BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243B15
Chromosome19 (Build37)
Map Location 29,214,699 - 29,370,278
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRcl1, LOC433238, Jak2
Upstream geneGlis3, EG434460, EG627788, Slc1a1, LOC545262, 4430402I18Rik, Ppapdc2, LOC100042006, EG226086, Cdc37l1, LOC672214, Ak3
Downstream geneInsl6, Rln1, 5033414D02Rik, Cd274, Pdcd1lg2, C030046E11Rik, D19Wsu12e, Mlana, 9930021J03Rik, Ranbp6, Il33, Trpd52l3, Uhrf2, Gldc, EG625917, Mbl2, LOC100042088
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243B15.bB6Ng01-243B15.g
ACCGA052577GA052578
length1,1651,086
definitionB6Ng01-243B15.b B6Ng01-243B15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,369,112 - 29,370,278)(29,214,699 - 29,215,779)
sequence
gaattcaggaatcacttactagaaaatgcatggcccatgccaactgctta
gccactccaagtttccataatatatttatggaatttttgttcttcttcag
gtatgtatccagtgatccaaattttacaaattcttgaaccagaatgtctg
cattaaaatacaagtaatgataaagctcacgtatacatccagttaaaaat
gcataactcaaaatgtcaaagtacttaggttacttgtggatacaacaggc
aaataaatcaaattaaacaaactgtactaacatcagggaaacaataaaca
ctttattgtacttttgtttttggcttattcacaacagtaagaggtaagat
gctaaacaatgtatacctaacatataattttatatataacatgctactta
ttatatagtgtaaatatacatactccagcataactggggaacctacctag
tgccaatattcagtcactttagtttcattaataattcatatatgctttgt
tttcataactccaaatcagttagtactgaaaggaccagttgctccagggt
tacacgagtcacccataatctgtattgctatgtgcacacaaaagcttgta
tttgtttactgtaatcctcatccatcacctgggctttagtaagacatatt
aactctattctacattttagctttaaacaccagttcctttgttttacaag
atataactgaacagtcccacagtgctttcaagttcaacaacatctgtaat
tccaaggttttgctgacacctattgtagccctaaatgagaaggattctga
gacaggctatgacattgacaaagacaagcagctggctttacttactctcc
tctccacagacacagacaccataattcaaaaccaaatgcttgtgagaaag
ctgactcatcatgcttgctgcttcgaagaaagactagagggggcaaaggg
agacaagaaacgtgaaggaatgtctgtcccaaagagtctgtaagtacaga
actcagaaaagatacccctgactttagagaaccagcgtgtgtcctactct
cggctgggacatggggaatttttagttggtgctctccaagctattcttcg
tagatgagaccggtgggagagtctgtagctcagttagctacatttaagga
agtagcttcagtata
gaattcccatggtcagtaagaccagaaagccagcagggggagagctgact
tcccctaattaccaagatcgctgaagtcctttctcagttacccccaacgc
ttcagttcttagtgtctcaatagcagggagagagtttcatgtgtgcaggc
catcattgttgagatacttgtgtgacttacccagagggtcagcactgtgt
agctggcagtcacttatgtagccactaagcagagaacgctgtagaaactc
cattaagacagcgaaggatcagatggatgagtgctagtggctaggaaggc
tctatggaagaattttaaatgggcttgcgttgtaaagatgaagtcgtatg
gtcttacatggagggtcagcaaagtatatctcacctgagctatggtgctt
agcagttggtccctgtcttgtgacatgcctacagctcacacagagggtga
gttgatctgctatgatctagtctcttggtatatttccctcctgtgagtgg
atcaagcacagaggaggcacattcaccgcagcaggcttcatccttaattt
catctgtaactgactagggttgggacctgggattagtacattttttaaac
tcacagatgtgtagaaatataatttatccggccatacagcttacccattt
acagtgttcagtttaatagtctttagtatactcatagagttgaataacca
cagtctaactttagcacatttttatcaccccggaaagaaacgctgtgcca
tttgtggtcgctgcccatttgtcccgctgtcgtcccagctctgtcgcagt
aatagagagctcttgtgaccgttgtctagaaaacaacataaccctatgta
atgatataggtccttagcaaccactttctttcatttagcacagtttacag
cgcttatcctgttggagcacatacaagtgctgataacaccccatgaatag
gacacgcccttttcttttgtcagtcggtggacattgggggtgttctcctt
atgtgctcttaattggggtggtttcgcgcttatgacagcaccgctgcgag
tgtgttgtgtgtttgtaagttgattttgcagtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_29369112_29370278
seq2: B6Ng01-243B15.b_47_1211 (reverse)

seq1  TATACTGAGGCTACTCCCTTTAAATGTAGCTACTTGAGCCTTACAGACTC  50
      |||||||| |||||| || |||||||||||||  |||||  |||||||||
seq2  TATACTGAAGCTACTTCC-TTAAATGTAGCTAACTGAGC--TACAGACTC  47

seq1  TCC--ACGGTCTCATCTACGGAAGAATAAGCTTGGAGAGCACCAAACTAA  98
      |||   ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  TCCCACCGGTCTCATCTAC-GAAGAAT-AGCTTGGAGAGCACC-AACTAA  94

seq1  AAATTCCCCATTGTCCAGCCGAGAGTAGGACACACGCTGGTTCTCTTAAG  148
      |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAATTCCCCATGTCCCAGCCGAGAGTAGGACACACGCTGGTTCTCTAAAG  144

seq1  TCAGGGGTATC-TTTCTGAGTTCTGTACTTACAGACTCTTT-GGACAGAC  196
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCAGGGGTATCTTTTCTGAGTTCTGTACTTACAGACTCTTTGGGACAGAC  194

seq1  ATTCCTTCACGTTTCTTGTCTCCCTTTGCCCCCTCTAGTCTTTCTTCGAA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTCACGTTTCTTGTCTCCCTTTGCCCCCTCTAGTCTTTCTTCGAA  244

seq1  GCAGCAAGCATGATGAGTCAGCTTTCTCACAAGCATTTGGTTTTGAATTA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAAGCATGATGAGTCAGCTTTCTCACAAGCATTTGGTTTTGAATTA  294

seq1  TGGTGTCTGTGTCTGTGGAGAGGAGAGTAAGTAAAGCCAGCTGCTTGTCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTCTGTGTCTGTGGAGAGGAGAGTAAGTAAAGCCAGCTGCTTGTCT  344

seq1  TTGTCAATGTCATAGCCTGTCTCAGAATCCTTCTCATTTAGGGCTACAAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAATGTCATAGCCTGTCTCAGAATCCTTCTCATTTAGGGCTACAAT  394

seq1  AGGTGTCAGCAAAACCTTGGAATTACAGATGTTGTTGAACTTGAAAGCAC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTCAGCAAAACCTTGGAATTACAGATGTTGTTGAACTTGAAAGCAC  444

seq1  TGTGGGACTGTTCAGTTATATCTTGTAAAACAAAGGAACTGGTGTTTAAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGACTGTTCAGTTATATCTTGTAAAACAAAGGAACTGGTGTTTAAA  494

seq1  GCTAAAATGTAGAATAGAGTTAATATGTCTTACTAAAGCCCAGGTGATGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAATGTAGAATAGAGTTAATATGTCTTACTAAAGCCCAGGTGATGG  544

seq1  ATGAGGATTACAGTAAACAAATACAAGCTTTTGTGTGCACATAGCAATAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGATTACAGTAAACAAATACAAGCTTTTGTGTGCACATAGCAATAC  594

seq1  AGATTATGGGTGACTCGTGTAACCCTGGAGCAACTGGTCCTTTCAGTACT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATGGGTGACTCGTGTAACCCTGGAGCAACTGGTCCTTTCAGTACT  644

seq1  AACTGATTTGGAGTTATGAAAACAAAGCATATATGAATTATTAATGAAAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGATTTGGAGTTATGAAAACAAAGCATATATGAATTATTAATGAAAC  694

seq1  TAAAGTGACTGAATATTGGCACTAGGTAGGTTCCCCAGTTATGCTGGAGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGACTGAATATTGGCACTAGGTAGGTTCCCCAGTTATGCTGGAGT  744

seq1  ATGTATATTTACACTATATAATAAGTAGCATGTTATATATAAAATTATAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATATTTACACTATATAATAAGTAGCATGTTATATATAAAATTATAT  794

seq1  GTTAGGTATACATTGTTTAGCATCTTACCTCTTACTGTTGTGAATAAGCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGTATACATTGTTTAGCATCTTACCTCTTACTGTTGTGAATAAGCC  844

seq1  AAAAACAAAAGTACAATAAAGTGTTTATTGTTTCCCTGATGTTAGTACAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAAAAGTACAATAAAGTGTTTATTGTTTCCCTGATGTTAGTACAG  894

seq1  TTTGTTTAATTTGATTTATTTGCCTGTTGTATCCACAAGTAACCTAAGTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTAATTTGATTTATTTGCCTGTTGTATCCACAAGTAACCTAAGTA  944

seq1  CTTTGACATTTTGAGTTATGCATTTTTAACTGGATGTATACGTGAGCTTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACATTTTGAGTTATGCATTTTTAACTGGATGTATACGTGAGCTTT  994

seq1  ATCATTACTTGTATTTTAATGCAGACATTCTGGTTCAAGAATTTGTAAAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTACTTGTATTTTAATGCAGACATTCTGGTTCAAGAATTTGTAAAA  1044

seq1  TTTGGATCACTGGATACATACCTGAAGAAGAACAAAAATTCCATAAATAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGATCACTGGATACATACCTGAAGAAGAACAAAAATTCCATAAATAT  1094

seq1  ATTATGGAAACTTGGAGTGGCTAAGCAGTTGGCATGGGCCATGCATTTTC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGGAAACTTGGAGTGGCTAAGCAGTTGGCATGGGCCATGCATTTTC  1144

seq1  TAGTAAGTGATTCCTGAATTC  1167
      |||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAGTGATTCCTGAATTC  1165

seq1: chr19_29214699_29215779
seq2: B6Ng01-243B15.g_65_1150

seq1  GAATTCCCATGGTCAGTAAGACCAGAAAGCCAGCAGGGGGAGAGCTGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCATGGTCAGTAAGACCAGAAAGCCAGCAGGGGGAGAGCTGACT  50

seq1  TCCCCTAATTACCAAGATCGCTGAAGTCCTTTCTCAGTTACCCCCAACGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTAATTACCAAGATCGCTGAAGTCCTTTCTCAGTTACCCCCAACGC  100

seq1  TTCAGTTCTTAGTGTCTCAATAGCAGGGAGAGAGTTTCATGTGTGCAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTCTTAGTGTCTCAATAGCAGGGAGAGAGTTTCATGTGTGCAGGC  150

seq1  CATCATTGTTGAGATACTTGTGTGACTTACCCAGAGGGTCAGCACTGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATTGTTGAGATACTTGTGTGACTTACCCAGAGGGTCAGCACTGTGT  200

seq1  AGCTGGCAGTCACTTATGTAGCCACTAAGCAGAGAACGCTGTAGAAACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGCAGTCACTTATGTAGCCACTAAGCAGAGAACGCTGTAGAAACTC  250

seq1  CATTAAGACAGCGAAGGATCAGATGGATGAGTGCTAGTGGCTAGGAAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGACAGCGAAGGATCAGATGGATGAGTGCTAGTGGCTAGGAAGGC  300

seq1  TCTATGGAAGAATTTTAAATGGGCTTGCGTTGTAAAGATGAAGTCGTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGGAAGAATTTTAAATGGGCTTGCGTTGTAAAGATGAAGTCGTATG  350

seq1  GTCTTACATGGAGGGTCAGCAAAGTATATCTCACCTGAGCTATGGTGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTACATGGAGGGTCAGCAAAGTATATCTCACCTGAGCTATGGTGCTT  400

seq1  AGCAGTTGGTCCCTGTCTTGTGACATGCCTACAGCTCACACAGAGGGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTGGTCCCTGTCTTGTGACATGCCTACAGCTCACACAGAGGGTGA  450

seq1  GTTGATCTGCTATGATCTAGTCTCTTGGTATATTTCCCTCCTGTGAGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATCTGCTATGATCTAGTCTCTTGGTATATTTCCCTCCTGTGAGTGG  500

seq1  ATCAAGCACAGAGGAGGCACATTCACCGCAGCAGGCTTCATCCTTAATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGCACAGAGGAGGCACATTCACCGCAGCAGGCTTCATCCTTAATTT  550

seq1  CATCTGTAACTGACTAGGGTTGGGACCTGGGATTAGTACATTTTTTAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTAACTGACTAGGGTTGGGACCTGGGATTAGTACATTTTTTAAAC  600

seq1  TCACAGATGTGTAGAAATATAATTTATCCGGCCATACAGCTTACCCATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGATGTGTAGAAATATAATTTATCCGGCCATACAGCTTACCCATTT  650

seq1  ACAGTGTTCAGTTTAATAGTCTTTAGTATACTCATAGAGTTGAATAACCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTTCAGTTTAATAGTCTTTAGTATACTCATAGAGTTGAATAACCA  700

seq1  CAGTCTAACTTTAGCACATTTTTATCACCCCGGAAAGAAACGCTGTGCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTAACTTTAGCACATTTTTATCACCCCGGAAAGAAACGCTGTGCCA  750

seq1  TTTGTGGTCGCTGCCCATTTGTCCCGCTGTCGTCCCAGCTCTGTCGCAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGTCGCTGCCCATTTGTCCCGCTGTCGTCCCAGCTCTGTCGCAGT  800

seq1  AATAGAGAGCTCTTGTGACCGTTGTCTAGAAAACAACATAACCCTATGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAGAGCTCTTGTGACCGTTGTCTAGAAAACAACATAACCCTATGTA  850

seq1  ATGATATAGGTCCTTAGCAACCAC-TTCTTTCATTTAGCACAGTTTACAG  899
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATAGGTCCTTAGCAACCACTTTCTTTCATTTAGCACAGTTTACAG  900

seq1  CGCTTATCCTGTTGGAGCACATACAAGTGCTGATAACACCCCATGAATAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTATCCTGTTGGAGCACATACAAGTGCTGATAACACCCCATGAATAG  950

seq1  GACACG-CCTTTTCTTTTGTCAGTCGGTGGACATT-GGGGTGTTCTCCTT  997
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GACACGCCCTTTTCTTTTGTCAGTCGGTGGACATTGGGGGTGTTCTCCTT  1000

seq1  ATGTGCTCTTA--TTGGGTGG-TTCGCGCTTATGAACAGCACCGCTGCGA  1044
      |||||||||||  | |||||| |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATGTGCTCTTAATTGGGGTGGTTTCGCGCTTATG-ACAGCACCGCTGCGA  1049

seq1  GTGTG-TGTGTGTTTGT-AGGTGGTTTTGCAGGTTGTGT  1081
      ||||| ||||||||||| || || ||||||||  |||||
seq2  GTGTGTTGTGTGTTTGTAAGTTGATTTTGCAG--TGTGT  1086