BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223O05
Chromosome19 (Build37)
Map Location 60,579,353 - 60,739,249
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2700078E11Rik
Upstream geneRab11fip2, LOC100043087, LOC100043091, LOC100043093, D19Ertd737e, 4933412A08Rik, Prlhr
Downstream geneNanos1, Eif3s10, 1810055E12Rik, Sfxn4, Prdx3, Gprk5, LOC671322, BC029127, LOC100043112, EG547091, LOC433261, EG633057, Csf2ra, LOC100043120
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223O05.bB6Ng01-223O05.g
ACCGA038506GA038507
length1,1451,041
definitionB6Ng01-223O05.b B6Ng01-223O05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,579,353 - 60,580,491)(60,738,209 - 60,739,249)
sequence
gaattctcacatttaccagcttttgttgtgcaaaccttgttccttaattt
aaaactattggttaaatcaaaatagtacagccaattactggagggattag
aggtgggcaggttttgagttacctggttaggagtcgcagagagagagaga
gaaaagagaagggtagagtaggagagaggacagggaagaggggaggaagc
caccatgagaggaaagataccatgaccacacaagcaggagaaacagtgag
tatttgggggtacacaactggggaagtagccaggccagcaggtaggaaaa
taaattaggggtagccccccagtaattgttaaagccaaataaaataacaa
tcgtctgagtctcattcatttgtaagctagactaggataagtttaaattg
gttcaactacaatgatctattctccatagttcccctggctatggaagaag
atagtatgcagattatcaaaggaagacattcagggctgctaggattgtaa
ggaacaggaaggtgctgtattcccactcactctgacctgctctgtcttgt
cagccaagtgacctctcagaggtgaaactgggtgtgacaggctttgagcc
atgggcctgactgtgccatgaactggctctgcaggccctaaggcatctgc
ctgagctcatgggtcagcctggccaatattaaccaaactactcatttctt
atgctcaagtatcaagttcaacatttagataaaactattctgttttcaat
catggttatagcagatacctcaaagataagcaggggaaagagtctggaaa
ttttgaggggttctgcgacagttgaggattcacccaactgcctatgcaat
cttactacccacctctccctgagttgtctgcaagatcctccatgggactc
tcaatggccactcactagagtgagtcatttgccaaggaccaacccactca
gagagataaaatatcacacatgtaaatttcatgcaaatatttaacaaatt
tagcataactctaaacttcttaagtggatgtggataatttggctttcttt
ccttttccataagctacctacccaggcaattctaaacatgaatttagtta
tgcagaccacattggggtccaattggccaaattgatggcacccat
gaattcacccttgaaaacatacaacccagtgttttttggtatactctgca
agattctgcaactaccgccactatctaatgccagatgatctcatcactga
aaataaaaccccatgcccataagcattcacttgccacttcctgttcctcc
aaccctgagcagccatggatttattttctatttccgtgatctatctattt
cagacatgtcatgtcattccaatcacatgatctacagccttttgtgtttt
tgtctttattagcataaagttctacaggctcattcattctacagcgtggt
tcagtgtcctcatgttcactgcataaaactctattaatgggcctttttct
tttttcatccagtttcttgtctcttcatgggcacttgtgttgtttctact
ttctggttttgagttgtattgctatgaacatctggatactggtttttgtg
tgtatatgttttacatcctctgacacacatgagttgagatgagacttgct
aaatcaccctagtgagtctgaagtggtgttttgttgtttaaatctgcatc
attgccttacctcctgagcagtaaggaaagaggagcaggaggagggaggg
atagatgctctaagcatcatttcctgtgctcattggtcacttgatgtttt
tgagaaatggccattcaaatcttggcccattcaaaaatagtgggtcattt
gtcttctgttagtgtttggtgtagctgctcaacctttctaggactagatt
ttcttatcttattagtaaggttacctatttcaggtatctggaggcaatct
gtgaggcaatgcatatcacagcctttaaaagtgctgattcataggttaac
cctataggaagaccagcagtcttaactgacctagacccctgggagctctc
agacactgagccaccaatcagctgcatacatgagtagtccaaggcccggt
gacacattatagcagaggactgcctgggtctgacctcagtaagagaagat
tcatcctaatccctgaaaagactgagccccagggagtgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_60579353_60580491
seq2: B6Ng01-223O05.b_44_1188

seq1  GAATTCTCACATTTACCAGCTTTTGTTGTGCAAACCTTGTTCCTTAATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACATTTACCAGCTTTTGTTGTGCAAACCTTGTTCCTTAATTT  50

seq1  AAAACTATTGGTTAAATCAAAATAGTACAGCCAATTACTGGAGGGATTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTATTGGTTAAATCAAAATAGTACAGCCAATTACTGGAGGGATTAG  100

seq1  AGGTGGGCAGGTTTTGAGTTACCTGGTTAGGAGTCGCAGAGAGAGAGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGGCAGGTTTTGAGTTACCTGGTTAGGAGTCGCAGAGAGAGAGAGA  150

seq1  GAAAAGAGAAGGGTAGAGTAGGAGAGAGGACAGGGAAGAGGGGAGGAAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAGAAGGGTAGAGTAGGAGAGAGGACAGGGAAGAGGGGAGGAAGC  200

seq1  CACCATGAGAGGAAAGATACCATGACCACACAAGCAGGAGAAACAGTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGAGAGGAAAGATACCATGACCACACAAGCAGGAGAAACAGTGAG  250

seq1  TATTTGGGGGTACACAACTGGGGAAGTAGCCAGGCCAGCAGGTAGGAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGGGGGTACACAACTGGGGAAGTAGCCAGGCCAGCAGGTAGGAAAA  300

seq1  TAAATTAGGGGTAGCCCCCCAGTAATTGTTAAAGCCAAATAAAATAACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTAGGGGTAGCCCCCCAGTAATTGTTAAAGCCAAATAAAATAACAA  350

seq1  TCGTCTGAGTCTCATTCATTTGTAAGCTAGACTAGGATAAGTTTAAATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCTGAGTCTCATTCATTTGTAAGCTAGACTAGGATAAGTTTAAATTG  400

seq1  GTTCAACTACAATGATCTATTCTCCATAGTTCCCCTGGCTATGGAAGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAACTACAATGATCTATTCTCCATAGTTCCCCTGGCTATGGAAGAAG  450

seq1  ATAGTATGCAGATTATCAAAGGAAGACATTCAGGGCTGCTAGGATTGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTATGCAGATTATCAAAGGAAGACATTCAGGGCTGCTAGGATTGTAA  500

seq1  GGAACAGGAAGGTGCTGTATTCCCACTCACTCTGACCTGCTCTGTCTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAGGAAGGTGCTGTATTCCCACTCACTCTGACCTGCTCTGTCTTGT  550

seq1  CAGCCAAGTGACCTCTCAGAGGTGAAACTGGGTGTGACAGGCTTTGAGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAAGTGACCTCTCAGAGGTGAAACTGGGTGTGACAGGCTTTGAGCC  600

seq1  ATGGGCCTGACTGTGCCATGAACTGGCTCTGCAGGCCCTAAGGCATCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCCTGACTGTGCCATGAACTGGCTCTGCAGGCCCTAAGGCATCTGC  650

seq1  CTGAGCTCATGGGTCAGCCTGGCCAATATTAACCAAACTACTCATTTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTCATGGGTCAGCCTGGCCAATATTAACCAAACTACTCATTTCTT  700

seq1  ATGCTCAAGTATCAAGTTCAACATTTAGATAAAACTATTCTGTTTTCAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCAAGTATCAAGTTCAACATTTAGATAAAACTATTCTGTTTTCAAT  750

seq1  CATGGTTATAGCAGATACCTCAAAGATAAGCAGGGGAAAGAGTCTGGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTATAGCAGATACCTCAAAGATAAGCAGGGGAAAGAGTCTGGAAA  800

seq1  TTTTGAGGGGTTCTGCGACAGTTGAGGATTCACCCAACTGCCTATGCAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGGGGTTCTGCGACAGTTGAGGATTCACCCAACTGCCTATGCAAT  850

seq1  CTTACTACCCACCTCTCCCTGAGTTGTCTGCAAGATCCTCCATGGGACTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTACCCACCTCTCCCTGAGTTGTCTGCAAGATCCTCCATGGGACTC  900

seq1  TCAAATGGCCACTCACTAGAGTGAGTCATTTGCCAAGGACCAACCAACTC  950
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TC-AATGGCCACTCACTAGAGTGAGTCATTTGCCAAGGACCAACCCACTC  949

seq1  AGAGAAGATAAAATATCACACATGTAAATTTCATGCAAATATTTAACAAA  1000
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAG-AGATAAAATATCACACATGTAAATTTCATGCAAATATTTAACAAA  998

seq1  ATTAGCATAAACTCTAAACTTCTTAAGTGGAATGTGGATAA-TTGGCTTT  1049
       ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  TTTAGCAT-AACTCTAAACTTCTTAAGTGG-ATGTGGATAATTTGGCTTT  1046

seq1  CTTTCCTTTT-CATAAGCTA-CTAACCA-GCAAATC-AAACATGAAATTT  1095
      |||||||||| ||||||||| ||| ||| |||| || ||||||| |||||
seq2  CTTTCCTTTTCCATAAGCTACCTACCCAGGCAATTCTAAACATG-AATTT  1095

seq1  AGTTATGCAGA-CACAT---GGGCCATTTGGCC-AATTGAT-GCACCCAT  1139
      ||||||||||| |||||   || ||| |||||| ||||||| ||||||||
seq2  AGTTATGCAGACCACATTGGGGTCCAATTGGCCAAATTGATGGCACCCAT  1145

seq1: chr19_60738209_60739249
seq2: B6Ng01-223O05.g_68_1108 (reverse)

seq1  CCCCACTCCCTGGGGCCTCAAGTC-TCTCAGGGATTA-GATGAATCTTCT  48
      ||||||||||||||| ||| |||| | |||||||||| ||||||||||||
seq2  CCCCACTCCCTGGGG-CTC-AGTCTTTTCAGGGATTAGGATGAATCTTCT  48

seq1  CTTACTGAGGTCAGA-CCAGGCAGTCCTCTGCTATAATGTGTCA-CGGGC  96
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTTACTGAGGTCAGACCCAGGCAGTCCTCTGCTATAATGTGTCACCGGGC  98

seq1  CTTGGACTACCTCATGTATGCAGCCTGATTGGTGGCTCAGTGTCTGAGAG  146
      ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGACTA-CTCATGTATGCAG-CTGATTGGTGGCTCAGTGTCTGAGAG  146

seq1  CTCCCAGGGGTCTAGGTCAGTTAAGACTGCTGGTCTTCCTATAGGGTTAA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGGGGTCTAGGTCAGTTAAGACTGCTGGTCTTCCTATAGGGTTAA  196

seq1  CCTATGAATCAGCACTTTTAAAGGCTGTGATATGCATTGCCTCACAGATT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGAATCAGCACTTTTAAAGGCTGTGATATGCATTGCCTCACAGATT  246

seq1  GCCTCCAGATACCTGAAATAGGTAACCTTACTAATAAGATAAGAAAATCT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCAGATACCTGAAATAGGTAACCTTACTAATAAGATAAGAAAATCT  296

seq1  AGTCCTAGAAAGGTTGAGCAGCTACACCAAACACTAACAGAAGACAAATG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTAGAAAGGTTGAGCAGCTACACCAAACACTAACAGAAGACAAATG  346

seq1  ACCCACTATTTTTGAATGGGCCAAGATTTGAATGGCCATTTCTCAAAAAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTATTTTTGAATGGGCCAAGATTTGAATGGCCATTTCTCAAAAAC  396

seq1  ATCAAGTGACCAATGAGCACAGGAAATGATGCTTAGAGCATCTATCCCTC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGTGACCAATGAGCACAGGAAATGATGCTTAGAGCATCTATCCCTC  446

seq1  CCTCCTCCTGCTCCTCTTTCCTTACTGCTCAGGAGGTAAGGCAATGATGC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCCTGCTCCTCTTTCCTTACTGCTCAGGAGGTAAGGCAATGATGC  496

seq1  AGATTTAAACAACAAAACACCACTTCAGACTCACTAGGGTGATTTAGCAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTAAACAACAAAACACCACTTCAGACTCACTAGGGTGATTTAGCAA  546

seq1  GTCTCATCTCAACTCATGTGTGTCAGAGGATGTAAAACATATACACACAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCATCTCAACTCATGTGTGTCAGAGGATGTAAAACATATACACACAA  596

seq1  AAACCAGTATCCAGATGTTCATAGCAATACAACTCAAAACCAGAAAGTAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAGTATCCAGATGTTCATAGCAATACAACTCAAAACCAGAAAGTAG  646

seq1  AAACAACACAAGTGCCCATGAAGAGACAAGAAACTGGATGAAAAAAGAAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACACAAGTGCCCATGAAGAGACAAGAAACTGGATGAAAAAAGAAA  696

seq1  AAGGCCCATTAATAGAGTTTTATGCAGTGAACATGAGGACACTGAACCAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCCATTAATAGAGTTTTATGCAGTGAACATGAGGACACTGAACCAC  746

seq1  GCTGTAGAATGAATGAGCCTGTAGAACTTTATGCTAATAAAGACAAAAAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTAGAATGAATGAGCCTGTAGAACTTTATGCTAATAAAGACAAAAAC  796

seq1  ACAAAAGGCTGTAGATCATGTGATTGGAATGACATGACATGTCTGAAATA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGGCTGTAGATCATGTGATTGGAATGACATGACATGTCTGAAATA  846

seq1  GATAGATCACGGAAATAGAAAATAAATCCATGGCTGCTCAGGGTTGGAGG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATCACGGAAATAGAAAATAAATCCATGGCTGCTCAGGGTTGGAGG  896

seq1  AACAGGAAGTGGCAAGTGAATGCTTATGGGCATGGGGTTTTATTTTCAGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGAAGTGGCAAGTGAATGCTTATGGGCATGGGGTTTTATTTTCAGT  946

seq1  GATGAGATCATCTGGCATTAGATAGTGGCGGTAGTTGCAGAATCTTGCAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGATCATCTGGCATTAGATAGTGGCGGTAGTTGCAGAATCTTGCAG  996

seq1  AGTATACCAAAAAACACTGGGTTGTATGTTTTCAAGGGTGAATTC  1041
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATACCAAAAAACACTGGGTTGTATGTTTTCAAGGGTGAATTC  1041