BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240G10
Chromosome19 (Build37)
Map Location 26,761,484 - 26,888,516
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSmarca2
Upstream geneEG667806, 1700048O14Rik, LOC100041846, LOC100041857
Downstream geneGm815, LOC100042576, Vldlr, LOC100042588, Kcnv2, D19Bwg1357e, LOC667868, LOC100042612, Rfx3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240G10.bB6Ng01-240G10.g
ACCGA050582GA050583
length6811,114
definitionB6Ng01-240G10.b B6Ng01-240G10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,887,840 - 26,888,516)(26,761,484 - 26,762,603)
sequence
gaattcaacatgaaaattgacagaaggaagggcagaaggaagagagtgac
attgggctgggattgagcttctgaaacctcaaagcccaccctcagtgaca
cacttcctctaacaaagccatacctcctaatagagctattccctatgggc
catttgtattcaaaccaccacaagctgcgatgtagatgtaaccactgggg
ttaagttctacacgatctgtttatctttgcactgtgtccggtgagagatc
actttccatggtccttaaacctatatttgctgtaatgagaggcttctttg
acgagggggtagtagttatatgtgctgctttctaaaaggttggagggagg
agaggcaaaaccactggaagttcttggtatgtgacttaggtgttgggttt
ttttttttttttaatctgaaaaaatatggttgataatctataatgtgaac
acttggtgtagaatgaaactggataatgatttagagatttgtgtcaaagt
ggtggacaggagctcatatttctagtccccaaaccttggagccaagtgtc
tttgggggggtgtgtatccttggtattttgggaagtgaagagagtgaaga
caaaggtgtttccactcctaggaatccattcctttatcttgagagttggg
ggcagatcccaaatagattgggcacatctac

gaattcatagtcttaagagccaataatgcagttgactgtgtgtgcagtgg
catctctgtgcatgcgtggcctgtgcctgctgtgcatgtatgcatgcctg
catgcgcacctcccagtgtctgcacttaacaagagcttggaccacctaat
gtcaatcctgatttttttaatatacataatttctgtagaacacaggaaag
agctttgtttagatggaaaacttgtgtcttcattatataaagccgaggag
gcttaatagaactaaacatgacatcattcctctctcacatcatgggttcc
aggaccccaggcctttgtaagtggaattgtttgctgaaaaatctctgttc
accgcatgggactgccacacactgggccaggtccattgttttagtgagct
atcccttcggaatgaaactttttaatgaagagcagtccacaggcaggagc
tttgaagaagaacctgaatcaaatgaccggtaggaattcttagacaatgt
aaccaatgtaaccgatgtattcacctgcttgtgggaattgattaggccat
ttgctaacacagaattcttagggatcagatatcagatacatgaagtcagt
gcctcatttgtccttagaacttgaataaacacagtcccagtggctgtcaa
gactatctcttcgcaggggacatctctttaaagaagtcaccagtttcact
ttgggatagcatctgtgcatttagaggaactctcacatactttcctacta
gggtgccattgcatttgggaaggctgagctcagcacctacttagtagaga
atggcaccgctattagtattctttactgtgtcccttttctctgtatgtag
ctctcagttggttcccctgtgtatttcttcacactcagagcaggtagaaa
tataccaccccagaatggaaaggtataacgtgagtagtagacagacttga
ccctttgatatgagatctgcttacactgagtactgtgtggccggtgggga
ggcaccttacccaaccatgaaataaattgttcagcttttagatgcttcaa
ggagggtctcagtgttcatatggtggtatagcagcaggtatgcagatgtg
ctcattattaaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_26887840_26888516
seq2: B6Ng01-240G10.b_44_724 (reverse)

seq1  GTAGATGTG-CCAATCTATCT-GGATCTG-CCCCAACTCTCAAGAT-AAG  46
      ||||||||| ||||||||| | ||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  GTAGATGTGCCCAATCTATTTGGGATCTGCCCCCAACTCTCAAGATAAAG  50

seq1  GAATGGATTCCTAGGAGTGGAAACACCTTTGTCTTCACTCTCTTCACTTC  96
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGATTCCTAGGAGTGGAAACACCTTTGTCTTCACTCTCTTCACTTC  100

seq1  CCAAAATACCAAGGATACACACCCCCCCAAAGACACTTGGCTCCAAGGTT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATACCAAGGATACACACCCCCCCAAAGACACTTGGCTCCAAGGTT  150

seq1  TGGGGACTAGAAATATGAGCTCCTGTCCACCACTTTGACACAAATCTCTA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGACTAGAAATATGAGCTCCTGTCCACCACTTTGACACAAATCTCTA  200

seq1  AATCATTATCCAGTTTCATTCTACACCAAGTGTTCACATTATAGATTATC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATTATCCAGTTTCATTCTACACCAAGTGTTCACATTATAGATTATC  250

seq1  AACCATATTTTTTCAGATTAAAAAAAAAAAAAAACCCAACACCTAAGTCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATATTTTTTCAGATTAAAAAAAAAAAAAAACCCAACACCTAAGTCA  300

seq1  CATACCAAGAACTTCCAGTGGTTTTGCCTCTCCTCCCTCCAACCTTTTAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCAAGAACTTCCAGTGGTTTTGCCTCTCCTCCCTCCAACCTTTTAG  350

seq1  AAAGCAGCACATATAACTACTACCCCCTCGTCAAAGAAGCCTCTCATTAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGCACATATAACTACTACCCCCTCGTCAAAGAAGCCTCTCATTAC  400

seq1  AGCAAATATAGGTTTAAGGACCATGGAAAGTGATCTCTCACCGGACACAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATATAGGTTTAAGGACCATGGAAAGTGATCTCTCACCGGACACAG  450

seq1  TGCAAAGATAAACAGATCGTGTAGAACTTAACCCCAGTGGTTACATCTAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAGATAAACAGATCGTGTAGAACTTAACCCCAGTGGTTACATCTAC  500

seq1  ATCGCAGCTTGTGGTGGTTTGAATACAAATGGCCCATAGGGAATAGCTCT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGCAGCTTGTGGTGGTTTGAATACAAATGGCCCATAGGGAATAGCTCT  550

seq1  ATTAGGAGGTATGGCTTTGTTAGAGGAAGTGTGTCACTGAGGGTGGGCTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGAGGTATGGCTTTGTTAGAGGAAGTGTGTCACTGAGGGTGGGCTT  600

seq1  TGAGGTTTCAGAAGCTCAATCCCAGCCCAATGTCACTCTCTTCCTTCTGC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTTTCAGAAGCTCAATCCCAGCCCAATGTCACTCTCTTCCTTCTGC  650

seq1  CCTTCCTTCTGTCAATTTTCATGTTGAATTC  677
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTTCTGTCAATTTTCATGTTGAATTC  681


seq1: chr19_26761484_26762603
seq2: B6Ng01-240G10.g_66_1179

seq1  GAATTCATAGTCTTAAGAGCCAATAATGCAGTTGACTGTGTGTGCAGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGTCTTAAGAGCCAATAATGCAGTTGACTGTGTGTGCAGTGG  50

seq1  CATCTCTGTGCATGCGTGGCCTGTGCCTGCTGTGCATGTATGCATGCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTGTGCATGCGTGGCCTGTGCCTGCTGTGCATGTATGCATGCCTG  100

seq1  CATGCGCACCTCCCAGTGTCTGCACTTAACAAGAGCTTGGACCACCTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCGCACCTCCCAGTGTCTGCACTTAACAAGAGCTTGGACCACCTAAT  150

seq1  GTCAATCCTGATTTTTTTAATATACATAATTTCTGTAGAACACAGGAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATCCTGATTTTTTTAATATACATAATTTCTGTAGAACACAGGAAAG  200

seq1  AGCTTTGTTTAGATGGAAAACTTGTGTCTTCATTATATAAAGCCGAGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTGTTTAGATGGAAAACTTGTGTCTTCATTATATAAAGCCGAGGAG  250

seq1  GCTTAATAGAACTAAACATGACATCATTCCTCTCTCACATCATGGGTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAATAGAACTAAACATGACATCATTCCTCTCTCACATCATGGGTTCC  300

seq1  AGGACCCCAGGCCTTTGTAAGTGGAATTGTTTGCTGAAAAATCTCTGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCCCAGGCCTTTGTAAGTGGAATTGTTTGCTGAAAAATCTCTGTTC  350

seq1  ACCGCATGGGACTGCCACACACTGGGCCAGGTCCATTGTTTTAGTGAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGCATGGGACTGCCACACACTGGGCCAGGTCCATTGTTTTAGTGAGCT  400

seq1  ATCCCTTCGGAATGAAACTTTTTAATGAAGAGCAGTCCACAGGCAGGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTCGGAATGAAACTTTTTAATGAAGAGCAGTCCACAGGCAGGAGC  450

seq1  TTTGAAGAAGAACCTGAATCAAATGACCGGTAGGAATTCTTAGACAATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGAAGAACCTGAATCAAATGACCGGTAGGAATTCTTAGACAATGT  500

seq1  AACCAATGTAACCGATGTATTCACCTGCTTGTGGGAATTGATTAGGCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAATGTAACCGATGTATTCACCTGCTTGTGGGAATTGATTAGGCCAT  550

seq1  TTGCTAACACAGAATTCTTAGGGATCAGATATCAGATACATGAAGTCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAACACAGAATTCTTAGGGATCAGATATCAGATACATGAAGTCAGT  600

seq1  GCCTCATTTGTCCTTAGAACTTGAATAAACACAGTCCCAGTGGCTGTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCATTTGTCCTTAGAACTTGAATAAACACAGTCCCAGTGGCTGTCAA  650

seq1  GACTATCTCTTCGCAGGGGACATCTCTTTAAAGAAGTCACCAGTTTCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATCTCTTCGCAGGGGACATCTCTTTAAAGAAGTCACCAGTTTCACT  700

seq1  TTGGGATAGCATCTGTGCATTTAGAGGAACTCTCACATACTTTCCTACTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGATAGCATCTGTGCATTTAGAGGAACTCTCACATACTTTCCTACTA  750

seq1  GGGTGCCATTGCATTTGGGAAGGCTGAGCTCAGCACCTACTTAGTAGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCCATTGCATTTGGGAAGGCTGAGCTCAGCACCTACTTAGTAGAGA  800

seq1  ATGGCACCGCTATTAGTATTCTTTACTGTGTCCCTTTTCTCTGTATGTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCACCGCTATTAGTATTCTTTACTGTGTCCCTTTTCTCTGTATGTAG  850

seq1  CTCTCAGTTGGTTCCCCTGTGTATTTCTTCACACTCAGAGCAGGTAGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGTTGGTTCCCCTGTGTATTTCTTCACACTCAGAGCAGGTAGAAA  900

seq1  TATACCACCCCAGAATGG-AAGGTATAACGTGAGTAGTAGACAGACTTGA  949
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCACCCCAGAATGGAAAGGTATAACGTGAGTAGTAGACAGACTTGA  950

seq1  -CCTTTGATATGAGATCTGCTTACACTGAGTACTGGTGTGG-CGGT-GGG  996
       ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||
seq2  CCCTTTGATATGAGATCTGCTTACACTGAGTACT-GTGTGGCCGGTGGGG  999

seq1  AGGCAACCTTACCCAACCAATGAAATAAATTGTTCAGCCTTTTAGATGCT  1046
      |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| 
seq2  AGGC-ACCTTACCCAACC-ATGAAATAAATTGTTCAG-CTTTTAGATGC-  1045

seq1  TTCAGGGAGGGGTCTCCAGTGTTCATAATGTGGGTATAGCAGCAGGGTAT  1096
      |||| ||| |||||| |||||||||| |||  |||||||||||| |||||
seq2  TTCAAGGA-GGGTCT-CAGTGTTCAT-ATGGTGGTATAGCAGCA-GGTAT  1091

seq1  GCAGAAGGTGCTCAATTATAACCC  1120
      |||| | ||||||| |  ||||||
seq2  GCAG-ATGTGCTCATTATTAACCC  1114


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |