BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223P10
Chromosome19 (Build37)
Map Location 31,593,601 - 31,718,505
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrkg1
Upstream geneLOC668020, EG546723, Dkk1, LOC625995, Cstf2t, 8430431K14Rik
Downstream gene1810073H04Rik, Asah2, EG668042, Sgms1, 2700046G09Rik, LOC100042138, LOC672490, LOC100042823, Minpp1, Papss2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223P10.bB6Ng01-223P10.g
ACCGA038561GA038562
length7991,048
definitionB6Ng01-223P10.b B6Ng01-223P10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,593,601 - 31,594,399)(31,717,457 - 31,718,505)
sequence
gaattctcaataactactaaattctagtgagttaaaattccaatagccca
tgatttatcctgcagattaacagtcacctggttgctccttcatatttgaa
ttttctgtaattttctataatcatgtcattttaatttatataattgaatt
aagtttcaaaagcaacacagaggagtatgttagttatctcaacaatgaaa
gtatgtgcactgcttatcagtattcccaaagaaagcatgctgagtaaaag
ttgaagacactatgttcatagcagctttgtaatagctagaaacctgaaac
tacctagatgccctcaaatgaagaatggatacagaaaatgtggtacatct
acacaatgggatactactcaagaattaaaaataaagacatcaggaaaatc
aatacagtcaactaacctggatccttcaagctctcagagactgaatcacc
aaccaaagagcattcatgggctatacctaggcttcaataaacatatgtag
cagatgtacagttttgtcttcatgtgtgtctcaaacaactggagcctgca
gccgtcctaagaagctgatgcctgtgagttatattcttctagttgggttg
ccttgtctgggcttagtgggagaggatgagcttattcccaaaaagaacca
taccaagctggagatacccagaggggggcccaccctctcaggggagaagg
tgatgggggaaggatttttggagatggagactaggagtacagtgagcagg
ctttgagtgggatgtaaagtgaattttaaaaagttgaagatactttaaa
gaattctttctgcctcctggctggatatcccatcttctattctattcttt
cttttaggacataagtttttttttttttttttgattggtaggtgatgcat
ccatacaataaacaatatattctctctatactttattagttgagatgacc
gatttgttttctgagttttgtctgtctggaactctcaggtaagtgcacct
gtgttgacggtgacaacagaatgttgtctggcatataatagtgtgtgctg
actgatgattttctcttctgatatccactcttaaatgcaaagagacaggc
ttcatgccaatatcacgttaccgacacatgcaaagagaccaaaaggcacc
tgcagtcacaggaagcattcgcttaatagcttctttccctccttttcttt
ctattacctcattctcgtggctcccagctcctaattctttgaattgaatc
tgaacatagcaattgtgatagaatgtaagagtttgatattgacagtgaga
agcgaagtggaatggcagtggtctctgtattttgattccatgcgaatcat
tgattttgtgggcaatgcttggttgtgacctatgaaggagctacctgata
ctaagatatatgctgaacaattaaaatttgtagcagactatgggtttaac
acccatcctgaaacatttagttcttatgtgttttggaaactagttcctct
catttgccagatcatgaagggtagcacaaaagaatagatccttaggacac
cttctggctgtttgatatagtactctataaaaggcattactctattgctc
caagaaaaaaaaaagaggacatttacctaagtagtgagaagaaaagcaac
aaaaagctatgtgatcagtttgtgttaggttagtgaattttctgcatctt
tctagatttgattttgattctgaatttacacacatatatttttatagatc
agttatctaaggacatcagtacttgcattttaggtttcttttccatgtct
tcaagttatttatgtacattgacttagaatcacttgaagcctctaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_31593601_31594399
seq2: B6Ng01-223P10.b_44_842

seq1  GAATTCTCAATAACTACTAAATTCTAGTGAGTTAAAATTCCAATAGCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAATAACTACTAAATTCTAGTGAGTTAAAATTCCAATAGCCCA  50

seq1  TGATTTATCCTGCAGATTAACAGTCACCTGGTTGCTCCTTCATATTTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTATCCTGCAGATTAACAGTCACCTGGTTGCTCCTTCATATTTGAA  100

seq1  TTTTCTGTAATTTTCTATAATCATGTCATTTTAATTTATATAATTGAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGTAATTTTCTATAATCATGTCATTTTAATTTATATAATTGAATT  150

seq1  AAGTTTCAAAAGCAACACAGAGGAGTATGTTAGTTATCTCAACAATGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTCAAAAGCAACACAGAGGAGTATGTTAGTTATCTCAACAATGAAA  200

seq1  GTATGTGCACTGCTTATCAGTATTCCCAAAGAAAGCATGCTGAGTAAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGCACTGCTTATCAGTATTCCCAAAGAAAGCATGCTGAGTAAAAG  250

seq1  TTGAAGACACTATGTTCATAGCAGCTTTGTAATAGCTAGAAACCTGAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGACACTATGTTCATAGCAGCTTTGTAATAGCTAGAAACCTGAAAC  300

seq1  TACCTAGATGCCCTCAAATGAAGAATGGATACAGAAAATGTGGTACATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAGATGCCCTCAAATGAAGAATGGATACAGAAAATGTGGTACATCT  350

seq1  ACACAATGGGATACTACTCAAGAATTAAAAATAAAGACATCAGGAAAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAATGGGATACTACTCAAGAATTAAAAATAAAGACATCAGGAAAATC  400

seq1  AATACAGTCAACTAACCTGGATCCTTCAAGCTCTCAGAGACTGAATCACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGTCAACTAACCTGGATCCTTCAAGCTCTCAGAGACTGAATCACC  450

seq1  AACCAAAGAGCATTCATGGGCTATACCTAGGCTTCAATAAACATATGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAGAGCATTCATGGGCTATACCTAGGCTTCAATAAACATATGTAG  500

seq1  CAGATGTACAGTTTTGTCTTCATGTGTGTCTCAAACAACTGGAGCCTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTACAGTTTTGTCTTCATGTGTGTCTCAAACAACTGGAGCCTGCA  550

seq1  GCCGTCCTAAGAAGCTGATGCCTGTGAGTTATATTCTTCTAGTTGGGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTCCTAAGAAGCTGATGCCTGTGAGTTATATTCTTCTAGTTGGGTTG  600

seq1  CCTTGTCTGGGCTTAGTGGGAGAGGATGAGCTTATTCCCAAAAAGAACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTCTGGGCTTAGTGGGAGAGGATGAGCTTATTCCCAAAAAGAACCA  650

seq1  TACCAAGCTGGAGATACCCAGAGGGGGGCCCACCCTCTCAGGGGAGAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAGCTGGAGATACCCAGAGGGGGGCCCACCCTCTCAGGGGAGAAGG  700

seq1  TGATGGGGGAAGGATTTTTGGAGATGGAGACTAGGAGTACAGTGAGCAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGATGGGGGAAGGATTTTTGGAGATGGAGACTAGGAGTACAGTGAGC-AG  749

seq1  GCATTGAGTGGGATGTAAAGTGAA-TTTAAAAAGTTGAAGATACTTTAAA  799
      || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGAGTGGGATGTAAAGTGAATTTTAAAAAGTTGAAGATACTTTAAA  799

seq1: chr19_31717457_31718505
seq2: B6Ng01-223P10.g_68_1115 (reverse)

seq1  CCCTAGA-GCTTCAAGTGATTTCTAAGTCAATTGTACAT-AATAACTTG-  47
      ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| 
seq2  CCCTAGAGGCTTCAAGTGA-TTCTAAGTCAA-TGTACATAAATAACTTGA  48

seq1  AGACATGG-AAAGGAACCTAAAATGCAAGTACTGATTGTTCTTAGATAAC  96
      |||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
seq2  AGACATGGAAAAGAAACCTAAAATGCAAGTACTGA-TGTCCTTAGATAAC  97

seq1  TGATCTATAAAATATTATGTGTGTAAATTCAGAATCAAAATCAAAATCTA  146
      ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGATCTATAAAAATATATGTGTGTAAATTCAGAATCAAAATC-AAATCTA  146

seq1  GAAAGATGCAGAAAATTCACTAACCTAACACAAACTGATCACATAGCTTT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATGCAGAAAATTCACTAACCTAACACAAACTGATCACATAGCTTT  196

seq1  TTGTTGCTTTTCTTCTCACTACTTAGGTAAATGTCCTCTTTTTTTTTTTC  246
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTGTTGCTTTTCTTCTCACTACTTAGGTAAATGTCCTC-TTTTTTTTTTC  245

seq1  TTGGAGCAATAGAGTAATGCCTTTTATAGAGTACTATATCAAACAGCCAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGCAATAGAGTAATGCCTTTTATAGAGTACTATATCAAACAGCCAG  295

seq1  AAGGTGTCCTAAGGATCTATTCTTTTGTGCTACCCTTCATGATCTGGGGA  346
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  AAGGTGTCCTAAGGATCTATTCTTTTGTGCTACCCTTCATGATCTGGCAA  345

seq1  ATGAGAGGAACTAGTTTCCAAAACACATAAGAACTAAATGTTTCAGGATG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAGGAACTAGTTTCCAAAACACATAAGAACTAAATGTTTCAGGATG  395

seq1  GGTGTTAAACCCATAGTCTGCTACAAATTTTAATTGTTCAGCATATATCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTAAACCCATAGTCTGCTACAAATTTTAATTGTTCAGCATATATCT  445

seq1  TAGTATCAGGTAGCTCCTTCATAGGTCACAACCAAGCATTGCCCACAAAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATCAGGTAGCTCCTTCATAGGTCACAACCAAGCATTGCCCACAAAA  495

seq1  TCAATGATTCGCATGGAATCAAAATACAGAGACCACTGCCATTCCACTTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGATTCGCATGGAATCAAAATACAGAGACCACTGCCATTCCACTTC  545

seq1  GCTTCTCACTGTCAATATCAAACTCTTACATTCTATCACAATTGCTATGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTCACTGTCAATATCAAACTCTTACATTCTATCACAATTGCTATGT  595

seq1  TCAGATTCAATTCAAAGAATTAGGAGCTGGGAGCCACGAGAATGAGGTAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATTCAATTCAAAGAATTAGGAGCTGGGAGCCACGAGAATGAGGTAA  645

seq1  TAGAAAGAAAAGGAGGGAAAGAAGCTATTAAGCGAATGCTTCCTGTGACT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAGAAAAGGAGGGAAAGAAGCTATTAAGCGAATGCTTCCTGTGACT  695

seq1  GCAGGTGCCTTTTGGTCTCTTTGCATGTGTCGGTAACGTGATATTGGCAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTGCCTTTTGGTCTCTTTGCATGTGTCGGTAACGTGATATTGGCAT  745

seq1  GAAGCCTGTCTCTTTGCATTTAAGAGTGGATATCAGAAGAGAAAATCATC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCTGTCTCTTTGCATTTAAGAGTGGATATCAGAAGAGAAAATCATC  795

seq1  AGTCAGCACACACTATTATATGCCAGACAACATTCTGTTGTCACCGTCAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGCACACACTATTATATGCCAGACAACATTCTGTTGTCACCGTCAA  845

seq1  CACAGGTGCACTTACCTGAGAGTTCCAGACAGACAAAACTCAGAAAACAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGTGCACTTACCTGAGAGTTCCAGACAGACAAAACTCAGAAAACAA  895

seq1  ATCGGTCATCTCAACTAATAAAGTATAGAGAGAATATATTGTTTATTGTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGGTCATCTCAACTAATAAAGTATAGAGAGAATATATTGTTTATTGTA  945

seq1  TGGATGCATCACCTACCAATCAAAAAAAAAAAAAAAAACTTATGTCCTAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCATCACCTACCAATCAAAAAAAAAAAAAAAAACTTATGTCCTAA  995

seq1  AAGAAAGAATAGAATAGAAGATGGGATATCCAGCCAGGAGGCAGAAAGAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGAATAGAATAGAAGATGGGATATCCAGCCAGGAGGCAGAAAGAA  1045

seq1  TTC  1049
      |||
seq2  TTC  1048