BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-249O14
Chromosome19 (Build37)
Map Location 56,166,150 - 56,338,595
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGpam, Tectb, Gucy2g, Acsl5, Zdhhc6, Vti1a, LOC100043479, Tcf7l2, Ppnr, LOC100043484
Downstream geneHabp2, Nrap, Casp7, 9930023K05Rik, Dclre1a, Nhlrc2, Adrb1, EG629643, A630007B06Rik, 1700010L13Rik, Tdrd1, Vwa2, Afap1l2, Ablim1, EG668259
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-249O14.bB6Ng01-249O14.g
ACCGA057607GA057608
length1,169810
definitionB6Ng01-249O14.b B6Ng01-249O14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,337,428 - 56,338,595)(56,166,150 - 56,166,954)
sequence
gaattcttagcactgtctccaacttctgttcattcagtaacttcctggtg
atgagaaataagccagggcattactgagtattctagatggggcactaggc
taagctgtccccgcacgaggatcaccagaaagacaaaggctgaatttggt
tttctgttcgatgctccagtgagcgcctgcctccttgctgccagccacgg
acagcgcatgcgcctggctagctctgtgccagtctcgctcgccttcccac
tacactacacgtattcttgcgaggtttacacattccctaggtttggaatg
ttccttgtgtttctttcatcccggaacccacatttctcctttcctaccat
attcaggtgcgttgtttagacgtgttgtctccagatagagctgttccacc
cagatgggagcaaggatcgccacacaagggaaaatacagacctcccagtc
gccccctgtgggtggagctatagactcagtaaacactggcctggcagagg
agacttctcggtggagctgcctccaggttgtgctggagacttgggagtac
agcctttctgagtgctcacctatgccaacgggacggcaggggctttatgg
ttatgcagcggttcatgttatgtagcggcctgtgagtagcctcccatcca
tgctcctgtcgctgaccccaataaattcgtcggttcagctcgatttgggc
agactgtttctttggtggcccattgtcctgtctctttgcttcgttgcccc
gagtccctcataaatagacatatactctgcaaatgaaactctgctcttaa
aacatccattcctttgaggcccatcttctaaccagccaactctatgggct
tcccacccctgtcattctagccactggctgctggggttcccctgagtgat
gtctttggacaggccactgaccaatctgtctcaaacggcattgacaagcg
tggaggtgctaagggcggaccacagggtgaaggatgagagacccgatgac
gatttttactactaaccctgtcccagaggagtggaccgagacttgtcacc
aagggaaggagacaggagtaaggtgagaagagccaggactgaatccttgc
tgggcctgcacagcatgaaccattggaactgacttcgggagaaactcaga
gtgggggatggctccacag
gaattccacccctccatctagcaaagggaggtctcctctacattccgcag
ggcgtcttcaagccaagtgactcacagcacgcatgctctctggatctatg
ccacacatatggtcaggcaaaccagaaccaattggatagtcatcaaggaa
cctagagtctggacctttgaaacctaagccagggccctgacctgagtgct
aagtcagtgcctttcggggtttctttcaagtgggagatgtgaaatatggg
attgaaagggcctatgatctatggtcctgtgagccatggtcctgcgagcc
atggacctgtgatctttgggcctgtgagtcatgagcctgtgatctgtggg
ctcatgagttctatggtcttctgagaagttactgagccttccctgctata
agaggagagagaaccagtcaggagactgaggatccagccaccatgcagac
actgccttcttttcagctgggtccccctcaaatggcatcagaggtcaggt
tcccctccacccccaccccaggctgctttttctgaaactatgggcctctc
atgtcagtcataagcattaacacaaccttaaagtatttctaatgtttatt
tttagtatgtgtatatgtatgtgtatatatatatgtgtattgtctcatgt
atatatgtgccttggatcccctgggaactgaaaattagagccttttgtaa
actgccacatggatccttggtgttgaactctggtcctctggaatagtggg
caatgttctttaacctacgagtccatctctccatcctgcatgacaccaat
cttaaactgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_56337428_56338595
seq2: B6Ng01-249O14.b_50_1218 (reverse)

seq1  CTGTGGAGCCCACACCCCACCCTGA-TTTCTCCCCGAAGCCAGTTCCAAT  49
      |||||||| |||  |||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||
seq2  CTGTGGAG-CCATCCCCCACTCTGAGTTTCT-CCCGAAGTCAGTTCCAAT  48

seq1  GG-TCATGCTGTGCAGGCCCAGCAAAGGCTCAGTCCCTGGCTTCTCTTCA  98
      || |||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||| |||  |||
seq2  GGTTCATGCTGTGCAGGCCCAGCAAGGATTCAGT-CCTGGC-TCTTCTCA  96

seq1  CCTTACTCCTGTCTCCTTCCCTTGGTGACAAGTCTCGGTCCACTCCTCTG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACTCCTGTCTCCTTCCCTTGGTGACAAGTCTCGGTCCACTCCTCTG  146

seq1  GGACA-GGTTAGTAGT-AAAATCGTCATCGGGTCTCTCATCCTTCACCCT  196
      ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGGGTTAGTAGTAAAAATCGTCATCGGGTCTCTCATCCTTCACCCT  196

seq1  GT-GTTCGCCCTTGGCACCTCCACGCTTGTCAATGCCGTTTGAGACAGAT  245
      || || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCCGCCCTTAGCACCTCCACGCTTGTCAATGCCGTTTGAGACAGAT  246

seq1  TGGTCAGTGGCCTGTCCAAAGACATCACTCAGGGGAACCCCAGCAGCCAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAGTGGCCTGTCCAAAGACATCACTCAGGGGAACCCCAGCAGCCAG  296

seq1  TGGCTAGAATGACAGGGGTGGGAAGCCCATAGAGTTGGCTGGTTAGAAGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAGAATGACAGGGGTGGGAAGCCCATAGAGTTGGCTGGTTAGAAGA  346

seq1  TGGGCCTCAAAGGAATGGATGTTTTAAGAGCAGAGTTTCATTTGCAGAGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTCAAAGGAATGGATGTTTTAAGAGCAGAGTTTCATTTGCAGAGT  396

seq1  ATATGTCTATTTATGAGGGACTCGGGGCAACGAAGCAAAGAGACAGGACA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTCTATTTATGAGGGACTCGGGGCAACGAAGCAAAGAGACAGGACA  446

seq1  ATGGGCCACCAAAGAAACAGTCTGCCCAAATCGAGCTGAACCGACGAATT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCCACCAAAGAAACAGTCTGCCCAAATCGAGCTGAACCGACGAATT  496

seq1  TATTGGGGTCAGCGACAGGAGCATGGATGGGAGGCTACTCACAGGCCGCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGGGTCAGCGACAGGAGCATGGATGGGAGGCTACTCACAGGCCGCT  546

seq1  ACATAACATGAACCGCTGCATAACCATAAAGCCCCTGCCGTCCCGTTGGC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAACATGAACCGCTGCATAACCATAAAGCCCCTGCCGTCCCGTTGGC  596

seq1  ATAGGTGAGCACTCAGAAAGGCTGTACTCCCAAGTCTCCAGCACAACCTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTGAGCACTCAGAAAGGCTGTACTCCCAAGTCTCCAGCACAACCTG  646

seq1  GAGGCAGCTCCACCGAGAAGTCTCCTCTGCCAGGCCAGTGTTTACTGAGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGCTCCACCGAGAAGTCTCCTCTGCCAGGCCAGTGTTTACTGAGT  696

seq1  CTATAGCTCCACCCACAGGGGGCGACTGGGAGGTCTGTATTTTCCCTTGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGCTCCACCCACAGGGGGCGACTGGGAGGTCTGTATTTTCCCTTGT  746

seq1  GTGGCGATCCTTGCTCCCATCTGGGTGGAACAGCTCTATCTGGAGACAAC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCGATCCTTGCTCCCATCTGGGTGGAACAGCTCTATCTGGAGACAAC  796

seq1  ACGTCTAAACAACGCACCTGAATATGGTAGGAAAGGAGAAATGTGGGTTC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCTAAACAACGCACCTGAATATGGTAGGAAAGGAGAAATGTGGGTTC  846

seq1  CGGGATGAAAGAAACACAAGGAACATTCCAAACCTAGGGAATGTGTAAAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGATGAAAGAAACACAAGGAACATTCCAAACCTAGGGAATGTGTAAAC  896

seq1  CTCGCAAGAATACGTGTAGTGTAGTGGGAAGGCGAGCGAGACTGGCACAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGCAAGAATACGTGTAGTGTAGTGGGAAGGCGAGCGAGACTGGCACAG  946

seq1  AGCTAGCCAGGCGCATGCGCTGTCCGTGGCTGGCAGCAAGGAGGCAGGCG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGCCAGGCGCATGCGCTGTCCGTGGCTGGCAGCAAGGAGGCAGGCG  996

seq1  CTCACTGGAGCATCGAACAGAAAACCAAATTCAGCCTTTGTCTTTCTGGT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGGAGCATCGAACAGAAAACCAAATTCAGCCTTTGTCTTTCTGGT  1046

seq1  GATCCTCGTGCGGGGACAGCTTAGCCTAGTGCCCCATCTAGAATACTCAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTCGTGCGGGGACAGCTTAGCCTAGTGCCCCATCTAGAATACTCAG  1096

seq1  TAATGCCCTGGCTTATTTCTCATCACCAGGAAGTTACTGAATGAACAGAA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCCCTGGCTTATTTCTCATCACCAGGAAGTTACTGAATGAACAGAA  1146

seq1  GTTGGAGACAGTGCTAAGAATTC  1168
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAGACAGTGCTAAGAATTC  1169

seq1: chr19_56166150_56166954
seq2: B6Ng01-249O14.g_67_876

seq1  GAATTCCACCCCTCCATCTAGCAAAGGGAGGTCTCCTCTACATTCCGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCCCTCCATCTAGCAAAGGGAGGTCTCCTCTACATTCCGCAG  50

seq1  GGCGTCTTCAAGCCAAGTGACTCACAGCACGCATGCTCTCTGGATCTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTCTTCAAGCCAAGTGACTCACAGCACGCATGCTCTCTGGATCTATG  100

seq1  CCACACATATGGTCAGGCAAACCAGAACCAATTGGATAGTCATCAAGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACATATGGTCAGGCAAACCAGAACCAATTGGATAGTCATCAAGGAA  150

seq1  CCTAGAGTCTGGACCTTTGAAACCTAAGCCAGGGCCCTGACCTGAGTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAGTCTGGACCTTTGAAACCTAAGCCAGGGCCCTGACCTGAGTGCT  200

seq1  AAGTCAGTGCCTTTCGGGGTTTCTTTCAAGTGGGAGATGTGAAATATGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGTGCCTTTCGGGGTTTCTTTCAAGTGGGAGATGTGAAATATGGG  250

seq1  ATTGAAAGGGCCTATGATCTATGGTCCTGTGAGCCATGGTCCTGCGAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAAGGGCCTATGATCTATGGTCCTGTGAGCCATGGTCCTGCGAGCC  300

seq1  ATGGACCTGTGATCTTTGGGCCTGTGAGTCATGAGCCTGTGATCTGTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACCTGTGATCTTTGGGCCTGTGAGTCATGAGCCTGTGATCTGTGGG  350

seq1  CTCATGAGTTCTATGGTCTTCTGAGAAGTTACTGAGCCTTCCCTGCTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGAGTTCTATGGTCTTCTGAGAAGTTACTGAGCCTTCCCTGCTATA  400

seq1  AGAGGAGAGAGAACCAGTCAGGAGACTGAGGATCCAGCCACCATGCAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAGAGAGAACCAGTCAGGAGACTGAGGATCCAGCCACCATGCAGAC  450

seq1  ACTGCCTTCTTTTCAGCTGGGTCCCCCTCAAATGGCATCAGAGGTCAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTTCTTTTCAGCTGGGTCCCCCTCAAATGGCATCAGAGGTCAGGT  500

seq1  TCCCCTCCACCCCCACCCCAGGCTGCTTTTTCTGAAACTATGGGCCTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCCACCCCCACCCCAGGCTGCTTTTTCTGAAACTATGGGCCTCTC  550

seq1  ATGTCAGTCATAAGCATTAACACAACCTTAAAGTATTTCTAATGTTTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAGTCATAAGCATTAACACAACCTTAAAGTATTTCTAATGTTTATT  600

seq1  TTTAGTATGTGTATATGTATGTGTATATATATATGTGTATTGTCTCATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTATGTGTATATGTATGTGTATATATATATGTGTATTGTCTCATGT  650

seq1  ATATATGTGCCTTGGATCCCCT-GGAACTG-AAATTAGAGCCTTTTGTAA  698
      |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTGCCTTGGATCCCCTGGGAACTGAAAATTAGAGCCTTTTGTAA  700

seq1  ACTGCCACATGGATCCTTGGTGTTGAACTCTGGTCCTCTGGAAGAGTGGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACTGCCACATGGATCCTTGGTGTTGAACTCTGGTCCTCTGGAATAGTGGG  750

seq1  CAATGTTC-TTAACCAACGAG-CCATCTCTCCAGCCTGCATCGACA-CAA  795
      |||||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||
seq2  CAATGTTCTTTAACCTACGAGTCCATCTCTCCATCCTGCAT-GACACCAA  799

seq1  TCTT-AACTGT  805
      |||| ||||||
seq2  TCTTAAACTGT  810