BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242M12
Chromosome19 (Build37)
Map Location 36,955,093 - 37,069,132
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTnks2, Fgfbp3, Btaf1
Upstream geneA830019P07Rik, Htr7, Rpp30, Ankrd1, LOC668195, Pcgf5, LOC668201, Hectd2, LOC668215, Ppp1r3c
Downstream geneCpeb3, March5, LOC668230, Ide, LOC100043010, Kif11, EG667490, LOC631069, Hhex, Exoc6, Cyp26c1, Cyp26a1, LOC668248, LOC668251, LOC209281, Fer1l3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242M12.bB6Ng01-242M12.g
ACCGA052335GA052336
length5701,025
definitionB6Ng01-242M12.b B6Ng01-242M12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,068,557 - 37,069,132)(36,955,093 - 36,956,103)
sequence
catgaagcttatacttattgagaaaggctaaccagttcacaccatcctag
aaagttgggtagagaaaggaaatctatgtaaatgtaagcagagcataagg
aatttttttcttgtaaaatgtatttgtatgaacctagataaattaaaata
ggacactaaacctaagacttgactgagtcaaacaagaaaagtgatttcac
atttacaaactcacctgctgatatttcctgagttcagcattgattggcac
tgggatcttgtaattttctaacttcttcccatctaacaattgctctaaaa
agtgtcgctcttttgctttcaactggattaattcttctgacatgtttgga
gggtctggaatgcctgcctaaaataggttttaagatgtattagaattaga
cttgagagtaatacatagctcatttgctaagtggttgacgaacatgcaaa
aagccccaagttcaatgccagcattgcataaaactacagcattccggggt
tgaaggggttcacctctctcaagaagtattaactaatgcttgttctatgt
gtgggggtggggtaagggaa
gaattcttttgtttggtttagtgtttaatagaaagagctagaaaatgctt
aaaattaattaaaccttctaagctattgggaaattgtttgtagggtgtct
gttatgtttagtggtgggcactgaaccctgggcctcctggatgctatgtg
tactgtgtagtagtgttctgtctactacagctctgaaagttaagagactg
gaaatcagtcaattcctcatatggcttgaccttggagtttcacttactca
ttatctaaaaattgaccagtatgtagaaatagagcatcctccttaaaaac
atggttcctgactcatccctttactacctactatggacaggaatgagaat
gtgtcagccatgtagttgagcttttctggatagccccagagtgttttgcc
tgcgtgaatgtataccgcatgcatgcctggggactgaggaggtcagaaga
ggatgtcagatccctaatggttgaaagccagcatgtgggtactggaaacc
aaaccccagtccactttgacagagcagcactcttgcaggctcaccagctc
ctacagtatttacagtattgccattgttgatgttgtataaatgaaacagg
aataattatttcaatttcatgaagctgaaatgattggggtaagagtttga
acagtgatgcagaggtcctggaggggctgtgcaaagacgatgggtaaagg
gtgggtgtggagcgatgggaagtacagtgggaagatgagtctgaaagaac
atttgtgattcaacttagttgttacaactttttgagttcaataaatgact
tgttttctataaaggctaaaataatatgaaacggggctagtgaggtagca
cggggttttgatttggtgacaactgccttctgttgatgccattgaagggg
ggcggggtggatgcccttttttggactgaagtataatgcatgcacagaca
ggacaaacttttcatggtaataaaatatatcttaaaaaataattgtgaag
gtaaacatgaaataacttttgagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_37068557_37069132
seq2: B6Ng01-242M12.b_46_621 (reverse)

seq1  TTCCCTTACCCCACCCCCACACATAGAACAAGCATTAGTTAATACTTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTACCCCACCCCCACACATAGAACAAGCATTAGTTAATACTTCTT  50

seq1  GAGAGAGGTGAACCCCTTCAACCCCGGAATGCTGTAGTTTTATGCAATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGGTGAACCCCTTCAACCCCGGAATGCTGTAGTTTTATGCAATGC  100

seq1  TGGCATTGAACTTGGGGCTTTTTGCATGTTCGTCAACCACTTAGCAAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATTGAACTTGGGGCTTTTTGCATGTTCGTCAACCACTTAGCAAATG  150

seq1  AGCTATGTATTACTCTCAAGTCTAATTCTAATACATCTTAAAACCTATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATGTATTACTCTCAAGTCTAATTCTAATACATCTTAAAACCTATTT  200

seq1  TAGGCAGGCATTCCAGACCCTCCAAACATGTCAGAAGAATTAATCCAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAGGCATTCCAGACCCTCCAAACATGTCAGAAGAATTAATCCAGTT  250

seq1  GAAAGCAAAAGAGCGACACTTTTTAGAGCAATTGTTAGATGGGAAGAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCAAAAGAGCGACACTTTTTAGAGCAATTGTTAGATGGGAAGAAGT  300

seq1  TAGAAAATTACAAGATCCCAGTGCCAATCAATGCTGAACTCAGGAAATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAATTACAAGATCCCAGTGCCAATCAATGCTGAACTCAGGAAATAT  350

seq1  CAGCAGGTGAGTTTGTAAATGTGAAATCACTTTTCTTGTTTGACTCAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGTGAGTTTGTAAATGTGAAATCACTTTTCTTGTTTGACTCAGTC  400

seq1  AAGTCTTAGGTTTAGTGTCCTATTTTAATTTATCTAGGTTCATACAAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTTAGGTTTAGTGTCCTATTTTAATTTATCTAGGTTCATACAAATA  450

seq1  CATTTTACAAGAAAAAAATTCCTTATGCTCTGCTTACATTTACATAGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTACAAGAAAAAAATTCCTTATGCTCTGCTTACATTTACATAGATT  500

seq1  TCCTTTCTCTACCCAACTTTCTAGGATGGTGTGAACTGGTTAGCCTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCTCTACCCAACTTTCTAGGATGGTGTGAACTGGTTAGCCTTTCT  550

seq1  CAATAAGTATAAGCTTCATGGAATTC  576
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAGTATAAGCTTCATGGAATTC  576

seq1: chr19_36955093_36956103
seq2: B6Ng01-242M12.g_64_1088

seq1  GAATTCTTTTGTTTGGTTTAGTGTTTAATAGAAAGAGCTAGAAAATGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGTTTGGTTTAGTGTTTAATAGAAAGAGCTAGAAAATGCTT  50

seq1  AAAATTAATTAAACCTTCTAAGCTATTGGGAAATTGTTTGTAGGGTGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAATTAAACCTTCTAAGCTATTGGGAAATTGTTTGTAGGGTGTCT  100

seq1  GTTATGTTTAGTGGTGGGCACTGAACCCTGGGCCTCCTGGATGCTATGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGTTTAGTGGTGGGCACTGAACCCTGGGCCTCCTGGATGCTATGTG  150

seq1  TACTGTGTAGTAGTGTTCTGTCTACTACAGCTCTGAAAGTTAAGAGACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGTAGTAGTGTTCTGTCTACTACAGCTCTGAAAGTTAAGAGACTG  200

seq1  GAAATCAGTCAATTCCTCATATGGCTTGACCTTGGAGTTTCACTTACTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCAGTCAATTCCTCATATGGCTTGACCTTGGAGTTTCACTTACTCA  250

seq1  TTATCTAAAAATTGACCAGTATGTAGAAATAGAGCATCCTCCTTAAAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTAAAAATTGACCAGTATGTAGAAATAGAGCATCCTCCTTAAAAAC  300

seq1  ATGGTTCCTGACTCATCCCTTTACTACCTACTATGGACAGGAATGAGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTCCTGACTCATCCCTTTACTACCTACTATGGACAGGAATGAGAAT  350

seq1  GTGTCAGCCATGTAGTTGAGCTTTTCTGGATAGCCCCAGAGTGTTTTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGCCATGTAGTTGAGCTTTTCTGGATAGCCCCAGAGTGTTTTGCC  400

seq1  TGCGTGAATGTATACCGCATGCATGCCTGGGGACTGAGGAGGTCAGAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTGAATGTATACCGCATGCATGCCTGGGGACTGAGGAGGTCAGAAGA  450

seq1  GGATGTCAGATCCCTAATGGTTGAAAGCCAGCATGTGGGTACTGGAAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTCAGATCCCTAATGGTTGAAAGCCAGCATGTGGGTACTGGAAACC  500

seq1  AAACCCCAGTCCACTTTGACAGAGCAGCACTCTTGCAGGCTCACCAGCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCCAGTCCACTTTGACAGAGCAGCACTCTTGCAGGCTCACCAGCTC  550

seq1  CTACAGTATTTACAGTATTGCCATTGTTGATGTTGTATAAATGAAACAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGTATTTACAGTATTGCCATTGTTGATGTTGTATAAATGAAACAGG  600

seq1  AATAATTATTTCAATTTCATGAAGCTGAAATGATTGGGGTAAGAGTTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTATTTCAATTTCATGAAGCTGAAATGATTGGGGTAAGAGTTTGA  650

seq1  ACAGTGATGCAGAGGTCCTGGAGGGGCTGTGC-AAGACGATGGGTAAAGG  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACAGTGATGCAGAGGTCCTGGAGGGGCTGTGCAAAGACGATGGGTAAAGG  700

seq1  GTGGGTGTGGAGCGATGGGAAGTACAGTGGGAAGATGAGTCTGAAAGAAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTGTGGAGCGATGGGAAGTACAGTGGGAAGATGAGTCTGAAAGAAC  750

seq1  ATTTGTGATTCAACTTAGTTGTTACAACTTTTTGAGTTCAATAAATGACT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGATTCAACTTAGTTGTTACAACTTTTTGAGTTCAATAAATGACT  800

seq1  TGTTTTCTATAAAGGCTAAAATAATATGAAACGGGGCTAGTGAGGTAGCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCTATAAAGGCTAAAATAATATGAAACGGGGCTAGTGAGGTAGCA  850

seq1  CGGGG-TTTGATTTGGTGACAACTGCCTTCTG-TGATGCCATTGAAGGGG  897
      ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CGGGGTTTTGATTTGGTGACAACTGCCTTCTGTTGATGCCATTGAAGGGG  900

seq1  G--CGGGTGGATGCCCTTTTT--GACTGAAGTATAATGCATGCACAGACA  943
      |   |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGGGGTGGATGCCCTTTTTTGGACTGAAGTATAATGCATGCACAGACA  950

seq1  -GACAAAC-TTTCAT-GTAATAAAATATATCTTAAAAAAATAATGTGAA-  989
       ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  | |||||| 
seq2  GGACAAACTTTTCATGGTAATAAAATATATCTTAAAAAATAATTGTGAAG  1000

seq1  GTAAACATG-AATA--CTTTGAGAC  1011
      ||||||||| ||||   ||||||||
seq2  GTAAACATGAAATAACTTTTGAGAC  1025