG  550

seq1  AGGGTATGAAATCCTTCCTGTCTGGGCCAAAGCCCTGAGCAGACCTTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTATGAAATCCTTCCTGTCTGGGCCAAAGCCCTGAGCAGACCTTGGG  600

seq1  TGTGAACTCTGCAGCCAGTCACACAACACCCAGAAGAAGCTCCACTCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAACTCTGCAGCCAGTCACACAACACCCAGAAGAAGCTCCACTCCCA  650

seq1  GGTGCTCTAACATGCCCAGGACCACAGGAGAACGGGATCACAGGATCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTCTAACATGCCCAGGACCACAGGAGAACGGGATCACAGGATCACA  700

seq1  GGATCTCTGATACACCCAAAATCTCAGGATCACAGGATCACAGAGACAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTCTGATACACCCAAAATCTCAGGATCACAGGATCACAGAGACAGC  750

seq1  TGAATTCTGAGGAGTTCTGACACAACGAGGATCACAGGAAGGACAGGCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCTGAGGAGTTCTGACACAACGAGGATCACAGGAAGGACAGGCTC  800

seq1  CAGTCAGATATATGGAGGGGAGGTAGCAC-TAGA--GATAATCAGA--TG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||  ||
seq2  CAGTCAGATATATGGAGGGGAGGTAGCACTTAGAAGAATAATCAGAATTG  850

seq1  GTGGGAGGCAAGCATAAGAAC-ATGAG-TAATAGAAACCAAGGTTACTTG  893
      |||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||
seq2  GTGGGA-GCAAGCATAAGAACAATGAGTTAATAGAAACCCACGTTACTTG  899

seq1  GCATCATCAGAATCCAATTCTCCCACAATAGCAAGTCCTGGATACACCAT  943
       ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||  |
seq2  CCATCATCAGAATCAAATTCTCCTACAATAGCAAGT-CTGGATACACATT  948

seq1  CACACTGGAAA  954
      |   |||||||
seq2  CCACCTGGAAA  959


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |