BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238M18
Chromosome19 (Build37)
Map Location 24,448,800 - 24,603,717
singlet/doubletdoublet
Overlap genePip5k1b, 2900009I07Rik
Upstream geneMamdc2, 1700028P14Rik, LOC670565, LOC226030, EG625193, Ptar1, Apba1, Gm967, 1700021P04Rik, Tjp2, Fxn, LOC667743, LOC100042457
Downstream geneE030010A14Rik, Pgm5, LOC672195, Foxd4, Cbwd1, Dock8, LOC100042503, Ankrd15, LOC433233, LOC383474, Dmrt1
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238M18.bB6Ng01-238M18.g
ACCGA049398GA049399
length1,1451,164
definitionB6Ng01-238M18.b B6Ng01-238M18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,448,800 - 24,449,935)(24,602,572 - 24,603,717)
sequence
gaattcctcatatccttcagtatcaagctgtgacatcacctactccaatc
ctcacaatacgcaatcatcaccgcatctctcggactgcttggcaatggat
caaacatggaggccactcaccccaggctcagcaacaaggacctgtcccag
tatgagcccagttcacctctctcctgctgaagtgccgccataataatgct
ctgtgacgggctgctttctggagcctcagatggacagcagggtttcaaca
gaagagatccctagttgttaggtaccagcattggcctcggagtgaccctg
cagccaccccctagatcccaatacccagcagccatactaaagttcaattc
tgagaagcggagaagatacagaaaaggaaaggcataaagagcctggacca
aaatataaaaataagttaaaaacaaccaaccaactaaccaaccaaccaac
caaccaaccaaccaaccaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaaaa
accccaacacactcttgtctaaattaaataaaaaggtactattaagtaaa
gctaaagggtaaatattaaacacaatgccaaattatcatatgatacaaac
ctagatatcagggaagagggagttttaattgagaaattgccttcataagg
tttgcctgtaagcaagcatattcttgatgttggagggcctggctcactct
gggtgggtgccaccccggggcagctggttttgagtggtataagaaagcgg
gccgaacaagcgatggggaacaagctagtatgcagtgctcctccacggct
ctgtttcagttcttgccttctttgctccccttaacagactacgacactgt
gactgggagaggtaagccaaattagacccatttgctaaggctgctttggg
gtgatagtgttttatcacatcaaggagagaccctaactagacagccctcc
atcagacttacaaaggcagtcccttaggaaccacagccacagaacccccg
cattgcccacagctcgacccccagagcagctactgggctaggttcacaga
gactttggcagagcagattggagttcaagctcagcttttacatgttccca
aatacattaggatgaagccaatttgcgttaagagaagcgaggtcc
gaattctttgtgtctaaagaggtgtcacatctcagcttagcttcagttta
tatgtggcaccgatatgagctgacatcactgatgtctagatagctgtttg
ttttgtggggaaataggaaggaagtagagttgacattgcggtggtgcact
gggcatatctaaggtgactctgtccctctgtcttctcagcagagaacagc
atccaaagtgaggcagtgctacccacatgagtgatcacaaaagggttaaa
gaaacatggaggacagaggctagagagatggctcagtggtgaagaatgta
taccactcttccagaagacccaagttctagtcctagcacccacattggtg
gcatacaatcactgtatctccagctccaggacatctgacacctctgacct
ctgtgggctctctctctctctctctctctctctctcacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacagaaaataaaccttaaaaat
aaataaatacacatagtgggaaacacctctgggtactttccttgtgtaag
atgcctagggcaaggggatggcgtttagagggcagggcttgggcgaggca
gcaattgcaaaaacaaatatgtggtccttgtcctcaagaaattcacaaca
gataagagggctaaaaaaaaaaatacacctggttgtgcaattaaagatga
ggtggctacatttagggtaaaagcctgacttaagattcaaggttaagcct
ttgtggatgtgatgggttttctattcagatggggaaaactagcttttaca
caaaaccacaccacataagttactgagtcacatgtttaaaagtgataaag
tgctggacttgtgccctttgcttttgaaattcatctccctttctccgagt
tccaggaaattacattataacatgcaagctgcagtccttaatgatatggg
cgggccagggtataaggagcataaggataatggataagcctcttcctggt
gtccatttgccatgggattggtgggcctctggcacagcacccttccttga
gccccagtgttgcctaggctccaaggcatgtaccactttcaaggaatcct
tccaagtaatgcttagagttatagcagtgcaactgcgaaatatagtgacc
atttttatttccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_24448800_24449935
seq2: B6Ng01-238M18.b_48_1192

seq1  GAATTCCTCATATCCTTCAGTATCAAGCTGTGACATCACCTACTCCAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCATATCCTTCAGTATCAAGCTGTGACATCACCTACTCCAATC  50

seq1  CTCACAATACGCAATCATCACCGCATCTCTCGGACTGCTTGGCAATGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAATACGCAATCATCACCGCATCTCTCGGACTGCTTGGCAATGGAT  100

seq1  CAAACATGGAGGCCACTCACCCCAGGCTCAGCAACAAGGACCTGTCCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATGGAGGCCACTCACCCCAGGCTCAGCAACAAGGACCTGTCCCAG  150

seq1  TATGAGCCCAGTTCACCTCTCTCCTGCTGAAGTGCCGCCATAATAATGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGCCCAGTTCACCTCTCTCCTGCTGAAGTGCCGCCATAATAATGCT  200

seq1  CTGTGACGGGCTGCTTTCTGGAGCCTCAGATGGACAGCAGGGTTTCAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACGGGCTGCTTTCTGGAGCCTCAGATGGACAGCAGGGTTTCAACA  250

seq1  GAAGAGATCCCTAGTTGTTAGGTACCAGCATTGGCCTCGGAGTGACCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGATCCCTAGTTGTTAGGTACCAGCATTGGCCTCGGAGTGACCCTG  300

seq1  CAGCCACCCCCTAGATCCCAATACCCAGCAGCCATACTAAAGTTCAATTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACCCCCTAGATCCCAATACCCAGCAGCCATACTAAAGTTCAATTC  350

seq1  TGAGAAGCGGAGAAGATACAGAAAAGGAAAGGCATAAAGAGCCTGGACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGCGGAGAAGATACAGAAAAGGAAAGGCATAAAGAGCCTGGACCA  400

seq1  AAATATAAAAATAAGTTAAAAACAACCAACCAACTAACCAACCAACCAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAAAAATAAGTTAAAAACAACCAACCAACTAACCAACCAACCAAC  450

seq1  CAACCAACCAACCAACCAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAACCAACCAACCAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAA  500

seq1  ACCCCAACACACTCTTGTCTAAATTAAATAAAAAGGTACTATTAAGTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAACACACTCTTGTCTAAATTAAATAAAAAGGTACTATTAAGTAAA  550

seq1  GCTAAAGGGTAAATATTAAACACAATGCCAAATTATCATATGATACAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAGGGTAAATATTAAACACAATGCCAAATTATCATATGATACAAAC  600

seq1  CTAGATATCAGGGAAGAGGGAGTTTTAATTGAGAAATTGCCTTCATAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATATCAGGGAAGAGGGAGTTTTAATTGAGAAATTGCCTTCATAAGG  650

seq1  TTTGCCTGTAAGCAAGCATATTCTTGATGTTGGAGGGCCTGGCTCACTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTGTAAGCAAGCATATTCTTGATGTTGGAGGGCCTGGCTCACTCT  700

seq1  GGGTGGGTGCCACCCCGGGGCAGCTGGTTTTGAGTGGTATAAGAAAGCGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGTGCCACCCCGGGGCAGCTGGTTTTGAGTGGTATAAGAAAGCGG  750

seq1  GCCGAACAAGCGATGGGGAACAAGCTAGTATGCAGTGCTCCTCCACGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGAACAAGCGATGGGGAACAAGCTAGTATGCAGTGCTCCTCCACGGCT  800

seq1  CTGTTTCAGTTCTTGCCTTCTTTGCTCCCCTTAACAGACTATGACACTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTGTTTCAGTTCTTGCCTTCTTTGCTCCCCTTAACAGACTACGACACTGT  850

seq1  GACTGGGAGAGGTAAGCCAAATTAGACCCA-TTGCTAAGGCTGCTTT-GG  898
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  GACTGGGAGAGGTAAGCCAAATTAGACCCATTTGCTAAGGCTGCTTTGGG  900

seq1  GTGATAGTG-TTTATCACATC-AGGAGAGACCCTAACTAAGACAG-CCTC  945
      ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  GTGATAGTGTTTTATCACATCAAGGAGAGACCCTAACT-AGACAGCCCTC  949

seq1  CATCAGACTTACAAA-GCAGTCCC-TAGGAACCACAGCCACAGAA-CCCC  992
      ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  CATCAGACTTACAAAGGCAGTCCCTTAGGAACCACAGCCACAGAACCCCC  999

seq1  GCATTGCCCACAGCTCGACCCCCAGAGCCAGCTACT-GGCTAGGGTCACA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||
seq2  GCATTGCCCACAGCTCGACCCCCAGAG-CAGCTACTGGGCTAGGTTCACA  1048

seq1  GAGGACTTGGCAGAGCAGGGATTGGAG-TCAGGCTCAGCTTTTACATGTT  1090
      |||   |||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  GAGACTTTGGCAGAGCA--GATTGGAGTTCAAGCTCAGCTTTTACATGTT  1096

seq1  CCC--ATACATAGGGATGAAAGC-ATTTGCGTAGAGGAGAGCGAGGTCC  1136
      |||  ||||||  |||||||  | ||||||||  ||   ||||||||||
seq2  CCCAAATACATTAGGATGAAGCCAATTTGCGTTAAGAGAAGCGAGGTCC  1145

seq1: chr19_24602572_24603717
seq2: B6Ng01-238M18.g_70_1233 (reverse)

seq1  GTGGAAAT-AAAATGCTC-----ATTTCTCCCTTTTCACTGC--TTACTC  42
      |||||||| |||||| ||     |||||  |  || ||||||  | ||||
seq2  GTGGAAATAAAAATGGTCACTATATTTC-GCAGTTGCACTGCTATAACTC  49

seq1  T-AGCA-TCCTGGGAAGGATTCCTGG--AGTGGTTACTGCCTTGG-GGCT  87
      | |||| | || |||||||||||| |  ||||||   |||||||| | ||
seq2  TAAGCATTACTTGGAAGGATTCCTTGAAAGTGGTACATGCCTTGGAGCCT  99

seq1  AG--CACACTGGGGCTC-AGGAAGGGTGCTGGTGGCAGAGGGCCA-CAAT  133
      ||   |||||||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||| ||||
seq2  AGGCAACACTGGGGCTCAAGGAAGGGTGCT-GTGCCAGAGGCCCACCAAT  148

seq1  -CCATGGCAAATGGACACCAGGAAGAGGC-TATCAATTATCTCTATGCCT  181
       |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||  
seq2  CCCATGGCAAATGGACACCAGGAAGAGGCTTATCCATTATCCTTATGCTC  198

seq1  CCTATACCCTGGCCCGCCCATATCATTAAAGGACTGCAGCTTGCATGTTA  231
      | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATACCCTGGCCCGCCCATATCATT-AAGGACTGCAGCTTGCATGTTA  247

seq1  TAATGT-ATTTCCTGGAACTCGGAGAAAGGGAGATGAATTTCAAAAGCAA  280
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTAATTTCCTGGAACTCGGAGAAAGGGAGATGAATTTCAAAAGCAA  297

seq1  AGGGCACAAGTCCAGCACTTTATCACTTTTAAACATGTGACTCAGTAACT  330
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCACAAGTCCAGCACTTTATCACTTTTAAACATGTGACTCAGTAACT  347

seq1  TATGTGGTGTGGTTTTGTGTAAAAGCTAGTTTT-CCCATCTGAATAGAAA  379
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TATGTGGTGTGGTTTTGTGTAAAAGCTAGTTTTCCCCATCTGAATAGAAA  397

seq1  ACCCATCACATCCACAAAGGCTTAACCTTGAATCTTAAGTCAGGCTTTTA  429
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATCACATCCACAAAGGCTTAACCTTGAATCTTAAGTCAGGCTTTTA  447

seq1  CCCTAAATGTAGCCACCTCATCTTTAATTGCACAACCAGGTGTATTTTTT  479
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAATGTAGCCACCTCATCTTTAATTGCACAACCAGGTGTATTTTTT  497

seq1  TTTTTAGCCCTCTTATCTGTTGTGAATTTCTTGAGGACAAGGACCACATA  529
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGCCCTCTTATCTGTTGTGAATTTCTTGAGGACAAGGACCACATA  547

seq1  TTTGTTTTTGCAATTGCTGCCTCGCCCAAGCCCTGCCCTCTAAACGCCAT  579
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTGCAATTGCTGCCTCGCCCAAGCCCTGCCCTCTAAACGCCAT  597

seq1  CCCCTTGCCCTAGGCATCTTACACAAGGAAAGTACCCAGAGGTGTTTCCC  629
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTGCCCTAGGCATCTTACACAAGGAAAGTACCCAGAGGTGTTTCCC  647

seq1  ACTATGTGTATTTATTTATTTTTAAGGTTTATTTTCTGTGTGTGTGTGTG  679
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTGTATTTATTTATTTTTAAGGTTTATTTTCTGTGTGTGTGTGTG  697

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  729
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  747

seq1  AGAGAGAGAGCCCACAGAGGTCAGAGGTGTCAGATGTCCTGGAGCTGGAG  779
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGCCCACAGAGGTCAGAGGTGTCAGATGTCCTGGAGCTGGAG  797

seq1  ATACAGTGATTGTATGCCACCAATGTGGGTGCTAGGACTAGAACTTGGGT  829
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGTGATTGTATGCCACCAATGTGGGTGCTAGGACTAGAACTTGGGT  847

seq1  CTTCTGGAAGAGTGGTATACATTCTTCACCACTGAGCCATCTCTCTAGCC  879
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGGAAGAGTGGTATACATTCTTCACCACTGAGCCATCTCTCTAGCC  897

seq1  TCTGTCCTCCATGTTTCTTTAACCCTTTTGTGATCACTCATGTGGGTAGC  929
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCTCCATGTTTCTTTAACCCTTTTGTGATCACTCATGTGGGTAGC  947

seq1  ACTGCCTCACTTTGGATGCTGTTCTCTGCTGAGAAGACAGAGGGACAGAG  979
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTCACTTTGGATGCTGTTCTCTGCTGAGAAGACAGAGGGACAGAG  997

seq1  TCACCTTAGATATGCCCAGTGCACCACCGCAATGTCAACTCTACTTCCTT  1029
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTTAGATATGCCCAGTGCACCACCGCAATGTCAACTCTACTTCCTT  1047

seq1  CCTATTTCCCCACAAAACAAACAGCTATCTAGACATCAGTGATGTCAGCT  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTCCCCACAAAACAAACAGCTATCTAGACATCAGTGATGTCAGCT  1097

seq1  CATATCGGTGCCACATATAAACTGAAGCTAAGCTGAGATGTGACACCTCT  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCGGTGCCACATATAAACTGAAGCTAAGCTGAGATGTGACACCTCT  1147

seq1  TTAGACACAAAGAATTC  1146
      |||||||||||||||||
seq2  TTAGACACAAAGAATTC  1164