BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227L22
Chromosome19 (Build37)
Map Location 33,927,675 - 34,049,131
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668127, Lipf
Upstream gene6530404N21Rik, LOC638381, EG668095, LOC628236, AI747699, EG668106, EG668112, EG668114, EG329055, EG433241
Downstream geneLipk, EG383462, Lipn, Ankrd22, Stambpl1, Acta2, Fas, Ch25h, Lipa, Ifit2, Ifit3, OTTMUSG00000016644, LOC667370, 2010002M12Rik, Ifit1, Slc16a12, LOC676714, Pank1, Mphosph1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227L22.bB6Ng01-227L22.g
ACCGA041335GA041336
length1,139954
definitionB6Ng01-227L22.b B6Ng01-227L22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,927,675 - 33,928,798)(34,048,183 - 34,049,131)
sequence
gaattcaatgatttctttataaacttctccattagcatctttacccaata
taaaatctatatgagtataatgaggaatctccttgtgataaaataaattg
ggagttttggctgccaggttttgaacatctttgggatctcccagaatatc
ttgtcccccactccaaatagcagtttggaccttcatgtcttctatcttgt
atcttggaggaataaactaaaggaaaataaagaagatgctatacatcaaa
atatgaactgtgatttggaaattctaacctatgaatccattcactctgta
tctgtaccagaccacagggagaatttaaatactcacaacacttgtcaagg
caggaagatcctagtggcaaatcactatcatgtaacatacacaattttat
caaagtggaaaccctgtgaaccttatgttctttatgtttgacatgaagac
atcaatgatcatctgataaatcatacattttttgtgaagtacaaatggta
agctatataaaactatgtaatgggttattaaaagaagtgtttttattctt
ttgaagccattctctggcacctgtcttccaatatcctgggaagtataaaa
aatgttcaacaatctttaaaaagtatctattttgttagaccttttataca
ctttccaaaagggaggaatcagtacagtttgtaggagacttacctgattg
tagtgctccatatttagagatttactgccccagtcatatgcttcgaatac
atcatatatgattcccttaaagataaaatagactattacaaaccttttcg
aaagaacaattgctaagtattaggaatctgtattgcctccttttttatgt
gacctactggctcagattcaatataactataaatataactataactgtgt
gtgtgtatgcgggtgtctgtgtgtgtgcgtgtactataattcttatcatc
cacatgatcctggataaatggaaactgggaacacaggcaataaaatttct
atatcatttcaaacagaattaaatttgatttaaaaagttagtaacttaca
gtataactttgcaaaaatatagtagtatggtagtatcatattgtagaaaa
tttattgaaatatggaaaattgtagatctacaattttta
gaattctgaaaaaggcccttagagacatcaaattagtaaaatttgatgtg
aggcttttctctatacgaagaatcttgtcttgtctgaaaacatatccttc
taagatttgagtcagggggactaaggaaaatcaggattattcggtgacta
attggaagaaaattaggggctgtttaatagaaagagtgagtcacaaacta
ctataaggtacccgccttactcacaactagtcagtgacaacccaagagtt
ttccctgagcatatggttacagatattatctttttatagcctgtcaacaa
ttttctagtccatgaattattgtgtaaattggtattgaccaccaattgga
tcaactccagggtctgagttatccgtaccataccaaatgtgaggaccaca
aggcaccttcatgctcagaaatatttataactttgacctgagaacacacc
cacatcaaaatgtgttcccatgaagtcatgtatctacatatccaaatgaa
gagggtggtatatgagaaaactgcttaatctcatgcatggatataagtgg
tgacttgtttcagtcagttgcacgtcagagagaagagaacagagtgttgg
gtggagactgggttatccactagggctgtgtaaagaagatgtactgctaa
tctacagaaagtcttcacgtgggacccaggattattctgcgggtatattt
ttcagagcatagtagtggagaaactgaacaccagcattagtttgaaaaat
gaatacccaatcgtgttacttgtctttccaaacttctttgttgcttaatt
tgtgaacaatttcagccaactgatatgaggcctccaacatacagcagagg
actgcagggtctgggtttagtcagagaggatgcacctaaaccctcaagag
actggagacttagtctcttatttagaggtttagagggggtagtggggagg
ggat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_33927675_33928798
seq2: B6Ng01-227L22.b_48_1186

seq1  GAATTCAATGATTTCTTTATAAACTTCTCCATTAGCATCTTTACCCAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGATTTCTTTATAAACTTCTCCATTAGCATCTTTACCCAATA  50

seq1  TAAAATCTATATGAGTATAATGAGGAATCTCCTTGTGATAAAATAAATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCTATATGAGTATAATGAGGAATCTCCTTGTGATAAAATAAATTG  100

seq1  GGAGTTTTGGCTGCCAGGTTTTGAACATCTTTGGGATCTCCCAGAATATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTTTGGCTGCCAGGTTTTGAACATCTTTGGGATCTCCCAGAATATC  150

seq1  TTGTCCCCCACTCCAAATAGCAGTTTGGACCTTCATGTCTTCTATCTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCCCCACTCCAAATAGCAGTTTGGACCTTCATGTCTTCTATCTTGT  200

seq1  ATCTTGGAGGAATAAACTAAAGGAAAATAAAGAAGATGCTATACATCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGGAGGAATAAACTAAAGGAAAATAAAGAAGATGCTATACATCAAA  250

seq1  ATATGAACTGTGATTTGGAAATTCTAACCTATGAATCCATTCACTCTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAACTGTGATTTGGAAATTCTAACCTATGAATCCATTCACTCTGTA  300

seq1  TCTGTACCAGACCACAGGGAGAATTTAAATACTCACAACACTTGTCAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTACCAGACCACAGGGAGAATTTAAATACTCACAACACTTGTCAAGG  350

seq1  CAGGAAGATCCTAGTGGCAAATCACTATCATGTAACATACACAATTTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGATCCTAGTGGCAAATCACTATCATGTAACATACACAATTTTAT  400

seq1  CAAAGTGGAAACCCTGTGAACCTTATGTTCTTTATGTTTGACATGAAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTGGAAACCCTGTGAACCTTATGTTCTTTATGTTTGACATGAAGAC  450

seq1  ATCAATGATCATCTGATAAATCATACATTTTTTGTGAAGTACAAATGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATGATCATCTGATAAATCATACATTTTTTGTGAAGTACAAATGGTA  500

seq1  AGCTATATAAAACTATGTAATGGGTTATTAAAAGAAGTGTTTTTATTCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATATAAAACTATGTAATGGGTTATTAAAAGAAGTGTTTTTATTCTT  550

seq1  TTGAAGCCATTCTCTGGCACCTGTCTTCCAATATCCTGGGAAGTATAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGCCATTCTCTGGCACCTGTCTTCCAATATCCTGGGAAGTATAAAA  600

seq1  AATGTTCAACAATCTTTAAAAAGTATCTATTTTGTTAGACCTTTTATACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCAACAATCTTTAAAAAGTATCTATTTTGTTAGACCTTTTATACA  650

seq1  CTTTCCAAAAGGGAGGAATCAGTACAGTTTGTAGGAGACTTACCTGATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCAAAAGGGAGGAATCAGTACAGTTTGTAGGAGACTTACCTGATTG  700

seq1  TAGTGCTCCATATTTAGAGATTTACTGCCCCAGTCATATGCTTCGAATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCTCCATATTTAGAGATTTACTGCCCCAGTCATATGCTTCGAATAC  750

seq1  ATCATATATGATTCCCTTAAAGATAAAATAGACTATTACAAACC-TTTCG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATCATATATGATTCCCTTAAAGATAAAATAGACTATTACAAACCTTTTCG  800

seq1  AAAGAACAATTGCTAAGTATTAGGAATCTGTATTGCCTCCTTTTTTATGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACAATTGCTAAGTATTAGGAATCTGTATTGCCTCCTTTTTTATGT  850

seq1  GACCTACTGGCTCAGATTCAATATAACTATAAATATAACTATAACTGTGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTACTGGCTCAGATTCAATATAACTATAAATATAACTATAACTGTGT  900

seq1  GTGTGTATGCGGGTGTCTGTGTGTGTGCGTGTACTATAATTCTTATCATC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTATGCGGGTGTCTGTGTGTGTGCGTGTACTATAATTCTTATCATC  950

seq1  CACATGATCCTGGATAAATGGAAACT-GGAACACAGGC-ATAAAATTTCT  997
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  CACATGATCCTGGATAAATGGAAACTGGGAACACAGGCAATAAAATTTCT  1000

seq1  ATATCA-TTCAAACAG-ATTAAATTTGATTTAAAAAGTTAGTAAC-TACA  1044
      |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATATCATTTCAAACAGAATTAAATTTGATTTAAAAAGTTAGTAACTTACA  1050

seq1  GTAT-ACTTTGCAAAAAATATAGTAGTATGGTAGTATCATA-TGTAG-AA  1091
      |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  GTATAACTTTGC-AAAAATATAGTAGTATGGTAGTATCATATTGTAGAAA  1099

seq1  ATATATTGAAATAT-GAAAATGGTAG------TATTTTTA  1124
      || ||||||||||| |||||| ||||       |||||||
seq2  ATTTATTGAAATATGGAAAATTGTAGATCTACAATTTTTA  1139

seq1: chr19_34048183_34049131
seq2: B6Ng01-227L22.g_70_1023 (reverse)

seq1  ATCCCCTCCC--CTA-CCCCTCTAAACCTCTAAATAAGAGACTGAGTCTC  47
      ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATCCCCTCCCCACTACCCCCTCTAAACCTCTAAATAAGAGACTAAGTCTC  50

seq1  CAGTCTCTTGAGGG-TTAGGTGCATCCTCTCTGACTAAACCCAGACCCTG  96
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTCTTGAGGGTTTAGGTGCATCCTCTCTGACTAAACCCAGACCCTG  100

seq1  CAGTCCTCTGCTGTATGTTGGAGGCCTCATATCAGTTGGCTGAAATTGTT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTCTGCTGTATGTTGGAGGCCTCATATCAGTTGGCTGAAATTGTT  150

seq1  CACAATTTAAGCAACAAAGAAGTTTGGAAAGACAAGTAACACGATTGGGT  196
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATTAAGCAACAAAGAAGTTTGGAAAGACAAGTAACACGATTGGGT  200

seq1  ATTCATTTTTCAAACTAATGCTGGTGTTCAGTTTCTCCACTACTATGCTC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTTTTCAAACTAATGCTGGTGTTCAGTTTCTCCACTACTATGCTC  250

seq1  TG-AAAATATACCCGCAGAATAATCCTGGGTCCCACGTGAAGACTTTCTG  295
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAATATACCCGCAGAATAATCCTGGGTCCCACGTGAAGACTTTCTG  300

seq1  TAGATTAGCAGTACATCTTCTTTACACAGCCCTAGTGGATAACCCAGTCT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTAGCAGTACATCTTCTTTACACAGCCCTAGTGGATAACCCAGTCT  350

seq1  CCACCCAACACTCTGTTCTCTTCTCTCTGACGTGCAACTGACTGAAACAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCAACACTCTGTTCTCTTCTCTCTGACGTGCAACTGACTGAAACAA  400

seq1  GTCACCACTTATATCCATGCATGAGATTAAGCAGTTTTCTCATATACCAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCACTTATATCCATGCATGAGATTAAGCAGTTTTCTCATATACCAC  450

seq1  CCTCTTCATTTGGATATGTAGATACATGACTTCATGGGAACACATTTTGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCATTTGGATATGTAGATACATGACTTCATGGGAACACATTTTGA  500

seq1  TGTGGGTGTGTTCTCAGGTCAAAGTTATAAATATTTCTGAGCATGAAGGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTGTGTTCTCAGGTCAAAGTTATAAATATTTCTGAGCATGAAGGT  550

seq1  GCCTTGTGGTCCTCACATTTGGTATGGTACGGATAACTCAGACCCTGGAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGTGGTCCTCACATTTGGTATGGTACGGATAACTCAGACCCTGGAG  600

seq1  TTGATCCAATTGGTGGTCAATACCAATTTACACAATAATTCATGGACTAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCCAATTGGTGGTCAATACCAATTTACACAATAATTCATGGACTAG  650

seq1  AAAATTGTTGACAGGCTATAAAAAGATAATATCTGTAACCATATGCTCAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGTTGACAGGCTATAAAAAGATAATATCTGTAACCATATGCTCAG  700

seq1  GGAAAACTCTTGGGTTGTCACTGACTAGTTGTGAGTAAGGCGGGTACCTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAACTCTTGGGTTGTCACTGACTAGTTGTGAGTAAGGCGGGTACCTT  750

seq1  ATAGTAGTTTGTGACTCACTCTTTCTATTAAACAGCCCCTAATTTTCTTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTAGTTTGTGACTCACTCTTTCTATTAAACAGCCCCTAATTTTCTTC  800

seq1  CAATTAGTCACCGAATAATCCTGATTTTCCTTAGTCCCCCTGACTCAAAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAGTCACCGAATAATCCTGATTTTCCTTAGTCCCCCTGACTCAAAT  850

seq1  CTTAGAAGGATATGTTTTCAGACAAGACAAGATTCTTCGTATAGAGAAAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAAGGATATGTTTTCAGACAAGACAAGATTCTTCGTATAGAGAAAA  900

seq1  GCCTCACATCAAATTTTACTAATTTGATGTCTCTAAGGGCCTTTTTCAGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCACATCAAATTTTACTAATTTGATGTCTCTAAGGGCCTTTTTCAGA  950

seq1  ATTC  949
      ||||
seq2  ATTC  954