BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236H23
Chromosome19 (Build37)
Map Location 58,085,145 - 58,220,668
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtrnl1
Upstream geneAblim1, EG668259, AI450540, Trub1, LOC100043038
Downstream geneGfra1, LOC100043503, 1700011F14Rik, Pnlip, Pnliprp1, Pnliprp2, 1700019N19Rik, Hspa12a, 6430537H07Rik, 4930506M07Rik, LOC668626
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236H23.bB6Ng01-236H23.g
ACCGA047701GA047702
length1,0481,184
definitionB6Ng01-236H23.b B6Ng01-236H23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,085,145 - 58,086,187)(58,219,525 - 58,220,668)
sequence
gaattccaggtccagtgaaacacctgtctcaaaaagtagggtggaaagca
gttgagaaaaatgtcagtgtcgacctctgggttctttatgtacataacca
catctgcatgcagaccccatacacgtgcacctacaggaacaggtaagcac
acatgcaaaagcaaaaatagggagataagtcagtcataaattcagtcact
tgtcaccttcctaacccactcagctcagtaacgggtggagcctgtttgct
tagtacttagcattggaaaagtggcaaaatgccctcatttaatgaagtct
ttaagaagaaacaagcagtcattgttaaaatcttggtgcataacttctaa
gagtctgcataggggtgggactgtatgtgtgttgcctacatgcatgttta
ctgtggttaagtctccatgacttgaaatgcatcctcttgtttccaagagt
aaaaagatcattggatacaaccccagtgctgcgatccattgctccagctt
tctttcattcccatttccatgggcttgcttttttctttctcatatgacta
tgcatatgtatttactgtggattgtcttttgtgttttttatctaagagaa
ctgtctttatcttttgatttatacattgagatcattcattttaatgtaat
taatatggtttggttacaatctactatgctattatttatgtataaagtgg
ttcagagttcctgctctatgtcctcagtctcttattttactcaacatttc
tttctccatcactgtgtacactaagtctattcaatttcatcagcaggtca
aattgtcacagcgatctggcatttctatgctgtctgtcttccaacttaaa
tttctagtgttcacaccaaactgatggcctttctgcttgcggtgagatca
cactcacccatgaaccgttcattgtatttttacgtctaggatgtgccacc
ttttctaccctaacttcaccttctaaggcgggtgatcttattgtgtattg
tctgctttaaaccctgttgaagagaaggagagggaggaggggaggggg
gaattccctcactcatatcagacttaattatgcaataacttagcaatacc
cagacatctgccatttctgagcatatctgaaaggcaaagattgcaatgcc
ttgtgtggtctcaggagcagcagggatcttctctgggctgatgggggcaa
gtatggaggataaaaaagggggtgggtacccctccatgtggatgatggag
aattcaaagtatgtcaaatggctgaaggtaagatcttggctcatttcaca
atctagactttagggactatgctgattttcacataaataattcctggaga
agtcacttcccattgggccgtggttaaagcatgcctgcagcactgatctg
ctctatgacttttaatctggatggctactaatttgtctgacaactcccct
accagcctcgctgccctcctgttctctgagtcagcatgctggctcttggc
ggcgcctacatcatacagagctgtcaccaccatcaaacagcaggccctca
gggctcatgctcaccagtaaagcaataagcacttgttggagtgttagcga
ggccccgttgcagcaccggtaaattaattttagagatgtatctaggtcaa
tgtatctgtgcaccgcatacaaacacatcagccagttacctgtgtttgcg
aatttgtaaaaggttaaagccttccctggtagtgacttaccctttagcta
agtcccagatggaaaaaaaatggttacattctgcttcatggtaacaactg
caagatccaccacacacacacacacacacacacacagagagagagagaga
gagagagagagagagagagagagagagagagagatttctgagagctggac
accacaaacatagtttaataatagtttttaggagcccagagtttaaaagg
cattaccatttcccgacttccacacccccatataactagcaagggctgat
ttcagggatctttgaatgacccaataatccatgaaattttctaacatcta
cctttctctattcctaaagtaagagaatgtaatttcataaaggtctcttt
ttgaaggtttaaaaccagcatagtggaaacagtttaatcaaagtttatct
tggatggcctggaagtgagtgcccctcactaaggaaaataaagtaaaacc
tccaggatattgggggagcctgccaaacgaaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_58085145_58086187
seq2: B6Ng01-236H23.b_44_1091

seq1  GAATTCCAGGTCCAGTGAAACACCTGTCTCAAAAAGTAGGGTGGAAAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTCCAGTGAAACACCTGTCTCAAAAAGTAGGGTGGAAAGCA  50

seq1  GTTGAGAAAAATGTCAGTGTCGACCTCTGGGTTCTTTATGTACATAACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGAAAAATGTCAGTGTCGACCTCTGGGTTCTTTATGTACATAACCA  100

seq1  CATCTGCATGCAGACCCCATACACGTGCACCTACAGGAACAGGTAAGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGCATGCAGACCCCATACACGTGCACCTACAGGAACAGGTAAGCAC  150

seq1  ACATGCAAAAGCAAAAATAGGGAGATAAGTCAGTCATAAATTCAGTCACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCAAAAGCAAAAATAGGGAGATAAGTCAGTCATAAATTCAGTCACT  200

seq1  TGTCACCTTCCTAACCCACTCAGCTCAGTAACGGGTGGAGCCTGTTTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCTTCCTAACCCACTCAGCTCAGTAACGGGTGGAGCCTGTTTGCT  250

seq1  TAGTACTTAGCATTGGAAAAGTGGCAAAATGCCCTCATTTAATGAAGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACTTAGCATTGGAAAAGTGGCAAAATGCCCTCATTTAATGAAGTCT  300

seq1  TTAAGAAGAAACAAGCAGTCATTGTTAAAATCTTGGTGCATAACTTCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAGAAACAAGCAGTCATTGTTAAAATCTTGGTGCATAACTTCTAA  350

seq1  GAGTCTGCATAGGGGTGGGACTGTATGTGTGTTGCCTACATGCATGTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGCATAGGGGTGGGACTGTATGTGTGTTGCCTACATGCATGTTTA  400

seq1  CTGTGGTTAAGTCTCCATGACTTGAAATGCATCCTCTTGTTTCCAAGAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTTAAGTCTCCATGACTTGAAATGCATCCTCTTGTTTCCAAGAGT  450

seq1  AAAAAGATCATTGGATACAACCCCAGTGCTGCGATCCATTGCTCCAGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGATCATTGGATACAACCCCAGTGCTGCGATCCATTGCTCCAGCTT  500

seq1  TCTTTCATTCCCATTTCCATGGGCTTGCTTTTTTCTTTCTCATATGACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCATTCCCATTTCCATGGGCTTGCTTTTTTCTTTCTCATATGACTA  550

seq1  TGCATATGTATTTACTGTGGATTGTCTTTTGTGTTTTTTATCTAAGAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATGTATTTACTGTGGATTGTCTTTTGTGTTTTTTATCTAAGAGAA  600

seq1  CTGTCTTTATCTTTTGATTTATACATTGAGATCATTCATTTTAATGTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTTATCTTTTGATTTATACATTGAGATCATTCATTTTAATGTAAT  650

seq1  TAATATGGTTTGGTTACAATCTACTATGCTATTATTTATGTATAAAGTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGGTTTGGTTACAATCTACTATGCTATTATTTATGTATAAAGTGG  700

seq1  TTCAGAGTTCCTGCTCTATGTCCTCAGTCTCTTATTTTACTCAACATTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGTTCCTGCTCTATGTCCTCAGTCTCTTATTTTACTCAACATTTC  750

seq1  TTTCTCCATCACTGTGTACACTAAGTCTATTCAATTTCATCAGCAGGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCATCACTGTGTACACTAAGTCTATTCAATTTCATCAGCAGGTCA  800

seq1  AATTGTCACAGCGATCTGGCATTTCTATGCTGTCTGTCTTCCAACTTAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTCACAGCGATCTGGCATTTCTATGCTGTCTGTCTTCCAACTTAAA  850

seq1  TTTCTAGTGTTCACACCAAACTGATGGCCTTTCTGCTTGCGGTGAGATCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGTGTTCACACCAAACTGATGGCCTTTCTGCTTGCGGTGAGATCA  900

seq1  CACTCACCCATGAACCGTTCATTGTA-TTTTACGTCTAGGATGTG-CACC  948
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  CACTCACCCATGAACCGTTCATTGTATTTTTACGTCTAGGATGTGCCACC  950

seq1  TTTTCTACCCTAACTTCACCTTCTAGGGCGGGTGATCTTATTGTGTATTG  998
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTACCCTAACTTCACCTTCTAAGGCGGGTGATCTTATTGTGTATTG  1000

seq1  TCTGCTTTAAACCCTG-TGAAGAGAAGGAGAGGGAG--AGGGAGGGGG  1043
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  TCTGCTTTAAACCCTGTTGAAGAGAAGGAGAGGGAGGAGGGGAGGGGG  1048

seq1: chr19_58219525_58220668
seq2: B6Ng01-236H23.g_66_1249 (reverse)

seq1  TATTTCGTTT-GCA-GCTCCCC--ATATCCTGG-GTTTTTACTTTATTT-  44
      |||||||||| ||| |||||||  ||||||||| | ||||||||||||| 
seq2  TATTTCGTTTGGCAGGCTCCCCCAATATCCTGGAGGTTTTACTTTATTTT  50

seq1  -CTTAGT--GGGGC-TTAACTTCCA-GCCAT-CAGGAT-AACTTTG-TTT  86
       ||||||  |||||  | ||||||| ||||| || ||| ||||||| || 
seq2  CCTTAGTGAGGGGCACTCACTTCCAGGCCATCCAAGATAAACTTTGATTA  100

seq1  AACTGTTT-CACTATGCT-GTTTTAA--CCTCTAAAAGA-ACC-TTATGA  130
      |||||||| ||||||||| |||||||  | || |||||| ||| ||||||
seq2  AACTGTTTCCACTATGCTGGTTTTAAACCTTCAAAAAGAGACCTTTATGA  150

seq1  AA-TACATTCT-TTACTT--AGAATAGAGAA--GTAGATG-TAGAAAA-T  172
      || |||||||| ||||||   ||||||||||  ||||||| ||||||| |
seq2  AATTACATTCTCTTACTTTAGGAATAGAGAAAGGTAGATGTTAGAAAATT  200

seq1  TCATGGATTATT-GGTCA-TCAAAGAT-CCTG-AATCAGCCC-TGCTAGT  217
      |||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||
seq2  TCATGGATTATTGGGTCATTCAAAGATCCCTGAAATCAGCCCTTGCTAGT  250

seq1  TATAT-GGGGTGTGG-AGTCGGG-AATGCTAATGCCTTTTAAACTCT-GG  263
      ||||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| ||
seq2  TATATGGGGGTGTGGAAGTCGGGAAATGGTAATGCCTTTTAAACTCTGGG  300

seq1  CTCCT-AAAACTATTATT-AACTATGTTTGTGGTGTCCAGCTCTCAG-AA  310
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTCCTAAAAACTATTATTAAACTATGTTTGTGGTGTCCAGCTCTCAGAAA  350

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTG  360
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTG  400

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTGGATCTTGCAGTTGTTACCATGAA  410
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTGGATCTTGCAGTTGTTACCATGAA  450

seq1  GCAGAATGTAACCATTTTTTTTCCATCTGGGACTTAGCTAAAGGGTAAGT  460
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAATGTAACCATTTTTTTTCCATCTGGGACTTAGCTAAAGGGTAAGT  500

seq1  CACTACCAGGGAAGGCTTTAACCTTTTACAAATTCGCAAACACAGGTAAC  510
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACCAGGGAAGGCTTTAACCTTTTACAAATTCGCAAACACAGGTAAC  550

seq1  TGGCTGATGTGTTTGTATGCGGTGCACAGATACATTGACCTAGATACATC  560
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGATGTGTTTGTATGCGGTGCACAGATACATTGACCTAGATACATC  600

seq1  TCTAAAATTAATTTACCGGTGCTGCAACGGGGCCTCGCTAACACTCCAAC  610
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAATTAATTTACCGGTGCTGCAACGGGGCCTCGCTAACACTCCAAC  650

seq1  AAGTGCTTATTGCTTTACTGGTGAGCATGAGCCCTGAGGGCCTGCTGTTT  660
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTTATTGCTTTACTGGTGAGCATGAGCCCTGAGGGCCTGCTGTTT  700

seq1  GATGGTGGTGACAGCTCTGTATGATGTAGGCGCCGCCAAGAGCCAGCATG  710
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTGGTGACAGCTCTGTATGATGTAGGCGCCGCCAAGAGCCAGCATG  750

seq1  CTGACTCAGAGAACAGGAGGGCAGCGAGGCTGGTAGGGGAGTTGTCAGAC  760
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCAGAGAACAGGAGGGCAGCGAGGCTGGTAGGGGAGTTGTCAGAC  800

seq1  AAATTAGTAGCCATCCAGATTAAAAGTCATAGAGCAGATCAGTGCTGCAG  810
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAGTAGCCATCCAGATTAAAAGTCATAGAGCAGATCAGTGCTGCAG  850

seq1  GCATGCTTTAACCACGGCCCAATGGGAAGTGACTTCTCCAGGAATTATTT  860
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCTTTAACCACGGCCCAATGGGAAGTGACTTCTCCAGGAATTATTT  900

seq1  ATGTGAAAATCAGCATAGTCCCTAAAGTCTAGATTGTGAAATGAGCCAAG  910
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAAAATCAGCATAGTCCCTAAAGTCTAGATTGTGAAATGAGCCAAG  950

seq1  ATCTTACCTTCAGCCATTTGACATACTTTGAATTCTCCATCATCCACATG  960
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTACCTTCAGCCATTTGACATACTTTGAATTCTCCATCATCCACATG  1000

seq1  GAGGGGTACCCACCCCCTTTTTTATCCTCCATACTTGCCCCCATCAGCCC  1010
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGTACCCACCCCCTTTTTTATCCTCCATACTTGCCCCCATCAGCCC  1050

seq1  AGAGAAGATCCCTGCTGCTCCTGAGACCACACAAGGCATTGCAATCTTTG  1060
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGATCCCTGCTGCTCCTGAGACCACACAAGGCATTGCAATCTTTG  1100

seq1  CCTTTCAGATATGCTCAGAAATGGCAGATGTCTGGGTATTGCTAAGTTAT  1110
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCAGATATGCTCAGAAATGGCAGATGTCTGGGTATTGCTAAGTTAT  1150

seq1  TGCATAATTAAGTCTGATATGAGTGAGGGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATAATTAAGTCTGATATGAGTGAGGGAATTC  1184