BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240O20
Chromosome19 (Build37)
Map Location 26,761,484 - 26,931,460
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSmarca2
Upstream geneEG667806, 1700048O14Rik, LOC100041846, LOC100041857
Downstream geneGm815, LOC100042576, Vldlr, LOC100042588, Kcnv2, D19Bwg1357e, LOC667868, LOC100042612, Rfx3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240O20.bB6Ng01-240O20.g
ACCGA050970GA050971
length1,1311,115
definitionB6Ng01-240O20.b B6Ng01-240O20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,930,352 - 26,931,460)(26,761,484 - 26,762,565)
sequence
ggaattcaaacaatgtgatttttctacctactatttacacgtgtgcatac
atgtgtgcctacatgcatgtttgtatgtatgtaggtacatgtctatctgc
aggtgtgtggaggccagaggttacaaaaccgctctctctagataactctt
cactgtactaagtggggcagagtctctctataaaccttgattcagttagc
ctagccagctgactttgctccagggagcccatgactttgccttcaaagca
cgggggattataaaccatgccacaagcacccagtttgtaagtgtggacgt
ggagatcagagctccatcccttgtgtttgcatggcaagcattttcctact
ggaccctcctccagttcacagttctctacttctgcagcaaacactgtttt
ctatagtgaagccagaacctagacacccactgacaatgccgtatcagaaa
gggaagggtgaaagtagttatgcttgggcttaggcactttctttaaggat
ctcaaaccctttgctgctgaccttctttgacatgcaagatttgtttctct
tgctctggaacctggggtaggcttgaggattcctttggccagtggagtat
tttgacatgcactcatgagccctcttgcattggatcagagtaggcctata
attcctgctgtctctctcctggagtctgcccgatgtggaccaggaactga
ggctgctgggcagccagtgtggaagacagccatggaccctaaaagcaact
ggcagctgctacctataagccatttgtgaggcccccttagatcacccagt
tcctgtcaaattacaagacgaaagacttgaaggtggcactggctaaagca
ggaaatgtcacaaacctgagccccacggaactatgaacaaatatctcggg
gttattttgaagtattaacttttggcattgttccttatacagcaatgggt
aatttttttctatccacagattcatttatgggttgacttagctgtgaaat
caggaaaataacattttttttttcctaaaaacaccatgccctgtggttca
gtactaaactgggacttcatccaggttgctatccacatatcaatacacaa
tgtattgtatatatctgtaaccattaataat
gaattcatagtcttaagagccaataatgcagttgactgtgtgtgcagtgg
catctctgtgcatgcgtggcctgtgcctgctgtgcatgtatgcatgcctg
catgcgcacctcccagtgtctgcacttaacaagagcttggaccacctaat
gtcaatcctgatttttttaatatacataatttctgtagaacacaggaaag
agctttgtttagatggaaaacttgtgtcttcattatataaagccgaggag
gcttaatagaactaaacatgacatcattcctctctcacatcatgggttcc
aggaccccaggcctttgtaagtggaattgtttgctgaaaaatctctgttc
accgcatgggactgccacacactgggccaggtccattgttttagtgagct
atcccttcggaatgaaactttttaatgaagagcagtccacaggcaggagc
tttgaagaagaacctgaatcaaatgaccggtaggaattcttagacaatgt
aaccaatgtaaccgatgtattcacctgcttgtgggaattgattaggccat
ttgctaacacagaattcttagggatcagatatcagatacatgaagtcagt
gcctcatttgtccttagaacttgaataaacacagtcccagtggctgtcaa
gactatctcttcgcaggggacatctctttaaagaagtcaccagttttcac
tttgggatagcatctgtgcatttagaggaactctcacatactttcctact
agggtgccattgcatttgggaaaggctgagctcagcacctacttagtaga
gaatggcaccgctattagtattcttttactgtgtccctttttctctgtat
gtagctctcagtttggttccccctgtgtatttcttcacactcagagcatg
tagaaaatataaccacccccagaaatggaaaggtattaccgtgaagtagt
agaaaggacttgactctttgatatgaagatctgcttaacaactggagtac
tgggtgtgcccgtgtgggaaggcaacccttaccccaaaccaatgaaaaat
aaatttgttcagaccttttagatgcttttcagggcatggatcttcagtgt
tcataaatgtgggta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_26930352_26931460
seq2: B6Ng01-240O20.b_48_1178 (reverse)

seq1  ATTATT----GTTAC--ATATATAC-ATACA-TGTGTATTAATATGTGAA  42
      ||||||    |||||  |||||||| ||||| |||||||| ||||||| |
seq2  ATTATTAATGGTTACAGATATATACAATACATTGTGTATTGATATGTGGA  50

seq1  TA-CAACCT-GATG-AGT-CCAG-TTAGTACTG-ACCACA-GGCAT-GTG  84
      || |||||| |||| ||| |||| ||||||||| |||||| ||||| |||
seq2  TAGCAACCTGGATGAAGTCCCAGTTTAGTACTGAACCACAGGGCATGGTG  100

seq1  TTTTTAG--AAAAAAAAATGTTATTTTCTTGATTTCACAGCTAAGTCAAA  132
      |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  TTTTTAGGAAAAAAAAAATGTTATTTTCCTGATTTCACAGCTAAGTCAAC  150

seq1  CCATAAATGAATCTTGTGATAG--AAAAATTACCCATTGCTGTATAAGGA  180
      ||||||||||||||   |||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAAATGAATCTGTGGATAGAAAAAAATTACCCATTGCTGTATAAGGA  200

seq1  ACAATGCCAAAAGTTAATACTTCAAAATAA-CCCGAGATATTTGTTCATA  229
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACAATGCCAAAAGTTAATACTTCAAAATAACCCCGAGATATTTGTTCATA  250

seq1  GTTCCGTGGGGCTCAGGTTTGTGACATTTCCTGCTTTAGCCAGTGCCACC  279
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCGTGGGGCTCAGGTTTGTGACATTTCCTGCTTTAGCCAGTGCCACC  300

seq1  TTCAAGTC-TTCGTCTTGTAATTTGACAGGAACTGGGTGATCTAAGGGGG  328
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTCTTTCGTCTTGTAATTTGACAGGAACTGGGTGATCTAAGGGGG  350

seq1  CCTCACAAATGGCTTATAGGTAGCAGCTGCCAGTTGCTTTTAGGGTCCAT  378
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACAAATGGCTTATAGGTAGCAGCTGCCAGTTGCTTTTAGGGTCCAT  400

seq1  GGCTGTCTTCCACACTGGCTGCCCAGCAGCCTCAGTTCCTGGTCCACATC  428
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCTTCCACACTGGCTGCCCAGCAGCCTCAGTTCCTGGTCCACATC  450

seq1  GGGCAGACTCCAGGAGAGAGACAGCAGGAATTATAGGCCTACTCTGATCC  478
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGACTCCAGGAGAGAGACAGCAGGAATTATAGGCCTACTCTGATCC  500

seq1  AATGCAAGAGGGCTCATGAGTGCATGTCAAAATACTCCACTGGCCAAAGG  528
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAAGAGGGCTCATGAGTGCATGTCAAAATACTCCACTGGCCAAAGG  550

seq1  AATCCTCAAGCCTACCCCAGGTTCCAGAGCAAGAGAAACAAATCTTGCAT  578
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTCAAGCCTACCCCAGGTTCCAGAGCAAGAGAAACAAATCTTGCAT  600

seq1  GTCAAAGAAGGTCAGCAGCAAAGGGTTTGAGATCCTTAAAGAAAGTGCCT  628
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGAAGGTCAGCAGCAAAGGGTTTGAGATCCTTAAAGAAAGTGCCT  650

seq1  AAGCCCAAGCATAACTACTTTCACCCTTCCCTTTCTGATACGGCATTGTC  678
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCAAGCATAACTACTTTCACCCTTCCCTTTCTGATACGGCATTGTC  700

seq1  AGTGGGTGTCTAGGTTCTGGCTTCACTATAGAAAACAGTGTTTGCTGCAG  728
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGTGTCTAGGTTCTGGCTTCACTATAGAAAACAGTGTTTGCTGCAG  750

seq1  AAGTAGAGAACTGTGAACTGGAGGAGGGTCCAGTAGGAAAATGCTTGCCA  778
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGAGAACTGTGAACTGGAGGAGGGTCCAGTAGGAAAATGCTTGCCA  800

seq1  TGCAAACACAAGGGATGGAGCTCTGATCTCCACGTCCACACTTACAAACT  828
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACACAAGGGATGGAGCTCTGATCTCCACGTCCACACTTACAAACT  850

seq1  GGGTGCTTGTGGCATGGTTTATAATCCCCCGTGCTTTGAAGGCAAAGTCA  878
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCTTGTGGCATGGTTTATAATCCCCCGTGCTTTGAAGGCAAAGTCA  900

seq1  TGGGCTCCCTGGAGCAAAGTCAGCTGGCTAGGCTAACTGAATCAAGGTTT  928
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTCCCTGGAGCAAAGTCAGCTGGCTAGGCTAACTGAATCAAGGTTT  950

seq1  ATAGAGAGACTCTGCCCCACTTAGTACAGTGAAGAGTTATCTAGAGAGAG  978
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGAGACTCTGCCCCACTTAGTACAGTGAAGAGTTATCTAGAGAGAG  1000

seq1  CGGTTTTGTAACCTCTGGCCTCCACACACCTGCAGATAGACATGTACCTA  1028
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTTTTGTAACCTCTGGCCTCCACACACCTGCAGATAGACATGTACCTA  1050

seq1  CATACATACAAACATGCATGTAGGCACACATGTATGCACACGTGTAAATA  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATACAAACATGCATGTAGGCACACATGTATGCACACGTGTAAATA  1100

seq1  GTAGGTAGAAAAATCACATTGTTTGAATTCC  1109
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTAGAAAAATCACATTGTTTGAATTCC  1131

seq1: chr19_26761484_26762565
seq2: B6Ng01-240O20.g_66_1180

seq1  GAATTCATAGTCTTAAGAGCCAATAATGCAGTTGACTGTGTGTGCAGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGTCTTAAGAGCCAATAATGCAGTTGACTGTGTGTGCAGTGG  50

seq1  CATCTCTGTGCATGCGTGGCCTGTGCCTGCTGTGCATGTATGCATGCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTGTGCATGCGTGGCCTGTGCCTGCTGTGCATGTATGCATGCCTG  100

seq1  CATGCGCACCTCCCAGTGTCTGCACTTAACAAGAGCTTGGACCACCTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCGCACCTCCCAGTGTCTGCACTTAACAAGAGCTTGGACCACCTAAT  150

seq1  GTCAATCCTGATTTTTTTAATATACATAATTTCTGTAGAACACAGGAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATCCTGATTTTTTTAATATACATAATTTCTGTAGAACACAGGAAAG  200

seq1  AGCTTTGTTTAGATGGAAAACTTGTGTCTTCATTATATAAAGCCGAGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTGTTTAGATGGAAAACTTGTGTCTTCATTATATAAAGCCGAGGAG  250

seq1  GCTTAATAGAACTAAACATGACATCATTCCTCTCTCACATCATGGGTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAATAGAACTAAACATGACATCATTCCTCTCTCACATCATGGGTTCC  300

seq1  AGGACCCCAGGCCTTTGTAAGTGGAATTGTTTGCTGAAAAATCTCTGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCCCAGGCCTTTGTAAGTGGAATTGTTTGCTGAAAAATCTCTGTTC  350

seq1  ACCGCATGGGACTGCCACACACTGGGCCAGGTCCATTGTTTTAGTGAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGCATGGGACTGCCACACACTGGGCCAGGTCCATTGTTTTAGTGAGCT  400

seq1  ATCCCTTCGGAATGAAACTTTTTAATGAAGAGCAGTCCACAGGCAGGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTCGGAATGAAACTTTTTAATGAAGAGCAGTCCACAGGCAGGAGC  450

seq1  TTTGAAGAAGAACCTGAATCAAATGACCGGTAGGAATTCTTAGACAATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGAAGAACCTGAATCAAATGACCGGTAGGAATTCTTAGACAATGT  500

seq1  AACCAATGTAACCGATGTATTCACCTGCTTGTGGGAATTGATTAGGCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAATGTAACCGATGTATTCACCTGCTTGTGGGAATTGATTAGGCCAT  550

seq1  TTGCTAACACAGAATTCTTAGGGATCAGATATCAGATACATGAAGTCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAACACAGAATTCTTAGGGATCAGATATCAGATACATGAAGTCAGT  600

seq1  GCCTCATTTGTCCTTAGAACTTGAATAAACACAGTCCCAGTGGCTGTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCATTTGTCCTTAGAACTTGAATAAACACAGTCCCAGTGGCTGTCAA  650

seq1  GACTATCTCTTCGCAGGGGACATCTCTTTAAAGAAGTCACCAG-TTTCAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GACTATCTCTTCGCAGGGGACATCTCTTTAAAGAAGTCACCAGTTTTCAC  700

seq1  TTTGGGATAGCATCTGTGCATTTAGAGGAACTCTCACATACTTTCCTACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGATAGCATCTGTGCATTTAGAGGAACTCTCACATACTTTCCTACT  750

seq1  AGGGTGCCATTGCATTTGGG-AAGGCTGAGCTCAGCACCTACTTAGTAGA  798
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGCCATTGCATTTGGGAAAGGCTGAGCTCAGCACCTACTTAGTAGA  800

seq1  GAATGGCACCGCTATTAGTATTC-TTTACTGTGTCCC-TTTTCTCTGTAT  846
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAATGGCACCGCTATTAGTATTCTTTTACTGTGTCCCTTTTTCTCTGTAT  850

seq1  GTAGCTCTCAG-TTGGTT-CCCCTGTGTATTTCTTCACACTCAGAGCAGG  894
      ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTAGCTCTCAGTTTGGTTCCCCCTGTGTATTTCTTCACACTCAGAGCATG  900

seq1  TAG-AAATAT-ACCA-CCCCAG-AATGG-AAGGTA-TAACGTG-AGTAGT  937
      ||| |||||| |||| |||||| ||||| |||||| || |||| ||||||
seq2  TAGAAAATATAACCACCCCCAGAAATGGAAAGGTATTACCGTGAAGTAGT  950

seq1  AGACA-GACTTGAC-CTTTGATATG-AGATCTGCTTA--CACT-GAGTAC  981
      ||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||   ||| ||||||
seq2  AGAAAGGACTTGACTCTTTGATATGAAGATCTGCTTAACAACTGGAGTAC  1000

seq1  T-GGTGTGGCGGT---GGGAGGCAA-CCTTACCC--AACCAATG--AAAT  1022
      | |||||| | ||   || |||||| ||||||||  ||||||||  ||||
seq2  TGGGTGTGCCCGTGTGGGAAGGCAACCCTTACCCCAAACCAATGAAAAAT  1050

seq1  AAA-TTGTTCAG-CCTTTTAGATGC-TTTCAGGG-AGGGGTCTCCAGTGT  1068
      ||| |||||||| |||||||||||| |||||||| | || ||| ||||||
seq2  AAATTTGTTCAGACCTTTTAGATGCTTTTCAGGGCATGGATCTTCAGTGT  1100

seq1  TCAT-AATGTGGGTA  1082
      |||| ||||||||||
seq2  TCATAAATGTGGGTA  1115